genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

This is table  14  of  27  ( 3195 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2401606--2401631	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2401586--2401652	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2403991--2404090	52	1.9	53	87	2	148	29	23	10	38	1.87
2403990--2404110	52	2.3	52	82	2	145	29	24	10	34	1.89
2404096--2404173	28	2.8	28	82	7	88	23	34	19	23	1.96
2404126--2404348	79	2.8	79	79	6	247	24	30	15	29	1.96
2405310--2405338	13	2.3	13	94	5	51	37	13	13	34	1.85
2405384--2405441	19	3.0	20	85	7	84	34	17	15	32	1.91
2405425--2405449	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2405406--2405470	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
2406078--2406384	80	3.8	81	79	8	324	32	9	28	28	1.89
2406078--2406390	160	2.0	160	88	2	468	32	9	28	28	1.89
2406270--2406512	129	1.9	128	85	0	333	32	11	27	27	1.91
2406398--2406565	80	2.1	77	81	3	192	33	11	25	29	1.91
2406371--2406592	77	2.9	77	74	10	206	30	12	27	30	1.92
2409083--2409134	20	2.5	21	90	3	79	32	21	9	36	1.86
2414559--2414730	59	2.9	59	83	3	195	17	16	16	50	1.79
2414625--2414752	59	2.2	59	81	0	148	21	19	13	45	1.84
2418721--2418794	21	3.6	20	88	3	94	32	14	12	40	1.83
2426332--2426357	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2426314--2426378	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
2430422--2430452	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431657--2431688	8	4.0	8	100	0	64	12	0	25	62	1.30
2431891--2431928	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2433538--2433581	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
2433724--2433938	60	3.4	60	67	15	180	37	3	27	31	1.73
2433714--2433976	131	2.0	131	99	0	517	36	3	26	33	1.72
2434599--2434651	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
2442667--2442697	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2450281--2450323	16	2.8	16	82	3	52	55	0	0	44	0.99
2455409--2455834	213	2.0	213	98	0	816	19	25	6	48	1.73
2457400--2457439	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
2457871--2457957	10	8.4	10	72	20	72	45	0	2	51	1.13
2457874--2457962	9	9.8	9	80	12	58	44	0	2	52	1.13
2457886--2457963	16	4.9	16	74	15	56	44	0	2	52	1.14
2457874--2457936	5	13.4	5	74	12	53	47	0	3	49	1.17
2458056--2458196	27	5.2	27	71	19	89	48	3	0	48	1.19
2458074--2458134	18	3.2	18	72	9	50	50	1	0	47	1.10
2458059--2458180	28	4.6	27	73	20	87	46	3	0	50	1.17
2458377--2458424	20	2.4	19	80	16	53	37	20	2	39	1.65
2459924--2459950	13	2.1	13	100	0	54	40	0	14	44	1.46
2460637--2461509	464	1.9	461	82	4	1098	36	15	10	37	1.83
2463573--2463623	21	2.4	21	96	0	93	45	11	15	27	1.81
2463573--2463642	21	3.3	20	88	7	79	45	8	14	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2464682--2464707	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2464664--2464728	32	2.0	34	87	6	98	43	16	12	27	1.84
2473997--2474068	20	3.5	20	86	3	90	40	12	13	33	1.83
2480193--2480245	28	2.0	28	85	10	76	28	24	16	30	1.97
2480266--2480528	129	2.0	128	86	7	363	27	23	9	40	1.84
2483134--2483158	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2483167--2483295	52	2.5	52	92	0	222	36	18	17	27	1.93
2490007--2490141	20	6.7	20	82	9	118	31	20	12	34	1.90
2489999--2490122	41	3.0	40	85	8	162	31	20	12	34	1.91
2490007--2490144	61	2.3	60	83	8	165	31	21	12	35	1.90
2490007--2490144	40	3.4	40	83	8	165	31	21	12	35	1.90
2490067--2490144	20	3.9	20	96	0	129	30	23	10	35	1.88
2490159--2490212	20	2.7	20	88	0	72	37	11	12	38	1.79
2490637--2490665	13	2.1	14	93	6	51	72	20	0	6	1.07
