genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1895730--1895775	17	2.6	18	86	10	67	6	2	8	82	0.91
1895726--1895789	29	2.2	29	83	8	78	4	1	10	82	0.88
1895754--1895798	12	3.5	12	80	16	54	2	0	17	80	0.82
1895739--1895827	17	5.1	17	72	23	60	2	2	15	79	0.93
1897988--1898012	13	1.9	13	100	0	50	16	32	12	40	1.84
1897839--1898203	198	1.8	198	99	0	721	24	21	17	36	1.94
1900005--1900105	51	2.0	51	100	0	202	11	29	17	40	1.86
1910030--1910104	20	3.8	20	85	7	107	38	13	14	33	1.85
1910027--1910104	40	2.0	39	92	2	129	38	14	14	33	1.86
1916501--1916736	85	2.8	85	81	3	262	19	29	15	35	1.93
1916322--1917606	435	3.0	435	98	0	2462	22	27	15	34	1.94
1917371--1918057	85	8.3	84	76	10	398	19	27	14	37	1.91
1917846--1917976	42	3.2	40	70	15	113	18	30	12	38	1.88
1917832--1918089	85	3.1	82	80	9	261	18	29	15	36	1.91
1919154--1919641	166	3.0	163	81	8	558	28	11	7	52	1.64
1925174--1925221	18	2.5	19	86	6	62	4	14	0	81	0.84
1925181--1925229	13	3.7	13	76	15	55	6	12	0	81	0.86
1925181--1925229	14	3.8	12	79	15	53	6	12	0	81	0.86
1925610--1926039	166	2.6	166	81	7	481	48	9	11	29	1.71
1929806--1930134	91	3.6	90	85	4	394	31	27	11	30	1.92
1929835--1930123	90	3.2	90	88	3	391	31	25	12	29	1.93
1930506--1930567	20	3.0	20	83	2	70	41	9	17	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1930624--1930704	32	2.6	32	88	2	110	27	12	16	44	1.83
1932567--1932827	141	1.9	141	91	0	432	36	18	9	35	1.83
1935274--1935385	40	2.8	40	75	5	118	17	24	15	42	1.88
1935255--1935419	80	2.1	80	81	4	190	17	21	16	44	1.87
1935726--1935865	42	3.3	42	74	9	140	16	20	14	49	1.80
1935638--1935988	85	4.1	85	84	1	391	19	21	13	44	1.86
1935768--1935908	43	3.3	43	73	13	146	15	19	15	49	1.79
1935932--1936047	61	1.9	61	87	0	169	21	21	10	46	1.81
1935847--1936134	146	2.0	146	83	1	362	20	20	12	46	1.83
1935997--1936139	43	3.3	43	71	13	141	19	20	10	49	1.77
1937236--1937996	332	2.3	331	81	6	859	30	12	8	48	1.71
1937272--1938068	166	4.9	160	78	9	567	29	12	9	48	1.72
1940011--1940553	297	1.8	297	81	4	675	24	15	18	40	1.90
1940011--1940554	148	3.7	146	78	6	499	24	15	18	40	1.90
1943137--1943184	16	3.0	15	82	11	51	14	22	6	56	1.61
1950034--1950078	18	2.5	18	85	0	63	24	15	24	35	1.94
1956222--1956257	7	5.3	7	93	3	56	30	8	13	47	1.73
1956558--1956609	21	2.5	21	84	3	70	26	11	15	46	1.80
1958813--1959535	166	4.4	164	80	5	724	28	10	8	51	1.66
1959896--1959943	13	3.8	13	83	2	62	81	0	18	0	0.70
1959897--1959943	9	5.3	9	79	5	51	80	0	19	0	0.70
1962548--1962587	22	1.9	21	90	10	64	60	10	10	20	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964725--1964749	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1964829--1964882	21	2.7	21	86	13	78	37	16	14	31	1.89
2146951--2147099	52	2.9	51	87	4	217	30	17	18	34	1.94
2147088--2147112	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2147153--2147219	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2147175--2147199	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2148651--2148806	52	3.2	51	74	17	177	33	16	25	25	1.96
2148704--2148792	42	2.1	43	89	2	135	31	17	23	26	1.97
2148797--2149018	83	2.7	84	81	10	219	19	18	29	32	1.96
2148798--2149017	54	4.0	56	82	10	267	19	18	30	32	1.96
2148858--2149230	29	12.8	29	74	15	227	24	17	28	29	1.97
2150670--2150774	4	26.2	4	72	18	51	2	2	13	80	0.93
2150672--2150736	17	4.1	15	77	14	76	1	1	10	86	0.72
2150663--2150775	19	6.1	18	74	17	81	2	2	13	81	0.91
2150663--2150775	13	8.2	13	74	13	93	2	2	13	81	0.91
2150663--2150770	26	3.8	28	80	10	114	2	2	12	81	0.91
2150680--2150736	1	57.0	1	76	0	51	1	1	8	87	0.68
2155703--2155800	16	6.1	16	81	7	92	3	19	36	40	1.67
