genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853173--853198	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
853153--853216	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
855751--855788	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
859681--859725	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
861927--861978	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
861927--861984	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
862374--862448	28	2.7	28	93	0	123	24	33	20	22	1.97
862406--863012	79	7.7	78	81	5	623	29	25	12	32	1.92
862407--863046	236	2.7	231	79	8	650	29	25	11	33	1.91
869962--870196	97	2.4	97	92	0	380	28	13	28	29	1.94
871765--871814	16	3.2	16	75	13	50	4	22	0	74	0.99
876740--876918	51	3.5	50	81	6	184	27	24	13	34	1.93
876854--877261	78	5.2	79	83	3	477	25	25	16	32	1.96
876894--877259	157	2.4	154	85	4	486	25	25	16	33	1.96
890473--890649	52	3.4	52	95	0	309	28	16	18	36	1.93
890637--890703	20	3.7	20	74	25	85	43	14	14	26	1.85
890473--890669	104	1.9	104	88	2	297	29	16	17	35	1.93
890655--890715	13	5.2	13	77	22	80	40	16	14	27	1.88
890637--890715	33	2.4	33	100	0	158	41	15	15	27	1.87
891857--892313	60	7.9	55	85	7	459	26	24	20	27	1.99
891853--892516	172	4.0	169	76	13	660	26	25	20	28	1.99
892235--892407	94	1.8	94	94	0	310	26	27	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892332--892519	55	3.4	55	85	2	268	27	24	22	25	2.00
892122--892748	206	3.0	207	86	6	787	25	26	19	28	1.99
892387--892668	151	1.8	154	87	6	419	25	27	20	25	1.99
892565--893172	61	10.0	61	83	4	654	26	28	18	25	1.98
893147--893237	37	2.4	38	72	3	103	19	30	15	34	1.93
893288--893500	42	5.0	42	78	18	176	20	25	12	40	1.88
893288--893516	87	2.7	84	78	13	213	19	26	11	42	1.86
894205--894257	19	2.7	18	78	18	61	37	15	15	32	1.88
894287--894383	40	2.4	40	83	8	126	27	17	14	40	1.89
894289--894362	20	3.7	20	94	3	123	25	17	14	41	1.88
896668--896846	51	3.5	51	84	3	220	27	27	11	33	1.91
896782--897191	79	5.2	79	85	2	540	26	27	15	31	1.96
898585--898625	17	2.4	17	87	4	55	29	2	39	29	1.70
900247--900456	28	7.5	28	82	4	237	25	32	13	28	1.94
900282--900463	82	2.2	82	84	1	247	25	35	13	25	1.92
900455--902342	60	30.8	62	82	6	1645	31	28	18	21	1.97
900455--902558	216	9.9	215	85	4	2239	30	28	18	22	1.97
900462--902357	368	5.2	365	89	3	2299	31	28	18	21	1.97
902589--902753	47	3.5	48	86	4	203	19	27	19	33	1.96
903457--903531	20	3.8	20	81	0	87	32	14	12	41	1.83
905703--905949	97	2.5	97	88	3	356	27	28	13	29	1.94
906844--907016	61	2.9	60	91	5	269	24	27	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906988--907042	26	2.1	26	93	0	92	21	25	23	29	1.99
906929--907101	85	2.0	85	92	2	285	24	26	20	27	1.99
907013--907229	59	3.7	59	86	3	310	25	26	21	26	2.00
906847--907220	204	1.8	205	91	4	621	24	27	19	27	1.99
907012--907230	119	1.8	120	90	1	350	25	26	21	26	1.99
907246--907420	75	2.4	74	81	2	199	20	22	17	39	1.92
908058--908130	20	3.7	19	80	5	83	28	15	15	41	1.87
910369--910438	28	2.5	27	88	4	95	25	30	18	25	1.98
910398--910993	79	7.6	79	78	5	546	29	24	12	33	1.92
910396--911010	158	3.9	158	82	4	659	29	24	12	33	1.92
910714--910771	28	2.0	30	86	10	84	31	25	10	32	1.89
910398--910959	237	2.4	236	82	6	670	29	24	12	33	1.92
912306--913166	432	2.0	431	97	0	1614	32	16	17	32	1.93
918290--918349	13	5.1	13	73	22	69	41	15	15	28	1.86
918302--918368	20	3.7	20	74	25	85	43	14	14	26	1.85
918290--918368	33	2.4	33	100	0	158	41	15	15	27	1.87
918832--918857	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
918814--918878	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
