genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772954--773060	53	2.0	53	96	0	196	31	10	14	42	1.80
773173--773218	16	2.9	16	87	6	58	32	13	13	41	1.82
776484--776524	15	2.7	15	84	3	55	34	2	0	63	1.08
776645--776984	157	2.2	154	82	5	414	42	18	12	26	1.86
778726--778751	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
779080--779486	153	2.7	149	81	8	437	49	9	9	31	1.68
780748--780871	40	3.1	40	72	13	110	48	15	18	17	1.81
780742--781060	81	4.0	79	76	6	275	44	15	22	18	1.86
780742--780856	40	2.8	41	75	11	119	45	14	20	19	1.85
780738--781083	159	2.2	161	83	3	421	44	14	22	18	1.86
782959--783281	138	2.3	139	85	3	427	41	11	11	35	1.78
785241--785266	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
785221--785284	32	2.0	33	87	3	94	28	12	15	43	1.83
787360--787402	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
787843--787867	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
789944--789974	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
794041--794066	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
794021--794084	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
794456--794491	19	1.9	19	88	5	56	63	16	0	19	1.30
795144--795543	165	2.4	164	77	9	377	49	7	11	31	1.67
796258--796371	41	2.8	40	77	2	129	41	16	24	17	1.90
797200--797255	20	2.8	20	86	2	78	39	16	14	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797569--798359	81	9.8	81	79	2	734	41	13	24	20	1.89
797773--798359	40	14.6	40	69	9	153	41	13	24	20	1.88
797564--798359	161	4.9	161	79	3	755	41	13	24	20	1.89
800530--800571	21	2.0	22	85	4	59	78	4	11	4	1.06
801152--801364	112	1.9	112	83	5	279	32	13	13	40	1.83
823280--823404	52	2.4	52	94	0	214	27	18	18	36	1.94
823280--823424	52	2.8	51	88	4	202	28	17	18	34	1.94
823413--823437	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
823502--823526	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
823480--823546	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
827499--827571	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
827517--827592	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
827499--827592	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
827631--827656	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
831716--831746	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
833760--833838	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
833825--833863	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
836303--836375	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
836321--836396	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
836303--836396	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
836435--836460	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
839456--839511	6	10.3	6	83	14	61	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839458--839514	11	5.4	11	80	16	75	28	0	0	71	0.86
839447--839514	22	3.2	21	82	15	86	26	1	0	72	0.94
839458--839514	5	10.8	5	80	16	53	28	0	0	71	0.86
841488--841541	23	2.3	23	93	0	90	46	5	29	18	1.72
841488--841541	11	4.7	12	77	9	58	46	5	29	18	1.72
843107--843138	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
844322--844430	49	2.2	49	95	1	193	40	16	9	33	1.80
847804--847846	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
850566--850623	32	1.9	30	85	7	73	43	0	5	51	1.24
850882--850919	14	2.7	15	88	12	62	21	5	0	73	1.02
855934--855978	23	2.0	23	90	0	72	28	13	0	57	1.36
856694--856758	32	2.0	33	82	8	80	49	1	6	43	1.37
858990--859028	18	2.2	18	90	0	60	69	0	2	28	1.02
860246--860303	28	2.0	30	83	6	75	29	3	5	62	1.33
860432--860479	18	2.8	17	81	12	53	35	0	0	64	0.94
862110--862135	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
862835--862866	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
864235--864280	12	3.7	13	80	8	60	36	0	10	52	1.37
864426--864487	28	2.3	26	81	10	79	40	11	3	45	1.56
864439--864629	27	6.9	28	71	15	123	40	8	3	48	1.49
864426--864519	27	3.5	26	81	9	100	41	9	2	46	1.48
864544--864627	29	2.9	28	82	3	87	35	7	5	51	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868233--868284	20	2.6	20	87	0	77	36	17	15	30	1.91
870850--870960	51	2.2	51	87	9	156	38	13	20	27	1.90
870890--871337	79	5.7	78	77	6	427	35	12	24	27	1.91
870893--871337	158	2.8	155	79	6	489	35	12	24	27	1.91
873212--873236	13	1.9	13	100	0	50	0	4	0	96	0.24
873662--873700	19	2.1	18	85	4	51	35	10	15	38	1.81
873819--873873	20	2.8	20	94	0	92	32	16	9	41	1.80
873739--873957	100	2.2	100	96	0	402	27	15	15	42	1.87
873919--873972	20	2.6	21	82	2	65	31	16	11	40	1.84
874816--874863	17	2.8	17	81	9	53	62	6	6	25	1.42
875767--875934	8	20.2	8	68	22	82	58	0	0	40	1.02
875768--875929	34	4.9	35	74	19	143	58	0	0	40	1.02
875743--875832	40	2.2	41	83	11	107	55	0	1	43	1.07
882752--882802	21	2.2	24	73	20	63	23	31	11	33	1.91
882788--883007	52	4.3	51	75	9	196	30	28	12	28	1.93
882832--883049	104	2.1	104	80	3	233	29	31	13	25	1.94
888031--888085	16	3.4	16	87	5	76	47	30	12	9	1.73
888041--888101	32	1.9	31	83	3	77	47	27	16	8	1.75
888575--888605	16	2.0	15	93	6	53	58	3	12	25	1.50
888516--888690	84	2.1	84	95	0	314	53	6	9	29	1.59
889146--889252	56	1.9	56	86	0	151	14	13	21	50	1.77
889425--889468	12	4.1	11	77	16	56	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889426--889467	20	2.0	20	86	13	57	42	0	0	57	0.99
889425--889468	11	4.2	10	81	18	54	40	0	0	59	0.98
889838--889879	16	2.6	16	82	14	59	38	30	11	19	1.88
890141--890183	22	2.0	22	82	13	54	44	0	0	55	0.99
896798--896869	25	3.4	20	77	22	76	56	0	0	43	0.99
896821--896884	25	2.5	25	94	2	110	53	0	0	46	1.00
896821--896898	25	3.0	25	88	3	84	53	2	0	43	1.14
897831--897907	40	1.9	41	84	7	104	44	0	2	53	1.14
897924--897970	18	2.6	17	81	15	51	72	0	10	17	1.12
897923--897989	29	2.3	29	78	19	77	71	0	7	20	1.10
899671--899698	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
899898--899942	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
900183--900227	23	2.0	23	83	12	58	40	0	8	51	1.33
902362--902392	12	2.6	12	94	0	53	58	3	38	0	1.15
903562--903618	22	2.6	22	82	17	66	68	1	0	29	1.00
903568--903626	23	2.6	22	82	15	75	66	5	0	28	1.13
903968--904123	77	2.0	77	94	0	276	35	21	18	23	1.95
908138--908222	33	2.6	33	88	0	125	30	10	35	23	1.89
909199--909249	26	1.9	27	92	4	86	58	0	21	19	1.39
920214--920268	20	2.7	19	86	11	65	81	3	9	5	0.95
920232--920269	20	1.9	20	94	0	67	84	0	7	7	0.79
920232--920269	9	3.7	11	83	16	55	84	0	7	7	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920779--920844	34	2.0	33	85	8	91	56	10	16	16	1.67
921203--921227	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
921185--921248	33	2.0	32	87	3	92	37	12	15	34	1.85
922247--922279	16	2.1	16	88	11	50	48	9	24	18	1.76
923899--923964	33	2.0	33	87	0	96	45	15	13	25	1.83
928555--928582	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
933907--933974	19	3.9	18	76	23	83	36	16	11	35	1.85
933929--933953	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
933910--933972	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
934973--935153	57	3.2	56	80	5	177	24	12	14	48	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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