genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196340--196364	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
196373--196493	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
202017--202045	14	2.1	14	100	0	58	37	6	20	34	1.80
207154--207184	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
207132--207200	33	2.1	33	86	5	95	36	20	13	30	1.90
207229--207284	19	2.9	19	89	2	76	33	17	16	32	1.92
207865--207905	22	1.9	22	85	5	57	26	34	2	36	1.70
208500--208551	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
210751--210800	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
212597--212627	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
214832--214877	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
217235--217286	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
219701--219740	13	3.1	13	96	0	71	40	20	15	25	1.90
221341--221468	65	2.0	65	100	0	256	42	14	13	30	1.83
224325--225695	453	3.0	453	99	0	2708	40	15	15	28	1.87
226432--226506	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
226429--226506	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
231622--232768	156	7.3	156	76	9	882	40	17	14	27	1.89
231745--232050	170	1.8	170	86	1	443	40	16	16	27	1.89
231917--232766	312	2.7	310	82	4	987	40	18	13	26	1.88
231978--232918	156	6.1	154	77	8	748	41	18	13	26	1.88
232626--232887	140	1.9	140	84	6	361	43	19	13	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234413--234493	41	2.0	41	95	0	144	54	6	12	27	1.61
234422--234486	21	3.1	21	70	27	66	53	6	13	26	1.63
237476--237547	32	2.2	32	90	0	108	37	4	11	47	1.59
243725--243772	20	2.4	20	75	0	51	37	14	8	39	1.76
245582--245647	31	2.1	31	94	0	114	25	7	18	48	1.74
247353--247409	25	2.3	23	88	8	78	57	1	0	40	1.09
250868--250938	17	4.2	17	78	7	81	70	1	1	26	1.04
250871--250928	25	2.3	25	77	20	66	72	0	1	25	0.94
250868--250928	16	3.6	17	84	6	79	72	0	1	26	0.94
250868--250915	24	2.0	23	88	11	71	75	0	0	25	0.81
251649--251695	11	4.2	11	81	8	51	61	2	0	36	1.08
251625--251685	18	3.4	17	78	15	61	54	1	1	42	1.20
255156--255193	17	2.2	17	90	0	58	0	34	0	65	0.93
256975--257440	166	2.8	163	80	6	517	43	13	24	17	1.85
257214--257438	84	2.7	85	72	4	208	45	12	24	17	1.83
257409--257681	84	3.2	84	85	4	329	33	15	31	18	1.93
257495--257635	41	3.4	41	66	11	106	34	16	31	17	1.92
257452--257683	43	5.5	42	66	13	136	33	16	30	18	1.94
257439--257696	84	3.1	84	85	3	349	33	15	30	20	1.93
257929--258720	43	18.6	42	70	7	236	33	19	28	18	1.95
257827--258337	85	6.0	85	79	3	420	33	19	27	18	1.96
257886--258294	172	2.4	169	84	2	498	32	20	27	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258388--258656	85	3.2	85	82	7	312	33	19	28	18	1.95
257998--258504	128	4.0	128	69	9	370	33	18	28	18	1.95
258757--258863	48	2.2	48	88	0	160	40	18	21	19	1.92
259122--259285	89	1.8	89	89	0	256	29	17	25	26	1.98
265810--265835	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
266056--266094	13	3.0	13	84	0	60	28	20	17	33	1.96
266527--266579	20	2.5	21	84	12	72	22	49	24	3	1.66
267964--268007	21	2.0	21	86	4	61	36	2	29	31	1.70
268518--268573	20	2.8	20	83	0	67	37	14	16	32	1.88
268647--268671	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
268627--268694	33	2.1	32	86	2	91	35	19	14	30	1.92
274141--275520	156	8.9	154	78	5	1157	37	21	18	22	1.94
274140--275510	622	2.2	621	79	4	1456	37	21	18	22	1.94
276201--276434	129	1.8	129	85	3	337	42	14	11	32	1.80
277142--277216	20	3.8	20	89	0	114	33	12	12	42	1.79