921078--921127	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
922925--922955	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
925037--925074	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
930830--930878	19	2.5	19	86	3	62	34	16	14	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
937248--937297	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
938382--938426	21	2.0	23	87	8	67	33	4	20	42	1.72
939000--939024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
938980--939043	32	2.0	32	87	6	94	31	17	15	35	1.91
939009--939065	19	3.0	20	82	7	73	35	15	15	33	1.90
939015--939065	20	2.6	19	87	3	66	33	15	15	35	1.90
939094--939147	20	2.7	20	91	0	81	29	14	20	35	1.93
940825--940894	20	3.5	19	83	13	70	30	10	15	44	1.79
940844--940894	20	2.5	20	90	3	75	27	11	13	47	1.78
944217--944266	24	2.1	24	100	0	100	32	12	18	38	1.87
946488--946526	14	2.8	13	85	11	51	0	17	0	82	0.68
946478--946524	24	2.0	24	82	0	58	4	19	0	76	0.95
946486--946516	10	3.1	10	95	0	53	0	16	0	83	0.64
947132--947508	166	2.3	166	86	2	517	54	7	10	28	1.61
948763--948854	43	2.1	43	93	0	166	45	11	27	15	1.81
948813--949133	84	3.8	85	83	4	373	45	14	24	14	1.83
948874--949101	42	5.4	42	68	17	132	44	15	24	15	1.85
949179--949276	44	2.2	44	83	3	126	38	16	22	22	1.92
949254--949370	44	2.7	44	80	0	126	41	18	23	17	1.90
949298--949539	44	5.6	44	73	9	174	40	14	23	21	1.90
949298--949648	130	2.7	129	83	4	416	40	14	23	21	1.90
949203--949530	174	1.9	174	86	1	469	39	15	24	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949304--949643	132	2.6	131	85	2	414	41	14	22	21	1.89
949635--949696	20	3.0	20	71	13	63	35	16	16	32	1.91
949727--949931	47	4.4	45	72	11	135	42	17	16	22	1.88
949695--949930	94	2.5	96	78	8	259	43	17	17	22	1.88
949728--949904	47	3.7	47	75	12	141	42	15	17	23	1.88
949698--949931	48	5.0	46	73	6	173	42	17	17	22	1.89
950601--950626	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
956780--956960	52	3.5	52	96	0	326	28	18	18	35	1.94
957030--957130	32	3.1	32	88	1	148	35	17	10	35	1.85
957054--957110	13	3.9	13	72	24	51	31	19	14	35	1.91
960091--960116	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
960815--960858	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
962665--962690	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
962676--962754	20	3.7	20	76	15	77	44	15	13	26	1.84
964761--964791	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
965495--965539	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
967755--967780	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
968246--968302	19	3.0	20	79	7	73	33	17	15	33	1.92
970297--970321	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
970393--970420	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
978241--978290	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
979717--979783	33	2.0	33	85	0	89	32	11	13	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
979824--979848	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
979857--979985	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
983576--983799	71	3.1	71	66	5	191	34	18	15	31	1.92
983553--983817	143	1.9	143	91	1	433	33	17	14	33	1.91
983887--983940	20	2.7	20	83	11	67	33	12	16	37	1.87
986781--987183	185	2.2	187	84	8	520	37	10	11	40	1.76
988695--989241	169	3.4	158	81	7	505	50	7	10	31	1.65
988839--989276	169	2.6	169	83	3	546	50	7	10	31	1.65
991424--991452	12	2.3	13	94	5	51	82	0	17	0	0.66
994979--995097	52	2.3	51	91	4	186	31	16	17	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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