genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140754--2140866	58	2.0	56	84	3	145	41	14	14	30	1.85
2140766--2140937	58	3.0	57	80	5	159	44	14	14	26	1.83
2142403--2142458	19	2.9	19	86	2	67	35	14	16	33	1.88
2142424--2142486	32	1.9	33	87	9	94	41	12	15	30	1.85
2143084--2143147	32	2.0	33	87	3	94	43	17	10	28	1.82
2147195--2147226	15	2.1	15	94	0	55	46	15	21	15	1.83
2149301--2149338	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2149450--2149495	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2151867--2151921	19	2.8	18	84	13	65	41	20	10	27	1.85
2151873--2151921	19	2.5	20	86	6	73	40	16	12	30	1.85
2161081--2161134	20	2.7	20	91	5	83	35	18	12	33	1.89
2161183--2161209	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2161962--2162069	52	2.1	52	91	0	171	33	18	15	32	1.93
2162034--2162071	20	1.9	20	100	0	76	36	21	10	31	1.87
2162129--2162179	20	2.6	20	84	3	68	41	13	15	29	1.86
2165104--2165151	15	3.2	15	87	0	69	35	0	0	64	0.94
2165111--2165156	15	3.1	15	84	3	58	39	0	0	60	0.97
2165704--2165736	14	2.4	14	95	5	59	54	0	0	45	0.99
2167361--2167394	10	3.4	10	84	15	52	88	2	8	0	0.62
2173132--2173344	105	2.0	106	88	0	320	37	24	16	21	1.93
2173514--2173646	66	2.0	66	91	2	214	38	21	9	30	1.85
2177746--2177888	65	2.2	65	98	0	277	35	13	16	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180680--2180781	42	2.4	42	81	0	114	12	45	0	42	1.42
2180711--2180798	42	2.1	42	89	0	131	11	42	0	46	1.40
2183575--2183600	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2183660--2183732	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
2183639--2183715	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
2183639--2183732	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
2184284--2184379	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
2186220--2186258	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2188337--2188367	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2192429--2192454	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2192514--2192586	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
2192493--2192569	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
2192493--2192586	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
2195570--2195622	27	1.9	28	84	3	72	58	9	18	13	1.61
2199736--2199802	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2199756--2199780	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2199845--2199869	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2199858--2199998	52	2.7	50	86	6	201	33	18	17	30	1.94
2199878--2199998	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
2206878--2206977	1	100.0	1	67	0	56	84	15	1	0	0.69
2206883--2206975	17	5.4	16	79	15	89	83	16	0	0	0.64
2206878--2206977	22	4.5	22	79	13	100	84	15	1	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206883--2206977	16	6.5	15	73	13	83	84	15	0	0	0.63
2207224--2207270	14	3.3	14	79	8	51	82	6	10	0	0.82
2208292--2208555	33	7.6	34	79	13	256	21	33	12	32	1.91
2208290--2208754	70	6.4	70	77	14	437	20	33	12	33	1.90
2208566--2208772	104	2.0	108	87	7	309	19	34	12	33	1.89
2208424--2208713	158	1.8	157	93	0	499	20	33	13	32	1.91
2208588--2208805	104	2.1	102	83	8	262	22	35	12	29	1.91
2208823--2209292	49	9.7	49	84	6	595	24	25	17	32	1.97
2208823--2209358	98	5.5	98	90	5	745	24	25	17	33	1.96
2209022--2209292	92	2.9	93	95	1	447	25	24	18	32	1.97
2209206--2209589	67	6.7	55	73	14	282	25	23	14	36	1.92
2209206--2209591	171	2.2	172	96	1	711	24	23	14	36	1.93
2210395--2210461	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2210415--2210439	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2210504--2210528	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2210517--2210657	52	2.7	50	86	6	201	33	18	17	30	1.94
