genome.fa.s267.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2306539

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617116--1617140	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1617096--1617163	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
1624884--1625091	68	3.1	67	78	2	193	35	21	16	26	1.94
1624884--1625181	68	4.4	68	75	4	165	35	20	17	26	1.94
1628486--1628525	21	1.9	21	84	0	53	77	10	7	5	1.11
1628698--1628765	23	3.0	23	86	0	73	61	23	8	5	1.47
1634204--1634262	31	1.9	32	82	6	77	76	8	13	1	1.09
1635689--1637414	47	37.2	45	74	11	925	22	20	16	40	1.91
1635893--1636068	89	1.9	92	82	5	223	21	20	19	38	1.93
1635708--1637632	94	20.8	94	76	7	1365	22	20	16	40	1.91
1635708--1637448	421	4.2	418	81	5	1713	22	20	16	40	1.91
1637281--1637454	91	1.9	91	85	9	239	19	21	18	40	1.91
1637354--1637890	180	3.0	177	81	6	627	22	22	15	40	1.91
1637835--1638604	44	17.5	44	73	9	353	22	22	13	41	1.89
1637835--1638605	132	5.8	132	85	3	894	22	22	13	41	1.89
1638717--1638989	42	6.5	42	75	5	201	17	22	16	42	1.88
1638717--1638960	84	2.9	84	83	1	256	17	22	15	43	1.87
1638717--1638975	126	2.1	126	82	1	304	17	23	16	43	1.88
1639961--1640002	12	3.3	12	84	12	57	52	11	26	9	1.68
1639959--1639997	12	3.0	13	85	14	62	53	10	23	12	1.69
1640054--1640093	12	3.3	13	83	13	50	60	17	15	7	1.57
1640440--1640529	23	3.9	23	77	2	90	63	20	11	5	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1641227--1641254	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1643887--1644006	51	2.4	51	79	8	127	28	28	12	30	1.93
1644085--1644349	79	3.3	79	76	8	270	29	21	12	36	1.90
1643991--1644219	127	1.8	126	84	5	318	28	24	13	33	1.93
1648085--1648136	23	2.3	23	100	0	104	50	11	30	7	1.67
1653979--1654033	20	2.8	20	88	5	76	25	14	16	43	1.86
1653996--1654065	33	2.1	33	89	0	104	31	15	12	40	1.85
1656015--1656086	36	2.0	36	100	0	144	27	13	8	50	1.71
1656472--1656878	79	5.2	77	78	6	390	28	24	13	34	1.93
1673574--1673647	20	3.8	18	72	21	60	79	10	5	4	1.02
1673574--1673643	9	7.1	9	73	20	52	80	11	4	4	1.00
1673572--1673621	26	2.0	25	84	4	64	82	12	4	2	0.90
1674862--1675414	28	19.1	28	81	5	530	28	30	16	23	1.97
1674862--1675395	287	1.8	291	85	3	765	28	31	17	23	1.97
1679320--1679366	20	2.3	21	81	3	60	38	10	17	34	1.84
1681848--1682055	80	2.6	79	87	3	276	28	25	9	36	1.87
1681834--1682096	80	3.3	80	82	7	248	26	26	9	36	1.87
1687299--1687331	16	2.0	17	88	5	50	12	18	3	66	1.36
1692689--1692719	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
1699755--1699781	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1699765--1699821	19	2.9	19	89	2	87	31	17	15	35	1.92
1699853--1699915	33	1.9	33	83	0	81	39	17	11	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1700811--1701237	198	2.2	196	80	7	465	37	10	19	33	1.85
1705704--1705759	27	2.1	27	89	0	85	39	7	12	41	1.70
1706201--1706250	13	3.8	13	94	0	82	42	0	4	54	1.19
1706202--1706298	13	7.0	14	78	11	67	38	0	4	57	1.18
1710162--1710589	165	2.6	166	85	4	573	29	11	8	49	1.70
1712385--1712441	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
1712530--1712668	29	4.8	29	74	10	106	33	3	24	38	1.73
1712534--1712668	59	2.3	58	79	6	148	34	3	25	37	1.74
1712771--1713321	153	3.6	153	79	5	558	25	16	19	38	1.92
1715027--1715155	63	2.0	63	90	0	204	27	20	10	40	1.86
1721621--1721653	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1721952--1721985	14	2.5	14	90	4	52	79	0	20	0	0.73
1722956--1723538	163	3.6	164	88	2	825	37	12	12	38	1.80
1727003--1727131	52	2.5	52	93	0	222	31	17	17	34	1.92
1727003--1727151	52	2.9	51	87	4	210	32	16	17	33	1.93
