genome.fa.s7748.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007748.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4568288

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408618--2408669	25	2.1	25	96	0	95	57	28	0	13	1.36
2422709--2422775	29	2.2	30	84	10	84	19	17	5	56	1.61
2429556--2429594	15	2.7	14	84	4	51	12	10	5	71	1.28
2433174--2433219	19	2.6	18	86	6	58	80	2	17	0	0.81
2435915--2435977	31	2.0	31	90	0	99	30	28	9	31	1.89
2438015--2438051	18	2.1	18	100	0	74	27	0	21	51	1.48
2441322--2441431	39	2.8	39	87	2	159	22	30	16	30	1.96
2441664--2441722	30	2.0	30	86	6	84	23	15	25	35	1.94
2441681--2441726	15	3.1	15	90	0	74	21	15	26	36	1.93
2445063--2445148	42	2.0	42	93	0	145	43	12	10	33	1.77
2451877--2451938	22	2.8	24	87	7	71	46	17	6	29	1.73
2451887--2451942	22	2.5	22	97	0	103	46	21	3	28	1.68
2455727--2455804	2	39.0	2	94	0	138	47	0	2	50	1.15
2462769--2462822	20	2.5	20	76	11	54	24	3	0	72	1.01
2462865--2462892	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2466920--2467151	93	2.6	92	77	12	231	31	18	18	31	1.95
2468183--2468412	71	3.2	71	85	6	295	27	16	13	42	1.86
2468494--2468566	36	2.0	37	89	2	112	28	19	12	39	1.88
2468401--2468885	96	4.9	98	84	9	582	29	18	14	37	1.90
2468436--2468943	96	5.3	92	81	10	391	30	18	13	37	1.89
2468971--2469049	32	2.6	30	81	15	99	35	18	10	35	1.85
2469047--2469105	28	2.2	28	79	14	70	44	10	11	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2470730--2470788	18	3.4	18	78	17	72	25	5	0	69	1.09
2473249--2473606	178	2.0	176	97	1	682	29	21	24	24	1.99
2480971--2481130	65	2.5	64	82	10	186	27	18	23	31	1.97
2483949--2484045	42	2.3	43	85	3	124	28	21	19	29	1.98
2486818--2486879	24	2.6	24	86	0	88	12	11	22	53	1.71
2488389--2488443	16	3.4	16	90	5	85	9	12	21	56	1.64
2488509--2488540	16	2.0	16	100	0	64	6	12	25	56	1.59
2490380--2490498	2	62.0	2	87	8	176	46	0	1	52	1.10
2490603--2490656	27	2.0	27	88	0	81	40	5	7	46	1.55
2490520--2490767	135	1.8	135	80	9	288	45	3	6	44	1.45
2490628--2490788	39	4.3	37	83	9	184	44	3	6	45	1.46
2490628--2490788	75	2.1	75	86	4	218	44	3	6	45	1.46
2490748--2490869	31	3.9	30	72	19	81	42	5	7	44	1.56
2490742--2490877	63	2.2	61	81	13	152	44	5	6	44	1.52
2490705--2490877	30	5.3	30	75	17	118	44	4	6	45	1.48
2490898--2490984	5	18.2	5	77	12	85	22	1	1	74	0.95
2490898--2490984	19	4.6	18	81	8	86	22	1	1	74	0.95
2492193--2492234	16	2.6	17	82	14	54	19	7	2	71	1.20
2493340--2493368	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2493847--2493887	18	2.3	18	91	0	64	51	17	24	7	1.70
2495014--2495082	9	7.7	9	71	12	52	50	0	2	46	1.16
2495042--2495094	20	2.7	20	90	0	79	54	0	1	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515383--2515407	12	2.1	12	100	0	50	8	0	48	44	1.32
2520812--2520862	22	2.3	23	90	6	79	41	19	5	33	1.76
2524380--2524427	17	2.7	17	84	12	53	64	0	2	33	1.05
2524553--2524625	30	2.4	30	81	4	85	31	9	6	52	1.60
2524567--2524623	30	1.9	29	89	3	87	28	10	8	52	1.65
2524805--2524856	24	2.2	24	82	0	59	11	15	25	48	1.78
2524826--2524856	14	2.2	14	94	0	53	9	12	22	54	1.67
2524815--2524876	24	2.6	24	89	5	90	11	12	19	56	1.66
2525862--2525931	10	7.2	10	70	23	60	11	11	20	57	1.64
2525863--2525927	16	4.1	16	91	0	112	9	12	21	56	1.63
2525997--2526027	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
2526208--2526260	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
2528241--2528308	26	2.7	26	90	2	111	30	10	7	51	1.63
2529246--2529279	3	11.7	3	93	6	61	35	0	0	64	0.94
2535354--2535561	89	2.3	89	90	3	321	29	25	24	20	1.99
2548692--2548850	54	2.9	54	93	0	264	35	11	25	27	1.91
