genome.fa.s7748.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007748.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4568288

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228324--2228370	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2229053--2229421	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
2232027--2232069	7	6.7	6	89	5	50	18	0	0	81	0.69
2232021--2232069	13	3.8	13	86	7	55	22	0	0	77	0.77
2232030--2232067	7	5.6	7	90	3	60	15	0	0	84	0.63
2236372--2236440	23	3.0	23	86	0	93	27	26	26	20	1.99
2236459--2236673	103	2.1	102	93	1	367	37	23	12	26	1.90
2241604--2241672	23	3.0	23	89	0	102	26	26	27	20	1.99
2241688--2241905	103	2.1	103	93	0	364	38	22	12	26	1.90
2245353--2245569	106	2.0	109	82	5	262	32	23	18	24	1.97
2246395--2246547	39	4.2	36	83	7	150	26	17	16	39	1.91
2246419--2246564	36	4.0	36	82	9	156	26	17	16	39	1.91
2246422--2246552	72	1.9	71	87	7	196	24	17	16	41	1.90
2246617--2246731	33	3.4	34	84	5	155	40	18	9	32	1.83
2250640--2250673	17	2.0	17	100	0	68	52	5	29	11	1.61
2252132--2252168	11	3.4	11	92	7	58	64	0	0	35	0.94
2252956--2253011	23	2.4	23	81	0	67	25	39	14	21	1.91
2254819--2254915	33	2.9	33	83	6	124	27	15	12	44	1.82
2254819--2254905	34	2.6	35	85	7	117	29	17	11	41	1.84
2255652--2255708	18	3.4	18	67	18	59	31	0	14	54	1.40
2255649--2255965	32	10.0	32	73	17	202	34	0	11	53	1.38
2255692--2255842	80	1.9	80	97	0	284	31	0	15	52	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2255805--2255847	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2255661--2256077	54	7.6	54	78	13	426	34	0	12	53	1.38
2255859--2255901	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2255890--2255944	14	3.6	14	73	17	56	36	0	5	58	1.21
2255661--2256077	220	1.9	220	96	0	780	34	0	12	53	1.38
2256025--2256067	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2256092--2256150	31	1.9	31	89	0	91	42	10	5	42	1.60
2256923--2256967	16	2.8	16	93	0	72	51	17	17	13	1.77
2257028--2257071	23	1.9	23	85	0	61	61	13	6	18	1.54
2257337--2257389	14	4.1	14	76	18	60	56	15	13	15	1.67
2257337--2257402	24	2.7	24	85	4	96	54	15	13	16	1.71
2261059--2261133	38	2.0	38	94	0	132	25	13	30	30	1.94
2261109--2261258	75	2.0	75	97	0	282	21	18	32	27	1.97
2266690--2266824	67	2.0	67	100	0	270	51	14	8	25	1.71
2280244--2280284	18	2.3	18	100	0	82	51	21	9	17	1.74
2296270--2296306	10	3.7	10	88	0	56	56	18	21	2	1.54
2298498--2298564	31	2.2	31	94	0	116	53	11	7	26	1.64
2298550--2298608	29	2.0	29	100	0	118	35	10	10	44	1.72
2298554--2298622	29	2.4	29	90	4	104	34	11	8	44	1.72
2301199--2301346	30	5.0	29	73	12	115	54	0	6	38	1.30
2301228--2301340	60	1.9	60	84	0	154	55	0	5	38	1.29
2301295--2301364	25	2.8	26	83	12	92	52	0	4	42	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301289--2301384	25	3.8	25	78	17	83	52	0	5	42	1.24
2304500--2304553	20	2.7	20	75	11	65	27	29	14	27	1.95
2304557--2304607	21	2.5	21	83	3	68	25	19	15	39	1.91
2304598--2304668	20	3.5	20	92	0	115	40	25	15	18	1.89
2304657--2304707	19	2.7	19	93	0	84	39	21	7	31	1.82
2305559--2305595	12	3.1	12	96	0	65	67	0	27	5	1.12
2307658--2307693	18	2.0	18	88	0	54	55	22	2	19	1.56
2307977--2308046	20	3.5	20	82	0	95	42	22	18	15	1.88
2308182--2308231	14	3.8	13	72	17	50	26	8	22	44	1.80
2308181--2308230	25	2.0	25	92	0	82	28	8	20	44	1.79
2308618--2308654	18	2.1	18	89	0	56	29	8	10	51	1.65
2308610--2308662	24	2.2	24	89	0	79	33	5	13	47	1.66
2308966--2309049	39	2.2	39	93	0	141	48	17	15	17	1.81
2310813--2310881	21	3.3	21	74	11	70	24	18	34	21	1.96
2311178--2311227	21	2.4	21	80	6	57	32	28	20	20	1.97
2311193--2311312	63	1.9	63	80	10	138	34	30	11	24	1.91
