genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1355187--1355221	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
1355150--1355272	42	2.9	42	87	1	165	8	45	1	43	1.45
1355178--1355263	24	3.8	24	72	17	76	11	46	1	40	1.48
1356886--1360128	474	6.8	476	87	2	4260	31	18	14	36	1.90
1356896--1359999	159	19.6	158	67	14	795	30	18	14	36	1.90
1359537--1360722	594	2.0	592	89	2	1842	31	17	13	37	1.89
1360129--1361196	474	2.2	474	91	2	1680	30	18	13	37	1.89
1360605--1361790	594	2.0	592	91	2	1914	30	17	13	37	1.89
1361197--1362264	474	2.2	474	89	2	1615	31	17	13	37	1.89
1361454--1362135	159	4.3	158	66	13	412	30	18	14	36	1.90
1361673--1362857	594	2.0	591	89	2	1824	31	17	13	37	1.89
1362265--1363331	473	2.2	474	89	2	1599	31	18	13	37	1.89
1362740--1363925	594	2.0	592	90	2	1844	31	17	13	37	1.89
1363332--1364399	474	2.2	474	91	2	1680	31	17	13	37	1.89
1363808--1364994	595	2.0	592	90	2	1889	30	17	13	37	1.89
1364400--1365400	474	2.1	475	91	1	1587	30	18	13	37	1.89
1364877--1366062	594	2.0	592	90	2	1844	31	17	13	37	1.89
1365469--1366536	474	2.2	474	91	2	1680	31	17	13	37	1.89
1365945--1367130	594	2.0	592	90	2	1896	30	17	13	37	1.89
1366537--1367604	474	2.2	474	89	2	1615	31	17	13	37	1.89
1366794--1367475	159	4.3	158	66	13	421	30	18	14	36	1.90
1367013--1368198	594	2.0	592	90	2	1869	31	17	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1367605--1368672	474	2.2	474	91	2	1696	31	17	13	37	1.89
1367862--1368530	159	4.2	158	66	12	436	30	18	14	37	1.90
1368557--1368790	119	2.0	118	82	5	285	32	14	14	37	1.87
1368081--1369263	592	2.0	590	91	2	1901	30	17	13	37	1.89
1368673--1369738	473	2.2	473	89	2	1613	31	18	13	37	1.89
1369739--1370806	474	2.2	474	89	1	1595	31	18	13	36	1.89
1370215--1371400	594	2.0	592	90	2	1851	31	17	13	37	1.89
1370807--1371874	474	2.2	474	91	2	1687	31	17	13	37	1.89
1371064--1371732	159	4.2	158	66	12	436	30	18	14	37	1.90
1371759--1371992	119	2.0	118	82	5	285	32	14	14	37	1.87
1371283--1372468	594	2.0	592	91	2	1905	31	17	13	37	1.89
1371875--1372942	474	2.2	474	89	2	1606	31	18	13	37	1.89
1372351--1373536	594	2.0	592	89	2	1842	31	17	13	37	1.89
1373200--1373868	159	4.2	158	66	12	436	30	18	14	37	1.90
1375375--1395259	159	125.4	159	67	11	7127	30	18	13	37	1.89
1374054--1395337	475	44.8	472	86	3	26850	30	18	13	37	1.89
1374054--1395337	954	22.4	948	86	3	27538	30	18	13	37	1.89
1395641--1395713	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
1395658--1395734	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
1395641--1395734	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
1395773--1395798	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1399859--1399889	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1401968--1402006	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1403797--1403860	31	2.1	31	100	0	128	29	3	25	42	1.70
1404480--1404552	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
1404497--1404573	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
1404480--1404573	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
1404612--1404637	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1405386--1407676	476	4.8	476	85	2	2960	30	18	14	36	1.91
1405509--1407676	159	13.6	159	68	11	758	30	18	14	36	1.91
1405388--1407680	952	2.4	949	89	1	3439	30	18	14	36	1.91
1408498--1409082	308	1.9	309	85	4	815	28	16	14	39	1.89
1408018--1409561	785	2.0	784	86	2	2204	30	17	14	37	1.90
1410101--1410197	50	1.9	50	95	0	176	20	15	21	42	1.89
1408807--1423894	475	31.6	476	83	3	17680	30	18	14	36	1.90
1410582--1423675	159	82.5	157	65	15	2794	30	18	14	36	1.90
1428869--1428900	9	3.6	9	91	0	55	12	43	0	43	1.42
1428887--1428921	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
1430716--1433894	159	20.1	158	66	10	973	30	18	14	36	1.90
1430537--1433894	476	7.1	476	84	2	4168	30	18	14	36	1.90
