genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2757953--2757995	8	5.2	8	84	15	61	13	0	0	86	0.58
2757954--2757993	9	4.7	9	87	12	66	10	0	0	90	0.47
2757955--2758002	24	2.0	25	87	4	71	10	4	0	85	0.73
2763123--2763161	10	4.0	10	90	6	62	79	10	2	7	1.02
2763123--2763161	19	2.0	19	90	5	60	79	10	2	7	1.02
2764676--2765118	52	8.7	50	73	8	290	24	23	17	34	1.96
2765084--2765200	61	1.9	61	91	3	191	22	26	13	37	1.91
2765872--2765926	19	2.8	19	88	2	74	36	12	12	38	1.82
2769413--2769752	59	5.7	59	78	6	276	25	9	22	43	1.83
2769406--2769698	120	2.4	119	80	6	306	26	8	21	43	1.82
2771865--2772266	148	2.7	148	78	2	367	33	19	21	25	1.97
2772499--2772542	16	2.7	16	85	3	52	27	4	2	65	1.23
2773289--2773314	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2773271--2773334	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2776859--2776952	30	3.1	30	76	13	95	20	34	17	28	1.95
2777042--2777704	32	21.2	32	70	15	352	21	29	13	35	1.91
2777036--2777228	91	2.1	91	86	0	269	22	30	13	33	1.93
2777117--2777340	118	1.9	120	85	5	312	22	29	13	34	1.92
2777052--2777289	91	2.6	88	81	7	264	21	30	13	33	1.93
2777080--2777292	59	3.5	59	84	3	264	21	30	13	35	1.92
2777145--2777340	59	3.3	57	80	7	205	22	30	12	34	1.91
2777042--2777536	154	3.3	152	82	5	515	21	30	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777463--2777712	33	7.5	33	74	9	195	20	28	13	37	1.90
2780543--2780587	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2782391--2782421	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2784467--2784505	13	3.0	13	96	0	69	33	15	12	38	1.85
2784626--2784671	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2787358--2787451	30	3.1	30	76	13	95	20	34	17	28	1.95
2787541--2788203	32	21.2	32	69	15	336	21	29	13	35	1.91
2787535--2787727	91	2.1	91	85	0	260	21	30	14	34	1.93
2787551--2787788	91	2.6	88	80	7	255	21	30	14	34	1.93
2787579--2787791	59	3.5	59	83	3	255	20	29	14	36	1.91
2787644--2787839	59	3.3	57	79	7	196	21	30	12	34	1.91
2787750--2787932	93	2.0	93	80	8	212	22	29	12	35	1.90
2787541--2788035	154	3.3	152	81	5	493	21	30	13	35	1.91
2787969--2788211	33	7.3	33	73	9	190	20	28	12	38	1.89
2788022--2788221	102	2.0	102	87	4	287	22	28	13	36	1.92
2788826--2788851	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2789614--2789797	32	5.8	31	86	8	246	28	28	20	22	1.98
2789603--2789797	64	3.0	64	88	5	288	28	29	19	22	1.98
2789614--2789797	96	1.9	96	91	2	298	28	28	20	22	1.98
2789811--2789880	36	1.9	36	91	0	113	24	28	24	22	1.99
2789844--2790382	49	10.8	49	74	10	398	25	25	15	33	1.95
2790041--2790178	43	3.1	43	81	11	177	25	26	15	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790041--2790108	22	3.1	22	62	19	52	22	27	17	32	1.96
2790038--2790230	92	2.1	87	78	14	208	25	24	16	33	1.95
2790335--2790461	61	2.1	60	87	10	179	22	28	11	37	1.88
2791108--2791159	20	2.6	20	87	0	77	40	17	7	34	1.78
2795641--2795980	65	5.2	64	76	9	219	44	17	19	19	1.87
2795704--2795887	32	5.6	32	66	16	108	44	16	21	17	1.87
2795710--2797340	65	25.1	65	75	6	1005	44	17	20	17	1.86
2795710--2797308	195	8.2	193	77	5	1259	44	17	20	17	1.86
2796393--2796496	33	3.2	32	73	13	95	49	18	18	14	1.80
2796782--2796901	33	3.7	31	76	14	109	44	18	21	15	1.87
2795710--2797202	587	2.5	585	80	4	1493	45	17	20	17	1.86
2797056--2797152	31	3.1	31	71	19	83	44	17	20	17	1.87
2796782--2797212	32	13.3	33	68	16	138	44	19	19	16	1.86
2797266--2797340	32	2.3	32	88	0	105	45	17	24	13	1.84
2797252--2797437	97	1.9	97	83	8	245	44	16	23	16	1.86
2797298--2797442	64	2.3	63	80	9	159	44	15	22	17	1.87
2797352--2797444	32	2.9	30	79	7	96	43	11	23	21	1.86