2502609--2502729	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2502609--2502749	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2502738--2502762	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2502829--2502853	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2502807--2502873	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2503649--2504043	171	2.3	171	93	2	675	36	14	24	24	1.93
2504019--2504087	22	3.2	22	63	19	54	30	17	26	26	1.97
2503957--2504959	49	20.7	49	84	2	1303	30	17	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503958--2504964	98	10.4	98	95	2	1660	30	17	27	24	1.97
2504959--2505028	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
2505033--2505701	34	20.9	32	77	14	380	31	13	34	20	1.91
2505143--2505196	27	2.0	27	92	0	90	25	14	37	22	1.93
2505103--2505224	61	2.0	60	84	7	158	33	13	32	19	1.91
2505065--2505392	97	3.3	98	80	9	314	33	12	33	19	1.90
2505170--2505578	125	3.2	132	86	7	547	29	13	36	20	1.91
2505198--2505671	98	5.1	94	79	13	382	29	13	36	20	1.91
2505466--2505544	27	2.9	27	98	0	149	17	17	40	24	1.91
2505501--2505558	27	2.1	27	80	0	62	29	12	37	20	1.89
2505557--2505671	30	3.9	30	84	10	164	25	13	37	23	1.92
2505551--2505669	58	2.1	58	95	0	211	27	13	36	22	1.92
2505231--2505666	125	3.4	125	84	8	519	28	13	36	21	1.92
2506634--2506663	1	30.0	1	93	0	51	0	3	0	96	0.21
2513906--2514026	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2513906--2514046	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2514035--2514059	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2514126--2514150	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2514104--2514170	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2515460--2515511	25	2.1	25	92	0	86	15	28	9	46	1.77
2519097--2519172	14	5.1	15	73	15	61	84	11	1	2	0.79
2519097--2519172	19	3.9	19	78	13	84	84	11	1	2	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2519098--2519172	25	2.9	26	80	9	82	84	12	1	2	0.80
2519075--2519154	39	2.0	41	83	11	103	82	10	5	2	0.91
2520479--2520505	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2520462--2520524	32	1.9	33	87	9	94	28	15	14	41	1.87
2520489--2520545	19	2.9	19	89	2	87	31	17	15	35	1.92
2520595--2520619	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2526948--2526995	21	2.4	21	82	6	55	31	20	0	47	1.50
2532303--2532441	52	2.7	52	87	4	201	31	17	17	33	1.93
2532483--2532547	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
2532503--2532527	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2533401--2533630	49	4.6	52	77	12	157	33	16	25	24	1.96
2533492--2533848	43	7.9	43	80	11	410	31	18	24	24	1.97
2533452--2533848	92	4.3	92	95	2	690	31	18	24	24	1.97
2533452--2533848	183	2.1	187	93	3	696	31	18	24	24	1.97
2539451--2539522	21	3.5	20	81	7	83	31	20	13	33	1.92
2553859--2553926	11	5.9	11	73	17	50	82	8	7	1	0.91
2553859--2553938	36	2.2	36	87	10	119	82	10	6	1	0.89
2553913--2553943	15	2.1	15	100	0	62	80	19	0	0	0.71
2555290--2555347	14	4.5	14	70	26	56	32	13	17	36	1.89
2567655--2567709	1	55.0	1	100	0	110	100	0	0	0	0.00
2568794--2569040	46	5.4	44	74	14	155	29	18	27	23	1.98
2568741--2569048	94	3.3	92	81	15	355	30	17	27	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574544--2574678	20	6.7	19	83	9	137	31	20	12	35	1.90
2574536--2574659	41	3.0	40	83	8	153	31	20	12	35	1.90
2574544--2574681	40	3.4	40	83	8	165	31	20	12	36	1.89
2574604--2574681	20	3.9	20	98	0	138	30	21	10	37	1.87
2574696--2574749	20	2.7	20	88	0	72	37	11	12	38	1.79
2585080--2585131	25	2.1	25	92	0	86	15	28	9	46	1.77
2588695--2588772	39	2.0	40	82	12	99	82	10	5	2	0.93
2588704--2588791	17	5.4	16	77	12	72	82	11	2	3	0.87
2588716--2588790	15	5.3	14	77	17	66	84	10	1	4	0.82
2590098--2590156	13	5.1	13	71	26	60	30	15	13	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27