genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246647--2246693	12	4.2	12	75	25	57	34	12	17	36	1.87
2247813--2248204	79	5.0	80	77	4	368	33	13	26	27	1.93
2247812--2248204	157	2.5	158	83	4	499	33	12	26	27	1.93
2256603--2256628	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2256669--2256735	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2256691--2256715	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2258280--2258558	143	2.0	143	97	0	531	30	16	14	38	1.89
2263520--2263823	160	1.9	165	82	8	390	29	9	10	50	1.69
2269228--2269295	19	3.9	19	78	21	85	35	10	14	39	1.80
2269230--2269290	32	1.9	32	96	0	113	34	9	16	39	1.82
2269335--2269360	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2269315--2269381	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2271645--2271867	52	4.3	53	83	5	240	29	25	12	32	1.92
2271645--2271867	105	2.1	103	84	3	277	29	25	12	32	1.92
2271850--2271926	28	2.8	28	86	7	95	23	33	19	23	1.97
2274818--2275104	56	5.2	56	74	7	214	37	13	18	30	1.89
2275249--2275588	93	3.7	89	74	13	271	20	22	12	45	1.84
2275282--2275534	88	2.8	88	78	9	262	20	22	13	43	1.86
2275372--2275679	30	10.0	31	66	16	122	20	22	12	44	1.85
2275249--2275683	181	2.4	183	79	7	447	20	22	12	44	1.85
2280409--2280445	19	1.9	19	89	10	58	40	0	21	37	1.54
2282915--2282972	28	2.1	28	93	0	98	43	6	12	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2287080--2287104	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2287060--2287126	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2287167--2287194	13	2.2	13	100	0	56	28	21	17	32	1.96
2290644--2290697	27	2.0	27	85	0	72	42	18	9	29	1.81
2291113--2291156	23	1.9	24	86	9	65	36	22	6	34	1.81
2291587--2291611	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2291569--2291632	32	2.0	33	87	3	94	39	18	15	26	1.91
2295929--2295974	22	2.1	22	95	0	83	17	23	28	30	1.97
2302926--2303054	52	2.5	52	94	0	231	27	18	17	35	1.94
2303131--2303228	13	5.8	18	69	28	72	38	17	10	33	1.83
2303126--2303226	32	3.1	32	92	1	166	37	17	9	34	1.83
2303980--2304106	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
2304096--2304563	43	9.9	52	77	13	240	33	17	24	25	1.96
2304163--2304579	43	9.1	43	79	12	447	32	17	24	25	1.97
2304110--2304579	92	5.1	92	92	2	744	32	17	24	25	1.96
2304567--2304872	33	9.5	32	88	7	451	19	17	33	28	1.95
2304567--2304868	65	4.7	65	88	4	452	19	18	33	28	1.95
2304567--2304874	97	3.2	95	89	6	467	19	17	34	28	1.95
2304881--2305881	100	10.2	97	78	11	781	32	13	33	20	1.91
2304875--2305881	235	4.4	231	81	8	1111	32	13	33	20	1.91
2304947--2305695	335	2.3	326	87	5	1055	31	13	35	20	1.90
2305506--2305650	27	4.9	27	74	19	128	28	12	37	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305506--2305684	61	3.0	61	92	2	290	30	12	36	20	1.90
2305628--2305696	34	2.0	34	91	0	111	33	13	34	18	1.90
2305681--2305801	33	3.8	33	77	9	137	35	14	26	23	1.93
2305664--2305820	63	2.5	63	89	3	228	33	14	29	22	1.94
2305716--2305889	33	5.3	33	74	15	130	32	13	32	21	1.92
2307172--2307212	11	3.5	11	87	9	55	0	4	9	85	0.73
2307172--2307221	12	4.3	11	85	10	55	0	6	12	82	0.85
2307172--2307221	23	2.1	24	82	10	59	0	6	12	82	0.85
2314161--2314185	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2314229--2314326	19	5.8	18	69	28	81	37	17	11	33	1.85
2314224--2314324	32	3.1	32	94	1	175	36	17	10	34	1.85
2314248--2314304	13	3.9	13	72	24	51	35	17	12	35	1.87
2315048--2315089	22	2.0	21	90	9	68	38	14	7	40	1.73
2317097--2317136	20	2.0	20	95	0	71	40	12	15	32	1.84
2329777--2329814	14	2.7	14	91	0	58	71	10	2	15	1.25
2330808--2330841	14	2.5	13	90	9	59	29	29	5	35	1.81
