genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1539703--1541097	754	1.8	755	82	5	1782	31	18	13	36	1.90
1543233--1543282	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
1549423--1550302	471	1.9	467	79	6	1010	31	19	13	36	1.90
1555764--1556323	307	1.8	306	80	9	665	28	19	14	38	1.90
1562913--1563040	63	2.0	63	93	0	220	35	13	25	25	1.92
1571690--1571765	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1571680--1571798	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
1571755--1571804	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
1576953--1576978	9	2.9	9	100	0	52	30	11	23	34	1.90
1577713--1577783	18	3.6	18	67	20	52	9	45	1	43	1.46
1577692--1577816	42	3.0	42	87	1	187	8	46	1	44	1.42
1577731--1577806	12	6.9	11	75	15	52	9	50	1	39	1.43
1577692--1577807	21	5.3	24	67	24	94	8	48	1	41	1.44
1585316--1585423	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
1585319--1585437	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
1585352--1585427	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1589765--1591697	159	12.5	157	68	14	656	30	19	14	35	1.92
1591505--1592078	306	1.9	307	81	2	697	31	21	12	33	1.91
1602456--1602519	22	2.8	22	81	9	76	21	18	12	46	1.82
1621465--1621562	45	2.2	45	98	0	187	33	13	21	31	1.92
1624939--1625037	10	9.6	10	79	9	92	81	11	2	5	0.92
1625031--1625077	24	1.9	25	82	4	60	51	12	23	12	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1630235--1630284	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
1632918--1633501	28	20.4	28	86	5	794	28	30	17	22	1.97
1632918--1633580	57	11.5	57	88	3	875	28	30	17	23	1.97
1632918--1633584	85	7.7	85	86	7	837	28	30	17	23	1.97
1635448--1635523	12	6.9	11	80	15	70	40	0	46	13	1.43
1635468--1635528	9	6.1	9	75	20	59	44	0	42	13	1.43
1635471--1635541	18	3.6	18	72	20	61	45	0	42	12	1.42
1635438--1635559	42	2.9	42	91	0	190	44	0	44	10	1.44
1635450--1635537	12	7.9	12	77	15	59	43	0	43	13	1.44
1635637--1635855	108	2.0	108	100	0	438	33	10	26	29	1.89
1640963--1641067	20	4.7	20	70	22	84	30	14	13	41	1.84
1643779--1643854	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1643778--1643863	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1643769--1643887	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1652996--1653114	42	2.8	42	88	0	175	9	44	3	42	1.53
1663307--1663402	29	3.3	29	69	11	88	27	21	23	27	1.99
1663263--1663437	58	3.0	58	93	0	278	26	22	21	29	1.99
1666396--1666658	138	1.9	138	81	6	318	32	18	13	36	1.89
1667999--1668148	81	1.9	80	83	6	196	41	16	8	34	1.78
1671798--1671869	28	2.6	29	80	6	76	13	16	6	62	1.52
1672779--1672895	58	2.0	58	93	0	198	27	23	20	29	1.99
1681105--1681588	157	3.1	158	71	9	545	30	19	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1681179--1681658	158	3.0	159	71	9	539	31	19	14	34	1.92
1681285--1681764	156	3.1	156	71	9	483	30	18	14	36	1.91
1681285--1681822	156	3.4	155	71	10	450	30	18	13	36	1.90
1681051--1681845	157	5.1	156	70	10	495	30	18	14	36	1.91
1681046--1681847	315	2.5	314	92	2	1292	30	19	13	36	1.90
1682904--1684342	716	2.0	719	85	4	1925	34	23	14	28	1.94
1688622--1688755	9	15.6	9	69	12	93	13	42	0	43	1.49
1688660--1688773	12	10.5	11	80	16	100	14	46	0	39	1.44
1688640--1688773	42	3.2	42	95	2	234	14	43	0	41	1.50
1695268--1695324	23	2.4	23	91	2	87	7	15	3	73	1.18
1697304--1697379	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1697303--1697388	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1697295--1697412	42	2.8	42	90	1	193	43	2	45	8	1.48
1705981--1706056	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1705980--1706065	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1705971--1706089	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1711988--1712098	42	2.6	42	82	0	123	14	39	0	45	1.45
