genome.fa.s7748.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007748.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4568288

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2000588--2000649	30	2.1	30	93	6	108	37	8	12	41	1.73
2003521--2003551	15	2.0	16	93	6	55	45	12	6	35	1.68
2003897--2003954	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
2006554--2006751	98	2.0	98	98	0	378	24	22	18	34	1.96
2017029--2017063	17	2.0	18	88	5	54	60	0	2	37	1.12
2018168--2018232	23	2.8	23	95	2	112	33	20	23	23	1.97
2020010--2020078	23	3.0	23	84	0	84	27	24	26	21	1.99
2020321--2020373	24	2.2	24	83	9	65	43	26	1	28	1.65
2025708--2025767	22	2.7	22	100	0	120	10	26	38	25	1.87
2029367--2029407	21	2.0	21	90	0	64	24	14	17	43	1.86
2034814--2034852	19	2.1	19	85	0	51	53	25	7	12	1.65
2043093--2043138	3	15.0	3	79	20	51	60	0	0	39	0.97
2043093--2043142	10	5.0	10	83	16	59	62	0	0	38	0.96
2043093--2043142	22	2.4	21	81	18	68	62	0	0	38	0.96
2043097--2043138	13	3.3	13	96	3	77	61	0	0	38	0.96
2043381--2043439	17	3.4	17	66	25	50	16	22	11	49	1.78
2043483--2043916	114	3.8	113	87	3	595	27	19	14	38	1.91
2043876--2043958	41	2.0	42	93	6	143	26	16	19	37	1.93
2044921--2044991	36	2.0	36	94	2	126	32	21	11	35	1.89
2046905--2047361	115	4.0	115	91	0	700	31	19	15	34	1.93
2053521--2053573	20	2.7	20	78	0	61	66	0	0	33	0.92
2053429--2053667	121	2.0	116	82	5	282	46	7	8	38	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2055138--2055194	3	19.0	3	86	13	82	63	0	0	36	0.95
2056869--2056930	24	2.6	24	84	0	79	16	32	16	35	1.91
2062108--2062146	15	2.6	15	79	0	51	7	56	5	30	1.49
2063954--2064016	20	3.2	20	76	15	76	69	1	6	22	1.19
2066966--2067007	21	2.0	22	85	4	59	28	11	4	54	1.57
2073463--2073527	12	5.1	12	71	20	51	63	3	1	32	1.19
2073500--2073533	17	1.9	18	94	5	61	64	2	0	32	1.08
2073859--2073895	19	1.9	19	94	0	65	24	10	16	48	1.77
2076810--2076859	22	2.3	22	92	0	82	36	18	14	32	1.90
2077741--2077821	31	2.6	31	92	0	126	23	11	16	49	1.77
2077827--2077899	13	6.1	12	71	20	55	63	15	9	12	1.53
2077828--2077898	23	3.0	23	87	2	97	61	15	9	12	1.55
2078161--2078192	14	2.1	16	88	11	50	50	18	15	15	1.79
2080271--2080557	157	1.8	153	89	2	448	35	7	27	28	1.84
2081686--2081733	5	9.6	5	93	6	80	0	20	56	22	1.43
2081825--2081894	22	3.3	22	72	11	83	37	25	20	17	1.94
2081812--2081894	41	2.0	41	97	0	157	39	21	20	18	1.92
2081883--2081926	21	2.1	21	100	0	88	29	29	13	27	1.94
2082315--2082382	31	2.2	31	94	2	118	47	0	2	50	1.16
2083736--2083760	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2091859--2091896	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
2091879--2092072	45	4.3	45	89	3	241	32	18	17	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091907--2092072	90	1.8	89	92	5	280	31	18	16	32	1.94
2098059--2098266	64	3.3	62	83	11	226	31	23	17	27	1.97
2100431--2100488	21	2.7	22	81	7	75	58	0	3	37	1.15
2100431--2100496	21	3.2	20	78	8	69	57	0	4	37	1.19
2100427--2100556	21	6.2	21	66	14	63	53	2	6	37	1.41
2100665--2100725	31	1.9	32	83	6	79	50	4	9	34	1.57
2101681--2101710	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
2122656--2122702	16	2.9	16	72	9	51	42	0	2	55	1.12
2124841--2124916	30	2.4	31	86	8	109	26	14	7	51	1.69
2125129--2125214	36	2.4	36	94	1	147	38	11	16	33	1.85
2126460--2126488	15	1.9	15	100	0	58	55	3	0	41	1.17
2129833--2129867	17	2.1	17	94	0	61	17	17	22	42	1.88
2130078--2130213	32	4.2	32	69	15	100	36	16	11	36	1.85
2132017--2132087	22	3.2	22	78	5	63	59	16	2	21	1.50
2143580--2143625	20	2.3	20	100	0	92	32	19	28	19	1.96
2144450--2144484	16	2.1	17	94	5	63	11	8	14	65	1.46
2146144--2146173	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
2148599--2148648	23	2.2	22	86	10	66	62	4	4	30	1.32
