genome.fa.s7748.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007748.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4568288

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  14  of  24  ( 2778 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2642107--2642169	22	2.9	22	85	0	90	25	36	14	23	1.93
2642535--2642590	20	2.8	20	91	0	85	10	16	23	50	1.76
2642554--2642597	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
2644554--2644611	19	3.0	20	89	5	91	37	20	18	22	1.94
2644657--2644721	20	3.2	20	88	0	94	20	18	24	36	1.94
2645204--2645296	42	2.2	42	82	3	107	22	35	16	25	1.94
2645208--2645306	21	4.8	20	73	8	74	23	31	20	25	1.98
2646696--2646731	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2646870--2646923	20	2.8	20	94	2	92	48	18	20	12	1.81
2646929--2646981	20	2.7	20	94	2	90	13	20	18	47	1.82
2646986--2647060	20	3.8	20	85	5	107	21	22	24	32	1.98
2650370--2650476	20	5.3	20	93	0	169	24	18	26	30	1.98
2650463--2650535	20	3.7	20	98	0	137	19	20	21	38	1.94
2650532--2650577	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
2659517--2659551	13	2.6	13	86	4	52	22	0	28	48	1.51
2662827--2662853	14	1.9	14	100	0	54	22	22	33	22	1.97
2677137--2677350	4	53.5	4	91	0	320	29	1	20	48	1.58
2685302--2685365	23	2.8	23	80	0	74	26	25	25	23	2.00
2685381--2685598	103	2.1	103	97	0	409	37	24	13	24	1.91
2686079--2686115	19	1.9	19	88	0	56	10	29	35	24	1.89
2687421--2687463	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
2697662--2697704	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703045--2703229	31	6.0	31	92	1	300	38	22	18	20	1.93
2706735--2706798	23	2.8	22	83	4	74	26	26	25	21	2.00
2706814--2707031	103	2.1	103	98	0	418	37	24	13	24	1.92
2707514--2707551	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
2709349--2709383	12	2.9	12	91	0	52	22	8	20	48	1.76
2719621--2719761	50	2.8	51	83	6	198	55	26	2	16	1.52
2719645--2719766	17	7.3	17	68	15	67	55	26	2	15	1.53
2720448--2720489	17	2.5	17	81	18	52	26	0	21	52	1.47
2720526--2720553	14	2.0	14	100	0	56	21	0	21	57	1.41
2720427--2720563	49	2.8	50	85	4	170	20	1	25	52	1.55
2721698--2721801	37	2.8	37	79	0	109	43	7	13	35	1.73
2722294--2722341	20	2.5	19	83	6	60	27	8	0	64	1.22
2722264--2722365	39	2.5	42	74	13	106	21	7	0	70	1.12
2725528--2725574	25	1.9	24	87	12	69	78	8	8	4	1.07
2725525--2725586	17	3.8	16	76	17	56	79	6	11	3	1.04
2725532--2725608	18	4.3	18	76	12	61	79	6	10	3	1.04
2727167--2728230	106	10.0	106	92	0	1698	34	24	18	23	1.96
2728958--2729062	37	2.8	37	82	2	131	40	13	15	30	1.85
2729115--2729158	21	2.0	22	82	4	54	56	22	18	2	1.52
2729558--2729595	20	1.9	20	88	0	58	28	7	0	63	1.23
2729532--2729625	37	2.6	35	75	12	93	22	8	0	69	1.15
2731528--2731597	25	2.9	23	83	10	95	52	1	2	42	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2732892--2732920	9	3.2	9	100	0	58	34	44	0	20	1.52
2738543--2738600	24	2.4	24	94	0	98	8	34	1	55	1.41
2749301--2749424	62	2.0	62	100	0	248	32	16	22	29	1.95
2772215--2772306	21	4.4	21	72	5	69	41	17	36	4	1.69
2772621--2772762	43	3.3	43	84	4	146	30	21	18	29	1.97
2772759--2772976	43	5.1	43	68	9	122	35	22	14	27	1.93
2773283--2773402	52	2.3	52	85	4	161	33	7	7	51	1.58
2776680--2776726	15	2.7	19	72	27	50	74	0	2	23	0.93
2776995--2777050	26	2.2	26	93	0	94	28	14	10	46	1.78
2777174--2777217	18	2.4	18	80	0	52	15	11	9	63	1.51
2779713--2779755	17	2.7	16	80	20	54	60	0	0	39	0.97
2781107--2781133	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
2781226--2781351	21	5.8	21	76	12	130	38	19	19	22	1.93
2781219--2781360	42	3.3	42	85	3	203	37	19	19	23	1.94
