genome.fa.s74.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold74
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4633657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448319--2448393	20	3.8	18	72	10	51	53	0	0	46	1.00
2449046--2449136	27	3.2	27	74	19	78	53	0	0	46	1.00
2449048--2449142	31	3.2	29	76	16	97	55	0	0	44	0.99
2453249--2453295	25	2.0	23	84	12	60	42	2	0	55	1.12
2453286--2453329	23	2.0	22	86	4	61	61	0	0	38	0.96
2453710--2453753	24	2.0	23	86	13	65	50	0	0	50	1.00
2454081--2454118	17	2.2	18	85	4	51	57	0	0	42	0.98
2454096--2454178	21	3.7	22	70	21	66	50	1	0	48	1.08
2454105--2454194	45	1.9	48	84	10	125	48	2	0	48	1.13
2458965--2458990	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2459598--2459643	3	15.3	3	90	0	74	30	2	2	65	1.16
2461247--2461282	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2465015--2465133	27	4.3	28	70	19	90	39	0	0	59	1.03
2465009--2465154	13	11.0	14	69	20	59	39	0	0	59	1.02
2465099--2465186	43	2.1	41	81	12	99	37	1	0	61	1.04
2467409--2467441	5	6.6	5	96	0	57	60	3	36	0	1.12
2473749--2473782	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2475692--2475723	10	3.2	10	95	0	55	46	0	43	9	1.35
2482963--2483005	15	2.8	16	79	10	54	60	2	0	37	1.10
2491697--2491732	18	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
2491878--2491922	23	1.9	24	82	13	58	68	0	2	28	1.01
2502220--2502266	2	23.5	2	95	0	85	46	0	51	2	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502468--2502506	16	2.4	16	87	12	53	61	0	0	38	0.96
2502502--2502552	16	3.2	15	76	20	50	49	1	0	49	1.12
2503286--2503352	25	2.7	26	73	17	70	62	2	0	34	1.10
2504073--2504114	18	2.2	20	83	8	52	30	7	0	61	1.22
2506698--2506766	29	2.3	29	80	12	86	66	0	0	33	0.92
2506695--2506782	14	7.0	13	69	19	53	64	0	0	35	0.94
2507773--2507807	18	1.9	18	94	0	61	60	2	0	37	1.12
2510744--2510804	29	2.1	30	82	14	83	59	0	1	39	1.08
2511051--2511100	15	3.3	14	78	15	55	34	2	0	64	1.05
2511333--2511375	18	2.4	18	84	3	61	48	0	0	51	1.00
2515231--2515300	30	2.4	29	84	13	90	48	1	0	50	1.09
2517582--2517625	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2520998--2521054	29	2.0	28	86	6	80	33	0	1	64	1.04
2522474--2522522	17	2.9	17	84	0	71	40	6	8	44	1.59
2522632--2522656	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2523992--2524036	2	24.0	2	86	13	69	51	0	0	48	1.00
2524328--2524385	18	3.3	18	77	17	61	60	0	5	34	1.19
2524339--2524389	20	2.8	18	85	11	61	60	0	5	33	1.21
2525979--2526015	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
2526872--2526959	21	4.3	20	77	9	90	37	5	3	53	1.42
2526832--2526947	42	2.8	42	78	2	117	40	6	4	48	1.50
2526849--2526946	11	9.3	11	66	12	53	40	6	4	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2528781--2528817	2	18.5	2	88	0	56	51	0	0	48	1.00
2529563--2529595	17	2.0	17	94	5	59	57	0	0	42	0.98
2535891--2535952	24	2.7	22	81	13	72	46	0	0	53	1.00
2535940--2535984	16	2.8	16	83	6	56	42	0	2	55	1.12
2541567--2541593	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
2544705--2544767	21	2.8	23	71	22	62	55	0	1	42	1.09
2545922--2545999	20	3.9	20	68	9	61	53	1	0	44	1.08
2546453--2546538	6	14.2	6	68	16	52	32	1	1	65	1.08
2546439--2546540	38	2.8	37	77	12	102	34	0	1	62	1.13
2546451--2546525	11	7.4	11	76	11	54	33	1	0	65	1.01
2546485--2546538	17	3.0	17	86	8	63	31	0	1	66	1.02
2546491--2546538	13	3.5	13	80	5	51	31	0	2	66	1.03
2546453--2546539	22	3.9	23	72	22	69	33	1	1	64	1.09
2549982--2550016	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2551542--2551572	15	2.1	15	93	0	53	45	0	6	48	1.28