1712024--1712100	24	3.5	23	71	20	74	14	41	0	44	1.45
1712019--1712109	42	2.2	42	88	4	130	13	39	0	47	1.43
1713102--1713212	42	2.6	42	82	0	123	14	39	0	45	1.45
1713138--1713214	24	3.5	23	71	20	74	14	41	0	44	1.45
1713133--1713223	42	2.2	42	88	4	130	13	39	0	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1714215--1714325	42	2.6	42	82	0	123	14	39	0	45	1.45
1714251--1714327	24	3.5	23	71	20	74	14	41	0	44	1.45
1714246--1714336	42	2.2	42	88	4	130	13	39	0	47	1.43
1715314--1715424	42	2.6	42	82	0	123	14	39	0	45	1.45
1715350--1715426	24	3.5	23	71	20	74	14	41	0	44	1.45
1715345--1715435	42	2.2	42	88	4	130	13	39	0	47	1.43
1716427--1716548	42	2.9	42	81	4	131	13	38	0	48	1.42
1719347--1719517	87	2.0	85	89	2	261	25	24	21	28	1.99
1719404--1719649	118	2.1	118	92	0	411	22	26	23	27	2.00
1719603--1719697	31	3.1	31	76	4	111	15	24	30	29	1.96
1719485--1719847	149	2.4	149	87	0	501	19	24	26	28	1.99
1719752--1719940	31	6.1	31	80	7	195	15	22	30	30	1.95
1719757--1719940	63	3.0	62	78	8	203	15	22	31	30	1.95
1719757--1719940	94	2.0	93	83	1	233	15	22	31	30	1.95
1719610--1720181	243	2.4	240	85	5	767	18	23	28	29	1.98
1720008--1720213	31	6.6	31	83	6	238	15	22	32	29	1.95
1720008--1720213	93	2.2	94	84	3	274	15	22	32	29	1.95
1719758--1720297	273	2.0	274	91	0	866	18	23	28	29	1.98
1720186--1720347	87	1.9	87	89	0	252	23	24	22	29	1.99
1720375--1720730	42	8.5	42	80	6	323	39	14	24	21	1.91
1720417--1720704	127	2.3	126	87	3	416	40	14	24	20	1.90
1720729--1720796	34	2.0	34	82	0	82	39	10	29	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1726810--1727021	106	2.0	106	93	0	361	30	20	12	36	1.90
1728938--1728982	24	1.9	24	86	4	65	37	6	8	46	1.61
1732097--1732122	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
1732633--1732805	87	2.0	87	91	2	285	26	25	20	27	1.99
1732891--1733054	31	5.2	31	77	6	161	15	21	32	30	1.95
1732685--1732953	118	2.3	118	88	1	414	24	25	23	27	2.00
1732896--1733054	62	2.5	62	86	2	219	15	21	33	30	1.94
1733057--1733185	31	4.2	31	79	0	114	17	20	29	31	1.96
1733254--1733427	31	5.6	31	81	5	181	14	22	32	30	1.94
1733254--1733426	63	2.8	62	79	11	183	14	23	31	30	1.94
1733258--1733427	94	1.8	93	85	3	243	13	22	32	31	1.93
1733057--1733516	243	1.9	242	89	1	706	19	22	27	30	1.98
1733402--1733563	87	1.9	87	89	0	252	24	23	22	29	1.99
1733588--1733920	42	7.9	42	81	6	280	42	13	23	20	1.88
1733593--1733920	84	3.9	83	82	6	365	42	13	23	20	1.87
1733588--1733920	127	2.6	127	82	4	413	42	13	23	20	1.88
1742691--1742759	20	3.5	20	82	4	68	39	14	15	30	1.88
1742786--1742811	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
1748099--1748125	14	1.9	14	100	0	54	22	14	7	55	1.64
1748157--1748829	315	2.1	312	79	5	705	31	17	13	37	1.88
1748317--1749000	156	4.4	155	75	9	517	31	18	13	36	1.90
1748542--1749000	151	3.0	151	76	12	411	29	18	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1747456--1749357	782	2.4	786	79	7	1773	30	17	14	37	1.90
1751800--1751918	42	2.8	42	89	0	184	43	2	45	8	1.47
1756892--1757001	58	1.9	58	94	0	193	27	20	20	30	1.98
1756907--1757001	29	3.3	29	71	11	95	24	21	23	31	1.98
1763487--1763572	24	3.8	24	70	17	76	40	2	46	10	1.51
1763478--1763596	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	8	1.47
1772145--1772257	42	2.7	42	87	0	154	12	43	0	44	1.42
1772179--1772253	12	6.8	11	78	15	68	13	46	0	40	1.43
1775831--1775918	28	3.2	28	75	10	83	61	6	17	14	1.54
1778410--1778756	160	2.2	160	80	6	375	29	15	15	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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