genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1412058--1412986	30	29.9	30	76	10	668	24	27	15	32	1.95
1412991--1413147	34	4.8	32	75	12	133	22	33	12	31	1.92
1412811--1413055	129	1.9	129	80	5	289	22	29	14	33	1.94
1413020--1413147	61	2.1	63	82	2	152	22	33	12	31	1.91
1412967--1413142	95	1.9	94	84	4	237	23	33	14	28	1.94
1413117--1413198	28	2.9	28	83	10	87	32	30	18	18	1.95
1413263--1414578	49	28.5	47	72	15	661	25	25	19	30	1.98
1413205--1414530	87	14.5	87	83	7	1378	24	25	19	30	1.98
1413946--1414683	49	14.9	49	79	4	739	23	25	18	33	1.96
1415485--1415565	20	4.4	19	73	23	75	32	14	12	40	1.83
1415507--1415534	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1415487--1415553	33	2.0	33	88	5	100	29	14	13	41	1.85
1419534--1419589	19	2.9	19	83	2	76	32	19	10	37	1.86
1419634--1419663	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
1422360--1422403	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1424210--1424248	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1426326--1426356	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1428159--1428203	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1430424--1430449	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1430437--1430486	19	2.6	19	100	0	100	28	20	16	36	1.93
1433142--1433168	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1433159--1433208	20	2.5	20	100	0	100	34	12	18	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1433684--1433742	31	1.9	31	83	10	77	32	13	22	32	1.92
1434694--1434731	18	2.1	18	95	0	67	28	10	7	52	1.64
1435483--1435522	21	2.0	20	85	14	55	25	5	0	70	1.08
1436835--1436871	16	2.3	17	90	9	60	27	0	5	67	1.12
1442256--1442777	153	3.4	153	80	4	536	34	9	7	48	1.64
1442234--1442803	306	1.9	306	80	5	679	34	9	8	48	1.64
1443117--1443154	14	2.7	14	84	15	60	73	0	5	21	1.02
1444293--1444595	166	1.8	167	85	5	425	32	14	13	39	1.86
1444805--1445168	155	2.4	155	82	3	403	26	14	18	39	1.90
1446903--1446954	25	2.1	25	96	0	95	28	7	17	46	1.75
1448531--1448871	78	4.4	78	76	2	256	35	12	17	34	1.87
1448929--1449089	76	2.1	76	79	8	168	32	13	18	36	1.90
1450493--1450820	76	4.3	76	73	11	206	36	18	11	32	1.88
1451009--1451087	28	2.7	27	72	18	70	55	11	6	26	1.59
1451008--1451150	58	2.5	59	78	10	152	49	13	9	27	1.72
1452329--1452585	37	7.0	37	73	5	180	35	12	14	38	1.84
1452624--1452906	37	7.8	37	69	14	135	35	11	14	38	1.82
1452622--1452760	74	1.9	74	84	3	190	34	15	13	36	1.86
1453315--1453371	21	2.7	21	97	0	105	29	12	21	36	1.90
1453427--1453494	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1453448--1453472	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1453429--1453491	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1453534--1453559	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1455891--1456243	52	6.7	51	71	16	238	29	25	12	32	1.92
1455998--1456073	27	2.8	27	88	9	102	22	32	22	22	1.98
1456058--1456277	104	2.1	103	83	2	262	30	25	11	32	1.91
1456265--1456336	28	2.6	28	86	0	90	20	34	20	23	1.96
1455886--1456387	263	1.9	263	90	2	794	28	27	13	31	1.94
1456290--1456490	78	2.6	79	82	2	226	23	29	17	28	1.97
1468894--1468967	9	7.9	9	73	16	53	82	5	10	1	0.89
1468894--1468935	15	2.7	15	79	13	50	85	4	7	2	0.80
1468893--1468968	38	2.0	39	82	14	97	81	6	10	1	0.92
1469961--1471137	171	6.9	169	86	6	1461	26	28	20	25	1.99
1469961--1471136	226	5.2	221	82	10	1272	26	28	20	25	1.99
1469968--1471156	55	20.9	55	84	9	1231	26	28	20	25	1.99
1474117--1474192	27	2.8	27	88	9	102	22	32	22	22	1.98
1474175--1474396	52	4.3	51	78	2	219	29	24	13	33	1.93
1474384--1474455	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
