genome.fa.s74.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold74
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4633657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  10  of  24  ( 2862 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1960687--1960747	23	2.7	22	75	12	61	42	0	0	57	0.98
1961171--1961247	31	2.5	33	87	12	110	50	0	0	49	1.00
1963346--1963394	11	4.7	11	74	20	52	55	0	0	44	0.99
1964015--1964058	3	14.3	3	90	4	70	65	0	0	34	0.93
1965285--1965317	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1971694--1971720	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
1971732--1971781	21	2.4	20	80	12	57	48	0	0	52	1.00
1971858--1971898	20	2.1	20	90	4	66	41	0	0	58	0.98
1971802--1971886	38	2.3	38	81	6	102	35	0	1	63	1.02
1974542--1974576	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
1976424--1976507	33	2.7	31	81	15	86	42	1	0	55	1.07
1982814--1982856	14	2.8	15	80	16	52	37	0	0	62	0.95
1985517--1985545	6	4.8	6	100	0	58	86	0	13	0	0.58
1985871--1985943	31	2.3	33	79	15	82	61	1	0	36	1.05
1986376--1986400	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
1986448--1986507	32	1.9	30	83	6	75	48	0	0	51	1.00
1986709--1986739	6	5.2	6	92	0	53	12	32	19	35	1.90
1987487--1987533	2	24.5	2	78	8	53	53	2	0	44	1.12
1987487--1987533	19	2.5	19	82	0	67	53	2	0	44	1.12
1987774--1987830	21	2.9	21	76	21	61	57	0	0	42	0.98
1988157--1988225	16	4.2	16	81	7	77	53	0	0	46	1.00
1988158--1988224	32	2.1	32	86	5	91	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1993988--1994013	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2004599--2004684	36	2.4	35	79	11	93	47	0	1	51	1.08
2013699--2013814	56	2.1	56	98	0	223	37	22	6	32	1.81
2017384--2017622	118	2.0	118	95	0	433	34	16	20	28	1.94
2021728--2021781	19	2.9	18	81	13	56	70	9	20	0	1.14
2022682--2022719	17	2.2	17	95	0	67	50	5	2	42	1.39
2024501--2024688	102	1.9	101	86	1	268	42	20	12	24	1.87
2026132--2026159	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2026939--2026972	15	2.3	15	90	5	52	85	2	0	11	0.71
2026939--2026972	7	4.7	7	85	7	50	85	2	0	11	0.71
2027092--2027116	12	2.1	12	100	0	50	28	16	16	40	1.89
2030999--2031038	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
2031540--2031671	67	2.0	67	96	0	246	43	20	13	21	1.86
2038658--2038700	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
2040281--2040318	17	2.2	18	85	4	51	60	13	13	13	1.59
2047984--2048031	20	2.3	20	85	3	60	47	6	12	33	1.66
2048131--2048155	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2048784--2048809	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2049248--2049295	17	2.9	16	79	11	60	43	0	0	56	0.99
2049295--2049353	22	2.7	21	84	7	73	57	0	3	38	1.15
2049369--2049420	22	2.3	22	83	9	61	71	3	0	25	1.03
2055000--2055162	81	2.0	81	100	0	326	19	8	34	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2055564--2055620	30	2.0	28	82	6	69	50	10	10	28	1.69
2056379--2056496	61	1.9	61	79	6	132	33	16	22	28	1.95
2056716--2056838	64	1.9	64	81	0	147	26	17	26	29	1.98
2056711--2056823	32	3.5	32	78	4	111	26	18	25	29	1.98
2056852--2057038	33	5.8	33	83	3	193	23	18	26	32	1.97
2056856--2057118	33	8.3	32	77	11	190	24	18	26	30	1.98
2057090--2057154	28	2.3	27	76	10	69	21	16	30	30	1.96
2058858--2058940	26	3.2	26	66	24	75	40	13	25	20	1.88
2058845--2058952	52	2.1	52	100	0	216	42	13	24	19	1.87
2064821--2064918	51	1.9	51	87	4	144	46	8	16	28	1.75
2065959--2066080	65	1.9	65	83	6	158	26	16	26	31	1.96
2065953--2066174	32	6.8	33	74	9	134	22	16	28	31	1.96
2066167--2066247	30	2.8	28	81	11	83	25	19	29	24	1.99
2065955--2066241	33	9.0	32	71	16	136	24	17	28	29	1.97
