genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  13  of  24  ( 2843 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1935613--1935688	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
1935633--1935706	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
1935613--1935706	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
1936835--1936889	20	2.7	20	82	2	65	40	12	16	30	1.86
1936924--1937064	52	2.8	50	84	4	183	32	13	12	41	1.81
1937029--1937073	20	2.3	20	96	3	83	31	13	11	44	1.78
1939997--1940063	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1940017--1940041	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1940110--1940134	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1940143--1940267	52	2.4	52	93	0	205	36	17	18	28	1.94
1945357--1945474	33	3.5	35	79	6	127	21	5	31	41	1.77
1956726--1956783	21	2.9	19	82	12	71	37	0	22	39	1.54
1956726--1956785	20	3.0	20	81	11	77	38	0	21	40	1.54
1957242--1957291	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
1957891--1957915	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
1958930--1958986	27	2.2	24	78	9	60	24	7	5	63	1.41
1963356--1964013	51	12.6	52	69	9	347	31	11	27	29	1.92
1963255--1964002	262	2.9	261	94	0	1300	31	12	27	28	1.92
1963559--1963630	28	2.6	28	84	10	94	20	18	37	23	1.94
1966356--1966422	34	2.0	33	85	2	89	43	11	17	26	1.84
1966446--1966497	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1966454--1966539	19	4.7	19	72	20	76	37	16	12	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1966446--1966518	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
1967698--1967757	16	3.9	14	78	20	57	71	1	8	18	1.19
1968080--1968204	62	2.0	62	93	0	214	28	21	16	33	1.95
1968729--1968804	18	3.9	18	73	20	55	21	6	7	64	1.43
1968770--1968808	6	6.5	6	87	0	60	17	5	12	64	1.46
1968811--1968850	12	3.3	12	85	0	53	25	12	2	60	1.45
1968842--1968884	7	5.6	7	80	20	50	27	0	2	69	1.00
1968843--1968893	16	3.2	16	82	15	61	27	0	3	68	1.07
1968840--1968903	25	2.6	25	83	13	73	29	0	3	67	1.06
1972802--1972826	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1973409--1973462	2	27.0	2	88	0	81	51	3	0	44	1.19
1975585--1975628	12	3.6	12	93	3	70	72	0	9	18	1.10
1978775--1978813	20	1.9	20	85	15	53	41	0	7	51	1.31
1981055--1981111	27	2.1	27	86	0	78	38	17	24	19	1.93
1985573--1985693	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1985573--1985713	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1985702--1985726	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1985791--1985815	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1985769--1985835	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1990399--1990423	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
1990410--1990447	20	1.9	20	94	0	67	42	10	10	36	1.74
1991439--1991584	39	3.5	39	73	15	148	27	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1991384--1991636	87	2.9	87	95	0	434	28	19	25	26	1.99
1991472--1991632	48	3.5	48	74	14	187	28	20	26	24	1.99
1991638--1992013	29	13.2	29	87	6	420	22	18	27	31	1.97
1991638--1992014	57	6.6	57	85	6	444	22	18	27	31	1.97
1991638--1992020	141	2.7	140	90	4	563	22	18	27	31	1.97
1994252--1994538	79	3.6	79	85	3	362	31	15	26	26	1.96
1994491--1994561	27	2.6	29	84	11	103	22	18	33	25	1.96
1994545--1994731	52	3.6	51	85	3	250	33	10	25	31	1.89
1997063--1997104	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
1997129--1997182	21	2.7	20	77	8	65	40	14	11	33	1.82
1997959--1998182	42	5.2	43	83	10	264	40	13	26	19	1.88
1998152--1998360	55	3.6	58	78	10	200	26	19	29	25	1.98
1998374--1998624	55	4.5	55	89	5	337	23	21	28	26	1.99
1998166--1998570	210	1.9	211	90	2	645	25	20	29	25	1.99
