genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2707005--2707086	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
2706688--2707115	211	2.0	211	82	4	524	29	27	12	31	1.93
2713209--2713348	72	1.9	73	94	1	246	36	11	22	29	1.89
2713312--2713371	22	2.7	22	92	0	102	40	10	23	26	1.86
2718403--2718742	184	1.9	182	86	2	484	34	18	22	24	1.96
2719647--2720180	79	6.8	79	79	7	469	36	10	23	30	1.88
2719690--2720180	157	3.1	158	82	6	550	36	9	23	30	1.87
2720280--2720322	18	2.4	18	96	0	77	18	4	44	32	1.71
2723374--2723403	13	2.3	13	94	0	51	36	10	20	33	1.86
2724221--2724269	26	2.0	24	88	8	71	26	26	0	46	1.53
2725996--2726058	33	1.9	33	93	0	108	46	19	11	23	1.82
2729907--2729932	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2733993--2734023	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2736105--2736142	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2736254--2736299	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2738713--2738738	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2740534--2740567	12	2.8	12	83	16	52	26	32	0	41	1.56
2746350--2746387	13	2.7	14	84	12	51	84	10	0	5	0.77
2747668--2747977	28	10.8	28	81	7	318	28	31	18	21	1.97
2751968--2752264	52	5.5	52	68	13	165	36	19	22	21	1.95
2751906--2752185	113	2.5	113	81	2	294	36	17	24	22	1.94
2752076--2752306	104	2.3	100	80	5	248	38	18	19	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2752393--2752705	32	10.0	32	78	6	284	21	19	30	29	1.97
2752393--2752705	63	5.0	62	82	4	342	21	19	30	29	1.97
2752393--2752695	31	9.7	31	79	5	297	20	19	30	29	1.97
2752878--2752966	27	3.3	27	85	4	117	29	21	22	26	1.99
2752878--2752986	28	4.0	27	85	5	121	30	19	23	26	1.98
2753040--2753074	14	2.5	14	95	0	61	45	11	8	34	1.71
2754323--2754362	12	3.5	12	83	13	57	2	0	12	85	0.71
2754322--2754362	13	3.2	13	83	10	50	2	0	12	85	0.70
2761017--2761119	32	3.2	32	94	0	179	33	10	20	35	1.87
2761096--2761211	23	5.0	23	98	0	223	26	12	21	38	1.90
2775116--2775171	22	2.3	25	85	11	73	80	16	3	0	0.85
2779410--2779537	52	2.5	52	92	3	215	30	17	17	34	1.93
2779546--2779570	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2779609--2779677	20	3.8	19	73	26	78	47	11	11	28	1.75
2779611--2779710	33	3.0	33	94	0	164	42	13	12	33	1.80
2779633--2779690	13	3.9	13	73	26	53	39	13	13	32	1.85
2780524--2780869	48	7.0	52	83	9	318	31	17	26	24	1.97
2780631--2781694	49	23.1	44	76	15	875	31	17	25	24	1.97
2780588--2780872	48	5.9	49	86	8	417	30	18	26	24	1.98
2780588--2780872	97	3.0	97	89	6	413	30	18	26	24	1.98
2780442--2781563	363	3.2	362	88	7	1565	32	17	25	24	1.97
2780951--2781744	49	16.7	49	83	9	997	30	18	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2780942--2781695	92	8.0	92	91	2	1100	30	18	25	25	1.98
2781765--2781971	34	5.9	35	83	12	255	33	11	34	19	1.88
2781785--2781971	71	2.7	70	90	3	288	35	12	33	19	1.89
2781765--2782172	104	3.8	104	72	18	288	33	12	33	21	1.90
2781902--2782066	87	1.9	88	93	1	287	34	12	32	21	1.90
2781980--2782321	33	10.7	33	73	17	233	31	13	31	22	1.93
2782084--2782198	27	4.0	26	72	24	97	26	14	34	23	1.94
2782046--2782293	62	4.0	62	88	3	326	31	13	31	22	1.93
2781785--2782234	158	2.8	158	73	16	417	34	12	32	21	1.90
2782146--2782243	28	3.3	28	71	20	90	28	15	32	23	1.95
2782046--2782293	123	2.0	122	84	5	322	31	13	31	22	1.93
2782277--2782445	62	2.7	63	85	8	215	27	17	30	25	1.97
2782301--2782445	31	4.7	31	85	10	190	24	19	30	25	1.98
2783409--2783441	15	2.3	14	94	5	57	0	12	0	87	0.53
2790673--2790797	52	2.4	52	94	4	218	28	18	18	34	1.95
2790806--2790830	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2790869--2790970	20	5.8	19	70	29	93	47	11	11	29	1.76
2790871--2791003	33	4.0	33	96	0	230	42	12	12	32	1.80
