genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold42
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3911082

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220236--220295	8	7.4	8	77	17	61	71	0	1	26	0.95
220223--220280	24	2.4	24	88	5	82	72	0	0	27	0.85
220628--220656	11	2.6	11	100	0	58	44	0	10	44	1.38
222984--223033	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
223650--223870	34	6.5	33	82	6	264	40	24	7	27	1.82
223650--223870	102	2.2	101	88	3	345	40	24	7	27	1.82
228277--228495	34	6.5	33	82	9	262	40	26	7	25	1.82
228279--228495	68	3.2	67	85	3	292	40	26	7	25	1.82
228277--228495	102	2.2	101	88	1	339	40	26	7	25	1.82
228525--228667	63	2.3	63	88	0	205	45	12	6	35	1.68
228838--229011	38	4.6	38	80	5	190	35	9	22	32	1.87
228837--229056	114	1.9	114	82	3	273	34	10	23	31	1.89
228845--229060	76	2.8	76	81	5	215	34	10	24	31	1.88
233274--233420	38	3.9	37	80	3	134	31	12	27	28	1.93
234603--234665	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
234622--234646	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
234603--234673	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
238550--238599	15	3.3	15	77	5	64	36	0	0	64	0.94
239070--239281	106	2.0	106	95	0	379	43	11	7	37	1.69
240135--240169	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
240741--240784	22	2.0	22	86	8	63	56	0	0	43	0.99
241306--241336	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242557--242594	2	19.0	2	88	0	58	44	0	2	52	1.14
243466--243507	20	2.0	22	86	9	61	35	2	14	47	1.57
246002--246036	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
246042--246088	14	3.4	14	94	5	78	46	0	0	53	1.00
246679--246735	23	2.6	21	78	13	60	36	0	1	61	1.07
247106--247141	17	2.2	17	90	5	56	27	0	8	63	1.23
247690--247718	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
247686--248041	132	2.8	125	81	11	391	41	3	2	52	1.33
248037--248099	27	2.3	27	97	0	117	53	3	1	41	1.26
248309--248362	10	5.7	10	76	8	51	68	0	0	31	0.90
248306--248340	14	2.4	15	90	4	54	71	0	0	28	0.86
248309--248364	19	3.0	19	76	5	69	67	0	0	32	0.91
248726--248786	22	2.7	24	80	14	67	37	0	1	60	1.07
248724--248786	24	2.5	24	78	16	67	38	0	1	60	1.07
249428--249461	13	2.5	14	85	9	52	26	0	0	73	0.83
252660--252694	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
256636--256685	17	2.9	17	84	0	73	44	24	4	28	1.72
259100--259126	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
259111--259167	19	2.9	19	89	2	87	33	15	14	36	1.88
261914--261963	22	2.2	23	78	3	57	26	2	2	70	1.09
261928--261963	15	2.4	15	85	0	54	25	0	0	75	0.81
262000--262026	7	3.9	7	100	0	54	74	0	0	25	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263093--263153	32	1.9	32	86	0	86	39	26	14	19	1.90
263099--263222	16	7.8	16	69	9	56	41	25	13	19	1.88
263165--263226	32	1.9	32	90	0	97	45	25	12	16	1.83
264324--264364	15	2.7	15	88	0	64	53	12	0	34	1.38
265120--265167	24	2.0	24	88	4	71	56	8	4	31	1.48
266218--266288	31	2.3	31	87	4	99	59	4	8	28	1.46
267998--268032	14	2.5	14	85	0	52	28	0	0	71	0.86
268046--268086	2	20.0	2	85	5	55	46	0	4	48	1.23
268078--268142	25	2.6	25	82	7	69	50	0	1	47	1.10
269271--269530	136	2.0	123	88	10	380	43	11	7	37	1.69
269424--269449	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
272310--272343	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
272495--272548	21	2.6	21	100	0	108	25	25	14	33	1.95
272588--272640	20	2.6	21	78	6	63	39	7	16	35	1.78
274685--275079	165	2.4	165	82	6	399	28	11	8	51	1.67
