genome.fa.s74.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold74
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4633657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2212845--2213538	228	3.0	229	89	5	1051	25	13	21	40	1.89
2214295--2214336	18	2.3	19	87	4	59	14	11	11	61	1.56
2221908--2221956	24	2.0	24	96	0	89	24	10	8	57	1.59
2227313--2227341	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2227338--2227370	18	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
2228443--2228467	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2229289--2229323	9	3.9	9	84	0	52	45	2	11	40	1.55
2238414--2238882	233	2.0	234	89	1	708	26	12	21	39	1.89
2239639--2239680	18	2.3	19	87	4	59	14	11	11	61	1.56
2244494--2244525	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
2255486--2255530	23	1.9	23	81	4	54	55	2	4	37	1.32
2256043--2256093	22	2.4	21	83	6	68	60	1	0	37	1.08
2256439--2256464	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2256561--2256603	18	2.4	18	88	0	59	58	0	0	41	0.98
2256626--2256663	16	2.4	17	87	12	55	60	7	5	26	1.46
2257717--2257741	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2262935--2262976	21	2.0	21	100	0	84	23	9	14	52	1.71
2264684--2264709	6	4.3	6	100	0	52	15	15	53	15	1.73
2271767--2271830	32	2.0	32	100	0	128	9	12	25	53	1.68
2273343--2273771	220	2.0	220	96	0	795	29	23	13	33	1.93
2280778--2280918	70	2.0	70	97	0	264	23	9	14	52	1.71
2286848--2286896	23	2.1	23	84	0	62	61	6	0	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286859--2286917	23	2.7	23	82	10	61	62	3	0	33	1.12
2287159--2287219	32	1.9	31	86	3	86	31	0	3	65	1.09
2287245--2287345	29	3.4	30	81	9	118	35	1	0	62	1.07
2287333--2287375	17	2.5	17	80	0	50	51	0	2	46	1.13
2287364--2287435	18	3.9	18	67	15	58	58	0	1	40	1.07
2288535--2288559	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2289381--2289415	9	3.9	9	84	0	52	45	2	11	40	1.55
2306229--2306306	39	2.0	39	100	0	156	25	12	17	43	1.85
2306622--2306979	183	2.0	184	86	1	504	27	18	17	36	1.94
2309488--2309674	102	1.8	102	88	2	286	26	13	14	45	1.82
2310118--2310258	70	2.0	70	97	0	264	23	10	14	51	1.74
2312440--2312483	19	2.4	19	85	11	56	27	4	4	63	1.33
2312596--2312692	47	2.1	47	100	0	194	23	16	16	43	1.87
2312723--2312782	30	2.0	30	90	9	97	40	5	10	45	1.60
2313701--2313725	13	1.9	13	100	0	50	16	24	20	40	1.91
2318597--2318686	28	3.4	26	77	8	92	26	7	21	44	1.79
2318597--2318660	27	2.3	27	86	7	85	26	7	20	45	1.78
2318943--2319023	22	3.6	22	66	12	58	55	23	18	2	1.54
2319085--2319132	16	3.1	14	83	16	60	85	0	12	2	0.69
2319276--2319301	12	2.2	12	100	0	52	26	0	7	65	1.20
2322888--2322917	5	6.0	5	96	0	51	56	0	3	40	1.16
2325357--2325436	2	40.0	2	94	0	142	50	0	2	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334320--2334349	13	2.4	13	94	5	53	33	13	33	20	1.91
2337679--2337840	85	1.9	85	83	2	209	29	21	17	30	1.97
2337934--2337999	24	2.5	27	79	16	68	45	0	3	51	1.16
2337934--2337992	31	2.0	28	87	9	82	44	0	1	54	1.10
2343700--2343736	17	2.2	17	100	0	74	21	10	13	54	1.69
2349963--2350005	16	2.6	16	79	13	52	48	2	2	46	1.27
2350876--2350916	19	2.3	19	87	8	59	56	0	2	41	1.13
2352538--2352786	62	4.0	62	98	0	480	40	9	20	28	1.84
2356283--2356315	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2357951--2357976	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2358363--2358404	17	2.4	18	80	8	50	47	0	4	47	1.23
2358456--2358503	20	2.4	19	80	10	51	37	0	2	60	1.09
2360008--2360084	39	2.0	39	89	0	118	10	20	9	59	1.57
2363338--2363377	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2363377--2363407	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2363554--2363593	15	2.4	18	84	16	59	52	5	0	42	1.23
