genome.fa.s7748.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007748.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4568288

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6510--6554	19	2.4	19	80	0	54	57	2	2	37	1.23
15740--15796	28	2.0	28	100	0	114	35	7	24	33	1.82
18691--18824	53	2.5	52	83	12	166	36	21	10	31	1.87
18879--19128	36	6.9	36	93	1	401	36	16	22	24	1.94
18990--19081	15	5.3	15	68	26	58	33	17	25	23	1.96
18879--19128	73	3.4	72	91	1	401	36	16	22	24	1.94
18855--19127	109	2.5	108	92	3	438	36	16	21	24	1.94
19068--19225	83	1.9	83	85	2	219	37	12	20	29	1.90
18888--19251	36	9.7	37	84	7	202	37	14	21	27	1.92
19188--19470	104	2.8	101	85	7	369	39	10	17	32	1.84
19799--19857	19	3.2	19	68	22	61	45	10	18	25	1.81
19799--20042	37	7.1	36	66	23	141	41	8	18	31	1.80
19799--19858	18	3.3	18	69	19	52	45	10	18	26	1.81
19595--19939	103	3.4	103	91	1	543	41	9	17	31	1.82
19836--20005	65	2.6	65	92	2	279	40	8	18	32	1.81
19715--20109	167	2.3	169	90	3	629	41	8	17	32	1.79
19630--20125	270	1.8	272	92	0	834	41	9	17	31	1.81
19901--20137	104	2.3	103	87	5	354	39	8	18	33	1.81
20068--20146	37	2.1	38	85	2	106	37	10	22	29	1.87
27582--27634	21	2.5	22	68	6	54	22	20	18	37	1.94
27657--27762	20	5.3	20	86	0	113	28	24	21	25	1.99
27659--27762	40	2.6	40	87	0	136	28	24	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27936--27978	22	2.0	22	95	0	77	23	41	16	18	1.89
28364--28449	19	4.3	20	81	11	88	12	13	24	48	1.78
28375--28450	20	3.8	19	81	8	89	10	14	23	51	1.73
28375--28451	21	3.8	20	84	3	102	10	14	23	51	1.72
30186--30235	18	2.8	18	96	0	91	32	18	6	44	1.74
30383--30430	20	2.4	20	89	0	69	35	27	18	18	1.95
30476--30566	20	4.7	20	83	5	114	20	17	23	38	1.93
30476--30577	20	5.3	18	84	6	96	19	17	24	38	1.93
31068--31109	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
32565--32626	14	4.3	14	73	6	52	38	1	12	46	1.52
32740--32778	20	2.0	20	84	0	51	51	20	17	10	1.74
32821--33099	20	14.9	20	73	14	146	26	18	20	34	1.96
32777--33091	54	5.7	54	73	8	235	25	19	20	34	1.96
32781--32983	94	2.2	94	87	0	289	27	20	18	33	1.96
32841--33037	74	2.7	74	80	4	236	25	19	20	34	1.96
32951--33017	34	2.0	34	90	0	107	17	16	26	38	1.91
33069--33339	140	1.9	140	96	0	497	42	15	12	29	1.83
33399--33433	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
35469--35505	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
35626--35703	24	3.2	24	82	7	86	41	17	16	24	1.90
36523--36634	20	5.6	20	94	0	161	26	22	26	24	2.00
41205--41378	90	1.9	89	91	1	285	37	10	5	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50233--50301	22	3.2	22	91	2	104	34	10	31	23	1.88
52750--52787	12	3.2	12	85	7	51	81	0	2	15	0.80
52750--52805	23	2.4	24	81	3	69	76	1	1	19	0.96
52751--52801	16	3.3	15	81	10	59	78	1	1	17	0.94
55337--55374	19	1.9	19	89	5	58	84	2	5	7	0.86
55337--55377	20	2.0	20	86	9	57	82	2	4	9	0.89
61036--61088	22	2.6	19	78	16	61	73	1	3	20	1.08
61042--61083	22	1.9	22	95	0	75	73	0	4	21	1.01
61731--61873	76	1.9	77	88	2	218	57	11	2	29	1.45
68777--68904	31	4.1	31	79	11	129	32	19	18	28	1.96
68778--68901	62	2.0	62	84	7	162	31	19	19	29	1.96
70296--70472	88	2.0	88	100	0	354	30	12	25	31	1.93
72056--72092	14	2.4	16	86	8	51	32	5	24	37	1.78
72212--72260	25	2.0	25	87	0	71	18	24	22	34	1.96
76316--76406	18	4.8	18	80	10	92	29	30	17	21	1.96
76311--76388	39	2.0	40	94	2	140	30	30	15	23	1.95
76324--76398	19	3.9	19	80	14	91	30	30	16	22	1.95