2798019--2798388	76	4.9	75	76	5	269	47	11	15	26	1.78
2798092--2798286	77	2.6	76	79	4	212	46	8	15	29	1.75
2797973--2798392	153	2.8	151	74	9	404	46	11	15	26	1.79
2799726--2799987	109	2.4	112	84	4	336	38	10	14	36	1.80
2800649--2800710	20	3.2	19	76	15	72	32	12	19	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2800738--2800791	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
2802366--2802401	3	12.0	3	87	0	54	33	0	36	30	1.58
2807979--2808033	27	2.0	27	96	0	101	16	36	9	38	1.80
2809562--2809613	13	4.5	13	71	26	53	32	11	17	38	1.85
2809545--2809613	33	2.1	32	86	10	95	30	13	18	37	1.89
2813039--2813069	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2816849--2817211	149	2.4	146	79	5	379	36	19	19	24	1.95
2816871--2817232	148	2.4	148	81	4	415	35	19	19	24	1.95
2818091--2818140	19	2.6	19	87	3	64	42	16	12	30	1.84
2819011--2819077	33	2.0	33	82	0	80	28	17	29	23	1.97
2826825--2826879	19	2.8	19	91	2	83	36	14	18	30	1.91
2826864--2826889	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2827484--2827954	166	2.8	165	82	6	508	42	14	9	33	1.79
2828928--2828963	18	1.9	18	88	5	54	8	2	2	86	0.77
2838149--2838189	18	2.3	18	87	4	57	39	2	0	58	1.11
2838944--2839058	57	2.0	57	93	3	196	29	20	11	39	1.87
2841442--2841726	65	4.4	65	78	4	216	42	18	22	17	1.89
2841473--2841750	65	4.3	65	78	4	222	42	18	21	17	1.89
2841765--2841893	65	2.0	66	81	7	156	40	12	26	20	1.88
2842201--2842471	55	4.9	55	88	3	375	27	29	20	22	1.99
2843204--2843280	21	3.7	21	85	3	102	35	11	16	36	1.86
2843316--2843383	19	3.9	19	74	21	76	35	10	14	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2843318--2843380	32	2.0	32	93	0	108	34	11	15	38	1.83
2845772--2845906	51	2.6	54	81	9	172	31	24	10	33	1.89
2845890--2845962	27	2.7	27	87	6	94	24	30	19	26	1.98
2845949--2846118	52	3.3	50	77	11	173	30	26	11	31	1.92
2845781--2846118	104	3.2	101	71	13	297	29	25	12	32	1.92
2845779--2846172	212	1.9	211	88	5	598	28	26	12	31	1.93
2858511--2858564	11	5.0	11	78	13	67	85	14	0	0	0.61
2858511--2858565	21	2.6	21	88	2	83	85	14	0	0	0.60
2858525--2858565	18	2.4	17	88	11	66	87	12	0	0	0.53
2859422--2860369	59	16.4	59	86	6	1157	25	28	21	25	1.99
2859422--2860321	406	2.2	406	93	2	1508	25	28	21	25	1.99
2861122--2861189	19	3.9	19	74	21	76	35	10	14	39	1.80
2861124--2861186	32	2.0	32	93	0	108	34	11	15	38	1.83
2861229--2861254	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2861209--2861275	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2863621--2863962	52	6.5	53	67	17	185	29	26	11	32	1.92
2863626--2863963	104	3.2	103	71	13	310	29	26	12	31	1.92
2863946--2864022	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
2863624--2864017	212	1.9	212	89	3	614	28	27	13	31	1.94
2867897--2867991	47	2.0	47	93	0	163	32	13	13	40	1.84
2869266--2869312	20	2.3	20	81	3	58	36	6	19	38	1.77
2881551--2881590	20	2.0	20	90	0	62	37	10	12	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2882920--2882983	27	2.4	27	89	0	92	32	14	18	34	1.91
2884877--2885017	43	3.3	43	82	2	142	17	26	13	41	1.87
2885362--2885415	20	2.7	20	86	8	74	31	14	14	38	1.87
2885443--2885480	13	2.9	13	96	0	67	31	18	15	34	1.92
2886278--2886350	35	2.1	34	87	2	101	19	26	16	38	1.92
2899073--2899128	20	2.8	19	86	5	76	37	14	10	37	1.81
2899022--2899199	91	1.9	92	84	3	234	42	13	13	30	1.83
2902333--2902367	18	1.9	18	88	0	52	8	31	11	48	1.69
2906532--2906564	16	2.0	17	88	5	50	54	0	3	42	1.15
2906626--2906667	17	2.5	17	96	0	75	35	16	7	40	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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