genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165--2333	28	5.9	29	86	6	211	28	30	16	23	1.96
2585--2651	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2605--2629	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2695--2719	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2708--2848	52	2.7	53	89	4	198	33	18	18	29	1.95
6086--6128	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
9755--9854	1	100.0	1	69	0	65	85	12	3	0	0.72
9755--9853	9	10.8	9	80	12	87	84	12	3	0	0.72
9755--9854	31	3.3	28	80	14	101	85	12	3	0	0.72
9756--9854	45	2.2	46	83	8	132	84	12	3	0	0.72
11137--11375	35	7.3	31	81	13	178	22	31	13	32	1.93
11133--11275	30	4.6	31	89	4	200	23	28	16	30	1.96
11221--11456	35	6.7	35	84	6	291	22	32	11	33	1.90
11252--11458	73	2.8	73	93	0	362	22	32	10	33	1.89
11439--11475	19	1.9	19	100	0	74	21	48	16	13	1.80
11484--11543	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
11458--11712	33	7.7	33	80	12	274	19	35	12	32	1.89
11714--11853	34	4.5	31	88	7	180	29	38	17	14	1.89
11846--12723	49	17.8	49	84	6	1105	24	25	17	32	1.96
11846--12831	248	3.9	249	87	6	1205	24	25	16	33	1.96
12391--12661	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
12575--12712	52	2.6	52	82	3	159	25	23	15	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12575--12969	171	2.3	171	94	1	691	24	24	14	36	1.93
13739--13805	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
13759--13783	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
13849--13873	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17083--17251	28	5.9	29	86	6	211	28	30	16	23	1.96
17525--17591	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
17545--17569	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
17634--17658	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17647--17787	52	2.7	53	89	4	198	33	18	18	29	1.95
20874--21266	28	13.9	27	81	7	383	27	30	18	23	1.98
21127--21299	56	2.9	60	81	9	176	28	31	17	21	1.97
21183--21299	32	3.8	32	79	14	122	27	32	18	21	1.97
21134--21322	63	3.2	59	79	9	179	29	30	17	22	1.97
28547--28582	18	2.0	18	100	0	72	38	5	22	33	1.77
31847--31919	28	2.5	29	73	4	76	19	12	13	54	1.70
35339--35364	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
35319--35385	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
37735--37860	53	2.4	52	81	11	157	33	24	8	33	1.86
38037--38107	26	2.6	28	88	8	119	25	33	14	26	1.94
40079--40206	67	1.9	67	83	3	168	21	21	23	33	1.97
44403--44740	81	4.2	81	82	3	355	31	11	26	30	1.91
44403--44740	161	2.1	161	83	5	416	31	11	26	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45164--45301	51	2.7	51	90	0	213	31	15	10	42	1.81
50432--50547	51	2.3	51	80	3	135	31	10	25	32	1.89
50278--50478	79	2.5	79	82	4	260	34	13	24	27	1.93
50530--50603	28	2.7	29	83	8	100	25	20	31	22	1.98
50643--50783	51	2.8	51	75	5	137	35	12	21	30	1.90
53097--53151	20	2.8	20	88	0	83	43	12	12	30	1.80
53166--53220	20	2.8	20	94	0	92	43	12	16	27	1.84
53751--53967	119	1.8	117	80	12	255	43	13	24	17	1.85
53868--54001	42	3.1	42	82	7	137	41	13	27	17	1.86
53985--54210	61	3.7	61	85	6	307	24	21	28	25	1.99
54155--54453	98	3.1	99	86	8	386	29	18	30	21	1.97
67416--67634	79	2.8	80	77	10	216	36	14	23	26	1.93
67572--67688	51	2.3	51	81	7	139	34	11	25	28	1.91
67829--67952	51	2.4	51	73	5	124	36	11	22	29	1.89
71347--71394	20	2.4	20	85	0	60	37	12	8	41	1.73
72033--72142	37	3.1	36	77	13	122	15	24	29	30	1.96