277226--277260	16	2.2	16	89	0	52	34	22	14	28	1.93
282137--282171	19	1.9	18	88	11	54	54	8	20	17	1.68
281982--282685	167	4.3	167	80	7	694	51	8	11	28	1.67
281989--282673	333	2.1	327	81	6	799	51	8	11	28	1.68
292373--292651	97	2.9	96	84	2	351	29	22	12	36	1.90
292373--292683	97	3.2	97	82	1	336	28	23	12	35	1.92
294964--295011	20	2.3	20	75	13	53	35	0	29	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299116--299166	19	2.8	18	85	5	59	47	9	1	41	1.48
300682--300730	22	2.2	23	88	3	73	53	2	0	44	1.12
300731--300768	20	1.9	20	84	10	51	55	0	2	42	1.14
300793--300822	15	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
300835--300865	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
301002--301071	30	2.5	30	84	9	85	38	0	0	61	0.96
301104--301205	39	2.9	35	73	21	95	48	0	0	51	1.00
301121--301338	113	1.9	113	80	10	248	53	0	1	44	1.09
301220--301273	28	1.9	28	88	7	83	46	0	3	50	1.19
301194--301298	14	7.8	14	69	18	62	52	0	2	44	1.15
301274--301328	26	2.2	25	87	9	76	61	0	0	38	0.96
314075--314117	22	2.0	22	86	9	61	39	16	4	39	1.69
315105--315201	16	6.0	16	76	10	99	55	9	1	34	1.39
315113--315172	17	3.6	17	77	6	61	55	10	1	33	1.43
315113--315207	49	1.9	50	85	6	131	56	10	1	31	1.40
315113--315189	15	4.9	15	78	10	73	55	9	1	33	1.39
315600--315660	6	10.7	6	78	7	56	36	1	0	62	1.05
315601--315668	23	3.1	22	74	14	68	36	1	0	61	1.05
319247--319294	11	4.1	11	75	15	51	79	0	20	0	0.74
319247--319298	9	5.9	9	79	18	56	80	0	19	0	0.71
319247--319292	12	3.8	12	83	8	58	80	0	19	0	0.71
319251--319297	13	3.6	13	82	8	60	82	0	17	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323158--323196	13	3.0	13	82	10	53	35	0	0	64	0.94
323493--323532	2	20.0	2	94	0	71	0	47	0	52	1.00
327493--327730	118	2.0	118	99	0	467	28	20	21	29	1.98
329627--329653	6	4.5	6	100	0	54	0	0	70	29	0.88
333424--333572	52	2.9	51	87	4	226	30	17	19	32	1.95
333626--333692	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
333648--333672	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
337226--337339	10	11.4	10	69	14	65	33	25	10	30	1.90
337207--337341	40	3.4	39	85	6	166	32	26	9	31	1.88
341377--341511	20	6.8	20	72	0	99	31	25	10	32	1.89
341397--341463	10	6.7	10	71	6	55	31	22	11	34	1.90
341377--341488	40	2.8	39	89	2	161	30	25	10	33	1.90
341377--341503	40	3.2	40	84	10	156	31	24	11	33	1.90
341436--341509	10	7.4	10	72	17	64	33	22	10	32	1.89
342900--343468	165	3.5	165	81	5	606	30	9	9	50	1.66
343932--343978	20	2.3	20	88	3	67	78	0	19	2	0.85
343940--343977	12	3.1	12	92	3	58	78	0	21	0	0.74
345733--346233	156	3.2	154	76	7	476	23	15	20	39	1.91
347673--347697	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
347728--347783	19	2.9	19	84	10	69	32	14	17	35	1.90
348408--348432	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
350314--350340	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
356600--356656	20	2.8	20	83	0	78	33	14	14	38	1.85
361708--361762	20	2.8	20	88	5	76	29	12	10	47	1.76
361746--361775	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
361791--361864	20	3.7	19	87	7	103	28	16	13	41	1.86
375828--375879	1	52.0	1	76	0	50	88	9	1	0	0.59
375827--375863	8	4.8	8	96	3	67	89	10	0	0	0.49
375828--375879	15	3.5	14	80	19	61	88	9	1	0	0.59
376899--377061	55	3.0	55	87	0	218	26	28	20	24	1.99
376931--377223	149	2.0	149	88	1	435	24	29	20	25	1.99
377103--377346	61	4.1	60	86	6	320	24	28	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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