genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1109336--1109407	27	2.7	27	82	4	83	26	31	16	25	1.96
1109390--1109459	33	2.2	32	85	7	90	22	30	14	32	1.94
1109471--1109638	66	2.6	65	77	9	180	19	30	12	37	1.88
1109468--1109638	32	5.2	32	77	9	175	18	30	13	37	1.89
1109683--1110336	52	12.8	52	73	7	489	25	26	15	33	1.95
1109774--1109970	95	2.1	95	79	1	207	25	25	15	32	1.95
1109693--1110075	199	1.9	199	81	3	466	25	25	15	33	1.95
1109941--1110330	205	1.9	204	79	5	437	24	26	15	33	1.95
1110286--1110410	61	2.1	60	81	1	142	23	25	12	39	1.89
1110972--1110997	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1113736--1113760	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1113716--1113782	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1113823--1113847	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1113856--1113985	52	2.5	52	91	3	201	33	19	16	31	1.94
1117804--1118837	475	2.2	476	88	1	1500	37	14	17	30	1.89
1118558--1119129	287	2.0	287	100	0	1144	36	12	19	31	1.89
1118845--1120834	476	4.2	473	83	4	2354	36	13	18	30	1.90
1123271--1125249	476	4.2	476	83	3	2441	36	14	19	30	1.91
1123284--1125249	952	2.1	952	86	1	2753	36	14	19	30	1.91
1125966--1126020	20	2.8	20	83	5	67	36	18	10	34	1.86
1129710--1129763	19	2.7	21	88	8	78	25	14	16	42	1.87
1138475--1138528	19	2.7	21	88	8	78	25	14	16	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1143192--1143223	3	10.7	3	93	0	55	31	31	0	37	1.58
1146354--1146422	33	2.1	33	88	0	102	18	17	23	40	1.91
1147107--1147146	21	2.0	21	85	14	57	50	12	15	22	1.77
1147379--1147434	20	2.8	20	89	2	78	35	14	16	33	1.88
1155919--1155958	21	2.0	21	85	14	57	50	12	15	22	1.77
1156013--1156062	21	2.3	22	80	10	59	28	8	16	48	1.74
1156190--1156216	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1157831--1158079	127	2.0	127	93	0	426	36	13	18	30	1.90
1157958--1174184	476	34.2	475	81	4	16550	37	13	18	30	1.89
1167325--1168145	157	5.2	156	68	11	393	38	12	19	30	1.87
1166086--1168177	158	13.2	157	65	13	430	37	12	19	30	1.89
1171292--1171929	158	4.1	156	63	16	371	37	14	16	31	1.89
1175231--1175342	51	2.2	51	81	0	125	33	12	24	30	1.92
1175276--1175607	79	4.2	78	80	5	344	33	14	23	28	1.94
1175179--1175419	130	1.9	129	81	2	295	33	12	24	29	1.91
1175277--1175607	158	2.1	158	84	2	432	33	14	22	28	1.94
1178014--1178064	20	2.5	20	93	0	84	41	15	17	25	1.89
1178651--1178732	34	2.4	34	89	0	128	39	15	28	17	1.90
1178718--1178848	42	3.1	42	78	6	133	44	10	22	22	1.83
1178824--1179346	61	8.5	60	90	2	623	29	19	26	25	1.98
1180311--1180347	9	4.2	9	83	16	51	0	13	0	86	0.57
1183061--1203786	476	43.8	476	77	7	11785	36	13	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1190978--1193660	159	16.9	157	66	10	677	36	14	18	30	1.91
1193306--1194517	610	2.0	612	82	1	1475	35	13	19	31	1.91
1193916--1196903	475	6.3	476	83	3	3325	36	13	19	31	1.90
1195035--1196630	158	10.1	156	67	12	479	35	13	19	31	1.91
1196765--1197020	136	1.9	135	86	5	365	34	14	19	32	1.91
1197960--1198615	159	4.1	158	67	12	401	35	14	19	30	1.91
1197960--1198756	159	5.0	158	68	9	377	36	13	19	30	1.91
1200389--1201050	330	2.0	331	86	1	934	34	12	21	31	1.91
1198917--1203786	475	10.3	475	76	6	4112	36	13	18	31	1.90
1203659--1203915	136	1.9	136	83	3	338	33	15	19	32	1.92
1203794--1205613	476	3.9	474	80	6	1950	36	14	18	30	1.91
1203863--1205601	930	1.9	931	83	3	2293	36	14	18	30	1.91
1205613--1205815	112	1.8	112	81	2	255	33	16	16	33	1.91
1207120--1207365	135	1.8	135	86	0	357	34	17	18	29	1.94
1208060--1208352	158	1.9	158	86	4	412	37	15	16	30	1.90
1207255--1209260	462	4.2	465	79	6	2013	36	14	18	30	1.90
1208670--1209873	612	2.0	613	85	2	1661	35	14	19	30	1.91