1474409--1474587	79	2.3	78	84	2	225	23	30	17	29	1.97
1474409--1474609	78	2.6	79	83	2	244	24	30	16	28	1.97
1478373--1478445	27	2.7	27	86	0	110	54	10	19	15	1.69
1483407--1483634	79	2.9	79	81	7	245	29	22	10	37	1.87
1483471--1483634	76	2.1	77	84	5	215	30	20	9	39	1.85
1483546--1483738	104	1.9	102	81	10	232	28	22	8	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1483634--1483884	79	3.2	77	78	7	256	27	23	10	37	1.88
1484058--1484106	23	2.2	23	85	3	64	16	2	12	69	1.28
1488403--1488457	19	2.8	20	88	5	94	32	18	14	34	1.91
1497333--1497357	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
1502165--1502201	11	3.5	11	92	3	58	59	8	24	8	1.53
1504063--1504095	17	2.0	16	94	5	57	84	0	9	6	0.76
1505498--1506757	42	30.2	42	70	8	349	16	24	16	41	1.89
1505498--1506459	126	7.7	126	73	7	463	16	24	16	41	1.89
1506499--1506745	83	3.0	81	80	6	253	16	23	16	43	1.87
1506595--1506777	83	2.2	83	78	2	188	16	22	15	44	1.85
1507846--1507871	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1510423--1510460	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1512543--1512573	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1515999--1516057	19	3.0	18	78	14	55	25	11	20	42	1.86
1516897--1517046	69	2.2	69	88	0	219	58	10	16	15	1.63
1517049--1517177	27	4.9	27	75	16	128	54	8	20	16	1.68
1518070--1518129	29	2.1	29	87	6	86	48	6	15	30	1.70
1521241--1521271	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
1521219--1521284	33	2.0	33	85	5	89	37	16	12	33	1.86
1521933--1521987	25	2.2	25	93	0	92	43	25	5	25	1.76
1530073--1530126	20	2.7	20	88	5	74	40	18	9	31	1.82
1531386--1531424	20	2.0	20	89	0	60	38	17	17	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540661--1540868	61	3.4	61	91	2	319	26	28	18	26	1.98
1540881--1541248	55	6.5	55	82	9	429	26	27	21	24	1.99
1540888--1541248	118	3.2	110	81	10	451	26	26	21	24	1.99
1541082--1541172	29	3.2	28	64	14	71	26	29	19	24	1.98
1541166--1541343	95	1.9	96	92	3	306	25	28	19	26	1.99
1541267--1541529	61	4.4	61	82	9	323	26	27	19	26	1.99
1541289--1541525	121	1.9	123	88	5	365	26	27	18	26	1.98
1541349--1541737	215	1.8	214	83	6	527	25	28	19	26	1.99
1541564--1541798	61	3.9	61	83	6	291	25	27	20	27	1.99
1541546--1541795	122	2.1	115	88	6	358	26	27	19	26	1.99
1541932--1542030	40	2.5	40	80	11	105	17	27	10	45	1.80
1541936--1542060	40	3.1	39	70	11	92	20	25	11	42	1.85
1542619--1542666	21	2.3	21	92	3	80	27	14	12	45	1.81
1543637--1543842	79	2.6	79	87	1	297	30	17	26	25	1.97
1555042--1555296	79	3.2	78	86	2	339	30	16	26	26	1.97
1555227--1555392	51	3.2	51	79	4	163	31	12	27	28	1.92
1555493--1555617	51	2.5	51	87	0	187	33	12	25	28	1.92
1557924--1557988	34	1.9	33	90	3	103	44	10	18	26	1.82
1558022--1558075	21	2.7	20	77	8	65	38	14	12	33	1.85
1558396--1558470	20	3.8	19	82	8	96	32	14	13	40	1.85
1560767--1560884	51	2.3	51	81	5	132	27	25	11	34	1.91
1560871--1560941	28	2.6	27	86	8	90	23	25	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1560896--1561182	158	1.8	159	86	5	420	25	24	16	33	1.95
1560899--1561228	79	4.2	79	82	9	343	26	23	15	33	1.95
1572258--1572296	21	1.9	20	89	5	60	33	15	15	35	1.89
1572334--1572390	13	3.9	13	72	24	51	35	12	17	35	1.87
1572347--1572409	19	3.7	18	76	24	73	33	11	17	38	1.85
1572333--1572417	32	2.7	32	94	0	152	32	11	17	37	1.86
1577876--1577907	12	2.7	12	100	0	64	31	9	25	34	1.87
1578149--1578179	13	2.4	13	100	0	62	38	0	6	54	1.26
1584108--1584155	19	2.5	18	83	10	51	33	41	6	18	1.76
1591631--1591762	42	3.1	42	89	2	185	8	44	2	44	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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