genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold39
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4724573

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590109--2590196	19	4.9	19	77	17	98	30	17	14	37	1.90
2590081--2590175	32	2.9	32	90	4	147	30	15	12	41	1.85
2590225--2590290	20	3.7	20	73	26	83	31	15	21	31	1.94
2590246--2590303	13	4.9	13	68	23	56	34	15	18	31	1.93
2590226--2590305	33	2.4	33	100	0	160	32	15	21	31	1.94
2596633--2596680	21	2.4	21	82	6	55	31	20	0	47	1.50
2601973--2602118	52	2.8	52	90	4	224	30	17	17	34	1.93
2602160--2602224	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
2602180--2602204	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2603078--2603307	49	4.6	52	77	12	157	33	16	25	24	1.96
2603169--2603434	43	5.9	43	82	10	334	31	18	24	24	1.98
2603129--2603434	92	3.3	92	95	2	533	31	18	25	24	1.98
2610343--2611651	28	46.3	28	81	4	1311	29	29	17	24	1.97
2610343--2611651	57	23.1	57	82	5	1373	29	29	17	24	1.97
2610343--2611651	85	15.4	86	81	7	1302	29	29	17	24	1.97
2612061--2612085	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
2616227--2616348	20	5.7	20	74	19	95	27	15	13	42	1.85
2616317--2616381	33	2.0	33	93	0	112	29	16	15	38	1.90
2616297--2616401	53	2.0	53	85	7	142	30	15	14	40	1.87
2618687--2618805	51	2.3	51	85	1	175	30	30	11	27	1.92
2618787--2618863	28	2.8	28	88	7	104	22	29	20	27	1.98
2618846--2618965	51	2.4	51	86	0	168	27	25	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2618815--2619172	130	2.8	128	84	5	479	27	25	13	32	1.94
2618894--2619043	79	1.9	79	88	2	230	26	27	14	32	1.94
2618977--2619095	51	2.3	51	88	0	175	28	27	13	30	1.94
2619049--2619252	78	2.6	80	81	7	245	27	24	13	34	1.92
2624993--2625121	52	2.5	53	92	2	217	28	17	18	35	1.93
2625130--2625154	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2625192--2625294	32	3.2	32	95	1	179	34	16	11	36	1.85
2625216--2625272	13	3.9	13	74	24	51	33	15	14	36	1.88
2625197--2625313	19	6.5	19	70	27	87	35	16	11	35	1.85
2633660--2633726	33	2.0	33	97	0	125	25	26	23	23	2.00
2637055--2637110	22	2.7	21	84	13	71	35	12	16	35	1.86
2637412--2637474	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
2637431--2637455	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2637412--2637482	32	2.2	32	100	0	142	32	12	19	35	1.90
2637527--2637554	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2644517--2645053	35	15.7	35	83	6	627	19	30	12	37	1.88
2644517--2645053	69	7.8	70	86	5	627	19	30	12	37	1.88
2644517--2645028	104	5.0	103	86	4	626	19	30	12	38	1.88
2644900--2644985	30	2.7	33	75	13	92	19	31	16	32	1.94
2645021--2645078	27	2.1	27	87	0	80	20	34	13	31	1.92
2645135--2647489	49	49.1	49	77	10	1899	24	25	18	32	1.97
2645142--2646355	101	12.5	99	80	9	1179	24	24	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2646063--2646131	21	3.2	21	67	18	52	24	27	17	30	1.97
2646136--2646214	39	2.0	39	87	0	113	29	22	21	26	1.99
2645993--2647279	101	14.0	91	76	11	546	24	25	18	31	1.98
2646318--2646396	39	2.0	39	90	0	122	26	25	22	25	2.00
2645411--2646640	254	5.2	227	74	13	662	24	24	18	32	1.97
2646357--2647480	101	11.8	99	78	9	925	24	25	18	31	1.97
2646507--2646715	39	5.0	39	77	12	175	26	25	20	27	1.99
2646232--2647232	319	3.1	319	93	1	1687	24	25	18	30	1.98
2646507--2646763	87	3.0	87	82	4	292	25	24	19	29	1.98
2646826--2647034	39	5.0	39	77	12	193	25	26	20	27	1.99
2646826--2647071	87	2.9	87	82	3	304	24	26	19	29	1.99
2646994--2647489	150	3.3	149	84	4	591	23	26	18	32	1.97
2648185--2648245	19	3.5	19	75	25	80	34	13	18	34	1.89
2648202--2648226	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2648185--2648253	32	2.2	32	100	0	138	33	13	18	34	1.90
2652215--2652804	49	12.4	49	74	8	400	31	16	25	26	1.97
