genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2718214--2718276	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2719572--2719597	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2722270--2722324	22	2.5	22	81	0	56	41	34	12	10	1.78
2723992--2724942	156	6.1	156	80	4	850	22	18	21	38	1.93
2725308--2725360	20	2.7	20	88	2	81	30	9	18	41	1.82
2725403--2725427	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2725436--2725564	52	2.5	52	89	0	195	35	17	17	28	1.93
2735984--2736034	27	2.0	26	81	11	61	25	43	15	15	1.86
2740314--2740349	15	2.4	14	86	13	54	77	0	22	0	0.76
2740621--2740661	18	2.3	18	91	0	64	75	0	19	4	0.98
2744450--2744552	32	3.2	32	92	0	170	34	19	12	33	1.89
2744477--2744533	13	3.9	13	72	24	51	31	19	14	35	1.91
2744458--2744571	19	6.6	19	72	22	108	35	19	12	33	1.89
2745424--2745482	21	2.8	21	86	0	82	38	15	10	35	1.81
2745469--2745493	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2745502--2745682	52	3.5	52	98	0	344	35	18	17	27	1.94
2760995--2761053	29	2.0	30	90	3	93	25	30	15	28	1.96
2761029--2761212	34	5.7	34	73	13	163	17	35	15	32	1.91
2761025--2761243	61	3.5	61	82	6	251	17	35	15	31	1.91
2761240--2761382	33	4.5	32	84	8	186	27	33	17	20	1.96
2761254--2761382	65	2.0	64	92	4	215	27	33	18	20	1.96
2761370--2761889	43	11.1	43	76	15	428	23	25	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2761370--2761824	92	4.9	92	92	1	703	23	26	18	31	1.97
2761740--2761889	52	2.9	52	90	0	246	21	24	19	34	1.96
2762742--2762769	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2762806--2762864	21	2.8	21	100	0	118	38	16	10	33	1.83
2762851--2762875	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2762884--2763064	52	3.5	52	96	0	335	35	18	17	28	1.94
2766885--2767038	44	3.5	44	76	7	159	22	24	14	38	1.91
2766885--2767062	88	2.0	87	82	4	214	23	24	14	37	1.92
2767167--2767921	42	17.9	42	78	4	491	16	29	19	34	1.94
2767886--2767947	32	1.9	32	90	0	97	19	30	22	27	1.98
2768026--2768365	43	7.9	42	83	6	344	16	31	17	34	1.92
2768041--2768365	86	3.8	86	83	2	404	16	30	17	35	1.92
2768025--2768365	129	2.6	129	82	3	436	16	31	17	34	1.92
2769546--2770381	156	5.4	154	77	5	742	37	21	18	22	1.94
2771804--2771843	19	2.0	20	90	4	64	0	20	0	80	0.72
2771803--2771855	12	4.4	12	85	4	63	0	20	1	77	0.87
2774698--2774742	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2776546--2776576	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2778647--2778672	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2779005--2779252	124	2.0	124	100	0	496	29	29	17	23	1.97
2781347--2781372	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2782570--2783003	165	2.6	166	84	5	522	51	9	11	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2783520--2783559	20	2.0	20	85	5	53	55	5	5	35	1.44
2783834--2784208	43	8.7	43	84	2	421	15	27	19	38	1.91
2784223--2784359	42	3.3	42	69	11	109	18	27	18	35	1.95
2784295--2784472	84	2.1	85	80	9	204	16	31	18	33	1.94
2784343--2784469	41	3.0	41	80	4	137	15	31	18	34	1.92
2784355--2784482	41	3.0	41	78	5	130	16	31	17	35	1.92
2784739--2784874	42	3.3	42	76	6	132	17	22	13	46	1.83
2784759--2784871	41	2.7	41	78	8	111	18	22	15	43	1.88
2787375--2787425	24	2.1	24	85	7	68	60	7	23	7	1.50
2787392--2787477	24	3.4	27	72	26	80	69	6	20	2	1.23
2787440--2787474	16	2.1	16	89	5	52	77	0	22	0	0.78
2787530--2787574	22	2.0	22	82	0	54	40	33	15	11	1.83
2787652--2787695	22	2.0	22	90	0	70	52	29	15	2	1.55
2789248--2790559	156	8.5	153	80	6	1213	21	17	21	38	1.93
2789331--2790557	313	4.0	308	81	6	1376	21	18	21	38	1.93
2802530--2802604	20	3.8	20	78	3	71	40	10	13	36	1.79
2802527--2802604	40	2.0	39	84	2	102	39	11	12	35	1.80
