genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1945048--1945119	28	2.6	27	84	8	92	23	31	19	25	1.98
1945048--1945273	107	2.1	107	82	1	274	28	26	14	30	1.95
1945211--1945377	51	3.3	51	85	3	219	31	30	10	28	1.90
1950413--1950437	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1952978--1953036	20	3.1	19	87	2	82	40	13	13	32	1.84
1953063--1953116	20	2.7	20	88	5	74	31	11	20	37	1.88
1961896--1961942	22	2.1	22	92	0	76	19	40	19	21	1.92
1966095--1966148	21	2.7	20	77	8	65	37	14	11	37	1.82
1966092--1966148	19	2.9	19	76	7	69	35	14	10	40	1.80
1966709--1966850	61	2.3	60	80	5	153	36	15	25	22	1.93
1966818--1967073	52	4.9	52	85	2	318	32	14	27	25	1.95
1967077--1967237	33	5.0	33	87	3	213	21	18	32	27	1.97
1967273--1968004	34	21.8	33	80	10	722	37	11	31	19	1.88
1967273--1968004	68	10.9	67	84	7	896	37	11	31	19	1.88
1968694--1968719	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
1971229--1971362	42	3.2	42	74	6	137	46	11	22	20	1.82
1971709--1972026	42	7.4	43	69	16	160	39	16	25	17	1.91
1972386--1972652	78	3.4	78	90	1	392	28	17	26	27	1.97
1972386--1972686	155	1.9	156	82	2	381	28	16	27	27	1.97
1974525--1974577	23	2.3	23	84	12	65	1	11	5	81	0.94
1974518--1974577	17	3.4	18	73	17	63	1	11	5	81	0.91
1975264--1975330	33	2.0	33	100	0	134	29	20	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1978180--1978889	156	4.5	156	81	4	754	40	19	17	22	1.92
1978221--1978892	312	2.2	312	87	4	935	39	20	17	22	1.92
1979770--1979824	20	2.7	21	91	5	94	63	9	3	23	1.40
1980840--1980884	20	2.3	20	84	3	56	66	6	8	17	1.40
1982505--1983061	150	3.8	140	77	8	458	25	16	20	38	1.93
1982646--1983061	150	2.8	149	84	3	525	25	14	19	39	1.90
1982657--1983112	150	3.0	147	81	6	508	26	15	19	37	1.92
1983692--1983744	19	2.7	20	91	2	90	37	11	11	39	1.77
1983787--1983811	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1983820--1983948	52	2.5	52	96	0	231	36	17	17	29	1.92
1999259--1999578	29	10.7	29	77	9	227	28	30	16	25	1.97
1999259--1999580	56	5.4	58	74	11	197	28	30	16	24	1.97
1999253--1999423	86	2.0	86	87	2	245	28	32	17	22	1.96
1999473--1999624	28	5.3	28	86	5	182	36	28	15	19	1.92
1999644--1999983	48	7.0	49	85	4	436	25	26	17	31	1.97
1999644--1999933	149	2.0	148	92	0	490	24	25	17	31	1.97
2000730--2000757	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2000711--2000775	32	2.0	33	93	3	114	36	12	12	38	1.80
2000818--2000842	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2019410--2019491	33	2.5	32	86	4	101	46	2	39	12	1.54
2022287--2022331	8	5.5	8	86	2	63	13	0	2	84	0.72
2022287--2022317	9	3.6	9	91	8	55	9	0	0	90	0.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030018--2030056	18	2.1	19	95	4	71	82	5	7	5	0.96
2030805--2030879	12	6.9	11	77	17	61	40	0	46	13	1.43
2030825--2030856	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
2030804--2030912	42	2.6	43	85	7	145	41	1	44	12	1.53
2035336--2035385	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
2035415--2035516	20	5.8	20	66	29	88	29	14	13	42	1.84
2035437--2035528	13	8.0	13	63	26	55	29	15	15	40	1.87
2035417--2035528	33	3.4	33	96	0	197	29	15	14	41	1.86
2036119--2036176	21	2.8	21	81	5	73	36	15	15	32	1.89
2036213--2036276	19	3.7	19	72	23	68	34	10	20	34	1.88
2036214--2036282	32	2.2	32	94	0	120	34	10	20	34	1.86
2038693--2038809	51	2.4	51	86	12	156	30	22	11	35	1.90
2038823--2039136	79	3.9	79	83	4	391	27	27	13	31	1.94
2051510--2051563	9	5.6	9	80	10	54	83	11	5	0	0.80
2051508--2051563	25	2.2	26	84	6	71	83	10	5	0	0.78
2052583--2053198	55	10.9	54	86	6	705	27	28	20	23	1.99
2053995--2054114	19	6.7	19	71	28	102	33	11	19	35	1.88