2652306--2652543	101	2.4	98	82	2	287	33	17	23	25	1.96
2652509--2652615	39	2.7	39	89	0	160	24	20	28	27	1.99
2652849--2652974	66	1.9	66	86	3	182	35	11	34	18	1.86
2652849--2652975	34	3.8	33	84	5	157	36	11	34	18	1.86
2652891--2652998	33	3.3	34	83	5	87	35	12	29	23	1.91
2652985--2653117	28	4.7	28	87	1	203	18	16	30	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654549--2654608	8	7.6	8	82	10	54	0	0	13	86	0.57
2654549--2654609	13	4.7	13	87	0	86	0	0	14	85	0.60
2668945--2669675	49	15.8	49	74	9	424	30	18	25	25	1.98
2669192--2669352	39	3.9	39	71	13	124	26	19	26	27	1.99
2669046--2669675	49	13.9	43	75	11	430	30	18	25	25	1.98
2669046--2669675	92	6.9	86	79	10	430	30	18	25	25	1.98
2669477--2669544	22	3.1	22	62	26	54	32	20	26	20	1.97
2669039--2669675	135	4.7	135	78	9	583	30	18	24	25	1.98
2669698--2670397	29	24.3	29	80	7	628	20	16	33	29	1.95
2669698--2670344	258	2.5	259	87	3	944	20	17	33	29	1.95
2669698--2670401	201	3.5	203	84	5	883	20	16	33	29	1.95
2671814--2671865	23	2.3	23	81	15	65	0	3	13	82	0.80
2671824--2671877	17	3.1	18	79	12	60	0	7	9	83	0.82
2671815--2671865	22	2.3	22	90	6	77	0	1	13	84	0.71
2685908--2685946	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
2686137--2686166	16	1.9	15	93	6	51	90	6	3	0	0.56
2686134--2686173	19	2.1	19	86	9	55	87	7	5	0	0.66
2686131--2686182	21	2.4	22	83	6	70	82	9	7	0	0.84
2687251--2687797	72	7.6	72	81	6	576	26	23	14	35	1.93
2687251--2687797	145	3.8	144	82	6	621	26	23	14	35	1.93
2687238--2687797	217	2.6	210	81	7	628	25	23	14	36	1.93
2689980--2690033	20	2.7	20	88	2	81	40	7	16	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2692054--2692388	80	4.2	79	75	10	256	28	26	10	34	1.90
2709986--2710011	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2712185--2712229	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2714033--2714063	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2716072--2716151	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
2716138--2716176	13	3.0	13	96	0	69	30	15	20	33	1.94
2718717--2718742	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2723093--2723160	28	2.4	28	87	0	100	29	29	20	20	1.98
2723527--2723584	25	2.3	25	80	19	84	34	8	17	39	1.80
2724006--2724069	27	2.4	27	86	0	92	29	23	17	29	1.97
2724493--2724641	81	1.8	81	88	2	228	28	29	13	28	1.94
2724483--2724657	81	2.2	81	80	8	221	27	28	16	28	1.97
2725570--2725594	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2729399--2729459	27	2.3	27	82	0	77	44	11	24	19	1.84
2731810--2731939	52	2.5	52	85	3	156	42	9	15	33	1.79
2732247--2732273	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2732257--2732313	19	2.9	19	86	2	78	31	15	15	36	1.90
2732342--2732395	20	2.7	20	85	5	65	33	11	18	37	1.86
2733961--2734003	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
2733961--2734003	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
2739784--2739830	22	2.1	22	88	0	67	31	6	34	27	1.82
2739791--2739846	22	2.5	22	88	0	76	39	3	35	21	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2740401--2740456	19	2.9	19	83	2	67	35	16	14	33	1.88
2740502--2740529	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2740486--2740554	33	2.1	33	86	5	95	31	10	18	39	1.84
2741347--2741400	20	2.6	21	85	11	76	25	18	14	40	1.89
2746042--2746079	8	4.4	9	86	6	53	47	7	10	34	1.67
2746798--2746886	13	5.9	13	72	27	70	34	13	17	33	1.89
2746778--2746907	32	4.0	32	96	1	233	33	12	18	35	1.88
2746948--2746972	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2746961--2747105	52	2.8	50	83	6	191	34	17	17	29	1.94
2757823--2757876	21	2.6	21	93	0	90	38	16	7	37	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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