2331530--2331756	33	7.1	33	75	12	181	25	27	20	25	1.99
2331542--2331759	64	3.4	61	77	9	204	26	27	20	25	1.99
2331543--2331770	31	7.2	30	75	11	170	25	28	20	25	1.99
2331822--2332288	52	9.0	52	77	6	383	25	24	14	35	1.94
2331822--2332240	156	2.7	155	81	5	425	25	24	14	35	1.94
2332013--2332327	158	2.0	156	80	4	348	26	23	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2333674--2333699	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
2334184--2334440	101	2.6	101	83	2	313	34	17	25	22	1.96
2334155--2334440	49	5.8	49	75	5	252	33	17	25	23	1.96
2334162--2334463	52	6.2	47	75	8	182	33	17	25	23	1.96
2334252--2334494	49	5.1	46	75	7	168	33	17	25	24	1.96
2334537--2334738	28	7.2	27	85	7	230	18	18	31	32	1.95
2334544--2334743	56	3.5	55	87	7	285	20	18	31	30	1.96
2334549--2334743	84	2.3	85	87	8	274	19	18	31	30	1.96
2349639--2349706	33	2.1	33	86	8	95	33	16	14	35	1.89
2349786--2349810	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2351360--2351476	19	6.7	19	72	24	105	34	15	12	37	1.86
2351353--2351456	32	3.2	32	98	0	199	35	15	12	36	1.85
2351379--2351435	13	3.9	13	76	24	60	33	15	14	36	1.88
2353235--2353530	162	1.8	161	94	0	529	27	22	13	36	1.92
2357736--2357777	21	2.0	22	85	4	59	50	7	9	33	1.62
2357896--2357920	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2357875--2357938	32	2.0	33	90	3	103	31	15	14	39	1.87
2357918--2357979	31	2.0	31	100	0	124	32	19	12	35	1.90
2358020--2358056	13	2.8	13	87	0	56	35	16	13	35	1.88
2358509--2358635	32	3.9	31	76	17	123	33	11	23	31	1.90
2358509--2358609	35	2.9	34	79	15	109	35	9	24	29	1.88
2359919--2360138	79	2.8	77	87	6	305	33	14	24	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360074--2360189	51	2.3	51	86	5	155	31	10	25	33	1.89
2360202--2360374	79	2.2	78	80	5	186	31	15	25	28	1.95
2360307--2360428	51	2.4	51	83	5	156	31	11	27	29	1.91
2362729--2362832	20	5.6	19	71	23	62	41	12	17	28	1.86
2362746--2362815	33	2.1	33	91	0	113	41	11	18	28	1.85
2362726--2362832	53	2.0	52	84	10	137	42	12	16	28	1.85
2367979--2368020	14	2.9	15	82	7	50	66	2	0	30	1.04
2368252--2368295	22	2.0	23	82	13	56	40	9	15	34	1.79
2372016--2372054	18	2.2	18	85	0	51	76	5	17	0	0.96
2373980--2374027	22	2.2	22	85	7	62	64	10	4	20	1.41
2374862--2374915	20	2.7	20	83	11	67	37	18	14	29	1.91
2374944--2375001	19	3.0	20	82	7	75	34	15	15	34	1.89
2374966--2375030	32	2.0	32	85	8	87	38	13	15	32	1.87
2375583--2375629	21	2.1	23	88	7	71	46	17	2	34	1.59
2383554--2383630	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
2383666--2383733	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2383687--2383711	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2383668--2383730	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2386144--2386243	52	1.9	53	87	2	148	29	22	12	37	1.90
2386143--2386264	52	2.3	51	80	6	138	29	23	12	34	1.91
2386250--2386326	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
2386280--2386484	80	2.6	79	82	2	232	23	31	17	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2398860--2398900	12	3.3	12	93	3	64	87	7	4	0	0.65
2398859--2398900	13	3.3	13	96	3	77	88	7	4	0	0.64
2398843--2398904	18	3.5	18	85	12	76	87	8	4	0	0.68
2398843--2398882	18	2.2	18	100	0	80	90	5	5	0	0.57
2398843--2398910	1	68.0	1	77	0	55	86	7	5	0	0.70
2398843--2398910	31	2.2	31	92	2	111	86	7	5	0	0.70
2399923--2400654	55	12.9	55	84	6	787	26	29	20	24	1.99
2399982--2400654	284	2.4	284	94	1	1176	26	29	20	23	1.99
2401399--2401475	21	3.7	21	85	3	102	36	12	15	35	1.86
2401512--2401566	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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