genome.fa.s74.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold74
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4633657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  13  of  24  ( 2862 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2639017--2639086	10	7.1	10	70	25	51	32	0	2	64	1.08
2638991--2639081	37	2.6	34	79	13	85	34	0	1	64	1.01
2639175--2639228	23	2.3	24	80	3	65	27	1	5	64	1.26
2642812--2642842	15	2.1	15	93	0	53	48	0	0	51	1.00
2646791--2646822	16	2.0	16	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2646800--2646849	22	2.3	22	82	6	57	66	4	2	28	1.21
2647280--2647327	22	2.2	22	85	7	62	62	4	25	8	1.41
2655610--2655645	2	18.0	2	94	0	63	0	47	0	52	1.00
2657160--2657197	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2663299--2663324	12	2.2	12	100	0	52	65	26	0	7	1.20
2663921--2663974	27	2.0	27	100	0	108	29	29	3	37	1.75
2665426--2665486	22	2.6	24	82	7	72	54	0	0	45	1.00
2665429--2665539	16	6.4	18	67	20	51	49	2	0	47	1.15
2665816--2665849	18	1.9	17	88	5	50	55	0	5	38	1.24
2667250--2667292	2	21.5	2	95	0	77	46	0	0	53	1.00
2669267--2669328	32	2.0	32	81	15	76	58	3	1	37	1.24
2669445--2669501	20	2.9	19	85	10	71	54	0	0	45	0.99
2678875--2678910	14	2.3	17	86	13	51	41	2	0	55	1.14
2679070--2679127	29	2.0	29	100	0	116	58	6	3	31	1.41
2691368--2691570	101	2.0	101	100	0	406	35	13	15	34	1.87
2693371--2693412	4	10.5	4	100	0	84	23	0	26	50	1.50
2694109--2694447	179	1.9	179	91	1	563	31	14	16	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2696856--2696896	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
2699082--2699186	37	2.8	36	74	20	92	57	0	2	40	1.14
2700157--2700196	21	1.9	21	90	10	64	32	0	0	67	0.91
2700157--2700195	11	3.6	11	82	6	53	30	0	0	69	0.89
2700342--2700366	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2703518--2704233	357	2.0	357	99	0	1414	28	26	17	28	1.97
2707373--2707426	23	2.3	23	75	9	56	42	1	0	55	1.10
2707613--2707653	21	1.9	22	90	5	66	56	7	4	31	1.48
2708547--2708590	21	2.0	22	83	12	56	31	9	15	43	1.79
2711534--2711582	24	2.0	24	84	7	64	71	4	2	22	1.13
2712141--2712181	21	2.0	21	85	0	55	48	0	2	48	1.14
2712131--2712203	36	1.9	39	84	13	100	43	0	1	54	1.08
2712443--2712484	21	2.0	20	82	13	50	38	0	0	61	0.96
2712481--2712521	20	2.2	19	86	8	57	51	0	0	48	1.00
2712668--2712717	24	2.0	25	88	3	75	54	0	0	46	1.00
2712700--2712755	19	2.8	19	77	20	53	58	1	0	39	1.08
2714204--2714260	20	3.0	20	82	10	66	36	0	0	63	0.95
2714423--2714474	19	2.6	19	84	6	59	32	3	3	59	1.33
2714580--2714616	19	2.1	17	90	10	56	32	0	0	67	0.91
2714826--2714855	11	2.6	12	94	5	53	60	3	0	36	1.14
2716124--2716175	11	4.5	11	79	11	52	5	9	0	84	0.77
2719584--2719631	2	24.0	2	86	0	69	52	0	4	43	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2721135--2721193	23	2.6	22	75	15	57	45	0	0	54	0.99
2722847--2722876	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
2726204--2726242	20	2.0	20	90	5	62	30	0	0	69	0.89
2726204--2726257	18	2.9	19	79	17	69	31	0	0	68	0.90
2733629--2733663	11	3.1	11	91	4	52	88	5	5	0	0.63
2735203--2735228	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2742529--2742555	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2751797--2751830	9	3.9	9	92	7	61	0	8	0	91	0.43
2752676--2752718	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2761465--2761682	109	2.0	108	96	0	400	38	12	16	32	1.86
2768270--2768295	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2768416--2768447	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2772038--2772098	31	2.0	31	100	0	122	62	6	19	11	1.50
2772288--2772362	38	1.9	39	86	7	109	42	0	1	56	1.08
