genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579842--2579901	28	2.1	28	82	11	70	41	6	18	33	1.76
2579870--2579976	56	1.9	56	84	7	146	42	9	20	28	1.83
2583623--2583669	22	2.2	21	84	3	58	6	6	17	70	1.30
2583985--2584020	14	2.6	13	87	12	54	69	0	0	30	0.89
2584193--2584772	166	3.5	160	79	8	472	49	9	10	30	1.70
2584321--2584785	165	2.8	165	82	5	523	50	9	10	28	1.68
2587284--2587681	163	2.5	163	79	10	374	34	9	6	48	1.62
2587533--2587994	153	3.1	146	75	9	417	31	7	9	51	1.62
2588288--2588320	15	2.2	15	94	0	57	15	6	27	51	1.66
2588339--2588424	16	5.3	16	78	1	91	12	12	31	43	1.81
2589263--2589331	16	4.3	16	83	0	66	11	11	28	47	1.75
2590426--2590458	16	1.9	18	88	11	52	27	6	21	45	1.75
2594327--2594366	20	2.0	20	85	0	53	42	10	15	32	1.79
2594830--2595318	113	4.3	113	84	0	557	37	15	24	23	1.93
2595327--2595444	34	3.5	34	88	2	177	22	17	30	28	1.97
2595464--2596279	56	14.3	56	76	9	559	24	15	30	29	1.96
2595422--2595762	174	2.0	173	81	5	411	25	16	28	29	1.96
2595368--2596260	230	3.9	231	81	6	881	24	15	30	29	1.96
2595645--2596176	141	3.8	144	78	7	356	24	15	30	29	1.96
2595497--2596164	174	3.9	171	76	9	447	24	16	30	29	1.96
2595485--2596282	28	28.0	28	77	9	392	24	16	30	29	1.96
2595927--2596282	169	2.1	169	83	5	432	25	14	31	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2595485--2596282	118	7.0	112	74	11	441	24	16	30	29	1.96
2614171--2614201	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
2614152--2614216	33	2.0	33	84	6	87	32	20	12	35	1.89
2614245--2614302	19	3.1	18	83	11	80	32	13	17	36	1.89
2614286--2614311	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2617953--2617984	16	1.9	17	93	6	57	31	15	0	53	1.43
2622717--2622741	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2622697--2622761	33	2.0	32	85	11	87	30	20	15	33	1.93
2622790--2622863	20	3.8	19	82	8	78	36	14	14	33	1.88
2627882--2628056	93	1.9	93	88	3	264	33	22	14	30	1.93
2628508--2628549	20	2.2	19	86	4	57	40	7	19	33	1.78
2632696--2632745	21	2.4	21	86	3	66	78	2	14	6	1.03
2632684--2632724	18	2.2	20	86	8	59	78	2	17	2	0.98
2632983--2633016	16	2.2	15	89	5	50	73	0	26	0	0.83
2633054--2633112	26	2.2	27	93	3	102	49	5	25	20	1.69
2633332--2633512	100	1.8	100	86	0	263	34	14	13	37	1.86
2634048--2634240	87	2.2	87	86	4	255	25	17	12	44	1.84
2634579--2634719	20	7.8	19	73	23	126	28	17	13	40	1.88
2634596--2634698	33	3.1	33	97	0	197	28	18	13	39	1.88
2634579--2634718	53	2.6	53	82	10	162	28	17	13	40	1.87
2634616--2634679	13	5.4	13	78	21	86	29	17	14	39	1.88
2637007--2637223	51	4.3	50	75	8	170	29	26	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637007--2637222	102	2.1	102	83	1	272	30	25	11	32	1.91
2637213--2637283	28	2.5	28	90	0	106	23	35	16	23	1.95
2637160--2637429	109	2.5	108	81	1	308	26	25	15	32	1.96
2637376--2637491	51	2.3	51	87	3	171	31	26	11	30	1.91
2637344--2637619	131	2.1	130	80	7	301	27	24	14	32	1.94
2643763--2644633	61	14.4	61	81	7	929	25	26	19	28	1.99
2643768--2644633	184	4.8	184	84	6	1030	25	26	19	28	1.99
2643765--2644633	123	7.2	121	80	8	939	25	26	19	28	1.99
2644617--2644794	42	4.1	43	79	9	193	19	27	12	41	1.87
2644612--2644788	87	2.0	87	88	4	259	19	25	12	42	1.86
2645510--2645666	20	7.8	20	69	25	84	27	14	15	43	1.85
2645597--2645627	13	2.4	13	94	0	53	29	12	16	41	1.85
2645577--2645646	33	2.1	33	94	0	122	27	15	14	42	1.86
2647899--2648115	51	4.2	50	74	4	182	31	24	11	33	1.90
2647900--2648130	103	2.2	102	82	2	273	29	25	10	33	1.90
2648103--2648176	28	2.7	27	91	8	114	21	32	21	24	1.98
2648054--2648332	109	2.6	107	80	2	342	27	25	14	32	1.95
2648268--2648383	51	2.3	51	89	3	180	31	22	12	33	1.92
2648400--2648512	52	2.2	51	80	4	129	26	24	15	33	1.95