2551618--2551655	5	7.8	5	88	5	60	78	0	2	18	0.86
2559633--2559665	16	2.1	16	94	5	59	75	12	6	6	1.16
2564056--2564086	13	2.5	13	94	5	55	35	0	0	64	0.94
2565566--2565600	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2566039--2566102	29	2.2	30	80	8	78	46	3	7	42	1.48
2568273--2568302	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2573200--2573257	18	3.3	18	78	2	55	41	0	1	56	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2573540--2573571	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2585737--2585785	14	2.9	18	77	22	61	63	4	0	32	1.13
2585863--2585918	18	3.2	18	77	10	62	39	0	0	60	0.97
2585917--2585964	21	2.3	21	75	3	53	64	0	0	35	0.94
2585984--2586057	30	2.5	29	84	8	87	56	0	0	43	0.99
2585984--2586055	15	4.9	14	74	14	65	56	0	0	43	0.99
2586273--2586333	28	2.1	28	82	8	70	39	3	1	55	1.26
2586787--2586859	12	6.5	11	69	13	51	38	2	1	57	1.22
2587028--2587068	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
2592994--2593038	14	3.1	14	78	6	54	46	0	0	53	1.00
2592990--2593063	38	1.9	39	83	8	98	50	1	0	48	1.09
2593102--2593165	26	2.4	28	75	12	64	51	1	0	46	1.10
2593552--2593600	25	1.9	26	88	12	75	57	2	12	28	1.46
2594169--2594241	25	3.0	24	78	15	78	60	0	0	39	0.97
2599606--2599648	2	21.0	2	95	4	77	48	0	2	48	1.14
2601116--2601156	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2604114--2604145	4	8.0	4	92	0	55	46	25	3	25	1.67
2609166--2609205	21	2.0	21	85	9	57	52	2	0	45	1.14
2609204--2609269	27	2.3	29	82	5	82	28	1	1	68	1.08
2612179--2612245	29	2.2	30	82	12	84	41	0	1	56	1.08
2613726--2613783	19	3.1	19	77	2	64	53	1	0	44	1.10
2621771--2621828	21	2.8	21	82	10	73	36	17	1	44	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2622597--2622657	22	2.7	22	74	18	54	57	3	3	36	1.31
2623742--2623778	18	2.1	18	95	5	67	75	0	0	24	0.80
2623747--2623780	9	3.8	9	84	0	50	82	0	0	17	0.67
2623984--2624024	22	1.9	22	85	5	57	56	7	0	36	1.27
2624199--2624243	22	2.0	23	86	8	65	55	2	0	42	1.12
2624665--2624693	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2625490--2625529	20	2.1	20	86	9	57	62	2	5	30	1.29
2631719--2631763	19	2.4	18	82	7	54	48	6	0	44	1.29
2631806--2631856	24	2.2	23	85	3	66	58	1	3	35	1.28
2631819--2631869	22	2.4	21	78	12	59	56	0	1	41	1.10
2631851--2631952	18	6.1	17	69	22	56	57	0	0	40	1.12
2631820--2631947	43	2.8	45	76	21	126	57	0	1	40	1.14
2632184--2632222	17	2.3	17	86	0	51	53	0	5	41	1.23
2632451--2632478	14	2.0	14	100	0	56	21	0	0	78	0.75
2634772--2634809	19	2.0	19	85	10	51	55	0	0	44	0.99
2635140--2635218	36	2.2	35	83	16	101	56	0	3	39	1.17
2635247--2635305	17	3.5	17	73	15	59	64	0	0	35	0.94
2635262--2635306	22	2.1	21	87	4	63	64	0	0	35	0.94
2636822--2636878	16	3.5	16	79	13	55	78	0	17	3	0.88
2636835--2636879	19	2.3	19	84	3	54	80	0	17	2	0.82
2637272--2637306	14	2.4	15	85	9	54	51	0	0	48	1.00
2637222--2637305	37	2.3	35	75	18	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637348--2637404	16	3.6	16	77	13	64	49	1	0	49	1.11
2637379--2637427	21	2.4	20	82	3	53	61	2	0	36	1.08
2637444--2637578	68	2.0	68	94	0	234	26	19	14	40	1.89
2637614--2637650	19	1.9	19	94	0	65	86	0	13	0	0.57
2637666--2637765	15	6.2	16	67	18	64	33	1	1	65	1.06
2637662--2637769	31	3.5	30	76	20	89	33	0	0	64	1.06
2637805--2637860	19	3.0	19	77	12	62	39	0	3	57	1.16
2638930--2638959	4	7.8	4	92	7	53	76	0	23	0	0.78
2638957--2638982	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2638977--2639040	24	2.7	24	78	4	76	29	0	4	65	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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