2805392--2805460	8	8.9	8	78	10	63	84	13	2	0	0.74
2805390--2805462	29	2.6	28	84	4	101	84	12	2	0	0.71
2805390--2805475	14	6.4	14	77	15	83	82	13	2	1	0.83
2805388--2805463	37	2.1	37	87	5	118	82	14	2	0	0.77
2806898--2806992	48	2.0	47	89	2	145	31	30	14	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806941--2807070	28	4.7	27	85	7	136	30	34	14	20	1.92
2806941--2807070	55	2.3	56	82	5	147	30	34	14	20	1.92
2807039--2807209	68	2.5	67	82	11	220	21	32	13	32	1.92
2807018--2807203	33	5.7	32	80	11	182	23	33	13	29	1.93
2807385--2807462	39	2.0	39	87	0	111	29	24	20	25	1.99
2807424--2807869	49	8.9	49	86	4	570	22	24	19	33	1.97
2807424--2807868	101	4.4	101	89	3	589	22	24	19	33	1.97
2807424--2807915	150	3.3	150	89	1	671	22	25	19	32	1.97
2810322--2810346	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2810417--2810545	52	2.5	52	89	0	204	37	17	16	29	1.91
2819484--2819510	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
2824050--2824228	49	3.6	49	88	5	277	23	25	18	32	1.97
2826749--2826833	32	2.7	32	92	0	143	34	10	17	37	1.84
2826763--2826825	19	3.7	18	76	24	64	34	9	17	38	1.82
2826878--2826902	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2826911--2827041	52	2.5	52	93	0	226	35	18	16	29	1.93
2832947--2833084	59	2.4	59	85	3	181	21	31	15	30	1.95
2832936--2833079	30	4.9	29	75	10	98	23	31	15	29	1.96
2832984--2833183	30	6.5	29	78	10	152	20	28	16	34	1.94
2833025--2833187	30	5.1	33	79	12	187	20	28	15	36	1.93
2833157--2833252	35	2.8	35	80	15	94	19	28	14	37	1.91
2833025--2833279	30	7.7	35	74	17	154	20	29	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2833315--2833477	69	2.4	68	85	2	209	23	33	9	33	1.86
2833336--2833477	35	4.1	34	80	11	164	23	34	9	33	1.86
2834680--2835027	79	4.4	79	76	6	321	33	13	25	27	1.93
2834700--2835027	158	2.1	155	84	6	410	32	14	25	27	1.94
2837378--2837432	20	2.8	20	97	0	101	40	14	21	23	1.90
2837430--2837471	21	2.0	21	95	0	75	28	26	9	35	1.88
2838414--2839444	55	18.3	55	86	5	1293	23	20	28	27	1.99
2838610--2838696	28	3.1	28	62	15	72	26	18	25	29	1.98
2838414--2840114	165	10.0	167	81	10	1729	24	20	28	26	1.99
2839465--2840111	61	10.8	60	83	7	741	25	20	27	26	1.99
2839908--2839994	27	3.2	28	63	16	65	28	19	24	27	1.98
2839466--2840114	239	2.7	236	84	8	831	26	20	27	26	1.99
2839467--2840114	299	2.2	297	85	5	858	26	20	27	26	1.99
2846212--2846563	79	4.4	79	78	5	332	33	13	25	27	1.93
2846202--2846563	158	2.3	159	83	6	419	33	13	24	27	1.93
2848937--2848962	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2848949--2848990	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
2849809--2849846	20	1.9	20	94	0	67	21	21	10	47	1.80
2852068--2858475	475	13.6	474	82	4	7136	30	18	13	36	1.90
2858430--2858522	47	2.0	47	93	0	159	19	13	10	55	1.67
2859040--2859064	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2859020--2859086	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2859127--2859154	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2859160--2859340	52	3.5	52	96	0	326	34	17	17	29	1.93
2863024--2863049	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2863006--2863069	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2865103--2865144	16	2.6	16	100	0	84	59	0	11	28	1.33
2865285--2865334	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2869001--2869030	8	3.8	8	100	0	60	10	0	26	63	1.26
2869233--2869283	13	3.9	13	92	0	75	35	17	13	33	1.89
2871131--2871167	16	2.3	16	100	0	74	48	5	32	13	1.65
2871150--2871232	38	2.3	37	80	12	91	39	6	21	32	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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