1998541--1998624	25	3.2	25	63	18	62	23	21	28	26	1.99
1998377--1998620	109	2.2	112	87	6	352	22	22	27	27	1.99
1998644--1998807	60	2.8	60	80	13	209	25	21	26	26	1.99
1998435--1998929	208	2.4	209	88	4	754	23	21	29	26	1.99
1998489--1998776	154	1.9	148	85	7	391	23	21	29	26	1.99
1998644--1998831	54	3.4	53	81	9	198	25	21	26	27	1.99
1998754--1998931	93	1.9	87	81	17	207	24	20	28	26	1.99
1999917--1999969	14	3.5	15	82	17	65	1	1	7	88	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999897--1999969	16	4.7	15	75	9	67	1	6	6	84	0.81
1999935--1999980	19	2.4	19	92	0	74	8	0	4	86	0.68
1999917--1999980	30	2.2	30	82	2	76	6	1	6	85	0.78
1999898--1999969	1	72.0	1	71	0	54	1	6	5	86	0.77
2013816--2013944	52	2.5	52	97	0	240	28	18	17	34	1.94
2013816--2013964	52	2.9	51	83	9	194	30	18	17	34	1.94
2014020--2014117	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
2014015--2014115	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
2014039--2014095	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2016078--2016196	51	2.3	51	86	2	159	31	12	27	28	1.93
2016130--2016304	79	2.2	80	93	3	300	29	14	28	26	1.95
2016261--2016358	27	3.6	27	93	4	153	22	16	33	27	1.95
2016342--2016528	52	3.6	51	86	3	277	33	11	25	29	1.91
2018966--2019038	19	3.7	19	80	5	83	41	13	10	34	1.80
2019502--2019546	13	3.7	13	80	14	60	0	0	13	86	0.57
2019502--2019546	23	1.9	24	90	4	74	0	0	13	86	0.57
2026297--2028062	294	6.0	294	98	0	3388	18	19	27	35	1.95
2038043--2038070	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2038025--2038090	33	2.0	33	88	5	98	40	13	15	30	1.85
2038079--2038172	30	3.5	30	63	27	82	25	17	20	37	1.93
2038059--2038173	50	2.3	50	98	0	221	27	15	20	36	1.93
2039990--2040038	21	2.3	21	100	0	98	36	24	20	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2042046--2042070	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2042367--2042493	37	3.6	37	70	12	113	22	24	25	28	1.99
2042518--2042585	34	2.0	35	85	2	93	42	14	20	22	1.88
2042532--2042811	40	7.0	41	69	12	143	43	13	22	20	1.87
2042567--2042667	43	2.4	42	83	6	114	48	10	25	14	1.77
2049896--2049963	22	3.2	22	79	8	79	27	27	0	44	1.55
2052111--2052390	146	1.9	145	94	0	497	47	13	11	27	1.78
2057909--2057933	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2057996--2058020	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2058029--2058153	52	2.4	52	93	0	205	35	17	18	28	1.94
2061805--2061879	27	2.8	27	89	0	114	28	22	29	20	1.98
2063848--2063921	32	2.3	32	92	0	121	41	21	13	22	1.88
2064507--2064880	31	11.9	31	73	5	259	16	21	29	32	1.96
2064522--2064880	93	3.8	92	75	6	301	16	21	29	32	1.95
2064657--2064880	124	1.8	124	86	0	322	16	21	28	33	1.95
2065049--2065187	40	3.4	41	79	7	126	42	12	28	16	1.85
2078324--2078384	20	3.1	19	86	6	77	34	11	19	34	1.88
2086685--2086763	20	4.1	19	87	6	97	32	12	17	36	1.88
2086786--2086812	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2097414--2097461	15	3.2	15	85	5	53	77	0	20	2	0.88
2097418--2097483	22	3.0	21	82	8	69	74	1	18	6	1.10
2107145--2107403	78	3.3	76	83	5	277	30	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2107905--2107988	43	2.0	43	81	6	100	23	26	15	34	1.95
2107980--2108467	42	11.5	42	72	8	301	19	26	18	36	1.94
2107953--2108393	127	3.5	127	86	0	558	19	25	18	36	1.94
2107953--2108443	127	3.9	127	85	0	552	19	26	17	36	1.94
2107964--2108548	85	6.9	85	75	5	344	19	26	17	35	1.95
2108387--2108613	42	5.3	43	71	4	131	20	29	18	30	1.97
2109983--2110515	163	3.2	164	80	9	581	27	9	8	54	1.62
2110365--2110403	18	2.2	18	85	0	51	41	5	0	53	1.23
2109995--2110515	164	3.2	162	79	9	533	27	9	8	54	1.62
2113249--2113335	38	2.3	38	89	0	129	13	19	35	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24