72041--72142	31	3.1	31	76	15	114	15	24	29	30	1.96
72205--72310	31	3.5	31	79	6	108	18	25	29	26	1.98
72115--72681	180	3.1	179	85	3	710	21	23	25	29	1.99
72560--72627	31	2.2	31	83	0	82	19	23	27	29	1.98
72824--72895	37	2.0	36	86	2	99	33	16	30	19	1.94
72949--73245	79	3.8	77	80	8	307	40	13	27	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73077--73236	42	3.9	41	70	19	127	40	15	25	18	1.89
72943--73245	156	1.9	155	85	2	419	39	13	27	18	1.89
76116--76150	6	5.8	6	87	12	54	0	17	0	82	0.66
76117--76150	17	1.9	17	94	5	59	0	17	0	82	0.67
76123--76162	11	3.4	12	86	13	57	0	22	0	77	0.77
76968--77007	21	1.9	21	100	0	80	62	20	7	10	1.50
76967--77013	21	2.3	21	88	3	78	61	17	8	12	1.55
76833--77266	166	2.7	162	85	6	562	49	9	9	31	1.68
76833--77316	166	3.0	156	82	7	404	49	9	10	30	1.69
86496--86567	20	3.6	20	74	10	58	31	13	11	43	1.80
94507--94786	78	3.6	74	78	11	253	28	21	11	38	1.88
94507--94756	78	3.2	76	79	12	269	28	20	10	40	1.86
101113--101183	31	2.2	32	82	9	92	25	28	9	36	1.88
101190--102104	127	7.3	126	76	11	757	26	22	17	33	1.96
101194--102104	190	4.8	189	79	8	916	26	22	17	33	1.96
101194--102104	62	14.5	61	77	10	775	26	22	17	33	1.96
101861--101970	54	2.0	55	89	1	168	30	21	19	28	1.97
106517--106863	79	4.4	79	79	1	327	28	26	11	32	1.92
109128--109178	20	2.5	20	90	6	77	35	19	11	33	1.88
117864--117923	19	3.0	20	73	7	68	35	16	15	33	1.90
119344--119825	28	16.7	28	81	5	455	29	30	16	23	1.96
119379--119830	114	3.9	113	77	8	467	29	30	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119603--119677	30	2.5	30	82	2	89	28	26	16	29	1.96
119653--119903	32	8.2	32	78	5	132	29	29	17	23	1.97
119954--120066	49	2.4	46	79	12	106	23	25	20	30	1.98
120938--121014	31	2.5	31	91	2	120	28	19	10	41	1.84
125723--125851	52	2.5	52	89	0	222	28	18	17	34	1.94
126337--126402	32	2.0	33	85	8	91	30	15	12	42	1.83
129761--129823	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
129780--129837	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
129759--129836	32	2.4	32	95	0	138	34	14	16	34	1.89
129848--129889	21	2.0	21	95	0	75	42	11	19	26	1.85
132238--132373	51	2.6	52	81	5	168	28	26	13	31	1.94
132356--132489	28	4.8	28	87	2	173	23	30	18	26	1.98
141331--141358	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
141316--141378	33	1.9	33	87	6	92	39	14	15	30	1.87
141429--141453	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
144414--144446	15	2.2	15	94	0	57	84	15	0	0	0.61
145738--146187	33	13.8	33	73	14	224	22	28	13	35	1.92
145731--145891	63	2.5	64	83	2	198	23	25	13	37	1.92
145887--146179	34	8.8	35	75	11	170	22	30	12	34	1.91
145890--146179	133	2.2	132	82	4	343	22	30	12	34	1.91
145887--146179	99	2.9	98	80	5	275	22	30	12	34	1.91
146156--146210	26	2.1	27	89	3	85	23	36	12	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146258--146542	62	4.6	61	82	6	342	24	27	16	31	1.97
146609--146834	32	7.0	32	81	6	253	28	30	18	22	1.97
146883--147284	52	7.9	52	75	8	346	24	24	16	33	1.96
146881--147274	146	2.6	152	81	4	451	24	24	16	33	1.96
147280--147465	61	3.0	61	85	1	239	25	25	10	38	1.88
148096--148145	17	2.8	18	79	8	59	70	4	2	24	1.15
148155--148197	17	2.5	17	84	3	50	69	4	0	25	1.07
148739--148798	25	2.6	22	82	10	59	53	20	13	13	1.72
153561--153604	18	2.6	18	86	13	58	75	9	4	11	1.19
153561--153610	18	2.9	18	82	11	52	74	8	8	10	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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