genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706677--706778	33	3.1	33	94	2	170	32	13	18	35	1.90
708634--708748	52	2.2	51	84	4	160	38	15	15	30	1.89
708785--708836	20	2.6	21	87	9	81	26	19	11	42	1.85
713450--713491	20	2.1	20	86	0	57	38	14	7	40	1.73
714158--714191	17	2.0	17	88	11	52	67	2	17	11	1.34
719555--719596	22	1.9	22	90	9	68	42	2	0	54	1.13
719520--719606	29	3.0	29	74	11	79	43	3	0	52	1.18
720010--720053	19	2.3	19	80	7	54	50	2	0	47	1.13
721934--722411	166	2.9	164	82	5	532	28	12	7	52	1.64
726099--726231	50	2.7	50	82	10	173	30	14	10	45	1.78
727137--727259	50	2.5	50	87	2	176	30	13	9	47	1.74
732681--732714	15	2.4	14	90	5	50	91	5	2	0	0.51
733045--733079	15	2.4	14	86	9	52	77	2	17	2	1.02
733772--733976	88	2.3	87	77	0	212	20	19	14	45	1.85
734340--734666	90	3.6	90	84	3	385	27	28	14	29	1.96
734834--734905	35	2.1	35	89	0	108	23	29	9	37	1.87
734846--734963	36	3.3	36	78	3	96	21	25	11	41	1.87
735294--735537	45	5.5	45	77	11	211	12	31	20	34	1.91
735294--735484	90	2.1	90	83	7	237	12	30	20	36	1.89
735462--735558	42	2.3	42	79	13	110	12	32	18	36	1.88
735490--735630	42	3.3	41	75	9	122	18	30	16	34	1.93
735812--735890	42	1.9	41	81	2	95	17	30	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737158--737561	165	2.5	164	81	6	471	28	13	7	50	1.68
737245--737583	163	2.1	166	81	8	390	27	15	8	49	1.73
741295--741380	17	4.7	18	71	22	63	69	3	0	26	1.04
741383--741448	28	2.3	29	81	7	80	43	13	4	37	1.65
744391--744457	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
744915--744940	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
745000--745113	20	5.6	20	79	4	138	30	19	13	36	1.90
744979--745113	41	3.3	41	97	0	252	30	18	12	38	1.88
744979--745095	21	5.7	21	77	4	130	29	17	11	40	1.86
745751--745797	23	2.0	23	100	0	94	51	12	4	31	1.59
747016--747040	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
748995--749046	21	2.5	21	96	0	95	25	25	7	42	1.81
750147--750213	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
750671--750696	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
750756--750869	20	5.6	20	79	4	138	30	19	13	36	1.90
750735--750869	41	3.3	41	97	0	252	30	18	12	38	1.88
750735--750851	21	5.7	21	77	4	130	29	17	11	40	1.86
752243--752305	29	2.2	29	77	11	67	46	12	14	26	1.80
754530--754554	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
754512--754574	33	1.9	33	90	0	99	33	17	14	34	1.90
754604--754657	19	2.8	20	85	2	74	37	16	14	31	1.89
755238--755321	31	2.7	32	82	12	95	36	23	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756991--757040	21	2.4	21	83	9	59	50	0	18	32	1.47
756998--757040	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
761711--761757	3	15.7	3	95	0	85	29	34	0	36	1.58
763398--763453	20	2.8	20	89	2	78	35	17	16	30	1.92
770078--770411	156	2.1	158	87	4	467	39	14	11	34	1.81
771337--771378	13	3.2	13	86	6	50	0	30	0	69	0.89
771655--771688	17	2.1	16	94	5	59	76	0	0	23	0.79
771885--772610	168	4.4	167	78	10	666	50	9	10	29	1.67
771885--772601	167	4.3	164	77	10	670	50	9	10	29	1.67
773818--774007	87	2.2	87	87	1	265	41	15	22	20	1.90
773854--774691	44	19.0	44	75	8	582	40	14	23	21	1.90
773900--774675	133	5.9	132	77	7	619	39	14	23	22	1.91
773827--774691	309	2.8	307	80	5	967	40	14	23	21	1.90
775938--775992	7	7.9	7	93	6	94	0	0	12	87	0.55
775938--775993	20	2.7	21	91	8	96	0	0	12	87	0.54
775937--775993	1	57.0	1	75	0	51	0	0	12	87	0.54
780630--780703	19	3.7	21	78	10	59	36	12	17	33	1.87
