genome.fa.s7748.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007748.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4568288

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1907254--1907278	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
1907267--1907323	25	2.2	26	78	12	64	40	3	1	54	1.28
1908840--1908874	13	2.8	13	95	4	63	31	17	37	14	1.89
1908867--1908906	9	4.2	9	81	12	53	35	30	20	15	1.93
1908868--1908906	20	2.0	20	94	0	69	35	28	20	15	1.93
1908899--1908978	22	3.4	22	73	18	79	33	18	38	8	1.82
1908927--1909092	28	5.6	28	78	13	188	33	19	35	10	1.87
1908901--1909126	61	4.1	51	76	21	213	34	19	35	10	1.86
1908921--1909111	61	3.1	61	96	0	346	34	20	34	10	1.87
1909125--1909262	29	4.8	29	96	1	242	14	31	31	22	1.94
1909312--1909385	37	2.0	37	94	2	132	16	44	13	25	1.84
1909390--1909424	18	1.9	18	100	0	70	28	17	25	28	1.97
1909513--1909553	21	2.0	21	95	0	73	46	4	39	9	1.58
1909560--1909620	20	3.0	20	88	4	79	60	0	37	1	1.07
1909562--1909595	13	2.7	13	86	4	52	61	0	38	0	0.96
1912883--1912941	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
1913688--1913726	13	2.9	14	78	21	55	58	7	0	33	1.26
1913679--1913739	27	2.2	29	85	11	83	57	9	0	32	1.32
1913717--1913762	19	2.3	20	78	17	51	52	17	0	30	1.45
1914363--1914442	29	2.8	29	98	0	151	16	30	33	20	1.94
1922474--1922545	20	3.6	20	78	0	81	44	20	13	20	1.86
1922573--1922634	21	3.0	21	88	2	90	29	30	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1922617--1922735	47	2.5	47	84	0	166	24	21	18	35	1.96
1922730--1922793	20	3.2	20	90	0	101	34	12	21	31	1.91
1922736--1922800	20	3.2	20	81	12	80	33	12	23	30	1.91
1922769--1922820	27	1.9	27	88	0	77	32	11	25	30	1.91
1922748--1922840	47	2.0	47	85	4	125	31	13	24	30	1.94
1922796--1922840	20	2.2	21	80	11	58	28	15	26	28	1.96
1922876--1922995	21	5.8	20	80	10	127	25	16	30	26	1.97
1922916--1922988	20	3.6	20	85	3	110	21	16	32	28	1.95
1922895--1922992	41	2.4	41	98	0	187	22	16	31	29	1.96
1923053--1923143	20	4.6	20	91	0	146	31	13	28	26	1.93
1923053--1923160	40	2.7	40	88	0	126	32	13	27	25	1.94
1923093--1923226	67	2.0	67	86	2	189	33	17	26	23	1.96
1923053--1923215	67	2.6	60	76	12	148	33	15	26	23	1.95
1923160--1923212	20	2.7	20	94	2	90	33	20	24	20	1.97
1923073--1923207	47	3.0	46	79	11	122	32	17	26	22	1.97
1923029--1923253	107	2.1	106	79	8	242	33	15	25	25	1.95
1923239--1923286	20	2.3	21	85	3	62	16	14	29	39	1.88
1923280--1923366	20	4.3	20	86	0	120	21	18	19	40	1.92
1927658--1927713	21	2.6	21	83	8	60	53	0	10	35	1.36
1927862--1927908	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
1930831--1930904	3	24.7	3	73	20	57	28	0	1	70	0.96
1930829--1930904	11	6.2	13	74	21	58	28	0	1	69	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1936099--1937124	84	12.5	82	80	4	924	30	24	19	25	1.98
1936099--1937103	164	6.1	165	81	3	1064	30	24	19	25	1.98
1936099--1937131	332	3.1	326	83	3	1212	30	24	19	25	1.98
1938561--1938616	24	2.3	24	84	6	69	28	1	0	69	0.98
1938679--1938722	20	2.2	21	88	8	65	15	9	0	75	1.05
1938780--1938846	17	4.1	16	69	19	57	25	0	1	73	0.92
1940582--1940735	31	5.0	31	93	1	256	37	20	20	22	1.95
1941602--1941646	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
1944608--1944761	31	5.0	31	93	1	256	37	20	20	22	1.95
1947179--1947243	20	3.2	20	65	10	51	20	20	24	35	1.96
1947146--1947448	101	3.0	102	86	4	382	21	21	23	33	1.97
1947321--1947622	62	4.9	62	82	5	353	17	20	24	37	1.94
1947276--1947394	41	2.9	41	97	0	220	19	18	26	36	1.94
1947179--1947497	103	3.1	103	86	4	398	20	20	24	34	1.96