2155710--2155813	16	6.5	16	77	4	84	4	19	34	41	1.72
2157341--2157396	29	2.0	28	82	10	69	35	3	7	53	1.46
2158288--2158314	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
2158359--2158409	20	2.6	20	90	3	77	41	13	15	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161067--2161091	13	1.9	13	100	0	50	48	16	8	28	1.74
2161052--2161143	33	2.8	33	88	0	130	45	16	15	22	1.84
2161332--2161377	19	2.4	19	96	0	83	65	17	0	17	1.28
2165404--2165461	19	3.0	19	84	2	80	34	13	15	36	1.87
2165490--2165543	20	2.7	20	85	5	74	31	11	18	38	1.86
2167765--2167807	21	2.1	21	83	12	54	53	6	11	27	1.63
2173536--2173664	52	2.5	52	93	0	231	31	17	15	35	1.91
2173723--2173780	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
2175313--2175341	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
2177929--2178384	49	9.6	49	83	10	565	31	18	25	25	1.97
2177928--2178389	183	2.5	185	90	4	696	31	17	25	25	1.97
2177928--2178389	92	4.9	92	89	4	692	31	17	25	25	1.97
2178384--2178453	33	2.1	35	89	5	108	20	17	37	25	1.94
2178458--2178539	28	2.9	29	90	3	123	30	17	25	26	1.97
2179878--2179927	1	50.0	1	79	0	55	0	4	6	90	0.57
2179872--2179927	15	3.9	14	88	6	76	0	3	8	87	0.65
2179879--2179929	25	2.0	25	92	0	84	0	3	7	88	0.63
2193759--2193887	52	2.5	52	98	0	249	30	17	17	34	1.93
2193896--2193920	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2193959--2194016	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
2195547--2195585	13	3.0	13	85	7	53	35	15	12	35	1.86
2196011--2196049	13	3.0	13	85	7	53	35	15	12	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2200426--2200606	52	3.5	52	96	0	326	27	19	18	34	1.95
2200692--2200756	19	3.7	19	69	23	61	38	16	13	30	1.88
2200684--2200754	32	2.2	32	89	0	115	36	18	14	30	1.90
2204369--2204396	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2204441--2204492	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2204449--2204513	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
2204441--2204511	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
2214270--2214470	52	3.9	52	94	1	332	29	17	18	33	1.94
2214459--2214483	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2214628--2214669	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
2215819--2215902	10	8.3	10	80	10	64	83	8	4	3	0.90
2215818--2215874	14	4.1	14	82	6	71	87	8	1	1	0.68
2215822--2215884	28	2.2	28	91	2	99	85	9	3	1	0.77
2215819--2215872	18	2.9	18	84	10	65	87	9	1	1	0.71
2215819--2215887	29	2.4	29	87	4	104	85	8	2	2	0.80
2215818--2215885	1	68.0	1	76	0	55	86	8	2	1	0.73
2217103--2217967	28	30.5	28	84	4	948	29	29	16	24	1.97
2217103--2218045	57	16.5	57	84	4	1116	28	29	16	25	1.97
2218909--2219033	20	5.7	20	72	18	106	29	16	12	41	1.85
2225907--2225975	19	3.6	19	100	0	138	36	20	11	31	1.88
2226311--2226379	20	3.5	19	86	7	77	28	14	17	39	1.89
2226412--2226465	20	2.7	20	85	5	74	33	12	16	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227722--2228129	49	8.8	47	75	12	235	30	18	25	25	1.98
2227866--2227944	39	2.0	39	90	0	122	26	21	24	27	1.99
2227769--2228134	136	2.7	136	92	1	579	30	18	24	25	1.98
2227954--2228116	88	1.9	88	85	2	229	31	19	23	25	1.98
2228146--2228433	30	9.6	30	75	8	187	24	15	30	29	1.95
2228189--2228278	34	2.7	34	91	1	146	33	14	33	18	1.91
2228146--2228442	58	5.0	57	74	14	249	24	15	30	29	1.96
2237877--2238774	28	31.5	28	83	4	1044	29	30	16	23	1.97
2237877--2238774	57	15.7	57	87	2	1105	29	30	16	23	1.97
2239657--2239731	20	3.8	20	80	0	96	33	13	13	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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