genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750913--750981	32	2.3	29	87	9	95	30	20	13	36	1.90
751443--751527	36	2.5	34	82	14	104	30	15	24	29	1.95
759565--759698	61	2.2	61	81	2	153	37	15	23	23	1.93
759593--759926	165	2.0	164	85	0	461	39	14	22	23	1.91
759734--760014	112	2.5	112	76	5	253	38	14	23	23	1.91
760107--760317	32	6.7	32	80	6	155	20	18	31	29	1.97
760323--760587	27	9.5	27	77	8	226	29	15	33	21	1.94
760323--760513	86	2.3	83	83	4	231	29	14	32	23	1.94
760428--760569	56	2.5	55	90	4	221	26	17	35	21	1.95
760323--760582	83	3.1	82	80	6	227	28	16	33	21	1.95
762063--762113	18	2.9	18	82	8	61	3	0	11	84	0.75
762063--762112	17	2.9	16	80	11	55	4	0	12	84	0.76
762061--762114	19	2.8	19	78	18	58	3	0	11	85	0.73
776149--776221	20	3.5	20	76	7	74	38	9	13	38	1.78
776147--776203	22	2.7	21	81	5	71	36	12	17	33	1.87
777077--777130	20	2.7	20	88	8	74	37	22	5	35	1.77
780883--781070	86	2.2	86	95	0	331	35	28	7	28	1.84
781570--782147	162	3.7	156	78	8	439	31	18	11	37	1.88
781749--782147	157	2.6	154	81	8	427	33	18	10	38	1.84
782813--785755	476	6.2	475	85	2	3557	37	13	18	30	1.89
782806--785755	953	3.1	950	85	2	3820	37	13	18	30	1.89
795807--795832	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798348--798372	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
798357--798415	19	3.1	19	82	2	73	44	13	10	32	1.77
799232--801308	476	4.4	477	83	3	2511	36	13	18	31	1.90
799234--802507	158	20.6	153	66	14	794	36	14	18	31	1.90
800969--801615	318	2.0	318	84	2	845	34	15	19	30	1.93
801054--801755	318	2.2	318	78	7	687	35	14	19	29	1.92
801271--802505	476	2.6	477	85	2	1705	35	14	18	31	1.91
800499--802102	794	2.0	793	86	1	2214	35	14	18	30	1.91
800499--802335	794	2.3	794	82	4	1978	36	14	18	30	1.91
801271--802556	477	2.7	475	84	3	1708	35	14	18	31	1.91
802167--802960	396	2.0	399	95	2	1422	34	14	18	32	1.91
801690--803429	873	2.0	876	85	3	2384	35	14	18	31	1.91
802853--803559	159	4.4	158	69	13	430	36	13	19	30	1.90
802576--803871	477	2.7	475	82	5	1567	36	13	18	31	1.90
803899--805187	476	2.7	472	83	3	1521	36	14	17	31	1.90
805184--806863	467	3.5	466	80	5	1726	36	14	18	31	1.91
806603--807179	322	1.8	317	83	4	773	34	16	17	31	1.92
808612--810348	476	3.6	475	81	2	1905	35	14	18	31	1.91
808103--810348	953	2.4	934	81	5	2547	35	14	18	31	1.91
810311--811938	468	3.4	469	80	5	1753	36	14	17	31	1.90
811152--812709	795	2.0	771	82	6	1898	37	14	16	30	1.89
812482--814941	477	5.2	474	83	5	2875	36	13	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811926--814990	953	3.2	942	82	7	3539	37	14	17	30	1.90
815004--816029	475	2.2	474	85	2	1387	37	13	18	31	1.89
817525--818452	155	5.9	154	81	6	863	37	22	17	22	1.94
817555--818420	310	2.8	307	82	5	981	37	22	16	23	1.94
818723--819003	142	2.0	145	79	8	308	41	11	11	35	1.77
819894--819919	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
820627--820670	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
824572--824602	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
828665--828690	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
829079--829123	21	2.0	24	83	12	60	46	20	0	33	1.51
829225--829259	10	3.4	10	88	7	52	0	20	0	80	0.72
829226--829254	11	2.7	11	94	5	51	0	20	0	79	0.74
829892--830377	161	3.0	162	82	7	581	52	8	12	27	1.66
832125--833385	157	8.1	155	78	5	1055	38	20	18	22	1.94
832258--833257	466	2.1	466	92	1	1700	37	19	19	23	1.94
833902--834575	166	4.1	162	77	12	630	50	7	14	27	1.68
