genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2287451--2287673	103	2.2	103	86	3	331	34	14	24	27	1.94
2290806--2291259	52	8.7	52	82	0	352	34	14	24	25	1.94
2290733--2291259	104	5.0	103	76	4	326	33	15	24	26	1.95
2290711--2291261	156	3.5	155	75	5	434	34	15	24	25	1.95
2291379--2291636	31	8.7	31	75	10	157	25	21	24	29	1.99
2291404--2291567	62	2.6	62	79	2	186	24	18	26	29	1.98
2291545--2291617	25	2.9	25	89	0	110	19	30	19	31	1.96
2291595--2291657	31	2.0	31	84	6	83	22	20	28	28	1.98
2291675--2291940	141	1.9	141	93	1	462	34	12	21	31	1.91
2294796--2294845	21	2.4	21	93	0	82	76	6	14	4	1.13
2295849--2295879	15	2.0	16	93	6	55	51	6	22	19	1.69
2300526--2300646	51	2.4	51	84	8	183	32	15	24	27	1.96
2300498--2300772	128	2.1	130	83	4	351	31	13	27	27	1.94
2300658--2300834	51	3.5	50	83	6	207	33	11	27	27	1.91
2303125--2303251	40	3.4	38	78	16	131	39	14	18	27	1.90
2303164--2303335	33	5.1	33	70	14	134	37	15	18	28	1.91
2303145--2303355	53	4.0	52	73	15	191	38	14	18	28	1.90
2303184--2303214	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
2303125--2303234	20	5.8	20	80	16	128	39	13	19	28	1.89
2303290--2303315	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2303302--2303357	20	2.8	20	100	0	112	39	10	14	35	1.81
2303166--2303356	104	1.8	104	87	2	285	37	14	17	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313203--2313350	79	1.9	79	81	8	185	35	14	22	27	1.93
2313334--2313403	28	2.5	28	83	4	88	24	18	34	22	1.96
2313392--2313507	51	2.3	51	84	0	142	28	12	26	31	1.93
2313125--2313698	237	2.4	238	81	6	630	32	13	26	27	1.94
2313439--2313618	79	2.3	79	88	0	261	30	15	26	27	1.96
2313571--2313641	27	2.6	27	86	6	90	22	16	33	26	1.96
2316069--2316094	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2316148--2316199	21	2.6	21	84	6	72	38	13	11	36	1.81
2317526--2317662	44	3.1	44	89	0	211	35	21	10	31	1.88
2319240--2319297	24	2.4	24	97	0	107	25	24	10	39	1.87
2323027--2323052	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2323091--2323166	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
2323111--2323184	20	3.7	20	80	3	94	32	20	12	35	1.89
2323091--2323184	41	2.3	41	98	0	179	30	19	11	38	1.87
2325636--2325674	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2325660--2325738	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
2329587--2329631	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2331845--2331870	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2331909--2331984	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
2331929--2332002	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
2331909--2332002	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
2336611--2336686	20	3.8	20	80	0	80	32	13	11	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350624--2350665	8	5.0	8	88	8	57	83	9	2	4	0.88
2351896--2352692	28	27.9	28	82	6	827	28	30	17	23	1.97
2352169--2352219	24	2.1	25	96	3	95	27	33	15	23	1.95
2351896--2352692	57	13.9	57	83	6	857	28	30	17	23	1.97
2351896--2352698	85	9.4	85	82	7	857	28	30	16	24	1.97
2354341--2354395	17	3.2	17	70	10	58	21	12	12	52	1.72
2359304--2359371	9	6.8	9	72	21	55	16	44	0	39	1.48
2362206--2362300	29	3.2	29	67	14	86	34	21	17	26	1.95
2363116--2363174	28	2.1	28	83	3	73	15	16	6	61	1.55
2365347--2365833	79	6.2	79	80	5	452	34	14	24	26	1.94
2365768--2365865	51	1.9	51	85	4	135	35	11	24	28	1.90
2371823--2372177	178	2.0	179	86	5	502	37	15	16	31	1.90
2373699--2373753	14	3.5	15	79	15	58	85	3	9	1	0.79
2377926--2377950	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2377993--2378090	19	5.8	18	69	28	81	36	17	12	33	1.87