80096--80127	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
82889--82918	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
88908--88970	18	3.2	18	70	20	54	20	11	9	58	1.60
94070--94125	29	1.9	29	92	0	94	21	19	7	51	1.70
94341--94385	22	2.0	22	95	0	81	37	8	22	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96646--96671	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
99013--99045	11	2.8	12	81	9	50	27	12	21	39	1.88
99890--99935	22	2.1	22	95	0	83	63	0	10	26	1.27
100964--101010	5	9.8	5	81	4	53	80	2	2	14	0.89
102763--102830	3	22.7	3	91	5	111	66	1	0	32	1.01
103202--103364	47	3.5	46	84	4	193	30	17	25	26	1.97
103239--103385	46	3.2	46	85	2	186	30	14	28	25	1.95
103545--103617	29	2.5	30	80	10	80	41	17	13	27	1.88
103564--103831	66	4.1	66	87	4	350	42	14	12	30	1.82
103639--103740	29	3.2	29	68	24	89	50	15	8	25	1.73
103503--103675	95	1.8	95	85	7	244	43	16	14	26	1.86
103785--103853	36	1.9	36	87	0	102	40	11	18	28	1.86
103789--103867	36	2.2	36	81	0	86	35	12	16	35	1.87
105261--105287	14	1.9	14	100	0	54	14	7	7	70	1.32
107826--107926	44	2.3	44	94	0	175	25	22	18	32	1.97
107850--107926	24	3.4	24	72	20	92	27	23	18	31	1.97
108136--108202	31	2.2	31	94	0	116	23	23	0	52	1.48
117029--118646	806	2.0	806	95	0	2932	29	15	15	39	1.88
123983--124050	30	2.3	30	97	0	127	32	14	17	35	1.91
130023--130071	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
133759--133798	20	2.1	19	86	13	55	35	17	15	32	1.91
136009--136132	31	4.0	31	91	0	176	23	20	19	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136447--136485	18	2.2	17	90	4	60	51	0	25	23	1.49
136906--136949	21	2.1	21	95	0	79	25	25	25	25	2.00
142211--142275	31	2.1	31	85	5	87	21	18	23	36	1.95
142250--142324	30	2.5	30	86	2	89	18	16	28	37	1.92
142261--142332	29	2.4	30	86	2	101	20	16	27	34	1.95
143113--143232	31	3.9	31	87	4	163	22	17	20	39	1.93
143547--143585	18	2.2	17	90	4	60	51	0	25	23	1.49
145642--145691	3	16.7	3	95	0	91	66	2	0	32	1.03
151195--151233	15	2.5	16	95	4	71	15	5	23	56	1.59
151568--151666	42	2.4	42	84	0	135	30	35	18	16	1.92
151781--151830	21	2.4	21	82	0	64	20	14	32	34	1.92
151903--151942	21	1.9	21	94	0	71	22	12	27	37	1.90
152053--152086	4	8.5	4	86	0	50	26	0	2	70	1.01
152230--152288	21	2.8	22	77	10	61	20	30	16	32	1.95
152257--152327	21	3.4	21	84	0	79	21	33	21	23	1.97
153706--153741	16	2.2	16	90	0	54	19	0	13	66	1.24
153845--153926	29	2.8	29	84	0	101	30	21	14	32	1.94
154141--154176	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
160847--160890	23	1.9	23	86	9	63	63	13	2	20	1.40
164974--165076	36	2.9	36	94	0	170	26	17	16	39	1.90
173241--173337	36	2.7	36	93	0	167	23	17	15	43	1.87
174309--174350	19	2.2	19	83	8	50	35	11	21	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176910--177063	74	2.1	74	93	0	263	35	15	17	31	1.91
178010--178063	23	2.3	23	87	0	81	38	18	18	24	1.93
178165--178211	24	1.9	25	86	4	69	12	2	6	78	1.02
181291--181331	22	1.9	21	90	5	64	26	0	2	70	0.99
187123--187173	18	2.8	18	93	0	84	19	27	11	41	1.86
193447--193580	20	6.7	20	78	7	137	32	20	11	35	1.89
193447--193579	40	3.3	40	85	5	169	31	21	12	35	1.90
193469--193579	40	2.8	40	90	1	177	30	21	12	35	1.91
194549--194602	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
197150--197202	20	2.7	20	75	0	70	26	24	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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