1435502--1435620	42	2.8	42	90	0	184	42	2	45	9	1.49
1435511--1435596	24	3.8	24	69	17	76	41	2	44	11	1.53
1441317--1460279	159	119.5	158	65	13	3000	30	18	14	36	1.90
1441295--1460283	476	39.9	475	84	2	23612	30	18	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1461907--1461982	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1461906--1461991	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1461897--1462015	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1467075--1473648	159	41.4	157	65	12	1397	30	18	14	36	1.91
1466992--1473201	475	13.1	476	84	2	7648	30	18	14	36	1.91
1472874--1473500	329	1.9	326	83	4	803	29	17	15	37	1.90
1474759--1474877	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
1474792--1474867	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1474783--1474868	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1474774--1474844	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1476490--1481893	476	11.3	475	84	2	6620	30	18	14	36	1.91
1476822--1481337	159	28.4	155	66	13	944	30	18	14	36	1.91
1483506--1483581	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1483505--1483590	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1483496--1483614	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1489126--1489458	159	2.1	159	90	0	522	31	19	13	35	1.91
1488651--1489960	634	2.1	634	85	2	1763	31	18	14	36	1.90
1490667--1490706	1	40.0	1	92	0	53	92	0	2	5	0.45
1490670--1490708	20	2.0	20	100	0	78	87	0	2	10	0.65
1490711--1490767	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
1490823--1490890	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1490844--1490868	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1490825--1490887	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1490930--1490955	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1490910--1490976	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1493429--1493501	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
1493484--1493654	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
1493637--1493718	28	2.9	28	80	7	87	24	30	17	28	1.97
1494678--1495625	476	2.0	473	84	3	1251	30	18	14	36	1.90
1500610--1500728	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
1500643--1500718	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1500634--1500719	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1500625--1500695	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1502432--1503107	158	4.3	158	70	11	427	29	19	14	37	1.91
1502623--1503358	159	4.6	158	70	8	465	29	19	14	36	1.92
1502301--1503408	475	2.3	475	88	2	1674	29	19	14	36	1.91
1505071--1505190	42	2.9	42	87	0	177	40	2	48	8	1.47
1505080--1505165	24	3.8	24	63	17	58	39	2	47	10	1.51
1510325--1510999	158	4.3	159	68	14	417	31	17	14	36	1.90
1510169--1511681	477	3.2	473	84	5	1915	31	18	13	36	1.89
1511783--1512969	159	7.5	159	69	10	536	30	18	14	36	1.90
1511346--1512077	395	1.9	393	88	2	1108	31	18	13	36	1.90
1511697--1513028	476	2.8	476	93	0	2211	30	18	13	36	1.90
1512172--1514776	877	3.0	869	95	1	4593	30	18	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1513525--1514300	395	2.0	395	89	1	1205	31	18	13	36	1.90
1514006--1515100	159	6.9	160	70	10	496	30	18	14	36	1.91
1514185--1515244	159	6.7	157	69	10	517	29	18	14	37	1.90
1513920--1515251	476	2.8	475	93	0	2211	30	18	14	36	1.90
1514871--1515646	395	2.0	395	89	1	1178	31	18	13	36	1.90
1515349--1516071	159	4.6	160	70	10	453	30	18	14	37	1.90
1515741--1516515	395	2.0	394	88	1	1167	31	18	13	36	1.90
1514395--1526439	869	14.0	870	96	2	22190	30	18	14	36	1.91
1516610--1517385	395	2.0	395	89	1	1198	31	18	13	36	1.90
1517101--1517810	159	4.5	159	70	10	450	30	18	14	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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