2066291--2066380	28	3.2	28	80	1	99	24	18	26	30	1.98
2067903--2067949	22	2.1	22	96	0	85	34	4	23	38	1.74
2078620--2078644	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
2079037--2079065	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2082833--2082861	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
2090639--2090685	24	2.0	24	83	8	60	74	4	10	10	1.20
2093917--2093951	9	3.9	9	84	0	52	40	11	2	45	1.55
2094783--2094807	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2095465--2095490	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2095691--2095753	18	3.6	18	75	12	58	42	0	1	55	1.09
2095727--2095832	30	3.6	29	73	8	99	52	3	1	41	1.30
2095730--2095790	29	2.1	29	87	6	88	59	0	1	39	1.08
2095899--2095953	28	2.0	28	85	0	74	60	5	0	34	1.20
2098175--2098247	37	2.0	37	94	0	128	38	15	10	35	1.82
2098436--2098480	23	2.0	22	82	4	54	73	0	2	24	0.95
2099456--2099620	83	2.0	83	97	1	314	41	11	6	41	1.66
2099973--2100018	23	2.0	23	83	12	58	52	4	4	39	1.41
2101900--2101948	24	2.0	24	92	0	80	55	8	12	24	1.64
2102293--2102480	102	1.8	102	87	0	277	42	16	13	27	1.85
2102835--2103751	488	1.9	485	91	1	1514	37	22	15	23	1.93
2107894--2107932	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
2109996--2110692	228	3.0	229	90	2	1056	39	21	13	26	1.90
2114316--2114869	274	2.0	275	98	0	1092	46	14	12	25	1.80
2122026--2122060	9	3.9	9	84	0	52	40	11	2	45	1.55
2122888--2122912	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2124136--2124196	29	2.1	29	84	3	77	59	0	1	39	1.08
2124150--2124211	19	3.1	19	76	15	61	62	0	1	35	1.05
2124191--2124222	11	2.9	11	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2124136--2124293	80	2.0	80	80	7	178	59	1	1	37	1.16
2124555--2124621	23	2.9	23	81	2	71	40	0	2	56	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128947--2129024	39	2.0	39	100	0	156	43	17	12	25	1.85
2132741--2132986	122	2.0	122	100	0	492	34	19	21	25	1.96
2134395--2134458	32	2.0	32	100	0	128	53	25	12	9	1.68
2135002--2135056	23	2.4	23	78	6	58	61	10	20	7	1.52
2139063--2139114	6	8.7	6	93	0	68	36	50	7	5	1.55
2139063--2139115	12	4.4	12	90	0	79	35	49	7	7	1.60
2143876--2143908	17	1.9	17	93	0	57	75	0	6	18	1.00
2148080--2148156	38	2.0	38	100	0	154	48	20	15	15	1.81
2148856--2148890	9	3.9	9	84	0	52	40	11	2	45	1.55
2149563--2149619	20	2.8	20	81	7	62	49	5	17	28	1.68
2149709--2149733	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2150804--2150859	18	3.1	18	80	14	71	48	0	0	51	1.00
2150805--2150858	17	3.1	17	75	19	58	48	0	0	51	1.00
2150874--2150954	28	2.9	27	72	9	74	53	0	1	45	1.08
2150846--2150954	59	1.9	57	85	7	150	55	0	0	43	1.05
2152311--2152356	21	2.1	23	84	8	60	50	4	0	45	1.21
2152481--2152509	14	2.0	15	93	6	51	62	0	10	27	1.28
2157609--2158272	62	10.8	62	79	5	657	28	25	17	28	1.97
2159864--2159986	60	2.0	60	100	0	246	34	21	17	25	1.96
2160293--2160350	9	5.9	10	75	16	50	77	0	3	18	0.91
2164620--2164674	22	2.6	21	77	5	65	65	0	3	30	1.10
2167826--2168184	188	1.9	188	91	0	583	32	14	22	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2177072--2177120	21	2.3	22	76	16	59	48	2	0	48	1.12
2177027--2177105	36	2.2	37	80	11	92	43	0	0	56	0.99
2177695--2177801	46	2.3	47	79	10	114	46	1	0	50	1.18
2180087--2180112	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2185940--2186002	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
2191423--2191473	17	3.0	16	81	13	57	45	1	1	50	1.24
2191467--2191526	21	2.7	23	77	12	72	43	0	0	56	0.99
2191475--2191539	23	2.9	22	82	11	69	41	0	0	58	0.98
2200214--2200242	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2201044--2201068	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24