genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2113369--2113564	94	2.1	94	89	0	302	12	20	35	31	1.89
2113490--2113599	31	3.6	30	69	14	89	13	20	37	29	1.91
2114262--2114398	23	6.0	22	72	19	75	16	2	7	74	1.14
2114305--2114492	8	21.1	8	71	18	106	18	1	5	75	1.07
2114288--2114393	25	4.2	25	80	13	110	13	0	7	78	1.01
2114305--2114420	9	13.2	9	73	12	73	14	0	6	78	0.98
2114259--2114323	23	2.8	23	81	11	78	18	3	4	73	1.13
2114305--2114405	34	3.0	33	81	11	125	13	0	6	78	1.01
2114287--2114458	42	4.0	42	77	19	142	16	0	7	75	1.07
2114288--2114420	17	7.8	17	72	16	89	15	0	6	77	1.01
2114333--2114492	74	2.2	71	84	5	196	19	0	6	73	1.08
2114930--2115579	42	15.5	42	76	8	414	33	19	28	19	1.96
2114930--2115579	84	7.8	84	78	7	513	33	19	28	19	1.96
2114931--2115499	126	4.5	126	79	5	478	33	19	28	19	1.96
2124234--2124717	32	15.5	32	65	8	129	35	12	12	39	1.81
2124206--2124753	64	8.8	64	72	7	358	35	12	12	38	1.82
2124217--2124617	123	3.2	125	79	9	388	36	12	12	38	1.81
2124535--2124859	120	2.7	120	78	6	311	35	13	12	38	1.83
2124746--2124855	32	3.5	32	79	6	116	38	12	14	34	1.84
2129547--2129589	11	3.8	12	81	12	54	74	4	20	0	1.00
2129541--2129584	22	2.0	23	90	4	72	75	4	20	0	0.98
2133381--2133463	38	2.2	39	91	2	132	37	9	14	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133488--2133525	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
2134080--2134940	28	29.9	29	84	6	1029	23	17	30	28	1.97
2136156--2136240	25	3.6	21	73	22	53	1	3	11	83	0.83
2136186--2136240	1	55.0	1	77	0	56	0	0	10	89	0.50
2136161--2136241	14	5.8	13	77	10	72	1	2	12	83	0.79
2136175--2136241	10	7.0	9	81	11	80	0	1	13	85	0.68
2136175--2136242	19	3.6	18	80	9	73	0	1	14	83	0.71
2140819--2141039	113	2.0	113	98	0	424	28	15	28	28	1.96
2149261--2149338	20	3.9	20	100	0	156	39	10	19	30	1.85
2149848--2150120	140	1.9	142	86	5	385	34	9	10	45	1.71
2157093--2157227	20	6.8	20	77	0	144	42	15	11	31	1.82
2157093--2157227	40	3.4	40	95	2	236	42	15	11	31	1.82
2158305--2158911	28	21.3	28	80	9	505	25	17	27	28	1.98
2158303--2158919	84	7.2	84	82	6	618	26	17	27	28	1.98
2160204--2160242	8	4.6	8	84	9	51	0	0	12	87	0.55
2160203--2160248	19	2.4	19	89	7	67	0	2	10	86	0.64
2161990--2162062	36	2.0	36	94	0	128	35	23	16	24	1.95
2166163--2166210	15	3.2	15	75	0	60	16	0	41	41	1.48
2167149--2167197	16	2.8	17	85	11	64	36	16	16	30	1.91
2167149--2167217	19	3.8	17	80	14	68	39	17	15	27	1.90
2169706--2169731	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2174211--2174245	15	2.3	15	85	0	52	28	25	0	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2177282--2177306	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2177261--2177323	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
2183511--2183535	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2185960--2185984	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2185939--2186001	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
2186054--2186105	20	2.7	20	91	8	81	38	17	15	28	1.90
2193998--2194064	20	3.3	20	85	0	98	44	13	8	32	1.75
2195118--2195196	32	2.5	32	100	0	158	18	15	29	36	1.92
2195144--2195820	28	23.9	28	79	6	600	24	18	29	28	1.98
2195289--2195332	22	2.0	22	90	0	70	15	20	29	34	1.94
2195174--2195821	114	5.7	114	79	8	650	24	18	29	28	1.98
2195838--2195902	26	2.5	26	80	14	80	35	18	10	35	1.86
2197718--2197946	91	2.5	89	83	7	289	32	23	10	33	1.90
2198492--2198602	45	2.4	46	80	3	134	18	26	13	41	1.88
2199656--2199723	28	2.4	27	85	7	91	26	16	27	29	1.97
2199765--2199827	28	2.3	27	86	8	90	31	19	25	23	1.98
2199587--2199881	106	2.8	106	81	7	312	32	14	24	28	1.95
2199788--2200049	79	3.3	78	76	5	249	32	13	24	29	1.94