2549362--2549420	25	2.4	25	100	0	118	33	11	15	38	1.84
2549799--2549971	54	3.2	54	81	8	199	38	11	13	36	1.81
2550366--2550886	105	4.9	105	89	2	731	39	17	19	23	1.92
2550813--2551208	91	4.4	91	94	0	702	36	14	21	27	1.93
2550916--2550980	20	3.3	20	69	18	55	43	10	18	27	1.83
2553050--2553160	42	2.6	42	94	0	186	17	17	17	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2553364--2553409	10	4.5	10	78	21	51	41	0	0	58	0.98
2553344--2553413	22	3.3	23	81	16	73	44	0	0	55	0.99
2553335--2553397	24	2.6	24	76	23	62	49	0	0	50	1.00
2553363--2553530	31	5.6	31	73	17	133	45	0	0	52	1.09
2553426--2553528	29	3.5	29	78	15	88	45	0	0	53	1.06
2553486--2553538	20	2.7	19	73	18	54	47	0	1	50	1.12
2553501--2553538	11	3.5	11	82	10	51	47	0	0	52	1.00
2553533--2553577	23	2.0	23	86	0	63	55	2	0	42	1.12
2553905--2553960	15	3.8	15	85	4	87	30	17	7	44	1.76
2560677--2560724	24	2.0	24	95	0	87	18	29	14	37	1.91
2561542--2561585	17	2.6	17	77	0	52	59	0	0	40	0.98
2567999--2568032	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2568128--2568160	13	2.6	13	90	4	50	30	0	0	69	0.88
2572438--2572471	17	1.9	18	88	5	52	44	2	5	47	1.42
2572702--2572798	4	24.5	4	95	2	178	25	1	48	24	1.58
2573972--2574028	29	2.0	28	93	6	98	42	22	5	29	1.76
2574954--2574979	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2576862--2576900	17	2.2	18	86	4	53	46	2	0	51	1.14
2576869--2576929	31	2.0	31	87	6	88	52	0	0	47	1.00
2577401--2577454	28	2.0	27	88	3	81	35	5	0	59	1.21
2577423--2577477	24	2.5	22	80	16	60	29	1	1	67	1.11
2581812--2581861	8	5.8	8	78	17	55	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2581809--2581861	19	2.9	19	86	5	74	81	0	18	0	0.70
2586169--2586248	22	3.6	22	94	0	133	32	20	13	33	1.91
2587064--2587691	113	5.6	113	86	3	837	37	13	19	28	1.90
2587067--2587687	218	2.8	221	86	3	815	38	13	19	28	1.90
2588009--2588326	124	2.6	122	85	4	408	41	13	19	25	1.88
2590597--2590635	17	2.2	18	86	4	53	46	2	0	51	1.14
2590604--2590664	31	2.0	31	87	6	88	52	0	0	47	1.00
2593466--2593514	25	2.0	25	87	0	71	28	20	24	26	1.99
2595837--2595869	17	1.9	18	88	11	52	42	0	0	57	0.98
2598034--2598111	39	2.0	39	97	0	147	24	15	11	48	1.78
2599961--2600029	35	2.0	35	88	5	104	28	20	17	33	1.95
2600228--2600953	365	2.0	365	99	0	1443	25	18	20	35	1.95
2603074--2603184	38	2.8	40	78	13	129	48	21	9	19	1.78
2608022--2608067	19	2.4	19	85	7	58	52	6	13	28	1.65
2608327--2608378	25	2.1	25	100	0	104	38	26	15	19	1.91
2608862--2608908	24	2.0	24	100	0	94	42	14	8	34	1.77
2609550--2609611	31	2.0	31	84	12	83	32	11	22	33	1.90
2611041--2611430	196	2.0	196	94	0	681	35	5	13	45	1.68
2615213--2615268	24	2.3	23	84	6	67	16	1	23	58	1.47
2615245--2615293	20	2.6	17	77	20	53	18	0	20	61	1.35
2616334--2616388	24	2.3	24	83	0	74	36	20	20	23	1.95
2616394--2616455	23	2.7	23	82	0	70	37	19	20	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2621617--2621659	21	1.9	21	81	13	50	9	16	16	58	1.63
2635008--2635044	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2635642--2635673	11	2.8	12	81	18	50	56	0	0	43	0.99
2637269--2637331	31	2.1	29	82	11	74	39	4	19	36	1.72
2639965--2640098	18	7.6	17	74	9	108	35	8	11	44	1.73
2639959--2640103	70	2.1	70	80	7	161	36	8	11	42	1.73
2639960--2640105	35	4.2	35	79	6	136	36	8	12	42	1.74
2640652--2640703	23	2.3	23	76	3	61	36	13	9	40	1.77
2641794--2641840	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
2641845--2641908	20	3.2	20	93	0	101	37	20	21	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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