genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154881--155125	35	7.5	31	77	9	102	20	30	12	35	1.90
154942--156066	34	34.8	33	74	14	719	21	30	11	36	1.89
155196--155254	27	2.1	28	84	3	75	22	30	13	33	1.92
155495--155613	27	4.1	27	68	16	78	22	29	12	35	1.91
155393--155842	69	7.1	61	72	16	254	21	30	11	36	1.89
155339--155842	127	3.9	127	76	14	342	21	30	11	36	1.89
155291--155875	223	2.6	216	80	11	565	21	30	11	36	1.88
155843--156047	27	7.0	27	73	15	158	22	31	12	33	1.92
155749--156047	59	4.9	59	82	5	330	21	32	12	34	1.90
156137--156314	52	3.4	52	89	3	252	22	23	16	37	1.93
156241--156615	52	7.5	49	70	12	174	24	24	17	33	1.96
156231--156410	95	1.9	95	87	4	265	25	25	17	32	1.96
156338--156450	49	2.2	51	87	4	158	26	23	15	33	1.95
156245--156601	101	3.6	99	75	11	246	24	23	17	34	1.96
156570--156697	61	2.1	61	88	0	184	22	27	12	37	1.90
157560--157592	16	2.1	16	100	0	66	27	24	6	42	1.78
161124--161177	20	2.7	20	88	2	72	29	14	12	42	1.83
163837--164123	156	1.9	154	80	4	344	38	19	16	25	1.92
165914--165951	20	1.9	19	89	5	58	2	13	0	84	0.73
165916--165965	12	4.1	12	80	14	57	2	18	0	80	0.82
165916--165962	24	2.0	24	86	0	67	2	17	0	80	0.80
166095--166129	13	2.7	13	86	0	52	11	5	5	77	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166487--166843	167	2.1	167	81	7	413	47	7	12	32	1.68
176634--176667	7	5.0	7	85	7	52	88	11	0	0	0.52
176633--176665	13	2.5	13	90	0	57	90	9	0	0	0.44
177667--177700	14	2.5	13	86	9	50	29	29	5	35	1.81
178161--178295	32	4.4	30	79	7	112	28	28	13	30	1.94
178173--178293	32	3.8	32	80	6	133	24	28	14	33	1.94
178159--178297	62	2.2	61	79	10	156	27	28	13	30	1.94
178280--178382	28	3.6	29	72	13	97	35	28	10	25	1.89
178491--178931	52	8.5	52	72	7	270	25	22	14	36	1.93
178507--178888	156	2.4	156	82	1	451	25	23	14	36	1.92
183679--183716	20	1.9	20	94	0	67	36	13	13	36	1.83
192519--192549	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
192499--192563	33	2.0	33	87	6	96	33	18	13	33	1.90
192594--192666	19	3.8	19	87	1	83	39	16	12	31	1.85
194398--195723	156	8.5	157	83	2	1379	22	18	21	37	1.94
199855--199988	52	2.6	52	80	2	153	35	18	21	23	1.95
199855--200098	104	2.4	100	78	6	222	35	17	22	25	1.95
200113--200200	43	2.0	43	86	0	122	28	18	27	26	1.98
201211--201412	40	5.2	40	77	11	206	29	40	17	12	1.86
201292--201326	18	1.9	18	88	0	52	31	37	20	11	1.88
201241--201480	72	3.2	72	71	18	211	29	40	17	12	1.86
201342--201407	18	3.4	18	73	15	69	30	39	21	9	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201310--201417	22	5.3	21	64	17	66	31	40	18	9	1.82
201211--201436	80	3.0	75	78	10	262	30	41	16	12	1.85
201291--201429	40	3.5	40	85	0	188	30	41	17	11	1.85
202018--202042	13	1.9	13	100	0	50	48	12	40	0	1.40
203916--204389	234	2.0	234	90	0	743	33	21	17	28	1.96
209744--209782	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
209817--209862	23	2.0	23	82	0	56	36	6	28	28	1.82
209860--209900	21	2.0	21	95	0	73	36	9	24	29	1.87
209950--210086	53	2.6	53	90	1	211	28	16	16	38	1.90
210166--210206	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
211794--211818	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
213348--213512	84	2.0	84	80	7	192	24	18	3	52	1.61
213901--213942	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
215625--215670	23	2.0	23	82	0	56	36	6	28	28	1.82
215656--215712	21	2.6	22	86	5	89	36	10	24	28	1.88
215757--215893	53	2.6	53	95	1	247	27	16	18	38	1.91
216460--216495	14	2.4	16	86	13	51	61	0	5	33	1.19
