genome.fa.s7748.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007748.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110013_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4568288

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  2  of  24  ( 2778 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197340--197373	14	2.4	14	95	0	59	47	17	0	35	1.48
197276--197440	78	2.1	78	89	2	251	51	16	1	30	1.52
200032--200153	59	2.1	59	87	3	174	28	18	23	28	1.98
200783--200847	22	2.9	23	88	2	71	23	35	21	20	1.96
200791--200847	22	2.6	22	94	0	96	22	38	17	21	1.93
201979--202072	42	2.2	42	85	7	129	22	20	37	20	1.95
201979--202075	21	4.6	21	77	7	99	22	19	37	20	1.95
204119--204177	29	2.0	29	96	0	109	25	18	25	30	1.98
204161--204200	20	2.0	20	95	0	71	42	25	17	15	1.88
204168--204209	20	2.1	20	90	0	66	47	26	9	16	1.77
205704--205778	21	3.6	21	88	0	105	21	17	36	25	1.95
206208--206258	21	2.4	21	90	0	75	35	29	13	21	1.92
208241--208287	22	2.1	22	92	0	76	21	10	42	25	1.85
208422--208470	20	2.5	20	96	0	89	16	10	24	48	1.76
208461--208500	20	2.0	20	85	0	53	22	20	22	35	1.96
208728--208940	106	2.0	106	100	0	426	28	19	19	32	1.97
211411--211482	38	1.9	38	86	8	103	44	2	6	45	1.45
211391--211502	37	2.9	38	76	6	111	43	2	7	46	1.45
211521--211593	35	2.0	37	87	10	107	42	2	9	45	1.51
211521--211696	72	2.6	70	77	18	174	42	3	7	46	1.50
211626--211707	32	2.6	34	80	16	95	39	3	8	48	1.51
211780--211840	5	12.6	5	86	6	54	21	1	3	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212047--212077	16	2.0	15	93	6	53	19	41	25	12	1.87
214883--214917	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
220109--220143	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
222727--222768	21	2.0	22	85	4	59	7	4	9	78	1.08
222687--222768	34	2.4	33	84	8	94	12	6	7	74	1.21
222950--222997	19	2.7	18	81	9	62	20	12	2	64	1.37
228052--228659	149	4.1	152	88	7	916	31	22	21	25	1.98
228052--228659	76	8.2	75	80	8	669	31	22	21	25	1.98
229347--229380	14	2.4	14	85	0	50	44	5	2	47	1.42
229429--229621	34	5.5	35	74	20	149	41	3	8	46	1.49
229555--229621	35	1.9	34	82	14	84	40	4	8	46	1.56
229685--229743	5	11.6	5	89	3	82	22	0	1	76	0.88
229950--229980	16	2.0	15	93	6	53	19	41	25	12	1.87
230951--230987	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
231055--231105	27	1.9	27	84	4	68	9	1	7	80	0.98
231108--231167	19	3.4	18	80	10	72	18	10	1	70	1.24
238288--238336	23	2.1	23	84	0	62	38	8	20	32	1.82
238482--238883	199	2.0	200	86	2	567	29	15	15	39	1.88
241604--241651	19	2.5	19	96	0	87	52	10	6	31	1.60
241904--241948	20	2.2	20	100	0	90	35	4	35	24	1.76
243175--243225	20	2.5	20	96	0	93	39	13	5	41	1.69
243195--243820	199	3.2	198	86	1	878	31	14	14	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242697--243820	416	2.8	396	83	6	1460	31	15	14	39	1.87
243790--243840	20	2.5	20	96	0	93	39	13	1	45	1.55
248222--249296	199	5.4	197	82	6	1107	31	14	14	39	1.86
249557--249784	117	1.9	118	90	4	363	35	23	5	35	1.79
249675--249853	67	2.7	67	86	5	238	37	21	5	35	1.77
249544--250166	184	3.3	183	88	5	865	37	21	6	34	1.79
