genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2278488--2278561	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
2278468--2278561	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
2280587--2281119	168	3.2	164	82	6	569	33	11	8	47	1.69
2283498--2283549	20	2.5	20	87	3	68	40	7	13	38	1.73
2291088--2291132	23	1.9	24	90	4	74	77	0	17	4	0.92
2291088--2291151	25	2.6	25	83	11	71	75	1	17	6	1.09
2291453--2291485	9	3.8	9	92	8	59	81	0	9	9	0.87
2291454--2291484	8	3.8	8	91	8	53	80	0	9	9	0.90
2292165--2292619	88	5.2	88	76	5	301	25	17	13	43	1.85
2293555--2293779	81	2.8	79	78	9	215	20	20	13	45	1.85
2293722--2294688	44	22.0	44	79	5	808	17	21	17	43	1.88
2294718--2294928	42	5.0	41	74	10	156	17	20	15	46	1.83
2294720--2294935	85	2.5	83	85	4	279	17	20	15	46	1.84
2298299--2298758	149	3.1	149	79	5	427	23	18	19	38	1.93
2298576--2298845	146	1.8	146	81	3	337	22	18	20	38	1.94
2304252--2304286	17	2.1	17	94	0	61	17	22	8	51	1.72
2306300--2306787	157	3.1	155	76	6	371	39	21	15	24	1.92
2306212--2306710	154	3.2	153	75	4	464	39	19	16	25	1.92
2306212--2306790	154	3.7	154	74	5	438	39	20	16	24	1.92
2306687--2306915	117	2.0	117	91	0	368	39	22	14	22	1.91
2312840--2313460	165	3.9	157	78	10	541	49	8	11	30	1.69
2312996--2313448	166	2.7	163	79	7	491	50	8	11	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312996--2313555	166	3.4	163	77	8	465	50	8	10	30	1.66
2319711--2319761	20	2.5	21	84	9	70	35	15	7	41	1.76
2333695--2333744	17	2.9	18	85	11	70	84	14	2	0	0.72
2333693--2333761	35	2.0	34	83	11	86	79	14	4	1	0.95
2333693--2333746	9	5.9	9	80	10	65	83	14	1	0	0.73
2333703--2333746	21	2.1	22	87	8	65	84	13	2	0	0.73
2335018--2335090	13	5.5	13	75	14	60	35	13	16	34	1.88
2335012--2335090	14	5.9	13	75	14	72	36	12	16	34	1.87
2335751--2335822	20	3.6	20	78	0	90	34	16	9	38	1.82
2337462--2337967	79	6.4	79	84	3	639	34	15	23	26	1.94
2337462--2337968	158	3.2	158	89	2	738	34	15	23	26	1.94
2340300--2340399	13	8.2	13	71	20	90	40	15	18	27	1.89
2340261--2340350	20	4.9	19	74	20	75	38	12	18	30	1.88
2340281--2340367	33	2.6	33	94	0	147	39	12	19	28	1.88
2340281--2340419	33	4.0	33	81	10	143	39	12	18	28	1.88
2341275--2341374	42	2.4	42	83	6	114	48	13	23	16	1.80
2341390--2341618	61	3.9	60	80	9	281	27	20	26	25	1.99
2342719--2342757	8	4.9	8	84	9	53	0	2	10	87	0.65
2342717--2342756	15	2.6	15	88	11	55	0	2	10	87	0.63
2353438--2353510	20	3.7	20	77	0	83	35	13	12	38	1.83
2358674--2359160	79	6.2	79	86	2	660	33	15	24	25	1.95
2358674--2359160	159	3.1	158	89	2	725	33	15	24	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2358674--2359117	238	1.9	237	88	3	678	33	15	25	25	1.96
2361474--2361543	33	2.1	33	97	0	131	40	15	18	25	1.90
2361454--2361560	53	2.0	53	85	7	146	41	14	16	27	1.88
2361493--2361523	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
2361454--2361580	20	6.7	19	77	17	122	40	14	16	28	1.87
2364043--2364070	9	3.1	9	100	0	56	53	21	14	10	1.70
2375157--2375246	1	90.0	1	74	0	54	84	12	2	1	0.77
2375157--2375244	30	2.6	35	81	18	114	84	12	2	1	0.78
2375160--2375240	33	2.6	32	90	5	121	82	13	2	1	0.83
2375184--2375246	25	2.5	25	82	7	74	84	12	1	1	0.78
2376492--2376928	28	15.5	28	81	6	434	30	30	17	21	1.96
2376920--2376983	33	2.0	32	81	9	76	26	25	17	31	1.97
2377924--2378041	51	2.3	51	92	0	191	27	18	12	41	1.87
2381417--2381624	32	6.5	31	77	8	150	29	30	15	24	1.96
2381434--2381608	96	1.8	95	85	3	244	30	29	18	21	1.97
2381828--2381959	52	2.6	52	83	1	167	25	21	16	36	1.94
2388166--2388244	20	3.2	24	66	30	58	48	10	13	27	1.75
