genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2457284--2457338	19	2.8	19	88	2	74	38	16	16	29	1.90
2457397--2457422	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2459639--2459683	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2461487--2461517	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2463526--2463605	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
2463591--2463616	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2466161--2466186	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2467330--2467364	15	2.5	15	90	9	56	17	2	0	80	0.84
2467688--2467727	22	2.0	21	85	14	57	50	0	7	42	1.30
2467636--2468083	153	2.9	152	79	7	496	49	8	9	31	1.66
2469295--2469804	43	11.9	43	75	6	325	36	16	26	20	1.93
2469307--2469866	129	4.4	128	75	7	433	37	16	26	19	1.93
2469884--2470334	41	11.4	40	66	14	166	43	14	24	17	1.86
2469851--2470369	79	6.6	79	80	3	492	44	14	23	16	1.85
2469883--2470353	158	3.0	159	80	4	549	43	14	24	17	1.86
2469851--2470356	236	2.1	237	84	2	651	44	14	23	17	1.86
2470324--2470402	38	2.1	38	85	4	106	51	15	17	15	1.76
2470288--2470503	117	1.8	117	81	2	263	47	13	21	18	1.82
2470358--2470661	158	1.9	158	81	1	367	45	14	21	18	1.85
2470474--2470607	41	3.3	40	73	8	121	42	15	22	19	1.89
2470538--2470649	41	2.9	38	70	11	109	43	12	24	19	1.85
2470362--2470690	79	4.2	78	75	3	264	44	14	21	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2470678--2470717	19	2.1	19	90	0	62	55	25	10	10	1.64
2471127--2471225	40	2.4	41	81	8	119	42	15	24	18	1.88
2471814--2471961	75	2.0	74	91	1	242	34	18	14	32	1.91
2472564--2472612	24	2.0	24	88	0	71	48	8	8	34	1.62
2472629--2472681	23	2.3	23	87	3	72	49	16	7	26	1.73
2476851--2477305	87	5.2	86	74	4	279	32	12	24	30	1.93
2478943--2479007	33	2.0	33	93	0	112	50	23	12	13	1.75
2485129--2485157	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2485478--2485523	17	2.7	18	78	15	53	47	4	17	30	1.67
2490872--2491239	152	2.4	156	79	6	383	36	21	17	24	1.95
2491446--2491755	165	1.9	165	88	4	473	55	6	10	27	1.58
2492818--2492902	42	2.0	43	84	6	111	43	10	22	23	1.84
2493151--2493273	42	2.9	42	74	6	122	30	21	28	18	1.97
2493571--2493655	42	2.0	43	84	6	111	43	8	22	25	1.81
2494135--2494230	43	2.2	43	83	3	113	35	13	27	23	1.93
2494213--2494354	43	3.3	41	78	6	142	33	19	26	21	1.96
2494290--2494402	42	2.7	42	83	6	122	32	14	28	24	1.94
2494487--2494580	43	2.2	43	81	5	111	39	17	24	19	1.92
2495101--2495291	78	2.4	78	80	6	192	24	15	29	29	1.96
2497612--2497637	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2500181--2500219	13	3.0	13	96	0	69	41	15	12	30	1.85
2506115--2506140	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511642--2511682	22	1.9	21	85	5	55	7	12	26	53	1.64
2513712--2513737	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2513776--2513851	20	3.8	20	79	8	73	28	15	14	40	1.87
2514436--2514479	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2516285--2516310	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2518389--2518419	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2520223--2520267	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2522545--2522620	20	3.8	20	79	8	73	28	15	14	40	1.87
2522923--2523582	156	4.2	157	79	7	447	38	20	16	24	1.93
2523142--2523582	156	2.8	156	83	5	478	40	18	15	24	1.90
2524128--2524366	128	1.9	127	86	2	345	40	12	12	34	1.81
2525988--2526030	19	2.3	18	80	7	50	39	4	6	48	1.51
2526309--2526344	19	1.9	19	88	5	56	50	0	13	36	1.43
2525872--2526553	164	4.2	163	80	7	690	50	7	11	29	1.67
2525872--2526553	320	2.1	327	82	5	819	50	7	11	29	1.67
