genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
606223--606248	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
606806--606873	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
606808--606870	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
606827--606851	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
606913--606938	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
606893--606959	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
609405--609486	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
613248--613365	52	2.3	51	85	2	157	32	16	11	39	1.84
616849--617019	88	1.9	89	82	8	215	36	10	19	33	1.86
618962--619008	22	2.2	23	85	11	64	78	4	10	6	1.06
621223--621338	51	2.3	51	82	8	139	34	14	20	30	1.93
622722--622774	27	2.0	27	96	0	97	26	3	16	52	1.61
627772--627817	19	2.5	17	83	13	56	26	0	0	73	0.83
628749--628780	12	2.7	12	90	0	55	37	0	0	62	0.95
628749--628816	20	3.0	23	73	18	63	36	1	0	61	1.05
635673--635699	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
635653--635716	32	2.0	33	87	9	96	26	15	15	42	1.87
636806--636831	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
637940--637965	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
639074--639099	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
639452--639511	30	2.0	30	100	0	120	40	23	6	30	1.80
639825--639868	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
640020--640059	20	1.9	22	90	10	66	55	17	15	12	1.70
643769--643806	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
645611--645655	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
647882--647907	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
650233--650459	48	4.8	48	91	1	348	34	15	28	21	1.94
650352--650425	23	3.2	23	64	17	62	37	12	29	20	1.89
650233--650459	95	2.4	96	90	0	348	34	15	28	21	1.94
650432--650525	45	2.1	45	91	0	152	37	15	21	25	1.93
650432--650538	45	2.4	45	88	0	133	38	16	21	23	1.93
650573--650638	34	1.9	35	87	3	98	27	13	24	34	1.93
650629--651057	28	14.5	28	82	8	227	21	18	29	30	1.97
650630--651122	56	8.2	56	78	10	263	21	18	29	30	1.97
650797--651252	32	14.5	32	86	2	586	19	18	29	32	1.96
650799--651299	220	2.3	220	92	1	824	20	18	29	32	1.96
651286--651658	27	13.7	27	84	5	432	30	14	31	23	1.94
657365--657390	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
657345--657410	33	2.0	33	87	0	96	25	15	16	42	1.87
657922--657950	12	2.5	12	94	5	51	86	13	0	0	0.58
657921--657953	11	3.1	11	86	8	50	78	21	0	0	0.75
658998--659132	51	2.6	51	80	4	144	32	24	10	32	1.89
659119--659192	28	2.6	28	86	0	94	21	35	21	21	1.96
659148--659350	79	2.6	78	80	7	207	23	31	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
665460--666704	55	21.4	61	86	7	1207	26	27	19	26	1.99
667515--667540	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
667495--667560	33	2.0	33	87	0	96	25	15	16	42	1.87
671045--671070	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
671109--671184	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
671130--671202	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
671109--671202	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
673640--673678	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
673664--673742	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
675750--675787	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
679849--679874	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
679913--679988	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
679934--680006	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
679913--680006	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
681566--681619	19	2.8	20	83	8	76	35	12	14	37	1.85
681602--681626	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
681583--681647	32	2.0	33	87	3	96	40	13	13	32	1.85
682200--682243	21	2.0	22	86	4	63	43	15	4	36	1.68
683986--684025	22	1.9	22	90	10	66	52	0	15	32	1.43
683986--684035	22	2.4	22	83	9	61	52	0	16	32	1.44
685291--685321	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
687258--687283	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687381--687429	13	4.2	13	70	24	54	32	16	16	34	1.91
687361--687429	34	2.1	32	89	10	104	34	15	15	33	1.90
688822--688865	23	1.9	23	86	9	63	31	6	20	40	1.79
689619--689924	166	1.8	167	82	6	399	31	12	9	46	1.73
691800--692109	166	1.9	166	88	1	469	28	12	10	48	1.74
692101--692469	166	2.2	163	78	8	379	31	10	8	49	1.69
692924--692966	13	3.3	13	83	6	52	74	0	23	2	0.93
692939--692968	10	3.1	10	95	4	53	73	0	20	6	1.05
698107--698161	20	2.8	19	83	8	65	29	18	12	40	1.87
698178--698231	20	2.7	20	97	0	99	37	18	7	37	1.79
712628--713684	157	6.7	157	82	4	1157	26	15	19	38	1.92
712597--714079	314	4.8	309	80	7	1382	25	16	20	38	1.93
713699--714079	155	2.4	156	81	2	444	22	17	21	38	1.94
716930--717795	84	10.3	81	78	7	603	19	31	14	34	1.92
716930--717753	167	4.9	166	76	8	569	19	31	14	33	1.92
717159--717533	42	9.0	41	67	10	168	18	31	13	36	1.90
718491--718611	57	2.1	57	98	0	233	22	6	9	61	1.51
718505--718639	57	2.4	57	87	2	164	25	6	9	57	1.55
718881--719636	166	4.6	165	79	6	713	28	11	9	51	1.68
720557--720594	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
720626--720658	13	2.5	13	95	0	57	39	12	18	30	1.87
720730--720870	32	4.4	32	91	0	219	36	14	17	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720849--720881	13	2.5	13	95	0	57	45	15	12	27	1.81
720810--720913	45	2.3	45	90	3	156	39	14	18	27	1.89
720778--720945	77	2.2	77	89	0	246	38	14	19	28	1.90
720855--720964	32	3.4	32	91	3	159	40	15	18	26	1.90
720876--720932	19	3.3	19	63	27	54	42	15	19	22	1.89
721508--721546	12	3.2	12	85	7	53	82	0	17	0	0.68
727683--727722	13	3.1	13	100	0	80	30	37	7	25	1.83
728042--728074	15	2.1	16	88	5	50	72	0	0	27	0.85
728235--728286	19	2.8	18	72	18	52	59	3	0	36	1.16
728339--728439	17	5.8	17	67	21	50	65	2	0	31	1.08
728363--728439	34	2.3	34	80	17	90	63	2	0	33	1.08
728463--728522	8	7.6	8	84	3	77	0	16	0	83	0.65
728464--728522	16	3.8	16	82	13	86	0	16	0	83	0.66
729639--729711	18	3.9	18	70	19	60	67	5	0	27	1.13
733440--733512	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
733457--733533	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
733440--733533	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
733572--733597	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
737659--737689	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
739768--739806	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
739927--739973	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
739929--739971	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741649--741744	48	2.0	48	97	0	183	37	7	29	26	1.83
742298--742370	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
742315--742391	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
742298--742391	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
742430--742455	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
745342--745366	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
745827--745917	36	2.8	32	75	21	98	31	13	24	30	1.93
746999--747040	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
747458--747499	21	2.0	21	86	9	59	61	0	19	19	1.34
748417--748463	24	2.0	24	88	12	71	14	2	19	63	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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