2389258--2389324	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2389783--2389808	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2391514--2391538	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2392094--2392140	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
2394690--2394756	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395215--2395240	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2396448--2396472	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
2397769--2397812	22	2.0	22	86	4	61	84	9	0	6	0.79
2398509--2398575	33	2.0	33	85	0	89	34	11	13	40	1.81
2398616--2398708	13	7.9	13	73	20	89	34	17	12	35	1.88
2398595--2398708	34	3.4	34	96	0	210	35	17	12	35	1.87
2398748--2398801	20	2.7	20	100	0	108	42	11	11	35	1.76
2398717--2398853	72	1.9	72	96	0	256	36	16	16	30	1.91
2402605--2403098	140	3.5	139	82	3	528	22	22	17	37	1.94
2402605--2403115	47	10.9	46	79	5	463	22	22	17	37	1.94
2403343--2403455	59	1.9	59	90	0	181	24	23	10	41	1.86
2403212--2403578	191	1.9	191	84	4	490	23	22	13	40	1.89
2403510--2403624	44	2.6	43	86	2	149	20	25	15	38	1.92
2403417--2403843	132	3.2	129	77	7	410	21	22	15	40	1.90
2403732--2403930	44	4.6	43	76	5	177	20	20	17	41	1.90
2403433--2403879	88	5.1	88	74	7	311	21	22	15	41	1.90
2403693--2403879	44	4.3	42	73	7	149	20	21	15	42	1.89
2403732--2403927	43	4.5	43	76	5	117	20	19	17	41	1.90
2404057--2404518	44	10.6	43	70	16	229	21	25	14	38	1.91
2404149--2404526	176	2.1	177	85	3	521	21	25	14	38	1.92
2404103--2404521	88	4.8	88	81	5	465	21	25	14	38	1.92
2404635--2405519	42	21.1	42	77	3	645	17	25	16	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406809--2406852	19	2.4	18	80	3	52	65	11	18	4	1.40
2408764--2409126	155	2.3	155	81	0	431	24	17	19	38	1.93
2414535--2415135	165	3.6	163	81	7	555	32	11	6	49	1.65
2416437--2416877	163	2.7	162	86	5	577	35	9	13	41	1.77
2416891--2416918	14	2.0	14	100	0	56	71	0	7	21	1.09
2422862--2423035	79	2.2	79	83	3	215	33	16	22	26	1.95
2422970--2423086	51	2.3	49	82	8	128	33	11	23	30	1.91
2422894--2423164	130	2.1	129	86	4	368	35	14	21	28	1.93
2423021--2423381	78	4.6	78	80	6	365	34	12	22	29	1.91
2422865--2423240	208	1.8	209	82	6	494	34	13	22	28	1.93
2423054--2423398	157	2.2	157	82	5	419	34	13	22	29	1.92
2425628--2425658	13	2.4	13	100	0	62	38	6	16	38	1.74
2428236--2428262	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2432622--2432655	9	3.8	9	88	11	52	29	26	0	44	1.55
2434365--2434390	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2435365--2435496	68	1.9	68	85	0	183	41	15	16	25	1.88
2436081--2436177	34	2.9	34	84	0	122	35	16	24	23	1.95
2436149--2436293	42	3.5	42	81	3	159	38	13	24	22	1.91
2436269--2436730	61	7.5	61	86	0	591	29	19	25	24	1.99
2437701--2437751	7	7.4	7	93	2	86	0	13	0	86	0.58
2440869--2440898	15	2.0	15	100	0	60	20	6	40	33	1.78
2442246--2442580	179	1.9	179	87	2	494	40	13	12	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444041--2444102	25	2.5	25	89	5	90	19	22	11	46	1.81
2444056--2444104	25	2.0	25	100	0	98	20	20	10	48	1.78
2444250--2444298	23	2.1	23	88	0	71	40	10	24	24	1.86
2444272--2444300	14	2.1	14	100	0	58	51	6	20	20	1.70
2444594--2444661	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2444615--2444639	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2444596--2444658	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2444701--2444726	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2444681--2444747	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2446671--2446839	52	3.2	52	77	12	170	30	25	11	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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