genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1766424--1766833	177	2.3	179	81	3	463	42	11	22	22	1.86
1766678--1766966	121	2.4	121	85	0	389	41	12	23	22	1.88
1766432--1766966	60	9.0	60	76	6	311	41	12	22	23	1.87
1766490--1766950	30	15.4	30	66	12	124	42	12	22	23	1.87
1767943--1767977	12	2.7	13	91	8	54	0	11	8	80	0.92
1768308--1768368	6	10.7	6	81	12	58	14	0	11	73	1.09
1768853--1768891	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
1768831--1768911	20	3.8	20	73	17	72	34	16	11	38	1.84
1775890--1775941	19	2.6	21	90	6	81	38	13	15	32	1.86
1778381--1778766	52	7.4	53	72	11	188	29	25	12	32	1.93
1778549--1778770	51	4.3	51	81	2	248	29	26	11	32	1.91
1783069--1783159	25	3.5	25	66	14	67	36	14	16	32	1.89
1783051--1783158	53	2.0	53	98	0	207	37	13	16	32	1.88
1783051--1783133	28	3.1	28	63	16	75	38	13	16	31	1.87
1791310--1791360	11	4.9	10	81	15	59	88	7	3	0	0.63
1791310--1791360	13	4.1	12	85	12	59	88	7	3	0	0.63
1791311--1791359	20	2.4	20	89	3	71	87	8	4	0	0.65
1792315--1792962	55	11.6	55	87	4	838	26	27	21	24	1.99
1793094--1793186	40	2.3	40	98	0	177	20	25	11	41	1.86
1793876--1793901	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1795728--1795786	20	2.9	21	82	10	77	40	15	15	28	1.87
1795920--1795945	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1796424--1796490	37	1.9	35	88	11	102	31	11	25	31	1.92
1801397--1801472	20	3.8	21	80	13	81	42	14	14	28	1.85
1801496--1801526	10	3.1	10	100	0	62	19	29	9	41	1.83
1801545--1801570	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
1802049--1802115	37	1.9	35	88	11	102	31	11	25	31	1.92
1803223--1803294	28	2.6	28	86	0	90	22	36	19	22	1.95
1803277--1803500	51	4.4	51	86	2	288	28	26	12	31	1.93
1803431--1803603	79	2.2	80	83	6	217	27	27	14	30	1.95
1804801--1805079	79	3.5	78	79	3	299	32	13	25	27	1.94
1804793--1805360	143	3.7	148	74	14	392	32	12	25	29	1.93
1805015--1805145	64	2.0	64	82	2	156	32	9	27	30	1.89
1805095--1805360	79	3.4	76	81	10	277	33	12	24	29	1.92
1805295--1805392	51	1.9	51	81	4	117	35	12	22	29	1.91
1807348--1807397	21	2.4	21	93	0	91	32	22	18	28	1.97
1807782--1807886	20	4.8	20	73	21	84	40	15	16	27	1.88
1807782--1807935	70	2.2	70	89	0	227	42	14	14	27	1.85
1812123--1812151	10	2.7	11	89	10	51	6	10	0	82	0.83
1812146--1812180	12	2.8	13	91	8	63	0	28	0	71	0.86
1812102--1812178	32	2.4	32	81	14	95	5	20	0	74	1.01
1812494--1812523	11	2.9	10	90	9	51	66	0	0	33	0.92
1814371--1814418	16	2.8	16	81	9	51	45	10	2	41	1.50
1825001--1825029	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1831137--1831167	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1831117--1831183	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
1831233--1831285	19	2.7	20	91	2	81	39	16	16	26	1.91
1833640--1833704	33	2.0	33	87	6	96	33	20	12	33	1.89
1833734--1833786	20	2.7	20	88	2	72	35	18	15	30	1.92
1840718--1840754	15	2.5	15	91	4	58	59	18	0	21	1.38
1841471--1841746	153	1.8	153	85	2	394	40	17	14	27	1.89
1852776--1853732	65	15.0	65	79	8	812	26	21	16	35	1.95
1852807--1853732	187	4.8	189	81	8	932	26	22	16	35	1.95
1853562--1853709	74	2.0	73	83	6	183	24	22	10	42	1.85
1853562--1853707	71	2.0	71	79	11	156	24	21	10	42	1.85
1854196--1854242	20	2.3	21	88	3	69	40	10	17	31	1.83
1854306--1854444	51	2.7	52	88	1	190	29	16	13	40	1.87
1856901--1857051	79	1.9	79	87	2	223	31	21	6	40	1.79
1857045--1857427	79	4.9	79	84	3	389	28	21	11	38	1.88
1856890--1857178	127	2.2	126	79	10	334	29	20	9	40	1.84
1870466--1870537	17	4.1	17	70	10	56	37	1	29	31	1.66
1871171--1871223	20	2.7	19	88	11	72	37	13	18	30	1.89