1209685--1210367	158	4.3	156	70	14	491	36	15	17	30	1.90
1210498--1224221	476	29.0	475	82	4	15770	30	18	14	36	1.91
1225873--1225907	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
1225873--1225945	24	3.3	23	72	21	75	45	0	42	12	1.41
1225864--1225973	42	2.6	42	88	0	166	48	0	40	10	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1235883--1235932	18	2.7	19	79	11	52	8	44	2	46	1.44
1235917--1235971	9	6.4	9	71	12	53	14	43	0	41	1.45
1235922--1235956	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
1235889--1236007	42	2.8	42	89	0	166	11	43	0	43	1.46
1237635--1240030	477	5.1	474	81	7	2682	31	18	14	36	1.91
1240027--1241475	478	3.0	479	88	2	2015	31	18	13	36	1.90
1242017--1242192	88	2.0	88	96	0	325	29	23	11	35	1.91
1242175--1242265	46	2.0	46	100	0	182	24	23	17	35	1.95
1242382--1242674	150	2.0	150	86	2	410	27	21	12	38	1.90
1245218--1247333	476	4.4	476	83	2	2557	30	18	13	36	1.90
1245218--1247333	953	2.2	953	84	2	2714	30	18	13	36	1.90
1247012--1247654	318	2.0	321	84	5	829	30	18	13	37	1.90
1247019--1247775	320	2.4	318	80	6	730	29	18	14	36	1.90
1246534--1248137	798	2.0	792	86	2	2243	30	18	13	36	1.90
1247327--1252800	477	11.5	474	83	2	6539	30	18	14	36	1.91
1247327--1257382	476	20.8	475	74	10	6831	29	18	15	36	1.91
1247327--1257382	951	10.4	952	74	9	6873	29	18	15	36	1.91
1258085--1272954	476	31.4	474	80	8	9242	30	18	14	36	1.91
1258085--1264658	944	7.0	944	88	3	8505	30	18	14	36	1.90
1268072--1268382	158	2.0	157	86	3	437	30	17	16	35	1.92
1268093--1268436	158	2.2	157	84	1	429	31	17	15	35	1.92
1267614--1268909	631	2.0	635	90	1	2046	30	17	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1268314--1272952	926	5.0	922	81	7	4797	31	18	14	36	1.91
1273270--1273362	20	4.6	20	86	2	141	34	13	19	32	1.91
1273422--1273447	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1275891--1276531	159	4.0	159	67	15	386	32	18	13	34	1.90
1274209--1282377	477	17.2	476	86	2	10480	30	19	14	35	1.91
1274209--1282377	953	8.6	950	85	2	10464	30	19	14	35	1.91
1277070--1282026	159	31.2	156	65	12	701	30	19	14	35	1.91
1283999--1284033	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
1284002--1284047	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
1289044--1292712	476	7.7	475	86	2	4905	30	19	14	35	1.91
1289049--1292712	951	3.9	949	87	2	4896	30	19	14	35	1.91
1297666--1297726	9	7.1	9	74	10	65	13	44	0	42	1.43
1297638--1297756	42	2.8	42	92	0	184	10	45	0	43	1.43
1297671--1297747	12	6.9	12	75	19	62	11	46	0	41	1.40
1299372--1310498	476	23.6	475	84	4	13409	30	18	14	36	1.91
1301761--1303831	159	13.1	155	65	14	412	30	18	14	36	1.91
1304106--1305193	158	6.9	160	65	17	409	30	17	14	36	1.91
1305518--1306159	159	4.1	155	66	14	349	29	18	15	35	1.92
1306434--1309916	159	22.1	160	65	16	574	30	17	15	36	1.91
1307755--1309910	159	13.5	157	66	14	624	30	17	15	36	1.91
1307685--1310126	159	15.3	157	66	12	608	30	17	15	36	1.91
1311165--1312869	476	3.6	476	84	3	2252	30	17	14	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1312112--1313634	765	2.0	765	87	2	2216	30	16	14	37	1.89
1313561--1314021	231	2.0	228	83	4	588	30	16	15	37	1.90
1313792--1318746	476	10.4	476	85	2	6201	31	17	14	37	1.89
1313793--1318738	159	31.2	158	67	13	1651	31	17	14	37	1.89
1318318--1319170	424	2.0	423	90	1	1361	31	18	12	37	1.88
1319014--1351466	159	205.3	158	66	13	5194	30	17	14	37	1.90
1317854--1319647	901	2.0	897	87	3	2550	31	17	13	37	1.89
1318751--1351763	475	69.6	476	87	2	43095	30	17	14	37	1.90
1325531--1351516	159	164.2	155	66	12	6150	30	17	14	37	1.90
1355165--1355242	9	9.0	9	70	8	63	11	43	1	43	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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