2364819--2364846	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2365324--2365354	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2365437--2365461	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
2367580--2367614	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2371319--2371356	20	1.9	20	94	0	67	68	2	0	28	1.03
2372572--2372597	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2373090--2373127	19	2.0	19	89	0	58	60	0	5	34	1.19
2373630--2373663	18	2.0	18	88	11	54	64	0	0	35	0.94
2374124--2374205	26	3.2	25	77	8	85	39	0	0	60	0.96
2376513--2376549	19	1.9	19	88	0	56	56	0	0	43	0.99
2376491--2376564	34	2.2	34	87	4	105	51	1	1	45	1.18
2376510--2376551	14	3.0	14	85	0	57	52	0	0	47	1.00
2376790--2376834	16	2.8	17	87	12	60	60	0	0	40	0.97
2380479--2380527	14	3.6	14	75	5	55	36	2	0	61	1.08
2380492--2380604	29	3.9	30	77	16	107	46	0	0	52	1.06
2380526--2380579	12	5.1	11	78	17	53	50	0	0	50	1.00
2380510--2380585	15	5.3	15	70	19	63	47	0	0	52	1.00
2381000--2381059	31	1.9	31	83	12	79	43	1	1	53	1.20
2381125--2381162	8	4.8	8	81	12	51	57	0	0	42	0.98
2385279--2385321	4	10.8	4	94	0	50	51	13	0	34	1.42
2385277--2385330	28	1.9	28	88	7	83	50	12	1	35	1.52
2407734--2407767	17	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
2407746--2407780	11	3.0	12	91	4	54	45	0	0	54	0.99
2408024--2408056	15	2.3	15	89	5	50	12	0	15	72	1.12
2415230--2415262	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2416940--2416998	29	2.1	28	84	9	75	37	5	0	57	1.21
2417778--2417814	18	1.9	18	89	10	56	51	2	0	45	1.15
2417899--2417950	23	2.5	19	70	21	50	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417890--2417932	18	2.5	17	81	7	50	67	0	0	32	0.91
2417907--2417950	23	1.9	23	85	0	61	63	0	0	36	0.95
2417928--2417968	20	2.0	22	86	13	61	63	0	0	36	0.95
2418746--2418813	30	2.3	30	86	0	91	51	11	5	30	1.62
2418853--2418898	23	1.9	23	82	8	56	36	2	10	50	1.50
2419983--2420076	15	6.1	15	73	17	68	56	1	0	42	1.06
2419956--2420039	44	1.9	43	87	4	123	52	1	1	45	1.16
2419935--2420076	8	16.9	8	71	20	69	57	1	1	40	1.16
2419979--2420080	20	5.0	20	70	19	77	55	0	0	43	1.06
2419953--2420059	45	2.4	45	82	6	128	54	1	0	42	1.17
2420026--2420081	27	2.1	26	83	12	69	60	1	0	37	1.07
2423057--2423105	23	2.3	21	78	18	57	51	2	4	42	1.32
2423060--2423205	23	6.9	21	67	20	56	55	1	2	41	1.20
2423091--2423177	44	2.0	44	84	4	113	58	1	1	39	1.13
2423162--2423211	9	5.6	9	77	15	50	62	0	0	38	0.96
2423303--2423329	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
2424243--2424327	42	2.0	42	88	0	125	38	14	15	31	1.87
2425972--2426021	18	3.0	18	71	28	56	56	0	0	44	0.99
2433032--2433079	22	2.1	24	85	14	66	31	0	2	66	1.03
2433248--2433290	22	2.0	22	81	9	52	46	4	6	41	1.51
2433547--2433599	22	2.3	23	83	9	63	39	1	1	56	1.21
2433860--2433905	14	3.4	14	75	22	53	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2433853--2433905	26	2.0	26	81	0	61	60	0	0	39	0.97
2440624--2440678	28	2.0	27	86	10	76	49	0	0	50	1.00
2444912--2444988	35	2.2	35	79	4	84	63	1	3	31	1.20
2445000--2445037	8	4.9	8	83	6	51	68	0	0	31	0.90
2445465--2445491	13	2.1	13	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2445559--2445593	18	2.0	17	94	5	61	62	0	2	34	1.10
2445582--2445613	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2446196--2446256	32	1.9	32	89	0	95	60	1	0	37	1.07
2446353--2446405	24	2.3	23	77	9	54	66	0	0	33	0.92
2448319--2448360	21	2.1	21	86	8	61	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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