2202445--2202499	20	2.8	20	88	0	92	47	12	12	27	1.78
2202961--2203279	85	3.8	85	78	2	302	19	21	12	46	1.83
2203873--2203902	11	2.7	11	94	0	51	20	0	13	66	1.24
2206125--2206367	129	1.9	129	87	4	364	37	9	8	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208939--2209000	20	3.2	19	88	8	90	51	6	6	35	1.53
2211187--2211363	98	1.8	98	80	4	214	39	18	18	23	1.92
2211262--2215695	157	28.3	156	80	4	4088	37	20	18	23	1.94
2217486--2217514	13	2.1	14	93	6	51	6	10	20	62	1.50
2218725--2218789	19	3.8	18	75	24	77	32	12	18	36	1.88
2218746--2218770	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2218727--2218797	32	2.2	32	92	5	117	32	14	19	33	1.92
2218821--2218846	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2221320--2221396	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
2221203--2221548	52	6.6	51	68	12	200	28	27	12	30	1.93
2221210--2221656	211	2.1	210	94	2	790	27	28	13	30	1.94
2221640--2221694	28	1.9	29	88	3	85	21	23	18	36	1.95
2221561--2221764	78	2.6	79	81	2	232	25	29	17	28	1.97
2234152--2234203	1	52.0	1	80	0	59	90	7	1	0	0.53
2235271--2235693	55	7.4	55	84	7	531	27	28	21	23	1.99
2235271--2235703	116	3.7	114	85	5	577	26	28	20	24	1.99
2235552--2235636	27	3.1	27	63	9	64	27	27	21	24	1.99
2235524--2235610	28	3.1	28	62	9	70	27	26	20	25	1.99
2235551--2235639	28	3.2	28	65	15	76	25	28	20	25	1.99
2235474--2235954	264	1.8	265	90	4	783	26	27	20	25	1.99
2235712--2236077	122	3.2	115	85	7	460	26	25	21	26	2.00
2235734--2236076	61	5.9	59	85	7	409	25	25	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2236055--2236158	45	2.4	42	76	12	102	20	28	14	36	1.92
2238814--2239148	52	6.4	53	68	12	190	28	27	12	31	1.92
2239131--2239207	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
2238811--2239258	211	2.1	211	95	0	808	27	28	13	30	1.94
2238910--2239286	107	3.6	107	72	10	376	25	29	14	29	1.95
2239161--2239342	79	2.3	79	84	3	233	24	30	17	28	1.97
2242722--2242771	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
2242729--2242771	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
2242880--2242918	13	3.0	13	84	0	51	41	17	12	28	1.87
2246721--2246807	36	2.6	34	79	13	108	32	24	14	28	1.95
2247265--2247306	13	3.2	13	89	0	66	40	16	14	28	1.88
2250101--2250156	20	2.7	21	88	5	78	37	14	12	35	1.84
2250440--2250546	53	2.0	53	83	0	133	38	23	13	25	1.91
2252635--2252680	22	2.1	22	83	0	56	54	6	4	34	1.46
2254304--2254363	10	5.9	10	75	11	59	21	3	1	73	1.07
2255257--2255297	21	2.0	21	90	0	64	24	2	2	70	1.11
2257044--2257097	15	3.2	16	76	19	56	18	5	3	72	1.20
2257068--2257096	15	1.9	15	100	0	58	20	3	0	75	0.94
2258062--2258086	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
2259274--2259432	63	2.5	63	92	2	257	29	16	22	31	1.96
2259398--2259453	19	2.9	19	86	2	67	35	16	16	32	1.90
2267658--2267720	33	1.9	33	90	0	99	33	19	14	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267750--2267805	19	2.9	19	81	2	67	39	14	14	32	1.86
2269644--2269669	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2269708--2269783	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
2269728--2269801	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
2269708--2269801	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
2272254--2272291	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2272280--2272356	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
2274372--2274402	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2276206--2276250	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2278468--2278543	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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