genome.fa.s267.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2306539

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141267--2141479	28	7.5	28	79	6	187	29	28	17	23	1.97
2141263--2141479	84	2.5	84	82	3	227	29	29	17	24	1.97
2142420--2142476	20	2.8	20	81	2	69	36	14	10	38	1.80
2147156--2147187	15	2.1	15	100	0	64	62	6	6	25	1.42
2150596--2150626	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2150574--2150642	33	2.1	33	83	5	86	39	17	11	31	1.85
2150671--2150725	19	2.8	20	86	5	76	38	18	12	30	1.88
2150711--2150737	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2153990--2154051	33	1.9	33	90	3	99	30	19	12	37	1.89
2159976--2160676	156	4.5	156	79	8	730	38	20	17	22	1.93
2160907--2161003	46	2.1	46	86	5	135	23	19	12	44	1.85
2162558--2162612	19	2.8	19	83	2	65	36	12	16	34	1.87
2162641--2162707	33	2.0	33	88	5	100	34	11	16	37	1.85
2162655--2162687	13	2.5	13	95	0	57	36	15	15	33	1.88
2165596--2165668	20	3.7	20	78	10	87	30	15	12	42	1.83
2167883--2168098	51	4.2	51	78	5	188	31	24	10	34	1.89
2168082--2168155	28	2.6	28	89	0	103	24	31	18	25	1.98
2167983--2168280	158	1.9	158	80	6	354	28	24	13	33	1.93
2168142--2168259	51	2.3	51	89	0	182	27	23	13	34	1.93
2168110--2168415	130	2.4	128	81	7	368	27	24	14	33	1.94
2170482--2170514	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
2180793--2180885	1	93.0	1	71	0	69	86	11	1	1	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180796--2180869	6	12.3	6	81	16	82	86	12	0	1	0.63
2180794--2180883	14	6.5	14	78	19	100	85	12	1	1	0.71
2180793--2180884	20	4.4	21	86	10	127	85	11	1	1	0.70
2180793--2180885	21	4.4	20	87	6	123	86	11	1	1	0.69
2181855--2182143	100	2.9	99	86	8	405	24	30	17	28	1.97
2182063--2182486	55	7.5	55	84	5	476	28	27	19	25	1.99
2182294--2182918	215	2.9	214	91	1	950	25	28	19	26	1.98
2182528--2182714	61	3.1	60	85	6	245	24	30	18	26	1.98
2182745--2182974	61	3.8	61	84	4	279	26	26	18	27	1.98
2182725--2182977	122	2.1	121	84	6	340	26	26	19	26	1.99
2182962--2183095	42	3.1	42	76	7	119	19	27	11	41	1.85
2183121--2183214	42	2.3	40	85	7	118	19	29	10	40	1.85
2183903--2183928	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2183967--2184040	20	3.7	19	85	7	94	28	17	12	41	1.85
2186323--2186518	51	3.8	51	85	4	245	30	24	10	34	1.89
2186325--2186553	102	2.2	103	81	7	270	30	24	9	34	1.88
2186325--2186540	51	4.2	51	83	3	222	31	24	9	34	1.88
2186529--2186600	28	2.6	28	89	8	103	23	33	18	25	1.97
2186583--2186701	51	2.3	51	88	0	175	29	26	13	30	1.94
2191563--2191601	13	3.0	13	92	0	69	30	17	15	35	1.91
2193491--2193563	21	3.4	21	73	7	67	39	2	28	28	1.71
2193480--2193563	42	2.0	42	85	2	114	40	2	25	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2202173--2202211	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
2206268--2206315	25	2.0	25	88	8	73	37	6	8	47	1.59
2206308--2206348	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2212304--2212381	39	2.0	39	100	0	156	33	30	2	33	1.72
2213221--2213275	19	2.6	22	80	16	71	40	0	0	60	0.97
2214829--2214858	4	7.5	4	100	0	60	26	0	0	73	0.84
2215752--2215808	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
2215794--2215820	13	2.1	13	100	0	54	29	18	14	37	1.91
2215894--2215919	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2222072--2222110	13	3.0	13	80	0	51	33	17	12	35	1.88
2222242--2222282	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
2222544--2222595	20	2.4	21	87	9	70	19	50	26	3	1.65
2224682--2224707	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2224695--2224760	20	3.7	20	73	26	83	39	13	12	34	1.82
