genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  1  of  24  ( 2843 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228--2392	50	3.3	50	87	0	195	44	13	15	26	1.83
13474--13577	28	3.8	27	76	10	95	25	20	31	22	1.98
13561--13783	52	4.3	52	78	9	213	32	11	26	29	1.92
13766--13841	27	2.8	28	83	2	91	21	18	34	26	1.96
13821--13946	51	2.4	51	80	5	119	29	11	25	33	1.92
16251--16317	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
16337--16404	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
16359--16383	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
16340--16402	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
16440--16516	21	3.7	21	87	3	111	36	15	11	36	1.84
17148--17239	42	2.2	42	82	5	105	43	13	23	19	1.86
17023--17234	119	1.8	116	80	9	259	40	14	24	20	1.90
17264--17353	26	3.3	26	66	14	74	21	18	32	27	1.97
17217--17755	115	4.7	115	85	6	700	24	21	28	25	1.99
17218--17755	55	9.2	60	86	8	640	24	21	28	25	1.99
18756--18803	12	3.6	14	78	16	57	0	10	6	83	0.81
18739--18786	21	2.3	20	80	13	62	0	10	6	83	0.81
18747--18804	26	2.3	25	90	3	89	0	8	6	84	0.78
18723--18805	14	5.9	14	74	16	66	0	13	6	80	0.88
31205--31300	28	3.5	27	80	11	106	26	19	31	22	1.98
31284--31459	52	3.4	51	83	6	219	31	11	26	30	1.92
31521--31653	51	2.5	51	79	9	151	30	11	25	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31386--31638	132	1.9	131	82	5	314	30	13	26	28	1.94
33993--34059	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
34014--34039	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
34079--34133	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
34169--34226	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
36754--36794	20	2.0	22	90	9	68	36	0	24	39	1.56
37509--37538	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
37492--37561	33	2.1	33	86	5	97	32	12	20	34	1.90
38544--38634	30	3.0	30	76	12	87	49	7	15	27	1.71
38546--38661	32	3.7	31	80	8	121	50	8	13	26	1.70
38546--38673	63	2.1	60	82	8	150	50	9	13	26	1.71
43321--43353	17	1.9	17	93	0	57	36	9	15	39	1.79
43430--43454	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
44117--44385	104	2.6	104	88	1	387	34	13	27	24	1.92
44117--44353	52	4.5	53	79	8	243	33	13	27	25	1.93
44132--44385	52	4.9	52	80	5	235	33	13	27	25	1.93
44585--44671	32	2.7	32	83	16	110	19	13	33	33	1.91
44841--44918	28	2.8	28	84	1	95	24	19	28	28	1.98
44932--45019	14	6.5	13	69	13	54	35	17	12	35	1.87
45168--45209	21	2.0	22	85	4	59	26	4	33	35	1.77
46234--46295	23	2.8	21	80	11	61	4	0	12	82	0.82
46240--46295	11	4.9	11	77	14	60	5	0	10	83	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61995--62053	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
62335--62360	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
62348--62385	19	2.0	19	89	0	58	28	13	21	36	1.91
62430--62485	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
64897--64930	13	2.6	13	95	0	59	29	14	20	35	1.93
68848--68892	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
70774--70832	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
71020--71059	20	2.0	20	90	4	64	37	10	12	40	1.77
71114--71139	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
71127--71164	19	2.0	19	89	0	58	28	13	21	36	1.91
71209--71264	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
71852--71908	30	1.9	30	100	0	114	47	3	14	35	1.61
77858--77908	27	1.9	26	84	11	68	31	17	29	21	1.96
80229--80254	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
80236--80316	31	2.6	32	90	4	128	34	11	12	41	1.78