2313383--2313430	22	2.2	22	84	0	60	20	8	41	29	1.81
2313558--2313643	20	4.2	20	76	10	86	22	17	24	36	1.95
2314522--2314567	20	2.3	19	78	10	56	52	13	17	17	1.75
2314414--2314749	182	1.8	184	93	1	586	41	12	16	29	1.85
2314708--2314769	22	2.9	22	90	4	101	51	11	14	22	1.74
2316995--2317059	21	3.1	21	93	0	103	43	10	30	15	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2317093--2317156	33	1.9	33	90	0	101	32	0	43	23	1.54
2318913--2318961	19	2.6	19	96	0	89	34	0	8	57	1.29
2318913--2318985	19	3.9	19	85	3	76	34	0	15	50	1.44
2321909--2322360	251	1.8	249	87	4	678	36	14	17	32	1.90
2322105--2322569	200	2.3	199	85	4	630	37	13	16	31	1.88
2325180--2325885	200	3.5	198	82	6	739	39	14	15	30	1.87
2325917--2326042	64	2.0	64	90	3	200	35	12	9	42	1.76
2326300--2326337	12	3.2	12	92	0	67	7	15	50	26	1.72
2326300--2326354	24	2.3	24	90	0	83	12	14	47	25	1.80
2326458--2326494	12	3.0	12	92	4	56	10	16	54	18	1.71
2329312--2329371	27	2.2	27	85	5	77	23	0	18	58	1.39
2329311--2329382	29	2.6	29	82	4	85	23	0	18	58	1.39
2338055--2338084	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
2342240--2342273	15	2.3	15	100	0	68	52	14	0	32	1.42
2343266--2343296	12	2.7	12	95	5	55	48	0	29	22	1.51
2344943--2345044	50	2.0	50	100	0	204	41	15	14	28	1.87
2347527--2347572	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2358358--2358391	15	2.3	15	89	0	50	52	5	0	41	1.25
2362488--2362554	34	2.0	34	84	0	89	17	20	7	53	1.68
2368956--2368999	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2369020--2369373	179	2.0	177	98	1	681	41	7	11	38	1.71
2371383--2371520	68	2.0	68	100	0	276	31	14	15	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2375857--2375887	16	1.9	16	100	0	62	19	0	22	58	1.40
2383018--2383084	24	2.9	23	86	4	89	13	19	16	50	1.77
2383325--2383392	24	2.8	24	81	0	73	11	22	14	51	1.74
2383018--2383647	318	2.0	313	86	2	868	23	17	16	42	1.89
2385426--2385578	76	2.0	76	100	0	306	35	14	13	36	1.85
2386053--2386133	42	1.9	42	94	0	144	48	12	14	24	1.79
2387938--2388074	67	2.0	68	98	1	267	40	18	12	27	1.87
2392134--2392200	33	2.0	33	100	0	134	58	8	8	23	1.57
2393433--2393513	42	1.9	42	97	0	153	34	29	9	25	1.88
2393657--2393684	12	2.3	12	100	0	56	35	17	7	39	1.78
2393810--2394063	127	2.0	127	100	0	508	38	23	9	28	1.86
2394085--2394137	3	17.7	3	100	0	106	33	0	66	0	0.92
2394915--2395147	20	11.6	20	79	11	192	39	25	14	20	1.90
2394915--2395149	40	5.8	40	77	8	244	40	25	14	20	1.90
2395323--2395360	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
2395956--2395988	12	2.8	12	95	0	57	60	24	0	15	1.35
2396114--2396167	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
2398429--2398464	18	2.0	18	88	0	54	55	22	2	19	1.56
2399098--2399152	22	2.5	22	93	0	92	21	23	14	40	1.90
2399312--2399364	24	2.2	24	86	0	70	35	1	13	49	1.53
2400401--2400578	67	2.6	66	85	8	234	53	14	2	29	1.53
2400670--2400722	24	2.2	24	100	0	106	43	33	0	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2401819--2401850	16	2.0	16	93	0	55	25	9	43	21	1.82
2401964--2402060	21	4.7	21	72	11	67	23	20	31	23	1.98
2401981--2402060	42	1.9	42	82	5	99	21	18	36	23	1.95
2404276--2404315	20	2.0	20	85	0	53	15	12	22	50	1.77
2404651--2404701	22	2.3	22	93	0	84	21	11	43	23	1.85
2404813--2404971	20	7.9	20	90	0	228	19	16	23	40	1.91
2404817--2405048	40	5.8	40	78	9	215	20	15	25	38	1.91
2404812--2405004	60	3.2	60	81	7	232	19	16	23	40	1.91
2404991--2405044	20	2.7	19	75	8	63	24	14	33	27	1.94
2407259--2407317	31	1.9	31	96	0	109	30	27	10	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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