2772289--2772345	24	2.3	24	85	11	71	45	0	0	54	0.99
2772290--2772356	15	5.0	14	72	22	63	43	0	1	55	1.09
2772550--2772625	38	2.0	38	87	12	113	44	0	1	53	1.08
2772554--2772628	24	3.1	22	78	17	71	42	0	1	56	1.08
2772550--2772639	36	2.4	36	76	10	85	46	0	1	52	1.07
2775865--2775919	15	3.9	14	73	17	51	56	1	0	41	1.10
2785322--2785358	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2787178--2787251	33	2.2	33	83	9	89	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790614--2790682	32	2.2	32	87	10	97	43	0	5	50	1.26
2793467--2793508	15	2.7	15	81	3	57	28	2	0	69	1.01
2794206--2794232	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2795215--2795241	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2797075--2797154	36	2.2	35	76	10	81	52	1	0	46	1.08
2797726--2797759	5	6.8	5	87	12	52	41	0	0	58	0.98
2797993--2798046	20	2.8	19	77	5	63	51	0	1	46	1.11
2798250--2798274	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2798434--2798477	15	2.9	15	82	3	52	65	0	0	34	0.93
2798455--2798506	25	2.0	28	85	14	76	55	0	0	44	0.99
2799755--2799782	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2803595--2803687	40	2.4	39	80	8	109	18	25	15	40	1.89
2804550--2804581	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2805799--2805832	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2810940--2810980	22	1.9	21	85	14	57	51	0	2	46	1.14
2810968--2811019	18	3.0	18	76	23	58	44	0	0	55	0.99
2811001--2811045	23	1.9	23	86	4	63	46	0	2	51	1.13
2811081--2811106	11	2.4	11	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2811096--2811151	21	2.5	23	80	11	71	57	0	0	42	0.99
2812340--2812432	2	49.5	2	70	16	56	44	1	0	54	1.07
2812342--2812454	24	4.7	23	70	18	63	41	0	0	57	1.05
2812428--2812467	17	2.3	18	80	20	50	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2812619--2812692	18	4.1	18	69	27	50	47	0	1	51	1.09
2812761--2812831	14	5.2	13	72	16	54	47	1	1	49	1.18
2812770--2812885	28	4.1	28	70	18	80	50	0	0	49	1.06
2813253--2813278	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2814002--2814064	20	3.1	20	80	15	76	42	1	1	53	1.19
2814364--2814414	25	2.1	25	85	7	70	39	1	7	50	1.42
2816157--2816199	18	2.3	19	80	4	52	60	0	0	39	0.97
2816147--2816207	31	2.0	31	83	6	79	55	0	0	44	0.99
2816165--2816204	19	2.1	18	90	9	62	55	0	0	45	0.99
2817345--2817373	11	2.6	11	100	0	58	6	41	0	51	1.28
2824147--2824171	5	5.0	5	100	0	50	20	20	40	20	1.92
2824739--2824789	15	3.4	15	72	5	50	66	0	1	31	1.03
2824766--2824819	16	2.9	19	73	18	60	70	0	0	29	0.88
2824783--2824833	16	3.1	16	75	16	50	62	1	0	35	1.06
2824812--2824852	20	2.1	19	90	4	64	53	4	0	41	1.22
2824769--2824855	34	2.6	34	78	12	90	64	2	0	33	1.06
2824815--2824859	20	2.2	20	84	7	56	60	4	0	35	1.17
2825189--2825229	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2826587--2826618	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2826937--2826975	3	13.0	3	94	0	69	64	0	35	0	0.94
2827367--2827397	10	3.1	10	95	0	53	19	16	19	45	1.86
2837309--2837342	17	1.9	18	88	5	52	38	0	2	58	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2837320--2837389	34	2.1	34	83	5	88	41	1	0	57	1.08
2837523--2837587	26	2.2	32	74	23	79	43	1	1	53	1.19
2837530--2837586	26	2.1	27	87	9	80	40	1	1	56	1.20
2837878--2838021	24	6.5	23	67	17	81	61	2	0	36	1.13
2837889--2837967	18	4.6	18	78	13	76	56	1	0	41	1.07
2837897--2837980	32	2.6	33	79	7	100	55	2	0	41	1.12
2838656--2838725	25	2.7	26	78	17	65	47	2	0	50	1.16
2838649--2838709	12	5.1	11	74	21	52	42	1	0	55	1.09
2839042--2839085	3	14.7	3	95	0	79	29	0	2	68	1.02
2842312--2842396	31	2.7	32	92	3	145	48	15	21	15	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24