82411--82437	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
83264--83304	20	2.1	19	86	13	57	53	0	7	39	1.29
84167--84214	18	2.6	18	75	12	53	75	0	10	14	1.06
84380--84419	15	2.7	15	84	0	53	47	2	10	40	1.50
84377--84424	15	3.1	15	75	3	51	45	2	10	41	1.50
91088--91127	2	20.0	2	89	0	62	45	2	2	50	1.28
91477--91530	16	3.4	16	73	19	51	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91488--91536	14	3.4	14	82	17	64	44	0	0	55	0.99
91488--91536	16	3.2	16	85	8	75	44	0	0	55	0.99
96066--96096	16	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
96113--96168	25	2.2	26	84	9	71	58	0	0	41	0.98
96115--96170	26	2.1	28	90	6	89	55	0	0	44	0.99
96267--96315	18	2.8	17	81	12	55	44	2	4	48	1.33
96374--96432	18	2.9	20	85	14	77	45	1	0	52	1.10
96372--96435	19	3.3	19	75	12	67	42	1	0	56	1.09
96419--96447	14	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
102092--102145	17	3.3	17	78	19	69	44	0	0	55	0.99
102092--102150	21	3.2	18	75	15	57	44	0	0	55	0.99
102078--102158	32	2.6	32	82	9	103	39	1	0	59	1.05
102093--102154	18	3.6	18	74	24	62	43	0	0	56	0.99
102194--102262	31	2.2	31	86	5	93	52	1	4	42	1.30
108507--108536	11	2.8	11	95	5	53	53	0	0	46	1.00
113437--113491	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
114406--114480	20	3.8	20	74	0	69	40	10	13	36	1.79
114403--114480	40	2.0	39	84	2	102	39	11	12	35	1.80
115091--116194	28	38.6	28	84	7	1307	21	17	32	28	1.96
117424--117481	1	58.0	1	78	0	62	0	1	8	89	0.55
117409--117481	10	7.1	10	84	6	65	2	4	8	84	0.83
117414--117482	19	3.3	20	83	15	79	1	2	10	85	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117414--117482	8	7.8	9	85	8	63	1	2	10	85	0.76
130544--130598	22	2.5	22	96	0	101	60	9	12	18	1.58
131493--131567	20	3.8	20	74	0	69	40	10	13	36	1.79
131490--131567	40	2.0	39	84	2	102	39	11	12	35	1.80
136202--136446	79	3.1	79	77	4	251	29	22	11	36	1.89
146685--146743	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
147024--147049	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
147003--147067	19	3.6	19	73	26	70	29	12	15	43	1.83
147003--147067	32	2.0	34	93	6	116	29	12	15	43	1.83
149600--149637	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
151717--151747	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
153550--153594	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
155475--155533	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
155793--155844	19	2.6	21	93	6	90	28	11	15	44	1.81
165308--165448	71	2.0	71	98	0	273	36	11	21	29	1.89
173424--173468	20	2.4	19	81	7	56	11	4	11	73	1.23
174686--174727	20	2.1	20	91	8	68	42	0	23	33	1.55
176549--177350	401	2.0	401	99	0	1586	35	13	16	35	1.88
178095--178139	19	2.3	19	80	7	54	28	26	0	44	1.55
186098--186155	20	3.0	20	94	2	100	36	15	12	36	1.85
186213--186237	13	1.9	13	100	0	50	40	16	12	32	1.84
186306--186331	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186698--186740	20	2.2	20	86	0	59	34	18	11	34	1.87
191850--191874	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
195960--195985	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
203398--203440	18	2.4	17	77	11	50	67	4	6	20	1.33
204236--204291	21	2.7	21	86	5	69	42	3	23	30	1.71
205334--205376	22	2.0	22	86	13	63	53	16	20	9	1.70
214308--214350	18	2.4	17	81	11	50	0	27	13	58	1.37
215084--215121	19	2.0	19	85	10	51	52	2	0	44	1.14
219217--219271	19	2.8	19	86	8	76	36	12	10	40	1.79
219995--220037	18	2.4	18	84	7	52	41	0	2	55	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24