795827--795931	20	4.7	20	70	22	84	42	13	14	29	1.83
796609--796716	49	2.3	45	80	6	126	34	18	24	23	1.96
796787--797528	28	25.9	28	83	4	797	23	18	30	27	1.98
796784--797528	87	8.7	86	84	6	829	23	18	30	27	1.98
796783--797528	59	13.0	57	82	5	787	23	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798752--798785	16	2.1	16	89	10	52	0	5	17	76	0.98
798766--798822	5	10.0	6	75	21	52	0	3	14	82	0.80
798735--798822	23	4.0	21	75	17	63	1	4	15	78	0.97
798734--798791	15	3.9	15	75	8	55	1	8	15	74	1.14
798767--798822	27	2.0	27	86	13	78	0	3	14	82	0.81
798790--798822	11	3.0	11	95	0	57	0	0	15	84	0.61
798764--798822	16	3.5	16	80	15	66	0	3	13	83	0.78
803165--803246	28	2.9	28	82	7	96	28	17	30	24	1.97
803229--803399	51	3.3	50	75	7	171	33	11	25	29	1.91
803382--803457	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
805906--805931	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
805885--805951	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
805971--806038	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
805993--806017	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
805974--806036	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
806094--806150	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
816606--816681	20	3.8	20	78	0	89	38	14	17	30	1.89
817370--817400	11	2.8	11	95	0	53	19	19	16	45	1.86
820234--820305	20	3.7	19	86	3	90	31	16	12	38	1.86
820356--820380	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
820336--820400	33	2.0	32	88	11	96	35	13	16	33	1.89
821983--822012	3	10.0	3	92	0	51	36	0	33	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830070--830096	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
830213--830252	21	1.9	21	89	0	62	27	17	0	55	1.43
830223--830262	20	2.0	20	85	14	55	32	20	0	47	1.50
831580--831663	30	2.7	30	80	10	91	39	7	21	32	1.80
832061--832290	79	2.9	79	88	2	327	30	24	10	34	1.90
832219--832338	48	2.4	49	83	9	138	30	25	10	32	1.90
832345--832457	51	2.2	51	84	9	151	32	23	8	35	1.86
833689--833765	40	1.9	41	84	7	104	22	27	11	38	1.88
833834--833992	41	3.9	41	75	4	124	19	23	13	42	1.87
833872--834138	81	3.3	80	82	2	284	19	27	15	38	1.91
833910--834036	40	3.2	40	72	14	118	19	22	14	43	1.87
835277--835323	6	7.7	6	79	11	51	85	12	2	0	0.70
835277--835331	13	4.3	12	80	15	58	85	10	1	1	0.75
835270--835331	32	2.0	30	87	6	88	82	11	3	3	0.91
835277--835331	19	2.9	18	82	12	67	85	10	1	1	0.75
836625--837050	33	13.2	32	80	11	458	19	31	12	37	1.89
836604--837011	94	4.3	93	82	9	427	19	31	13	35	1.90
836624--837050	128	3.3	127	81	9	408	18	31	12	37	1.89
836604--837039	161	2.7	156	82	11	519	19	31	13	35	1.91
836857--837044	92	2.0	92	94	0	331	19	28	14	37	1.91
837094--837557	49	9.9	49	80	10	425	25	25	17	31	1.97
837146--837223	39	2.0	39	89	0	120	30	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837094--837457	136	2.7	137	86	2	491	25	25	18	30	1.98
837097--837271	88	2.0	88	87	1	253	26	24	18	30	1.98
837244--837405	88	1.9	88	88	1	245	25	25	19	29	1.98
837338--837653	49	6.4	49	82	10	329	24	24	17	33	1.97
837363--837653	101	2.9	101	85	6	353	23	24	18	32	1.97
838508--838535	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
838490--838553	33	1.9	33	87	12	96	31	14	12	42	1.82
844990--845025	16	2.2	16	90	0	54	47	33	2	16	1.61
848105--848169	33	2.0	33	81	6	78	32	16	12	38	1.86
851361--851433	20	3.7	19	80	5	83	31	16	12	39	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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