1873083--1873138	20	2.8	20	84	7	78	41	8	21	28	1.83
1875215--1875919	49	14.7	49	84	6	901	29	18	26	25	1.98
1875149--1875919	98	8.0	98	88	5	997	30	17	26	25	1.97
1875912--1876030	33	3.7	33	88	8	176	18	18	36	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1876024--1876498	33	14.6	34	78	11	412	31	13	34	20	1.92
1876111--1876498	34	11.8	34	79	10	355	31	13	34	20	1.91
1876051--1876500	69	7.0	65	84	7	480	31	13	34	20	1.91
1876500--1876828	31	10.7	31	75	9	264	28	16	29	25	1.97
1876499--1876829	62	5.4	60	79	8	294	28	16	29	25	1.97
1876591--1876829	61	3.9	63	82	7	276	28	17	29	24	1.97
1876591--1876829	125	1.9	122	83	7	304	28	17	29	24	1.97
1888575--1888627	20	2.7	20	85	2	72	32	16	15	35	1.90
1888659--1888721	33	1.9	32	84	12	83	34	15	15	33	1.90
1890315--1890369	3	18.3	3	92	0	92	32	0	36	30	1.58
1891224--1891276	23	2.3	23	90	0	79	5	13	22	58	1.56
1891535--1891882	69	5.0	69	87	2	511	7	25	10	56	1.60
1891535--1891882	137	2.5	137	89	2	545	7	25	10	56	1.60
1891862--1891950	44	2.0	44	93	0	151	4	20	8	66	1.37
1892282--1892415	14	9.9	14	73	18	95	44	8	20	25	1.80
1892281--1892400	29	4.4	27	72	18	88	45	10	20	25	1.81
1892281--1892418	52	2.5	57	82	12	198	45	9	20	24	1.80
1892690--1892737	17	2.8	17	74	0	51	18	2	6	72	1.15
1893264--1893828	42	13.5	41	67	9	235	34	19	27	18	1.95
1893292--1893834	252	2.2	250	82	5	655	34	19	27	18	1.95
1893292--1893841	84	6.5	84	77	5	468	34	19	27	18	1.95
1895311--1895366	7	7.9	7	76	11	60	7	8	0	83	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1895302--1895367	8	7.8	8	74	24	55	6	9	0	84	0.76
1895320--1895366	13	3.8	13	83	10	64	8	8	0	82	0.83
1895313--1895350	20	1.9	20	88	0	58	10	7	0	81	0.87
1895304--1895358	28	1.9	29	88	3	85	7	9	0	83	0.81
1900619--1900644	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1907759--1908187	190	2.3	189	86	3	585	41	14	12	32	1.83
1908956--1909014	23	2.6	23	80	0	73	3	10	27	59	1.46
1908988--1909068	33	2.4	35	75	10	87	6	12	22	59	1.55
1909107--1909146	20	2.0	21	90	5	64	2	12	7	77	1.07
1909274--1909480	68	3.0	68	85	4	272	5	26	10	57	1.54
1909843--1910050	13	15.4	13	69	17	79	45	9	20	24	1.80
1909900--1910038	43	3.3	43	86	2	208	46	8	18	25	1.78
1909966--1910050	14	6.2	13	75	14	73	45	9	20	24	1.80
1910267--1910342	11	6.7	11	78	11	64	23	1	2	72	1.05
1910262--1910313	25	2.1	24	92	3	86	34	1	0	63	1.06
1910266--1910342	14	5.4	14	81	3	64	24	1	2	71	1.06
1910301--1910336	18	1.9	19	88	5	56	11	0	5	83	0.80
1914154--1914207	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
1914236--1914291	19	2.9	19	89	2	76	35	17	16	30	1.92
1914276--1914301	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1914877--1914917	22	1.9	21	85	5	55	21	31	4	41	1.74
1920682--1920739	21	2.8	20	79	7	53	24	18	5	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1922938--1922991	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
1929426--1929492	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1929951--1929976	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1930015--1930090	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
1930035--1930108	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
1930015--1930108	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
1930727--1930770	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1931872--1931896	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1935024--1935090	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1935549--1935574	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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