genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold35
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4812169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1329185--1329281	48	2.0	48	100	0	194	32	15	6	45	1.71
1338892--1338929	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
1347117--1347179	32	1.9	33	87	3	92	39	15	14	30	1.87
1347148--1347199	20	2.6	20	100	0	104	38	19	15	26	1.91
1349937--1349998	21	2.8	22	76	13	58	51	24	1	22	1.57
1354397--1354573	20	9.3	20	72	15	65	31	12	13	42	1.81
1354508--1354561	12	5.2	12	68	32	52	35	11	18	35	1.86
1354386--1354562	91	1.9	91	87	2	257	30	12	13	42	1.82
1354488--1354574	40	2.2	40	85	4	113	32	12	14	40	1.84
1354488--1354574	20	4.4	19	88	5	102	32	12	14	40	1.84
1354488--1354584	20	4.8	20	87	5	63	31	13	13	41	1.83
1354397--1354632	111	2.1	110	87	1	328	31	14	11	42	1.82
1357175--1357204	14	2.1	14	100	0	60	26	20	0	53	1.46
1364108--1364157	25	2.0	25	96	0	91	28	16	26	30	1.96
1369255--1369281	14	1.9	14	100	0	54	0	7	7	85	0.75
1370172--1370499	163	2.0	164	87	2	473	26	17	13	42	1.87
1374264--1374291	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1374247--1374471	32	7.0	33	79	11	105	32	18	15	33	1.92
1374335--1374450	13	7.5	13	70	29	70	32	19	12	34	1.90
1374343--1374492	19	8.8	18	72	26	105	33	18	12	35	1.89
1374335--1374469	32	4.2	32	97	0	243	33	20	12	34	1.90
1379327--1379371	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1381175--1381205	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1383276--1383301	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1383422--1383467	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1385847--1385872	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1388176--1388217	18	2.3	18	91	0	66	21	16	30	30	1.95
1390268--1390443	90	1.9	91	79	7	198	34	10	23	31	1.89
1390370--1390620	89	2.8	89	82	3	299	35	11	24	27	1.91
1390584--1390751	91	1.9	90	81	3	203	33	7	23	35	1.83
1395110--1395153	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1396958--1396983	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1398667--1398695	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
1398679--1398757	20	3.7	20	75	18	70	41	15	15	27	1.87
1402606--1402650	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1406120--1406891	387	2.0	386	96	1	1440	34	11	14	39	1.82
1419185--1419216	11	2.8	11	95	4	55	0	12	0	87	0.54
1419183--1419254	29	2.5	28	80	8	83	1	22	0	76	0.86
1419184--1419239	17	3.4	17	82	7	62	1	19	0	78	0.84
1419196--1419250	17	3.2	17	82	5	67	1	21	0	76	0.88
1420944--1421044	52	1.9	52	95	0	184	35	20	3	39	1.72
1421491--1422025	156	3.4	155	79	6	519	38	17	14	29	1.89
1421491--1422133	156	4.1	157	76	8	403	38	17	14	29	1.89
1423403--1423533	64	2.0	64	100	0	262	39	4	6	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423671--1423710	11	3.5	11	83	6	53	75	0	5	20	0.99
1424918--1425659	66	11.4	66	71	9	355	42	15	22	19	1.89
1424948--1425392	131	3.4	129	73	8	371	42	17	21	18	1.89
1424938--1425415	196	2.4	197	79	3	475	41	17	22	19	1.90
1425469--1425724	131	2.0	130	81	3	300	43	14	22	19	1.87
1425976--1426160	65	2.8	65	81	3	194	38	16	23	21	1.93
1425997--1426160	65	2.5	65	83	4	206	36	16	25	21	1.94
1426249--1426426	65	2.7	65	80	8	175	41	16	24	17	1.89
1426249--1426432	64	2.8	65	78	8	187	40	16	23	19	1.90
1426854--1428563	475	3.6	476	86	3	2287	31	18	13	36	1.89
1428237--1428849	317	1.9	320	84	1	820	31	19	12	36	1.89
1428851--1431702	476	6.0	476	84	2	3571	31	18	13	36	1.90
1431378--1432019	317	2.0	316	86	1	901	32	18	12	36	1.88
1431538--1432038	159	3.2	158	65	12	376	33	18	12	36	1.88