834122--834544	165	2.5	168	85	4	538	52	6	13	27	1.64
836244--836989	157	4.8	155	80	4	687	38	21	17	22	1.93
836858--837124	133	2.0	134	91	2	430	38	21	13	25	1.91
837859--838317	168	2.8	165	84	6	546	51	8	13	25	1.70
837906--838317	156	2.6	155	82	6	398	51	9	13	25	1.71
840646--841615	315	3.1	309	71	13	790	37	13	17	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840706--843572	159	18.2	158	68	11	984	36	13	17	31	1.89
840908--843706	476	5.9	475	86	3	3500	36	13	17	31	1.89
846945--847001	20	2.8	20	94	0	96	43	10	15	29	1.80
847893--848380	28	17.0	28	83	5	546	24	18	29	27	1.98
847848--848380	145	3.7	144	86	5	682	24	18	28	27	1.98
850470--850515	19	2.5	18	89	6	74	47	17	2	32	1.60
853183--853222	13	3.1	13	79	13	55	35	15	17	32	1.91
859280--859315	13	2.8	13	86	0	54	33	13	16	36	1.89
859714--868617	476	18.7	475	81	5	9278	36	13	18	31	1.89
862242--862304	31	2.0	31	96	0	117	41	14	17	26	1.88
864750--864791	22	1.9	22	100	0	84	45	16	14	23	1.84
871802--871917	20	5.7	20	71	6	79	39	14	14	31	1.87
872760--872828	32	2.1	32	86	2	93	30	17	21	30	1.96
872766--873016	29	8.4	31	83	6	148	25	16	27	29	1.97
872778--872932	62	2.5	59	80	6	166	29	16	23	29	1.97
872836--873042	29	7.1	29	89	6	258	23	17	30	28	1.97
874090--874138	19	2.9	17	79	17	57	40	14	12	32	1.83
874126--874180	13	4.2	13	79	9	67	38	16	12	32	1.86
874109--874180	26	2.7	26	73	16	67	40	13	12	33	1.83
874158--874207	20	2.5	20	75	12	57	36	20	14	30	1.91
874279--874334	19	2.9	19	89	2	76	35	19	16	28	1.93
874319--874345	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874889--874962	22	3.4	22	86	3	105	25	33	2	37	1.70
874889--874987	43	2.3	44	85	5	130	23	34	3	39	1.70
874931--874995	22	3.0	22	82	8	78	20	36	4	38	1.73
876844--876870	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
882968--883015	13	4.2	13	70	29	54	37	18	12	31	1.88
882998--883035	20	1.9	20	88	0	58	42	21	7	28	1.81
882968--883036	33	2.1	33	86	5	95	39	20	10	30	1.85
883065--883120	19	2.9	19	86	2	67	32	17	17	32	1.94
883105--883131	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
886727--886814	20	4.3	20	78	5	79	37	13	17	31	1.88
894785--895443	157	4.2	156	68	13	389	36	15	18	29	1.92
895795--895860	33	2.0	33	100	0	132	42	15	18	24	1.88
896115--898201	476	4.4	478	84	3	2627	36	13	17	32	1.89
896115--898201	955	2.2	950	84	3	2736	36	13	17	32	1.89
896145--898146	159	12.6	157	67	12	442	36	13	17	32	1.89
902821--902861	14	3.0	13	86	10	55	87	4	7	0	0.65
902812--902856	23	1.9	23	86	4	63	86	8	4	0	0.69
903933--904234	122	2.5	121	85	6	386	26	28	18	26	1.98
903913--904232	61	5.4	60	81	8	349	26	27	19	25	1.99
906738--906879	47	3.0	47	93	0	248	36	21	19	21	1.95
907575--907698	50	2.5	51	84	4	153	27	17	12	42	1.85
907639--907860	78	2.8	78	80	4	223	26	25	14	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908963--910279	466	2.8	464	82	5	1448	36	14	18	31	1.91
910267--910935	158	4.2	157	70	10	457	36	14	17	31	1.89
909431--911132	854	2.0	844	84	3	2220	35	14	18	31	1.91
911230--912398	476	2.5	474	84	3	1496	34	14	19	31	1.91
911283--912721	159	9.1	156	67	16	447	35	14	19	31	1.91
912070--912712	314	2.0	313	85	5	868	34	15	20	30	1.93
912256--912737	157	3.1	154	70	19	402	34	13	20	31	1.92
911588--913193	788	2.0	789	84	3	2079	35	13	19	31	1.90
912364--915075	477	5.7	475	83	4	3277	36	13	19	31	1.90
912385--915059	953	2.8	946	86	3	3541	36	13	18	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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