2526047--2526597	164	3.4	163	84	6	703	53	7	11	27	1.63
2528592--2528664	21	3.5	21	86	3	103	35	17	9	36	1.83
2529089--2529231	52	2.7	51	83	4	178	30	15	10	44	1.80
2529194--2529241	20	2.4	20	89	0	78	29	16	12	41	1.85
2534984--2535169	50	3.7	50	83	3	221	42	13	14	29	1.84
2535234--2535279	21	2.2	21	88	3	67	36	17	4	41	1.69
2535802--2536451	52	12.4	52	76	6	386	33	14	24	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535836--2536451	104	5.9	104	76	6	485	33	14	24	27	1.94
2536461--2536636	32	5.5	32	75	5	142	26	16	30	26	1.97
2536506--2536626	33	3.8	33	76	6	122	24	19	27	28	1.98
2538598--2538788	34	5.8	34	87	4	234	28	24	13	34	1.92
2539232--2539273	20	2.2	19	91	4	66	42	14	7	35	1.73
2543179--2543305	20	5.8	20	74	18	119	29	16	12	41	1.85
2546885--2546961	20	3.8	20	84	6	111	32	16	12	37	1.87
2546835--2547009	91	1.9	90	89	1	269	29	17	12	41	1.85
2552625--2552784	31	4.9	32	73	9	119	28	21	13	35	1.92
2553377--2553401	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2553359--2553422	33	2.0	32	87	3	92	42	14	14	29	1.84
2553729--2553763	15	2.4	14	86	9	52	5	2	2	88	0.68
2553729--2553763	16	2.2	16	85	5	54	5	2	2	88	0.68
2565038--2565089	19	2.7	20	90	3	79	28	15	15	40	1.88
2565141--2565168	13	2.2	13	100	0	56	39	7	14	39	1.73
2566630--2566709	26	3.1	26	70	22	87	15	22	12	50	1.77
2566671--2566730	27	2.3	26	85	8	77	15	21	13	50	1.78
2567155--2567307	57	2.8	57	83	8	210	39	18	18	23	1.92
2567393--2567439	22	2.1	22	84	7	60	27	0	2	70	0.99
2567397--2567432	16	2.3	16	90	4	56	22	0	2	75	0.94
2567968--2568463	42	11.7	42	74	9	294	43	15	24	17	1.87
2568517--2568718	101	2.0	100	87	0	287	44	12	19	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568669--2569444	44	17.7	43	72	11	488	40	14	23	20	1.90
2568720--2569444	132	5.5	128	80	6	645	40	14	24	20	1.90
2568982--2569442	219	2.1	219	87	1	654	39	15	23	21	1.91
2569721--2569808	43	2.0	43	95	0	158	37	26	13	22	1.91
2571506--2571611	47	2.3	44	87	4	140	36	20	19	22	1.95
2571602--2571631	5	6.0	5	92	0	51	40	16	20	23	1.91
2573192--2573652	65	7.2	65	79	6	447	25	21	16	36	1.94
2573177--2573810	130	5.0	128	76	14	466	24	22	16	35	1.95
2573206--2573584	192	2.0	196	84	4	500	24	22	15	37	1.93
2573540--2573763	117	1.9	116	81	7	274	27	22	17	32	1.97
2580627--2580659	17	1.9	17	88	11	50	36	15	18	30	1.91
2580950--2580974	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2580931--2580993	32	1.9	33	90	3	101	30	15	14	39	1.87
2581045--2581109	33	2.0	33	90	0	103	33	18	18	29	1.95
2581076--2581127	20	2.6	20	84	0	68	40	13	15	30	1.86
2587246--2587307	13	4.8	13	93	0	106	35	16	11	37	1.84
2587243--2587307	26	2.5	26	100	0	130	33	15	12	38	1.85
2588616--2589241	206	3.0	206	90	0	975	26	28	17	27	1.98
2589501--2589835	171	2.0	171	89	4	525	42	4	18	34	1.71
2590487--2590909	39	9.8	39	75	15	261	25	27	19	27	1.99
2590563--2591106	39	11.7	47	73	13	310	24	27	18	30	1.98
2590663--2590870	87	2.4	87	90	0	344	25	27	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590879--2591013	52	2.7	49	82	5	164	24	25	17	31	1.97
2590873--2591046	52	3.4	50	76	7	163	24	27	17	30	1.97
2591641--2591759	48	2.8	40	80	16	141	27	26	19	26	1.99
2592044--2592104	13	5.2	13	74	22	71	27	16	16	39	1.90
2592056--2592122	20	3.7	20	74	25	85	26	16	14	41	1.87
2592044--2592122	33	2.4	33	95	0	149	27	16	15	40	1.88
2595301--2595339	20	1.9	21	89	5	62	43	20	17	17	1.88
2595331--2595392	32	1.9	33	90	3	99	30	17	12	38	1.88
2595378--2595415	20	1.9	20	94	0	67	39	7	18	34	1.80
2597945--2598009	31	2.3	27	78	19	78	53	16	13	15	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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