1947383--1947599	41	5.3	41	91	3	339	17	21	24	37	1.94
1947276--1947622	82	4.2	83	84	3	319	17	20	24	37	1.94
1947175--1947538	144	2.5	142	87	4	475	20	20	24	35	1.96
1947345--1947656	62	5.1	60	80	8	249	17	21	23	37	1.93
1947740--1947772	6	5.5	6	96	0	57	30	54	15	0	1.41
1947893--1947925	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
1948009--1948074	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
1948024--1948095	22	3.4	22	73	11	87	37	25	19	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948002--1948156	41	3.8	40	88	6	195	40	23	20	16	1.91
1948059--1948157	20	4.8	20	75	11	92	40	24	22	13	1.89
1948018--1948184	41	4.0	42	87	4	209	38	23	20	16	1.92
1948087--1948159	20	3.6	20	83	10	103	41	24	23	10	1.86
1948087--1948188	21	5.0	21	76	8	84	39	25	20	14	1.91
1952553--1952592	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
1953730--1953770	16	2.6	16	96	0	73	17	17	56	9	1.67
1953885--1953940	3	18.7	3	92	0	94	62	0	0	37	0.95
1953893--1953953	18	3.6	18	84	13	92	59	0	1	39	1.08
1953880--1953952	12	6.2	12	78	10	71	57	0	1	41	1.07
1954300--1954906	113	5.4	113	90	2	909	28	18	15	37	1.91
1955723--1956063	83	4.1	83	97	0	628	37	22	14	26	1.92
1957217--1957307	8	9.9	10	81	13	92	0	14	0	85	0.59
1957218--1957306	7	13.3	7	82	12	100	0	13	0	86	0.57
1957235--1957303	1	69.0	1	79	0	75	0	10	0	89	0.47
1957217--1957303	25	3.5	24	82	16	97	0	12	0	87	0.55
1957217--1957306	17	5.5	17	77	20	102	0	13	0	86	0.57
1969903--1969943	16	2.6	16	96	0	73	17	17	56	9	1.67
1970058--1970140	3	27.7	3	87	0	121	60	0	1	38	1.05
1970063--1970153	27	3.4	27	98	0	164	58	0	2	39	1.10
1976086--1976120	18	1.9	18	88	0	52	45	0	20	34	1.51
1976167--1976215	25	1.9	26	95	4	91	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976173--1976216	23	2.0	22	95	4	79	45	0	0	54	0.99
1976175--1976215	2	22.0	2	83	14	52	46	0	0	53	1.00
1976175--1976231	10	6.4	9	73	22	50	47	0	3	49	1.18
1976296--1976374	32	2.4	32	82	2	95	40	0	8	50	1.34
1976286--1976426	36	4.0	36	80	10	164	41	0	8	49	1.38
1976319--1976522	95	2.1	95	84	4	268	47	0	5	46	1.30
1976402--1976447	21	2.2	21	92	0	74	47	0	6	45	1.28
1976423--1976679	36	7.3	37	77	15	244	49	1	4	44	1.34
1976423--1976579	75	2.1	73	92	2	260	49	1	3	45	1.28
1976296--1976549	132	2.0	127	82	8	307	45	0	6	48	1.31
1976415--1976672	67	3.7	67	75	13	186	48	1	4	44	1.34
1976704--1976746	5	8.8	5	79	5	52	20	4	0	74	1.00
1976704--1976751	24	2.0	24	87	0	69	20	6	0	72	1.05
1976705--1976746	14	2.9	15	85	7	59	21	4	0	73	1.01
1978035--1978086	6	8.3	6	85	8	50	21	3	0	75	0.97
1978045--1978088	3	14.7	3	82	0	52	25	2	0	72	0.96
1978160--1978227	30	2.2	32	77	15	81	23	2	0	73	0.97
1978635--1978862	73	3.1	74	80	8	250	41	10	12	35	1.78
1978746--1978975	122	1.9	120	86	1	325	43	10	12	34	1.76
1978673--1979052	194	2.0	192	85	4	523	41	11	12	34	1.79
1978867--1979087	72	3.0	73	86	3	309	40	14	13	32	1.84
1979223--1979274	20	2.6	20	90	0	86	42	17	9	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1980172--1980222	26	2.0	26	84	0	66	45	1	5	47	1.38
1984324--1984437	18	6.4	18	85	2	158	22	14	27	35	1.94
1984332--1984434	35	2.9	36	92	2	172	22	16	24	36	1.94
1984324--1984437	53	2.1	54	86	1	158	22	14	27	35	1.94
1987581--1987632	24	2.1	25	89	3	79	17	25	13	44	1.85
1989707--1989771	34	1.9	34	84	12	89	43	4	6	46	1.49
1996218--1996266	21	2.3	21	96	0	89	22	26	28	22	1.99
1999093--1999138	22	2.1	22	91	0	74	39	30	8	21	1.84
1999102--1999146	22	2.0	22	91	4	72	40	35	6	17	1.76
2000546--2000576	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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