2053996--2054127	32	4.4	32	83	14	190	33	12	18	35	1.88
2054015--2054039	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2054028--2054075	24	2.0	24	100	0	96	29	8	20	41	1.81
2053995--2054107	56	2.0	56	98	0	217	32	10	19	37	1.86
2054071--2054128	13	4.0	13	74	23	53	36	13	17	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056527--2056624	51	1.9	51	86	12	139	31	18	10	39	1.84
2056657--2056939	79	3.6	79	87	3	383	25	27	16	30	1.97
2059878--2060419	79	6.9	79	72	10	362	27	27	13	31	1.94
2060112--2060229	51	2.3	51	89	2	184	31	30	11	27	1.91
2060215--2060287	28	2.6	28	87	8	96	23	32	19	24	1.97
2065542--2065669	20	5.8	20	69	24	89	28	18	12	39	1.87
2065536--2065717	51	3.8	50	75	18	215	28	19	12	39	1.89
2065542--2065710	91	1.9	91	97	0	320	27	18	12	40	1.87
2065707--2065864	78	2.0	78	91	2	255	28	18	18	34	1.94
2069568--2069640	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
2069589--2069661	21	3.5	21	79	3	94	42	12	16	28	1.84
2069568--2069661	41	2.3	41	96	0	170	40	12	17	29	1.86
2069700--2069725	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2073786--2073824	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
2075894--2075932	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2078373--2078445	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
2078394--2078466	21	3.5	21	79	3	94	42	12	16	28	1.84
2078373--2078466	41	2.3	41	96	0	170	40	12	17	29	1.86
2078505--2078530	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2085027--2085118	20	4.6	20	89	6	134	27	16	14	42	1.86
2085027--2085139	40	2.8	39	81	9	138	29	15	14	41	1.86
2085027--2085138	20	5.6	20	84	8	120	29	14	14	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2087555--2087628	28	2.6	28	95	0	139	25	33	18	21	1.96
2087665--2087738	28	2.6	28	85	4	96	22	29	21	25	1.99
2087721--2087855	51	2.6	52	77	3	139	28	23	12	34	1.92
2087506--2087785	110	2.6	106	77	4	317	28	25	13	31	1.94
2103541--2103612	27	2.6	28	84	8	94	22	22	31	23	1.98
2103565--2103617	27	2.0	27	96	0	97	22	20	32	24	1.98
2103457--2103768	103	2.9	104	83	7	344	29	15	28	27	1.96
2106094--2106151	13	4.0	13	74	23	53	29	17	17	36	1.92
2106095--2106170	32	2.4	32	93	0	125	31	18	15	34	1.92
2106107--2106171	19	3.8	18	73	24	68	32	18	13	35	1.90
2109064--2109103	20	2.0	20	85	4	55	85	12	0	2	0.71
2110444--2110526	28	3.0	27	85	1	103	24	28	20	26	1.99
2110667--2110741	28	2.7	27	88	10	107	28	24	20	28	1.99
2110330--2110761	215	2.0	215	91	0	704	30	20	18	31	1.96
2110923--2111105	32	5.8	32	81	6	201	28	31	20	19	1.97
2110914--2111121	64	3.3	63	80	6	233	27	31	18	21	1.97
2112057--2112134	31	2.5	31	93	0	138	24	17	17	39	1.91
2115377--2115913	156	3.4	154	89	2	806	36	21	18	22	1.95
2115838--2115991	77	2.0	77	91	2	247	33	20	20	25	1.97
2115677--2116146	233	2.0	232	87	2	667	35	21	19	23	1.96
2115917--2116279	156	2.3	155	83	5	437	36	19	19	24	1.95
2115521--2116275	389	1.9	387	83	5	968	36	21	18	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117840--2117908	34	2.0	34	88	0	102	7	23	11	57	1.58
2117936--2117970	17	2.0	18	88	5	54	5	14	17	62	1.49
2117974--2118030	21	2.7	21	88	0	87	7	22	15	54	1.65
2118550--2118956	164	2.5	163	80	7	439	51	8	12	28	1.68
2126607--2126662	27	2.1	27	100	0	112	30	10	28	30	1.91
2129189--2129258	20	3.6	19	70	14	63	31	14	10	44	1.78
2129186--2129277	38	2.4	38	92	0	157	36	13	8	41	1.75
2129209--2129276	18	3.7	18	71	7	64	35	13	8	42	1.75
2135184--2135235	20	2.5	21	90	3	79	48	13	9	28	1.74
2138744--2138830	37	2.4	37	98	0	165	28	12	16	42	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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