genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844194--2844269	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2844176--2844269	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2844308--2844333	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2847232--2847424	105	1.8	105	84	4	264	31	13	21	33	1.93
2852829--2852871	21	2.0	21	81	0	50	32	0	4	62	1.15
2852878--2852962	18	5.0	17	71	24	72	45	0	0	54	1.00
2852879--2852950	16	4.7	15	71	21	51	44	0	0	55	0.99
2852871--2852966	18	5.4	18	69	22	60	47	0	0	52	1.00
2854883--2854915	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
2855706--2855739	16	2.1	16	94	0	59	70	0	23	5	1.09
2858176--2858209	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
2865044--2865097	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
2867465--2867514	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
2867472--2867514	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
2870011--2870217	79	2.6	78	81	6	220	29	16	28	25	1.97
2870169--2870244	27	2.8	27	87	2	98	21	21	32	25	1.97
2870228--2870358	51	2.5	51	80	9	147	32	11	25	30	1.91
2872690--2872715	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2872669--2872735	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2872755--2872840	19	4.8	19	80	16	112	37	13	12	36	1.84
2872777--2872839	32	2.0	32	93	0	108	36	14	14	34	1.86
2872877--2872934	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2873014--2873054	19	2.1	20	86	4	57	51	17	2	29	1.58
2876115--2876152	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
2878391--2878536	32	4.7	30	85	10	143	23	30	16	29	1.96
2878388--2879315	34	27.9	33	79	13	801	20	33	12	33	1.90
2878484--2879315	33	24.8	34	78	12	757	20	33	12	33	1.89
2878756--2878815	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
2878930--2879310	191	2.0	192	87	7	560	20	33	12	33	1.89
2879034--2879206	87	2.0	88	93	1	294	21	32	12	32	1.91
2879129--2879315	71	2.7	69	90	4	286	19	33	12	35	1.89
2878988--2879276	158	1.8	157	93	0	497	21	33	12	32	1.90
2879318--2879458	34	4.2	34	93	0	241	27	36	17	19	1.93
2879458--2880635	49	24.7	49	81	8	1280	25	25	17	30	1.97
2879453--2880591	190	6.0	188	84	7	1377	25	26	17	30	1.97
2879807--2879874	21	3.2	21	62	25	52	23	26	19	30	1.98
2879458--2880591	239	4.8	235	87	4	1468	25	26	17	30	1.98
2880545--2880704	52	3.0	53	79	8	180	26	24	14	35	1.94
2890223--2890606	27	14.0	27	85	6	407	25	33	14	26	1.94
2890189--2890614	82	5.1	81	81	6	435	26	32	13	27	1.94
2890223--2890606	109	3.5	108	84	5	454	25	33	14	26	1.94
2890505--2891255	28	25.6	29	80	9	506	29	29	18	22	1.97
2890523--2891017	32	16.4	32	81	8	410	29	30	18	21	1.97
2891332--2891546	49	4.6	49	81	6	248	20	26	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2891332--2891544	94	2.3	94	86	4	304	21	26	18	33	1.96
2897040--2897107	33	2.1	33	91	5	111	38	19	11	30	1.87
2897070--2897107	20	1.9	20	94	0	67	42	18	10	28	1.83
2897040--2897089	13	4.3	13	72	27	58	38	18	12	32	1.87
2897137--2897191	19	2.8	20	86	5	76	34	18	16	30	1.93
2897177--2897235	13	5.1	13	67	26	51	44	13	13	28	1.82
2897177--2897254	32	2.4	32	93	4	129	43	14	14	28	1.83
2903493--2903548	19	2.8	20	89	7	80	33	21	16	28	1.95
2906988--2907399	104	3.9	105	81	5	476	30	20	9	40	1.84
2906986--2907382	211	1.9	209	86	2	571	30	20	8	39	1.83
2909953--2909980	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2909933--2909996	33	1.9	33	87	6	94	29	15	14	40	1.86
2910972--2911202	51	4.4	50	79	10	180	38	12	21	28	1.89
2913109--2913178	33	2.1	33	97	0	131	41	14	17	27	1.87
2913089--2913195	53	2.0	53	85	7	146	42	14	15	28	1.86
2913128--2913158	13	2.4	13	94	0	53	41	16	12	29	1.85
2913089--2913195	20	5.7	19	76	18	100	42	14	15	28	1.86