2790893--2790983	13	5.9	13	69	30	56	41	13	13	31	1.82
2791568--2791728	28	5.8	28	85	2	191	31	28	19	20	1.97
2791563--2791728	56	3.0	56	85	4	212	30	28	18	21	1.97
2791561--2791774	28	7.6	27	76	9	171	32	29	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2791791--2792378	49	11.8	49	84	5	617	23	27	17	31	1.97
2791791--2792342	101	5.5	100	88	3	650	23	27	17	31	1.96
2793105--2793158	21	2.7	21	85	5	76	37	12	16	33	1.87
2799490--2799617	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
2799626--2799650	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2799689--2799777	20	4.8	20	72	19	77	44	11	11	32	1.75
2799691--2799757	33	2.0	33	97	0	125	46	10	11	31	1.75
2799713--2799737	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2800698--2801761	49	23.1	43	75	16	812	31	17	26	24	1.97
2800655--2800936	48	5.9	48	87	7	405	30	17	26	25	1.97
2800655--2800938	97	3.0	97	89	5	411	30	17	26	25	1.97
2800509--2801669	363	3.2	362	89	5	1594	32	16	25	24	1.96
2801017--2801810	49	16.7	49	83	9	1022	30	18	25	25	1.98
2801017--2801761	92	8.0	92	92	2	1125	30	18	25	24	1.98
2801810--2801879	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
2801864--2802028	37	4.7	33	82	12	179	34	10	35	19	1.86
2801956--2802131	87	2.0	90	91	4	286	34	12	32	20	1.90
2802045--2802501	34	14.3	33	75	14	354	31	14	32	21	1.93
2802111--2802426	62	5.0	62	87	6	338	30	13	33	22	1.92
2802045--2802428	95	4.0	95	76	15	330	31	13	33	21	1.92
2802420--2802578	31	5.1	30	85	7	185	28	18	27	25	1.98
2802420--2802578	62	2.6	63	85	8	204	28	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803545--2803574	15	2.1	14	93	6	51	0	10	0	90	0.47
2810810--2810937	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
2810946--2810970	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2811011--2811077	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2811033--2811057	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2811642--2811801	28	5.8	27	84	4	187	31	28	19	20	1.97
2811637--2811801	56	3.0	56	86	3	219	30	29	18	21	1.97
2811634--2811806	84	2.1	84	83	5	217	30	30	17	21	1.96
2811864--2812451	49	11.8	49	83	5	610	23	27	17	31	1.97
2811869--2812354	101	4.9	100	91	2	642	23	26	18	31	1.97
2811869--2812451	101	5.9	98	86	5	584	23	27	17	30	1.97
2813178--2813231	21	2.7	21	85	5	76	37	12	16	33	1.87
2819927--2820054	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
2820063--2820087	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2820126--2820194	20	3.8	19	73	26	78	47	11	11	28	1.75
2820128--2820227	33	3.0	33	94	0	164	42	13	12	33	1.80
2820150--2820207	13	3.9	13	73	26	53	39	13	13	32	1.85
2820792--2820952	28	5.8	28	83	2	182	32	28	18	20	1.96
2820787--2820952	56	3.0	56	84	4	203	31	28	18	21	1.97
2820785--2820998	28	7.6	27	75	9	162	32	29	16	20	1.95
2821015--2821602	49	11.8	49	84	5	608	23	27	17	31	1.97
2821015--2821602	101	5.9	100	86	4	647	23	27	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2822329--2822382	21	2.7	21	85	5	76	37	12	16	33	1.87
2832129--2832172	20	2.2	19	88	8	61	52	18	9	20	1.72
2835367--2835439	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2835385--2835460	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2835367--2835460	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2835499--2835524	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2839588--2839618	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2841632--2841710	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2841697--2841735	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2844176--2844248	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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