216446--216533	18	4.5	18	72	15	68	65	0	2	31	1.05
216429--216540	16	7.2	16	68	17	58	64	0	1	33	1.10
216675--216720	24	2.0	24	91	4	76	71	2	0	26	0.97
217515--217589	39	2.1	36	80	16	84	45	0	6	48	1.29
217779--217873	3	30.3	3	79	12	77	67	2	3	27	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220292--220493	40	5.2	40	77	11	206	29	40	17	12	1.86
220373--220407	18	1.9	18	88	0	52	31	37	20	11	1.88
220322--220561	72	3.2	72	71	18	211	29	40	17	12	1.86
220423--220488	18	3.4	18	73	15	69	30	39	21	9	1.84
220391--220498	22	5.3	21	64	17	66	31	40	18	9	1.82
220292--220517	80	3.0	75	78	10	262	30	41	16	12	1.85
220372--220510	40	3.5	40	85	0	188	30	41	17	11	1.85
221100--221124	13	1.9	13	100	0	50	48	12	40	0	1.40
228829--228867	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
228902--228947	23	2.0	23	86	0	65	36	4	28	30	1.76
228945--228985	21	2.0	21	95	0	73	36	9	24	29	1.87
229035--229171	53	2.6	53	90	1	211	28	16	16	38	1.90
229251--229291	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
230878--230902	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
231487--231533	24	2.0	24	84	12	62	61	12	4	21	1.48
232432--232596	84	2.0	84	80	7	192	24	18	3	52	1.61
232985--233026	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
234709--234808	23	4.5	23	72	20	70	37	7	26	30	1.83
234740--234796	21	2.6	22	86	5	89	36	10	24	28	1.88
234841--234977	53	2.6	53	92	1	229	27	16	17	37	1.92
234947--235017	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
235543--235578	14	2.4	16	86	13	51	61	0	5	33	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235763--235807	23	2.0	23	90	0	72	71	2	0	26	0.98
236605--236643	17	2.2	19	86	9	55	43	0	7	48	1.31
236865--236959	3	30.3	3	79	12	77	67	2	3	27	1.17
239562--239992	214	2.0	214	100	0	862	39	17	23	19	1.92
241136--241166	8	3.8	8	91	8	53	29	0	0	70	0.87
241129--241166	17	2.2	17	95	0	67	31	0	0	68	0.90
242481--242510	14	2.2	13	94	5	51	0	36	0	63	0.95
246907--246961	20	2.7	21	77	2	58	27	18	12	41	1.86
247723--247976	31	7.7	31	73	13	170	22	19	28	29	1.98
247846--247930	41	2.0	41	86	4	116	20	22	28	29	1.98
247889--247990	33	3.2	33	85	2	127	22	19	29	28	1.98
247998--248127	59	2.2	58	88	1	188	33	11	27	27	1.91
248027--248376	29	11.8	29	76	8	231	33	13	27	25	1.93
248027--248242	119	1.8	116	82	6	274	32	11	27	28	1.91
248027--248346	89	3.6	89	79	4	310	34	12	27	25	1.92
248176--248492	30	10.5	30	79	7	252	34	15	25	24	1.95
248103--248415	89	3.5	88	79	5	236	32	14	27	25	1.95
249449--249536	33	2.7	33	83	0	104	27	6	25	40	1.80
249783--249845	18	3.3	18	83	12	90	44	4	22	28	1.73
249788--249851	21	3.2	21	89	6	98	42	6	21	29	1.78
250649--250728	40	2.0	40	87	4	117	38	10	11	40	1.75
251737--251761	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251717--251814	33	3.0	33	81	11	112	33	17	14	34	1.90
252482--252571	31	3.0	30	83	4	128	27	24	8	38	1.85
256188--256212	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
257958--257982	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
264161--264215	19	2.8	20	88	5	85	41	14	14	29	1.85
264199--264264	33	2.0	34	91	8	109	45	15	13	25	1.83
264201--264262	20	3.5	20	67	28	66	43	14	14	27	1.84
267296--267362	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
267841--267866	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
267927--267965	10	4.0	10	93	3	62	38	7	30	23	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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