2913211--2913240	13	2.3	13	94	0	51	36	13	16	33	1.88
2913898--2914066	76	2.2	76	93	0	293	39	10	28	21	1.86
2913945--2914065	35	3.1	42	63	30	111	38	11	28	21	1.88
2914062--2914090	8	3.6	8	100	0	58	89	0	10	0	0.48
2914088--2914248	41	3.8	41	76	8	162	36	13	27	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2914090--2914248	87	1.8	87	87	1	239	35	13	28	22	1.93
2914225--2914546	61	5.4	60	86	7	424	28	21	26	24	1.99
2914225--2914546	121	2.7	121	86	7	435	28	21	26	24	1.99
2914468--2914642	94	1.8	96	91	2	291	25	21	27	25	1.99
2914567--2914869	55	5.4	55	87	7	437	23	21	27	27	1.99
2914567--2914846	117	2.5	116	89	6	423	23	21	28	26	1.99
2914220--2914969	321	2.3	326	85	7	996	26	20	28	24	1.99
2914791--2915069	100	2.8	99	87	5	399	27	18	29	25	1.98
2914987--2915131	62	2.4	62	88	1	211	29	17	26	26	1.98
2914884--2915231	162	2.2	162	92	1	565	29	17	28	24	1.97
2915098--2915173	39	1.9	40	84	7	102	31	13	34	21	1.91
2914738--2915390	262	2.5	261	89	5	987	27	18	29	24	1.98
2915045--2915330	100	2.9	100	93	2	477	28	17	29	24	1.97
2915258--2915431	62	2.8	62	90	4	273	29	17	27	24	1.98
2915512--2915692	63	3.0	61	86	6	242	27	19	28	24	1.99
2915483--2915692	60	3.4	61	82	7	237	27	20	28	24	1.99
2927094--2927145	20	2.7	20	87	3	70	26	13	19	40	1.88
2927176--2927228	20	2.6	21	82	8	65	32	16	15	35	1.90
2927216--2927240	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2927796--2927840	22	2.0	22	87	8	65	33	28	0	37	1.58
2928670--2928694	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2928650--2928718	32	2.1	33	94	2	122	34	11	17	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2935749--2935790	14	3.0	14	86	10	59	83	16	0	0	0.65
2935755--2935790	16	2.2	16	95	0	63	86	13	0	0	0.58
2936029--2936090	17	3.5	17	78	8	61	83	9	4	1	0.85
2937038--2937483	100	4.6	96	83	7	444	20	34	13	31	1.92
2937237--2937425	61	3.0	63	89	7	285	20	35	13	30	1.91
2937145--2937491	162	2.2	161	90	2	545	19	35	13	31	1.91
2937432--2937483	27	1.9	27	88	0	77	23	32	15	28	1.95
2937430--2937489	27	2.2	26	82	8	75	20	33	13	33	1.91
2938652--2938695	20	2.2	20	87	4	61	4	29	47	18	1.68
2939377--2939402	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
2945324--2945371	20	2.5	20	89	3	71	27	14	20	37	1.92
2945413--2945465	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
2945453--2945477	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2946921--2946987	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2946941--2946965	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2947030--2947054	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2947063--2947182	52	2.3	52	95	0	213	35	17	17	29	1.93
2953242--2953266	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2953359--2953391	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
2953366--2953391	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2953348--2953412	34	2.0	32	88	11	96	38	16	15	29	1.90
2957685--2957709	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2957665--2957762	32	3.0	32	91	7	162	34	12	17	35	1.87
2957663--2957760	19	5.8	18	68	31	74	33	12	17	36	1.87
2957803--2957827	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2957836--2957966	52	2.5	52	94	0	235	35	19	16	28	1.93
2961872--2961944	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
2961872--2961966	41	2.3	42	96	1	174	41	12	16	29	1.86
2962005--2962030	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2966092--2966122	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2968182--2968220	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2970666--2970738	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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