2210537--2210657	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
2217542--2217634	17	5.4	17	83	11	118	83	16	0	0	0.64
2217573--2217635	1	63.0	1	74	0	54	87	12	0	0	0.55
2217537--2217634	35	2.9	32	82	8	115	83	15	1	0	0.70
2217543--2217635	24	3.8	24	82	13	102	83	16	0	0	0.64
2217537--2217633	13	7.3	13	75	16	74	83	15	1	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217542--2217635	16	6.5	15	75	14	81	84	15	0	0	0.63
2217537--2217635	37	2.8	34	79	13	110	83	15	1	0	0.69
2217882--2217928	14	3.3	14	79	8	51	82	6	10	0	0.82
2218951--2219214	33	7.6	34	79	13	256	21	33	12	32	1.91
2218949--2219413	70	6.4	70	77	14	428	20	33	12	33	1.90
2219225--2219418	34	5.5	35	84	9	234	18	32	12	36	1.88
2219083--2219372	158	1.8	157	92	0	490	20	33	13	33	1.91
2219243--2219431	104	1.8	102	88	4	265	21	33	11	33	1.89
2219247--2219464	104	2.1	102	82	8	253	22	34	12	29	1.91
2219482--2219951	49	9.7	49	84	6	595	24	25	17	32	1.97
2219482--2220017	98	5.5	98	90	5	745	24	25	17	33	1.96
2219681--2219951	92	2.9	93	95	1	447	25	24	18	32	1.97
2219865--2220248	67	6.7	55	73	14	282	25	23	14	36	1.92
2219865--2220250	171	2.2	172	96	1	711	24	23	14	36	1.93
2221054--2221120	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2221074--2221098	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2221163--2221187	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2221176--2221316	52	2.7	50	86	6	201	33	18	17	30	1.94
2221196--2221316	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
2226086--2226125	19	2.0	20	90	4	64	80	5	10	5	1.02
2226912--2226976	19	3.5	19	95	2	114	36	0	52	10	1.37
2232995--2233039	21	2.2	20	96	4	81	28	6	40	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233318--2233505	94	2.0	94	94	0	331	31	6	13	47	1.70
2233524--2233557	15	2.3	15	89	0	50	58	8	8	23	1.56
2237065--2237115	25	2.0	25	96	0	93	45	11	13	29	1.79
2237528--2237657	38	3.4	38	98	0	251	37	19	18	24	1.94
2244540--2244570	16	1.9	16	93	0	53	48	16	0	35	1.46
2244605--2244664	22	2.8	22	87	5	79	70	15	1	13	1.26
2245572--2245669	44	2.2	44	96	0	178	31	9	22	36	1.86
2262737--2263411	28	23.6	28	83	3	738	29	29	18	22	1.97
2262736--2263411	141	4.7	141	85	2	823	29	30	18	22	1.97
2264321--2264394	20	3.7	20	81	0	103	31	14	10	43	1.80
2267735--2267775	3	13.7	3	94	0	73	70	0	29	0	0.87
2267768--2267809	21	2.0	21	95	0	75	76	4	11	7	1.15
2267795--2267833	13	3.2	12	89	10	62	79	5	0	15	0.90
2267795--2267834	12	3.2	13	93	6	66	80	5	0	15	0.88
2273099--2273190	43	2.1	44	89	2	141	29	11	21	36	1.89
2273842--2273879	17	2.3	16	86	13	51	76	13	10	0	1.02
2274131--2274166	14	2.4	16	90	9	58	83	5	11	0	0.80
2275063--2275332	31	8.6	31	79	9	257	23	28	13	35	1.92
2275063--2275332	63	4.3	64	83	7	281	23	28	13	35	1.92
2275092--2275577	97	5.1	92	72	15	305	22	30	13	33	1.93
2275063--2275332	32	8.6	32	78	8	254	23	28	13	35	1.92
2275313--2275406	37	2.5	37	98	0	179	23	35	17	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275377--2275440	27	2.3	27	91	2	101	21	40	12	25	1.88
2275542--2275697	65	2.4	64	83	8	185	28	35	17	18	1.93
2275542--2275688	33	4.6	32	86	4	188	29	35	18	16	1.93
2275750--2276274	52	9.9	52	73	9	260	24	26	15	34	1.95
2275761--2276056	106	2.8	105	79	9	282	25	25	16	32	1.96
2275767--2276061	158	1.9	157	82	4	380	24	25	16	33	1.96
2277051--2277126	20	3.7	20	78	13	73	34	13	13	39	1.83
2278975--2279018	22	2.0	22	81	4	52	31	13	6	47	1.69
2284515--2284548	7	5.0	7	85	7	52	82	0	0	17	0.67
2284515--2284548	13	2.5	13	90	4	50	82	0	0	17	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30