genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747--789	9	4.7	9	82	5	50	18	0	76	4	0.95
3495--3519	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3505--3557	20	2.7	20	75	0	61	32	15	16	35	1.90
3372--3678	138	2.2	136	94	1	524	34	15	17	32	1.92
3633--3657	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3613--3680	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
7624--7690	20	3.7	20	74	25	85	31	16	17	34	1.93
7624--7754	33	4.0	32	93	4	176	30	14	18	36	1.91
7674--7736	13	5.3	13	78	21	84	31	14	15	38	1.88
7689--7754	20	3.7	20	73	26	83	30	12	18	39	1.87
11504--11562	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
11822--11885	32	2.0	33	90	3	103	28	10	15	45	1.80
14092--14129	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
18042--18086	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
19969--20027	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
20215--20253	19	2.1	19	100	0	78	33	10	15	41	1.81
20305--20362	13	4.0	13	76	23	62	29	13	15	41	1.86
20285--20366	32	2.5	32	96	2	146	28	12	14	45	1.81
20285--20349	19	3.7	19	73	25	70	27	12	15	44	1.82
20408--20481	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
23286--23328	21	2.0	22	86	4	61	25	20	2	51	1.60
24655--24720	33	2.0	33	82	5	80	24	24	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25764--25817	20	2.7	20	82	0	63	33	12	14	38	1.85
30773--30827	20	2.8	20	83	5	67	34	12	10	41	1.78
31304--31334	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
35714--35774	28	2.2	27	85	2	77	40	6	3	49	1.45
35873--35935	26	2.3	29	86	8	87	41	7	3	47	1.48
50291--50317	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
50272--50335	32	2.0	32	87	9	94	28	15	15	40	1.88
50301--50353	19	2.7	19	85	2	70	33	16	15	33	1.90
50403--50447	13	3.5	13	93	0	81	33	15	15	35	1.89
62815--62845	13	2.4	13	94	0	53	35	19	12	32	1.90
62966--63012	21	2.3	20	78	10	51	36	21	0	42	1.53
64137--64192	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
64243--64294	19	2.7	20	84	6	70	42	13	13	30	1.83
66508--66557	21	2.3	21	80	13	57	56	4	16	24	1.57
68355--68385	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
69014--69047	13	2.6	13	95	0	59	32	20	14	32	1.93
69173--69212	22	2.0	20	85	14	55	25	20	5	50	1.68
70667--70710	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
71487--71538	20	2.6	19	87	6	68	36	15	15	32	1.89
71589--71640	19	2.7	20	84	6	70	42	13	13	30	1.83
75220--75259	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
76818--76872	16	3.4	16	69	18	51	20	3	21	54	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77572--77636	33	2.0	32	85	11	87	35	13	18	32	1.90
77592--77616	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78932--79318	201	1.9	201	91	1	641	25	13	20	40	1.89
80050--80392	165	2.1	165	86	2	476	29	9	10	49	1.69
80368--80418	26	2.0	26	92	3	86	23	9	9	56	1.61
80207--80557	190	1.8	192	88	4	541	29	9	9	51	1.66
80786--80825	2	20.0	2	94	0	71	0	52	0	47	1.00
82047--82662	163	3.9	162	83	6	676	38	10	11	39	1.76
82648--82677	11	2.8	11	95	5	53	66	0	0	33	0.92
87430--87706	81	3.4	79	77	7	238	33	10	28	27	1.90
87604--87815	109	1.9	109	86	1	300	35	8	27	28	1.86
87740--87909	77	2.2	79	84	4	218	37	8	23	30	1.84
90465--90538	20	3.6	20	87	3	85	29	18	13	37	1.90
91584--91897	160	2.0	160	85	0	421	34	16	14	34	1.89
103809--103849	21	2.0	20	85	4	55	39	2	2	56	1.26
105645--105720	26	2.9	27	84	2	100	31	14	26	27	1.95
108192--108243	20	2.5	21	84	3	70	32	17	11	38	1.85
114768--114819	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
117018--117062	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
118866--118896	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
120975--121000	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
121106--121153	20	2.5	17	78	21	51	22	20	4	52	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122818--122902	38	2.2	40	80	4	93	36	5	23	34	1.79
126686--126711	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127405--127466	21	3.0	21	90	4	90	30	32	4	32	1.79
127442--127498	29	2.0	29	100	0	114	31	28	7	33	1.84
129292--129330	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
129316--129394	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
131409--131439	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
133243--133287	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
135507--135532	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
136615--136684	33	2.1	33	83	0	86	40	17	8	34	1.80
136646--136684	20	2.0	20	94	0	69	43	17	10	28	1.82
136638--136665	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
136713--136768	19	2.9	19	86	2	76	39	16	16	28	1.89
139364--139400	13	2.8	13	87	0	56	40	13	10	35	1.80
145617--145643	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
148633--148658	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
148613--148676	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
148613--148683	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
151051--151076	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
158211--158236	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
158191--158254	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
158191--158254	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160301--160343	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
160783--160821	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
162889--162919	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
164722--164766	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
166979--167004	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
166959--167022	32	2.0	33	90	3	103	28	10	15	45	1.80
168828--168853	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
168808--168871	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
168808--168878	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
170931--170973	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
177603--177628	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
177583--177646	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
177583--177653	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
179209--179246	20	2.0	20	89	5	60	36	0	2	60	1.11
179308--179374	32	2.1	31	86	2	89	40	1	1	56	1.17
185518--185615	47	2.1	47	100	0	196	26	14	27	31	1.95
188569--188747	45	4.0	45	91	2	272	54	18	0	26	1.43
188541--188747	90	2.3	91	87	3	294	53	17	0	27	1.50
189280--189323	19	2.5	19	82	10	58	52	2	2	43	1.26
189298--189415	47	2.6	45	79	12	123	54	0	0	44	1.06
189345--189427	22	3.5	24	73	11	82	57	0	0	42	0.98
189394--189425	15	2.0	17	88	11	50	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189652--189681	15	2.0	15	93	0	51	50	0	3	46	1.18
189805--189847	12	3.5	12	75	6	50	30	0	2	67	1.03
189806--189860	25	2.2	24	78	9	56	40	0	1	58	1.09
189895--189937	17	2.5	17	88	3	59	53	4	4	37	1.43
189976--190029	26	2.1	26	89	0	81	46	16	5	31	1.70
194075--194127	21	2.6	21	75	3	54	32	5	13	49	1.65
194607--194655	17	3.2	17	70	27	54	46	24	0	28	1.53
194788--194858	21	3.5	21	84	3	92	30	11	12	45	1.77
196250--196274	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
196230--196299	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30