1431654--1433925	476	4.8	475	84	2	2744	32	18	13	36	1.89
1430957--1432777	795	2.3	790	83	4	1988	31	17	13	36	1.90
1433599--1434233	316	2.0	319	82	3	789	30	20	12	35	1.90
1434809--1436386	778	2.0	781	87	3	2258	31	18	13	36	1.89
1435787--1437346	475	3.3	471	82	6	1886	31	18	12	36	1.89
1437330--1440807	476	7.3	474	84	2	4245	31	18	13	36	1.90
1445772--1445894	42	2.9	42	85	2	149	13	43	0	43	1.43
1460126--1460151	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1461778--1461851	20	3.6	20	66	20	62	31	16	14	37	1.89
1462608--1462666	11	5.4	10	75	16	55	1	25	0	72	0.93
1463159--1463548	165	2.3	167	80	5	405	47	6	11	34	1.65
1463474--1463498	13	1.9	13	100	0	50	56	0	20	24	1.43
1463286--1463593	170	1.8	168	84	4	422	48	7	10	33	1.65
1464686--1464959	44	6.2	44	77	3	217	43	17	23	16	1.88
1464722--1464959	45	5.3	45	74	7	216	43	17	23	15	1.87
1464677--1464959	89	3.2	89	82	5	331	43	16	23	15	1.87
1464956--1465543	44	13.3	45	72	11	313	39	15	24	20	1.92
1464958--1465118	87	1.9	87	90	2	261	40	11	24	23	1.88
1465028--1465552	132	4.0	132	82	2	629	38	15	24	20	1.92
1466518--1466547	16	1.9	15	93	6	51	40	20	16	23	1.91
1479186--1479279	24	4.1	24	69	21	76	51	0	37	11	1.39
1489173--1489290	20	5.8	20	72	16	91	30	16	12	40	1.85
1491293--1491452	12	14.9	11	78	17	137	39	0	46	13	1.44
1491313--1491457	9	17.1	9	69	12	110	40	0	45	13	1.44
1491292--1491485	42	4.6	42	96	0	343	40	0	45	12	1.46
1497784--1497809	10	2.6	10	100	0	52	23	0	7	69	1.14
1498420--1498789	102	3.7	100	75	9	322	31	27	8	32	1.87
1498445--1498721	148	1.9	148	81	4	335	32	27	7	32	1.84
1498423--1498789	51	7.3	49	74	10	246	32	26	8	32	1.86
1511252--1511311	11	5.5	11	71	9	52	83	5	11	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1511252--1511302	14	3.6	14	76	10	50	82	5	11	0	0.83
1512375--1512977	55	11.0	55	88	1	815	28	29	20	21	1.98
1512285--1512977	110	6.2	110	86	4	892	28	29	20	22	1.98
1512375--1513525	165	7.0	164	77	13	942	27	28	20	23	1.99
1513026--1513055	15	2.0	15	100	0	60	26	33	20	20	1.97
1513041--1513194	55	2.8	55	95	0	290	29	29	20	20	1.98
1512852--1513259	219	1.9	219	95	0	735	27	29	20	22	1.98
1513066--1513342	149	1.9	149	90	0	446	28	27	20	23	1.99
1513212--1513525	61	5.4	59	78	9	283	25	25	21	27	2.00
1513530--1513801	42	6.6	43	73	17	213	18	26	12	41	1.86
1513698--1513811	41	2.8	41	76	7	126	19	28	13	39	1.89
1514279--1514324	21	2.2	21	84	7	58	32	23	17	26	1.97
1514381--1514429	20	2.5	20	90	6	73	24	16	16	42	1.87
1516794--1516963	51	3.3	51	91	0	268	30	27	11	30	1.91
1516895--1517042	79	1.9	79	86	0	215	27	30	14	27	1.95
1516844--1517096	130	1.9	130	85	0	344	28	28	13	30	1.94
1516794--1517144	181	1.9	181	84	2	463	29	27	12	30	1.93
1516974--1517196	102	2.2	102	83	3	288	30	27	11	30	1.92
1516974--1517145	51	3.4	51	79	4	213	28	29	13	29	1.94
1516794--1517322	232	2.3	231	81	7	599	28	26	12	31	1.93
1517129--1517275	79	1.9	79	91	0	240	29	26	13	30	1.94
1517209--1517328	51	2.4	51	97	0	222	25	29	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1517506--1517600	48	2.0	48	100	0	190	40	22	10	27	1.86
1520773--1521170	52	7.6	52	77	2	323	24	24	17	33	1.97
1520783--1521133	157	2.2	156	81	1	396	24	25	16	32	1.96
1520761--1521138	209	1.8	209	80	3	465	25	25	16	32	1.96
1526739--1527917	159	7.5	158	71	11	647	30	19	13	37	1.90
1528182--1528869	159	4.4	160	75	7	437	31	20	13	35	1.91
1528352--1529872	159	9.8	157	68	11	568	30	19	14	35	1.91
1534854--1534972	42	2.8	42	89	0	184	8	45	2	43	1.47
1537811--1537920	58	1.9	57	90	1	175	31	20	20	27	1.97
1537813--1537911	29	3.4	29	68	10	94	32	21	22	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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