274847--275210	155	2.3	160	82	7	402	31	11	6	51	1.63
275390--275421	13	2.3	15	89	10	50	34	0	0	65	0.93
275748--275789	21	2.0	21	86	9	59	69	0	23	7	1.13
279980--280004	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
280033--280063	14	2.2	14	94	0	53	38	6	25	29	1.81
280096--280232	53	2.6	53	94	1	238	27	16	18	37	1.92
280202--280272	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280312--280352	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
286590--286734	20	6.8	20	70	16	103	28	15	14	42	1.86
286640--286733	40	2.3	40	94	0	170	31	13	12	41	1.83
289096--289194	47	2.1	48	86	1	137	28	24	13	34	1.93
289023--289355	126	2.6	128	88	3	492	28	26	14	31	1.95
289229--289455	51	4.4	51	73	13	210	28	27	13	30	1.94
289328--289404	28	2.8	28	82	7	86	24	28	18	28	1.98
289282--289478	107	1.8	107	93	2	342	28	27	13	30	1.94
289143--289587	79	5.6	79	72	12	383	27	26	14	31	1.95
303625--303680	22	2.5	23	94	2	96	64	8	8	17	1.48
304615--304665	20	2.5	20	83	0	66	39	13	11	35	1.82
305193--306106	32	28.6	32	97	0	1614	14	18	36	31	1.90
306089--306771	27	25.0	27	91	2	1089	27	14	34	23	1.93
306089--306771	82	8.3	81	92	2	1089	27	14	34	23	1.93
307723--308119	197	2.0	197	98	0	769	25	14	20	40	1.90
314208--314263	22	2.5	23	94	2	96	64	8	8	17	1.48
315198--315248	20	2.5	20	83	0	66	39	13	11	35	1.82
316143--316222	1	80.0	1	70	0	52	85	10	3	1	0.79
316165--316222	16	3.6	16	82	13	82	86	8	3	1	0.76
316146--316219	33	2.2	33	87	4	103	83	10	4	1	0.83
316143--316220	23	3.5	21	80	16	77	84	10	3	1	0.80
317334--318499	61	19.5	61	82	7	1166	25	26	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317338--318499	62	19.4	62	82	7	1192	25	26	19	28	1.99
319098--319226	62	2.1	63	88	1	188	27	15	17	39	1.90
321611--321700	46	2.0	46	86	0	126	30	25	11	33	1.90
321532--321861	125	2.6	127	86	4	452	29	25	13	31	1.94
321735--321852	51	2.3	51	88	0	173	29	26	13	30	1.94
321839--321905	28	2.4	28	82	12	84	28	23	14	32	1.95
323383--323505	47	2.5	47	83	7	131	27	28	13	30	1.94
323489--323561	28	2.6	28	82	0	92	24	30	17	27	1.97
323513--323744	79	2.9	78	84	7	315	29	26	11	32	1.91
323438--323635	107	1.8	106	90	4	317	28	28	13	30	1.94
325892--325933	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
327154--327316	28	5.7	28	81	5	166	35	17	4	42	1.69
329161--329214	25	2.3	22	81	9	54	40	5	7	46	1.55
329473--329508	17	2.3	15	90	9	54	61	2	0	36	1.11
329877--329931	20	2.7	21	88	8	87	29	18	10	41	1.84
333061--333282	79	2.8	79	79	7	236	31	14	26	26	1.95
333297--333902	52	11.6	51	69	11	312	32	11	26	29	1.91
333296--333727	51	8.3	51	73	12	270	32	10	26	29	1.90
333188--333676	211	2.3	211	91	0	773	32	11	27	28	1.92
333163--333572	107	3.9	107	73	12	362	31	12	26	28	1.93
333297--333901	262	2.3	262	89	2	892	32	11	26	29	1.91
336257--336282	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336269--336310	21	2.0	21	95	0	75	28	16	9	45	1.79
336335--336384	19	2.6	19	93	0	82	36	18	14	32	1.90
338006--338058	20	2.6	21	78	6	63	43	9	15	32	1.78
338981--339052	33	2.2	33	97	2	137	30	5	26	37	1.79
342317--342455	52	2.7	53	83	5	162	45	14	11	28	1.80
343260--343799	52	10.2	52	72	9	283	37	14	23	23	1.92
343859--343927	33	2.1	33	88	0	102	14	15	37	31	1.88
343930--344137	33	6.4	33	74	8	192	24	16	28	30	1.97
344133--344477	33	10.9	32	72	16	208	37	11	28	22	1.89
344322--344382	27	2.2	28	85	2	79	34	9	29	26	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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