genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446823--2446899	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2446501--2446906	212	1.9	212	88	3	620	27	27	13	31	1.94
2446561--2446973	107	3.9	107	72	10	279	27	27	14	30	1.95
2448029--2448163	14	9.9	14	69	18	88	40	9	22	27	1.85
2448027--2448142	43	2.7	43	90	2	180	38	11	23	26	1.88
2448116--2448179	23	2.9	23	90	4	96	37	9	25	28	1.87
2448222--2448262	22	1.9	21	90	5	64	21	0	0	78	0.76
2449300--2449679	79	4.8	79	85	1	505	31	14	27	26	1.95
2449300--2449679	155	2.4	155	82	4	478	31	14	27	26	1.95
2449616--2449793	51	3.5	51	80	5	193	33	10	27	28	1.90
2452336--2452402	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2452861--2452886	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2452925--2453000	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2452946--2453018	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2452925--2453018	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2453596--2453639	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2454418--2454444	12	2.2	12	100	0	54	55	37	7	0	1.28
2454735--2454759	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2457866--2457932	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2458391--2458416	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2458455--2458530	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2458476--2458548	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458455--2458548	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2458840--2458910	20	3.5	20	81	7	90	42	11	16	29	1.83
2458871--2458918	13	4.2	13	70	29	54	41	14	14	29	1.85
2458871--2458938	33	2.1	33	88	5	102	42	13	13	30	1.82
2458964--2459032	32	2.2	32	91	0	111	36	20	10	33	1.86
2462444--2462468	8	3.1	8	100	0	50	40	12	0	48	1.40
2462725--2463077	162	2.2	162	79	7	356	30	11	9	48	1.72
2462773--2463123	166	2.1	159	80	5	378	31	11	9	47	1.71
2463516--2463557	15	2.7	16	82	13	52	80	0	4	14	0.86
2463643--2463673	11	2.9	11	95	4	55	83	0	16	0	0.64
2463632--2463672	14	2.9	14	92	3	64	82	0	17	0	0.66
2468074--2468605	139	3.8	138	83	7	650	33	11	10	44	1.75
2473782--2473905	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
2473782--2473925	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
2473914--2473938	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2473979--2474045	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2474001--2474025	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2474985--2475053	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
2474861--2475147	49	5.8	49	84	8	327	32	16	24	26	1.96
2475149--2475388	28	8.2	29	80	8	213	21	17	30	30	1.96
2475152--2475320	85	2.0	88	88	3	254	17	18	31	33	1.94
2475181--2475383	58	3.5	57	83	4	230	23	17	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476824--2476933	1	110.0	1	69	0	58	4	3	8	83	0.89
2476827--2476931	22	4.9	22	78	14	103	4	3	8	82	0.92
2486626--2486652	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
2490258--2490381	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
2490258--2490401	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
2490390--2490414	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2490453--2490490	20	1.9	19	94	5	67	52	10	10	26	1.68
2491231--2491381	50	3.1	49	80	4	153	39	17	21	21	1.92
2491358--2491404	23	2.0	23	91	0	76	42	12	21	23	1.87
2491382--2491673	50	5.9	48	72	10	169	37	16	20	26	1.93
2491382--2491644	99	2.6	101	82	4	275	38	15	19	26	1.92
2492934--2493011	20	3.9	20	81	0	102	33	12	12	41	1.82
2492864--2493034	91	1.9	91	92	0	288	29	14	12	42	1.83
2492864--2493059	91	2.2	91	87	3	279	31	14	12	41	1.83
2494681--2494709	10	2.7	11	94	5	51	34	13	0	51	1.42
2506997--2507071	9	7.9	9	73	19	64	82	14	2	0	0.77
2507000--2507071	8	8.8	8	79	11	67	83	13	2	0	0.76
2506997--2507071	23	3.0	24	78	9	80	82	14	2	0	0.77
2508319--2508519	28	6.9	28	82	4	213	29	30	18	21	1.97
2509436--2509613	20	8.4	20	71	13	131	29	14	12	43	1.81
2509426--2509602	91	1.9	91	83	2	230	29	14	11	43	1.81
2509436--2509650	111	1.9	111	90	0	340	28	15	12	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509639--2509691	20	2.6	21	88	8	83	41	13	15	30	1.85
2509436--2509692	111	2.3	111	84	2	275	31	14	12	41	1.83
2515759--2515831	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
2515776--2515852	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
2515759--2515852	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
2515891--2515916	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2519978--2520008	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2522087--2522125	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2523243--2523309	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2523767--2523792	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2523831--2523906	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
2523851--2523924	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
2523831--2523924	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
2525700--2525724	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2528847--2528913	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2529371--2529396	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2529435--2529510	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
2529455--2529528	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
2529435--2529528	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
2531383--2531455	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
2531400--2531476	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
2531383--2531476	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2531515--2531540	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2534789--2534860	24	3.0	24	87	0	99	22	23	9	44	1.82
2534854--2534884	13	2.4	13	94	0	53	35	12	19	32	1.90
2543471--2543519	20	2.4	21	86	3	73	30	16	14	38	1.88
2544574--2544632	29	2.1	28	96	3	109	35	10	6	47	1.64
2545416--2545466	22	2.3	23	83	13	70	58	1	5	33	1.33
2547471--2547542	24	3.2	24	62	18	64	36	15	11	37	1.83
2547454--2547543	43	2.1	43	100	0	180	34	16	8	40	1.80
2550215--2550477	129	2.0	128	91	2	429	41	7	6	43	1.60
2550419--2550444	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2550535--2550596	30	2.1	30	85	11	83	43	1	0	54	1.09
2550553--2550601	14	3.3	15	77	11	57	40	0	0	59	0.98
2551513--2551559	23	2.0	23	84	8	60	55	0	0	44	0.99
2551679--2551774	31	3.1	31	84	3	140	47	0	0	52	1.00
2552868--2552978	16	6.9	16	73	8	91	22	15	21	40	1.90
2552869--2552978	32	3.4	32	90	5	161	22	15	20	40	1.90
2553064--2553104	22	1.9	21	85	5	55	31	7	17	43	1.76
2553812--2553904	16	5.8	16	80	9	100	16	15	24	44	1.86
2553805--2553929	32	3.9	32	84	4	153	17	13	24	44	1.85
2553812--2553904	48	1.9	48	85	8	127	16	15	24	44	1.86
2553805--2553919	16	7.2	15	77	11	70	17	14	25	42	1.87
2553805--2553913	48	2.3	47	80	12	123	17	14	24	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557760--2557809	19	2.5	21	90	6	77	40	14	14	32	1.85
2560384--2560458	28	2.7	27	83	8	89	20	30	22	26	1.98
2560441--2560627	51	3.7	50	83	5	225	29	26	11	32	1.92
2570424--2570449	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2571105--2571148	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2572956--2572992	13	2.8	13	100	0	74	40	16	13	29	1.86
2575063--2575093	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2576897--2576941	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2579161--2579186	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2579652--2579693	16	2.6	17	81	11	52	40	2	14	42	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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