2649584--2649970	88	4.5	88	78	4	401	27	17	12	42	1.85
2649750--2649901	82	1.9	82	83	2	198	29	18	9	42	1.82
2649899--2650045	77	1.9	77	85	0	204	26	19	10	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2651180--2651584	80	5.0	81	72	8	320	18	21	16	43	1.88
2651183--2651371	43	4.7	42	68	17	105	16	19	17	46	1.84
2651182--2651702	161	3.2	161	77	8	495	19	21	15	43	1.87
2651392--2651541	43	3.5	43	82	5	160	21	22	14	41	1.89
2651636--2651911	43	6.6	42	74	11	228	19	22	15	42	1.89
2651147--2651789	80	7.8	82	71	15	307	18	21	16	43	1.88
2651764--2651991	80	2.8	80	80	5	219	17	21	17	44	1.87
2651844--2652092	123	2.0	123	79	4	270	17	20	17	44	1.86
2651981--2652210	80	2.9	80	73	5	196	19	23	13	43	1.87
2652206--2652408	41	5.0	41	76	2	138	20	23	16	38	1.92
2652219--2652552	82	4.1	80	80	4	321	18	23	19	38	1.93
2652275--2652551	41	6.8	41	76	2	263	19	23	19	37	1.94
2656421--2656461	21	2.1	19	90	9	64	63	0	0	36	0.95
2656431--2656461	14	2.1	14	94	5	53	64	0	0	35	0.94
2660007--2660182	92	1.9	92	92	2	300	36	17	19	27	1.94
2662894--2662959	19	3.8	18	77	22	79	37	12	15	34	1.84
2662912--2662937	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2662894--2662956	32	2.0	32	93	6	110	36	12	15	34	1.86
2662999--2663024	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2662979--2663045	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2663623--2663654	13	2.5	13	100	0	64	43	43	12	0	1.42
2665510--2665582	27	2.7	27	86	2	92	23	35	21	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2665400--2665700	51	5.7	51	67	13	164	29	24	12	32	1.93
2665398--2665793	211	1.9	211	84	3	537	30	26	12	30	1.93
2666753--2666778	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2667406--2667432	14	1.9	14	100	0	54	59	7	0	33	1.25
2667557--2667582	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
2669370--2669434	13	5.0	13	94	0	112	35	15	18	30	1.92
2669370--2669433	26	2.5	26	100	0	128	34	15	18	31	1.93
2671497--2671527	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2673331--2673375	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2675521--2675602	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2675585--2675752	51	3.2	51	78	4	192	33	10	26	29	1.89
2678253--2678307	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
2678327--2678394	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2678349--2678373	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2678330--2678392	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2679109--2679903	55	14.3	55	87	5	1079	21	21	29	28	1.98
2679155--2679244	26	3.3	26	66	19	67	20	18	33	27	1.96
2680885--2680947	11	6.0	10	78	15	56	0	7	7	84	0.79
2680868--2680935	18	3.6	18	75	13	64	0	10	4	85	0.73
2680889--2680946	15	3.6	16	79	9	64	0	8	6	84	0.78
2680885--2680946	16	3.9	16	79	10	65	0	8	6	85	0.74
2693335--2693416	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693399--2693569	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2693552--2693627	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2704330--2704400	28	2.6	29	80	6	76	25	14	33	26	1.94
2704395--2704521	53	2.4	52	77	10	132	35	11	25	28	1.90
2715391--2715472	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2715455--2715625	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2718146--2718171	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2718125--2718191	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2718211--2718278	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2718233--2718257	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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