2151916--2152219	101	3.0	103	91	5	500	26	13	23	36	1.92
2152233--2152292	23	2.7	22	82	5	66	20	25	25	30	1.99
2156845--2157152	100	3.1	101	90	7	483	25	13	24	36	1.92
2158165--2158229	19	3.6	19	78	18	66	46	4	3	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158181--2158210	15	2.0	15	93	0	51	40	3	6	50	1.45
2158159--2158234	34	2.2	35	85	2	109	46	3	2	47	1.35
2158285--2158325	18	2.3	18	91	0	64	41	12	2	43	1.55
2161435--2161463	14	2.1	14	100	0	58	6	20	51	20	1.70
2161458--2161518	9	6.3	9	76	14	59	29	26	29	14	1.95
2161464--2161519	20	2.8	19	86	7	76	30	26	26	16	1.96
2168614--2168647	10	3.5	10	84	8	52	20	29	29	20	1.98
2172012--2172045	14	2.4	14	85	5	50	55	0	0	44	0.99
2172356--2172406	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
2172356--2172620	20	12.9	20	75	8	122	38	18	22	19	1.93
2172481--2172626	20	7.2	20	86	4	193	35	15	25	23	1.94
2173381--2173431	6	8.5	6	100	0	102	0	15	50	33	1.44
2173510--2173553	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
2173540--2173837	20	14.6	20	76	7	152	18	23	19	38	1.93
2173542--2173733	40	4.7	40	82	5	222	20	26	17	35	1.95
2173540--2173733	63	3.1	62	86	3	266	20	26	18	35	1.95
2173787--2173837	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
2175936--2175973	19	2.0	19	89	0	58	44	10	0	44	1.38
2178796--2178855	18	3.4	18	67	17	54	8	25	8	58	1.55
2178781--2178851	34	2.1	34	91	0	115	9	25	9	54	1.64
2178798--2178852	17	3.2	17	69	19	51	9	23	9	58	1.58
2180255--2180292	19	2.0	19	89	0	58	47	10	0	42	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180746--2180803	30	1.9	30	82	3	71	37	20	3	37	1.70
2180950--2180988	20	2.0	20	84	0	51	35	17	2	43	1.63
2191154--2191210	19	2.8	21	76	7	64	26	33	24	15	1.95
2195473--2195587	60	1.9	60	87	0	167	30	13	16	39	1.88
2215409--2215469	30	2.0	30	96	0	113	22	34	9	32	1.87
2219584--2219635	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2219691--2219884	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
2219687--2219884	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
2219691--2219883	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
2220029--2220082	22	2.5	22	78	3	65	24	38	16	20	1.92
2220262--2220332	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2220452--2220506	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2220452--2220522	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
2220518--2220615	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
2220540--2220629	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
2220523--2220636	33	3.5	33	93	1	203	9	24	21	44	1.82
2222332--2223082	185	4.0	186	99	0	1479	21	12	18	46	1.83
2222332--2223082	93	8.1	93	99	0	1479	21	12	18	46	1.83
2222332--2223082	278	2.7	278	99	0	1484	21	12	18	46	1.83
2223126--2223254	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2223162--2223254	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2223126--2223254	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223250--2223314	19	3.7	19	78	19	86	12	21	20	46	1.83
2223272--2223328	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2223255--2223347	33	2.8	33	91	0	150	9	19	23	47	1.79
2223319--2223365	20	2.4	20	89	3	69	10	14	29	44	1.79
2225287--2225322	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2225429--2225530	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
2225559--2225846	19	16.4	19	78	17	338	13	20	18	46	1.83
2225537--2225846	52	5.9	49	86	8	298	14	20	18	46	1.84
2225559--2225846	71	4.1	71	82	13	366	13	20	18	46	1.83
2225521--2225779	123	2.1	124	95	1	468	15	20	17	45	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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