2378012--2378064	13	3.6	13	73	26	52	32	16	15	35	1.90
2377991--2378088	32	3.0	32	93	1	160	35	17	12	34	1.87
2382474--2382586	42	2.7	43	83	8	126	45	0	39	14	1.51
2382491--2382592	42	2.4	42	83	3	134	41	0	43	14	1.52
2382604--2382628	10	2.5	10	100	0	50	68	0	24	8	1.16
2387438--2388259	371	2.2	366	90	3	1294	24	15	18	40	1.90
2393372--2393436	33	2.0	33	85	8	89	43	23	3	30	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393442--2393534	33	2.8	34	88	3	143	41	13	8	35	1.76
2398234--2398270	17	2.2	17	100	0	74	45	21	0	32	1.52
2399124--2399159	14	2.5	15	95	4	65	19	2	0	77	0.88
2399472--2399896	149	2.8	152	81	6	486	48	7	9	35	1.63
2399568--2399914	153	2.3	149	84	3	399	48	7	9	34	1.62
2401042--2401536	86	5.8	86	74	1	355	39	16	23	20	1.91
2401016--2401262	129	1.9	129	81	4	302	37	15	24	22	1.93
2401170--2401536	129	2.8	127	76	3	349	40	16	23	20	1.91
2401042--2401500	43	10.7	43	76	2	294	39	15	23	21	1.92
2408975--2409072	50	2.0	50	83	0	124	28	16	13	41	1.86
2411454--2411998	79	6.9	79	75	3	398	28	24	12	34	1.92
2411454--2411981	157	3.4	157	77	6	413	28	24	12	34	1.91
2411880--2412088	107	2.0	107	80	0	238	28	21	13	36	1.91
2411986--2412159	79	2.2	79	85	0	222	27	22	13	36	1.92
2412096--2412210	51	2.3	51	86	3	151	31	25	8	34	1.86
2415899--2415927	14	2.1	14	93	6	51	72	0	20	6	1.07
2417359--2417384	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2417373--2417426	21	2.6	21	100	0	108	48	14	11	25	1.77
2421108--2421166	13	5.0	13	72	19	58	28	13	15	42	1.85
2421089--2421167	33	2.4	33	91	0	140	30	13	13	41	1.84
2423004--2423051	24	2.0	24	91	0	78	45	6	6	41	1.54
2423046--2423094	18	2.5	19	87	12	73	38	4	16	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423782--2423806	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2423764--2423826	33	1.9	32	87	12	92	34	15	17	31	1.92
2425058--2425139	19	4.6	19	79	17	104	32	10	18	37	1.86
2425077--2425101	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2425058--2425120	32	2.0	32	96	0	117	33	11	19	36	1.87
2425169--2425223	20	2.8	20	88	5	76	32	16	12	38	1.86
2442020--2442052	14	2.4	14	100	0	66	18	15	42	24	1.88
2443640--2444042	158	2.6	158	86	1	531	43	12	8	36	1.72
2444953--2444986	10	3.4	10	83	0	50	8	14	0	76	1.01
2445626--2446073	162	2.7	167	83	5	579	51	10	9	29	1.67
2445626--2446098	168	2.9	162	81	5	574	51	9	9	29	1.66
2446977--2447179	38	5.2	37	70	15	142	47	14	20	17	1.82
2446978--2447890	79	11.6	78	73	9	468	44	16	22	15	1.86
2447167--2447775	198	3.1	197	78	6	590	44	17	23	14	1.86
2447085--2447584	277	1.8	277	85	1	707	45	17	22	15	1.85
2447445--2447553	38	2.8	38	80	6	103	50	17	19	12	1.78
2447292--2447778	199	2.5	198	82	4	531	44	17	22	14	1.86
2447011--2447617	41	15.3	41	69	9	238	46	16	22	15	1.84
2447550--2447635	41	2.1	41	88	0	127	44	16	24	15	1.86
2447568--2447950	82	4.8	78	76	6	319	42	17	23	16	1.89
2447068--2447712	277	2.3	272	78	7	699	45	16	22	15	1.85
2447443--2447713	119	2.3	120	82	4	325	45	17	22	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447856--2448212	118	3.0	118	81	4	385	41	14	25	18	1.88
2447093--2448212	120	9.4	119	70	10	375	43	16	24	16	1.87
2450454--2450483	15	1.9	15	93	6	51	0	0	10	90	0.47
2450461--2450485	13	1.9	13	100	0	50	0	0	8	92	0.40
2450456--2450481	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
2451288--2451327	21	1.9	21	89	0	62	5	20	2	72	1.15
2452499--2452543	22	2.0	22	100	0	90	55	13	8	22	1.65
2454493--2454531	6	6.7	6	85	2	53	23	0	7	69	1.14
2454489--2454555	12	5.6	12	84	12	93	26	0	7	65	1.19
2455124--2455849	156	4.6	157	80	6	737	39	19	14	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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