2781226--2781385	86	1.9	84	87	6	232	38	19	20	22	1.94
2781226--2781366	21	6.6	21	75	12	103	38	19	19	21	1.94
2785741--2785775	15	2.3	15	95	0	61	34	37	2	25	1.71
2789416--2789472	25	2.3	25	93	0	96	40	26	15	17	1.90
2798797--2798955	65	2.5	63	85	6	205	32	21	17	28	1.96
2802905--2802953	24	2.0	24	84	7	64	26	2	12	59	1.44
2803429--2803462	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
2809786--2809828	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2809785--2809834	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
2813118--2813167	24	2.1	24	85	7	66	26	2	12	60	1.43
2813641--2813674	16	2.2	15	89	5	50	17	8	0	73	1.08
2816658--2816716	21	2.7	22	78	5	66	27	22	25	25	2.00
2816639--2816719	23	3.6	22	78	8	92	24	24	24	25	2.00
2819331--2819538	65	3.2	63	79	12	208	31	23	17	27	1.97
2820858--2820906	22	2.2	23	85	10	66	24	2	24	48	1.61
2823562--2823790	57	4.0	57	90	0	332	15	18	30	35	1.92
2824891--2824959	25	2.8	24	74	8	68	53	21	0	24	1.46
2831587--2831623	19	1.9	19	88	0	56	37	8	16	37	1.78
2842759--2843174	210	2.0	211	98	1	809	37	10	8	43	1.70
2843425--2843504	41	2.0	41	82	5	99	26	17	21	35	1.95
2849398--2849694	83	3.6	82	76	8	260	29	13	22	34	1.92
2849403--2849540	41	3.3	40	69	22	113	30	13	19	36	1.91
2849848--2849886	19	2.1	19	100	0	78	10	17	25	46	1.80
2849965--2850046	42	2.0	42	80	4	94	23	15	21	39	1.92
2853457--2853504	21	2.2	23	85	7	64	35	2	0	62	1.07
2859784--2859949	42	3.9	42	84	3	190	36	26	16	19	1.93
2859783--2860077	43	6.9	43	82	7	226	34	26	15	23	1.95
2859868--2860078	86	2.5	86	84	3	255	33	25	15	26	1.95
2864807--2864866	23	2.6	23	86	0	84	40	10	18	31	1.84
2864631--2864937	158	1.9	158	93	2	528	41	12	13	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2870685--2870774	47	1.9	47	86	0	126	45	3	12	38	1.58
2870953--2871066	33	3.4	31	71	21	88	64	7	14	13	1.48
2873223--2873362	64	2.2	64	87	2	192	26	20	27	26	1.99
2874033--2874083	18	2.8	18	80	17	52	49	3	3	43	1.39
2874049--2874084	18	2.1	18	89	5	56	44	5	2	47	1.41
2874098--2874204	2	53.5	2	67	17	53	45	4	3	45	1.42
2874097--2874207	13	8.3	13	74	13	55	45	4	3	46	1.40
2874068--2874191	28	4.3	29	70	12	89	45	4	4	45	1.43
2874266--2874344	19	4.1	19	79	9	79	43	0	25	31	1.55
2874530--2874658	2	67.0	2	66	21	62	47	2	5	44	1.38
2874530--2874658	57	2.4	52	79	17	129	47	2	5	44	1.38
2874530--2874658	53	2.3	52	79	15	134	47	2	5	44	1.38
2874708--2874774	7	9.6	7	73	0	53	40	34	2	22	1.69
2874708--2874738	14	2.2	14	100	0	62	48	32	0	19	1.49
2875128--2875172	22	2.0	23	95	4	83	44	8	0	46	1.34
2875253--2875312	31	1.9	31	86	6	86	46	3	3	46	1.35
2876005--2876328	158	2.0	162	94	5	575	45	14	8	31	1.75
2876214--2876278	14	4.6	14	86	0	76	52	29	0	18	1.46
2876227--2876266	21	1.9	21	85	10	55	52	25	0	22	1.47
2876452--2876489	20	1.9	19	89	5	58	52	18	5	23	1.65
2876587--2876613	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2876612--2876671	20	2.8	21	80	10	68	45	5	10	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2876637--2876679	13	3.3	13	75	12	52	46	2	6	44	1.43
2876637--2876690	15	3.4	15	74	20	56	48	3	5	42	1.44
2876679--2876783	49	2.1	49	82	3	122	53	9	4	32	1.54
2876771--2876822	7	7.4	7	82	8	54	55	25	0	19	1.43
2876771--2876822	21	2.5	21	81	12	70	55	25	0	19	1.43
2877022--2877051	9	3.3	9	100	0	60	36	0	0	63	0.95
2877261--2877327	16	4.2	16	92	0	107	40	14	25	19	1.90
2881715--2881890	74	2.4	75	78	10	173	73	6	5	15	1.21
2881838--2881886	9	5.8	8	80	20	55	81	2	2	14	0.87
2881840--2881895	6	9.3	6	78	18	55	82	1	1	14	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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