1727140--1727164	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1727205--1727271	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
1737741--1737851	51	2.2	52	81	1	134	45	12	13	27	1.80
1737897--1737972	21	3.7	21	85	3	118	32	15	11	39	1.84
1740350--1740444	43	2.1	45	84	5	122	64	15	11	8	1.49
1741329--1742068	66	11.3	64	73	10	476	17	21	19	41	1.91
1741329--1741434	34	3.2	34	70	18	89	16	16	20	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1741353--1742043	132	5.3	127	79	9	595	17	21	19	41	1.91
1741390--1742063	197	3.4	196	80	4	581	17	22	19	40	1.91
1742021--1742090	32	2.2	32	82	5	79	17	20	18	44	1.87
1741954--1742162	99	2.1	99	81	1	231	16	21	18	44	1.87
1742037--1742218	67	2.8	64	79	6	177	19	21	14	43	1.87
1743640--1743687	20	2.4	20	77	16	55	22	8	4	64	1.38
1743469--1743908	167	2.6	165	83	5	530	28	12	8	50	1.69
1746342--1746380	21	1.9	21	94	5	71	51	12	15	20	1.76
1748422--1748477	16	3.7	16	76	13	55	28	5	0	66	1.14
1750365--1750942	153	3.8	152	80	5	536	26	16	19	37	1.93
1753501--1753552	26	2.0	26	84	0	68	30	11	17	40	1.85
1756132--1756168	15	2.5	15	91	8	58	51	0	2	45	1.15
1757374--1757435	22	2.9	22	79	13	67	19	3	3	74	1.10
1757805--1757841	15	2.4	16	82	17	51	67	8	0	24	1.17
1759618--1759726	34	3.2	34	85	5	148	35	16	16	31	1.91
1760059--1760134	20	3.8	20	79	10	75	39	15	17	27	1.90
1760166--1760265	32	3.1	32	91	7	150	35	17	13	35	1.88
1760218--1760243	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1766153--1766178	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
1768802--1768858	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
1768847--1768897	20	2.5	21	87	3	68	39	13	17	29	1.88
1770764--1770873	56	2.0	56	81	3	132	50	21	10	16	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1771166--1771306	69	2.0	69	81	5	160	44	14	11	29	1.80
1771215--1771396	70	2.6	71	80	3	199	40	13	14	30	1.85
1771254--1771419	35	4.7	35	72	10	124	39	13	15	31	1.86
1771269--1771505	70	3.5	70	74	13	201	39	13	14	32	1.85
1771434--1771505	32	2.2	32	80	11	83	43	11	15	30	1.81
1771185--1771505	35	9.4	34	68	18	111	40	14	13	31	1.84
1774747--1774821	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
1774744--1774821	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
1775112--1775188	33	2.3	32	84	8	93	41	16	14	27	1.87
1777137--1777197	9	6.4	9	78	17	61	19	1	1	77	0.95
1777137--1777198	10	6.4	10	78	12	51	19	1	1	77	0.94
1783063--1783114	21	2.5	21	77	0	59	30	19	19	30	1.96
1783161--1783185	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1783247--1783271	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1783280--1783408	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	29	1.94
1798323--1798370	21	2.3	21	82	7	53	22	2	2	72	1.05
1798324--1798381	8	7.8	8	79	9	52	24	1	1	72	1.03
1804507--1804535	15	1.9	15	100	0	58	27	20	13	37	1.91
1813442--1813551	56	2.0	56	81	3	132	50	21	10	16	1.75
1813842--1813979	68	2.0	67	82	6	163	43	14	11	30	1.81
1813929--1814164	69	3.5	67	75	10	216	38	13	14	33	1.85
1813944--1814176	34	7.0	34	70	15	123	38	13	14	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1813861--1814176	34	9.4	34	67	18	87	39	14	13	31	1.85
1817414--1817487	20	3.8	20	76	7	71	40	12	13	33	1.82
1817411--1817487	39	2.0	39	84	5	102	40	12	12	33	1.82
1817778--1817854	33	2.3	32	84	8	93	41	16	14	27	1.87
1819801--1819860	9	6.4	9	75	21	52	20	1	1	76	0.96
1819801--1819859	8	7.5	8	79	12	52	20	1	1	76	0.96
1819815--1819864	21	2.5	20	78	12	57	20	4	2	74	1.08
1819811--1819862	22	2.5	21	78	6	52	19	1	1	76	0.97
1825792--1825816	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1825879--1825903	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15