2224662--2224762	33	3.1	33	91	1	159	36	14	13	34	1.86
2226780--2226806	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2229725--2229755	13	2.4	13	94	0	53	45	19	22	12	1.84
2230916--2230944	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2231773--2231913	68	2.1	68	97	0	264	39	13	4	43	1.64
2232355--2232399	21	2.1	21	84	8	56	42	0	0	57	0.98
2232352--2232393	15	2.8	15	79	13	50	42	0	0	57	0.99
2232370--2232402	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233517--2233583	28	2.4	29	82	9	86	52	0	0	47	1.00
2233558--2233600	18	2.4	18	88	3	61	62	0	0	37	0.95
2233564--2233636	18	3.7	20	73	8	60	60	1	0	38	1.06
2233566--2233601	18	2.0	18	94	0	63	63	0	0	36	0.94
2234783--2234938	75	2.1	72	77	13	154	48	6	7	37	1.58
2235604--2235648	20	2.2	20	84	7	56	44	20	0	35	1.51
2235703--2235744	21	2.1	19	86	8	57	59	19	0	21	1.38
2237303--2237346	20	2.2	20	87	0	61	31	13	13	40	1.84
2237378--2237428	20	2.5	20	87	0	75	35	13	5	45	1.68
2237253--2237428	75	2.5	71	80	8	221	31	15	9	43	1.80
2238289--2238329	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
2242022--2242136	51	2.2	52	83	4	135	37	14	20	26	1.92
2242068--2242401	79	4.2	79	91	0	553	31	15	26	26	1.96
2242356--2242429	28	2.6	28	93	0	121	24	21	31	22	1.99
2243037--2243130	42	2.3	41	82	8	111	41	12	28	17	1.86
2243169--2243281	41	2.7	42	78	10	99	40	14	24	20	1.89
2243189--2243328	40	3.4	43	85	6	157	36	13	27	22	1.92
2243313--2243458	61	2.4	62	79	8	167	30	20	25	23	1.99
2243591--2243679	29	3.2	29	64	15	78	24	19	29	26	1.98
2243573--2243819	55	4.3	56	87	7	320	25	21	26	26	1.99
2243479--2243654	94	1.9	94	89	2	273	22	19	31	26	1.98
2243574--2243798	119	1.9	115	89	5	344	27	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243480--2243980	268	1.9	267	89	3	774	25	20	28	25	1.99
2243842--2243949	55	2.0	54	92	7	182	22	21	27	28	1.99
2250085--2250205	51	2.3	52	85	4	156	34	15	24	24	1.95
2250137--2250565	79	5.4	79	92	0	669	33	14	25	27	1.94
2251775--2251928	35	4.4	35	90	4	240	20	31	6	42	1.77
2251870--2251975	49	2.2	49	86	3	142	20	29	7	42	1.80
2251905--2251934	14	2.1	14	100	0	60	23	40	6	30	1.80
2252329--2252385	22	2.6	22	81	15	57	45	8	1	43	1.45
2253111--2253162	18	2.9	18	75	16	54	26	19	1	51	1.57
2261114--2261143	6	4.8	6	95	4	51	46	0	0	53	1.00
2261164--2261232	19	3.4	19	80	15	68	43	0	0	56	0.99
2262677--2262779	36	2.7	38	75	14	106	47	0	0	52	1.00
2263588--2263612	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2264457--2264489	16	1.9	17	88	11	50	60	0	0	39	0.97
2269906--2269950	16	2.9	15	80	6	54	55	0	2	42	1.12
2270076--2270167	45	2.0	45	87	4	132	51	4	10	33	1.57
2271671--2271727	16	3.7	15	76	17	62	59	3	0	36	1.14
2271670--2271718	17	3.1	16	85	5	64	57	4	0	38	1.18
2272437--2272476	16	2.6	15	84	7	53	55	5	0	40	1.22
2272779--2272999	50	4.4	50	88	0	307	32	19	19	29	1.96
2273006--2273161	77	2.0	78	93	1	269	26	28	11	33	1.91
2277443--2277615	50	3.5	50	91	0	283	31	20	18	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279861--2279945	44	2.0	42	82	13	102	48	0	2	49	1.14
2279876--2279958	44	1.9	43	82	7	105	48	2	1	48	1.22
2280827--2280884	30	2.0	28	87	9	82	60	12	0	27	1.32
2285394--2286243	74	11.5	74	82	4	905	38	13	22	25	1.91
2289521--2289720	80	2.5	80	80	7	212	29	9	30	31	1.89
2289680--2289751	28	2.6	28	86	4	92	18	15	37	29	1.91
2289598--2289815	107	2.0	109	84	5	282	26	11	33	28	1.91
2289706--2290138	80	5.4	79	78	6	408	30	12	28	27	1.93
2289707--2290138	160	2.7	158	81	5	478	30	12	28	27	1.93
2295300--2295448	52	2.9	52	88	4	212	33	16	16	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15