249741--249970	117	2.0	118	86	2	329	36	21	6	36	1.79
249859--250168	66	4.7	66	95	0	521	38	21	6	33	1.79
251883--251956	20	3.6	21	83	3	98	29	24	27	18	1.98
251874--251956	41	2.0	41	88	9	125	27	26	26	19	1.99
251980--252070	42	2.2	41	84	11	114	24	20	32	21	1.98
251980--252070	21	4.3	20	81	14	103	24	20	32	21	1.98
252150--252209	30	2.0	30	90	6	95	43	15	6	35	1.72
254356--254425	34	2.1	32	84	5	86	25	25	15	32	1.95
254782--254844	21	3.0	21	81	4	83	26	25	25	22	2.00
254791--254865	20	3.7	20	82	3	96	29	22	28	20	1.98
254782--254865	41	2.0	41	90	0	132	28	23	26	21	1.99
254886--254984	42	2.4	41	86	10	130	22	20	35	22	1.96
254887--254984	21	4.7	20	84	10	117	22	20	34	22	1.97
255064--255122	29	2.0	29	90	9	93	44	15	6	33	1.73
256017--256088	24	3.0	24	83	0	99	52	16	11	19	1.73
256017--256108	48	1.9	48	84	4	123	51	15	13	20	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256017--256123	48	2.2	48	81	6	119	49	15	14	20	1.79
260347--260486	66	2.1	63	81	8	172	25	42	1	30	1.64
262892--263047	70	2.2	69	93	1	258	33	17	10	39	1.83
262961--263872	182	5.0	181	89	2	1283	28	16	13	42	1.86
264610--265084	182	2.6	182	87	2	679	42	14	15	27	1.85
266849--266899	24	2.2	24	86	6	70	47	0	3	49	1.20
267178--267210	15	2.2	15	94	0	57	21	6	60	12	1.53
267292--267335	21	2.1	21	100	0	88	43	9	34	13	1.76
267369--267434	33	2.0	33	90	0	105	30	0	45	24	1.53
269218--269266	19	2.6	19	96	0	89	34	0	8	57	1.29
269218--269289	19	3.8	19	85	3	74	36	0	12	51	1.40
271351--271396	12	3.8	12	88	0	56	41	4	30	23	1.74
272848--272957	51	2.1	53	77	9	120	36	17	20	26	1.94
272666--273150	250	1.9	249	87	2	713	37	15	16	30	1.89
272912--273432	199	2.6	200	88	2	762	40	13	15	31	1.85
276152--276876	200	3.6	197	83	6	818	39	14	16	30	1.88
277083--277107	11	2.3	11	100	0	50	16	24	12	48	1.79
281182--281230	23	2.2	23	82	10	57	63	2	6	28	1.30
282095--282242	74	2.0	74	100	0	296	20	37	18	22	1.94
284377--284444	30	2.4	28	87	7	100	57	11	16	14	1.66
284630--284738	54	2.0	54	96	0	200	37	8	23	30	1.84
287950--288055	31	3.4	31	96	0	194	44	0	6	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287954--288037	9	8.3	10	72	16	66	45	1	3	50	1.27
287970--288054	17	5.4	17	67	16	56	44	1	7	47	1.38
289158--289235	29	2.5	32	78	12	83	61	5	7	25	1.44
289301--289391	32	2.9	30	76	7	92	67	7	4	20	1.34
290884--290908	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
291279--291384	46	2.4	42	82	6	113	22	19	33	24	1.97
291530--291699	91	1.9	91	91	0	277	23	18	15	42	1.89
291616--291987	117	3.3	114	85	5	428	25	20	14	38	1.91
291858--291917	19	3.2	18	72	23	61	21	21	8	48	1.76
291859--291917	16	3.4	16	73	17	55	22	22	8	47	1.77
291898--292052	70	2.2	70	92	0	256	25	16	18	39	1.91
295094--295152	10	6.3	10	83	13	72	0	22	0	77	0.76
295095--295152	13	4.7	13	79	14	52	0	22	0	77	0.77
295093--295158	10	7.0	9	84	8	62	0	21	0	78	0.75
295077--295158	13	6.4	13	70	25	50	1	19	0	79	0.80
295570--295596	8	3.4	8	100	0	54	0	14	0	85	0.61
297660--297697	14	2.7	14	83	0	58	55	13	15	15	1.70
297641--297683	20	2.2	20	82	0	50	55	11	13	18	1.68
299213--299278	23	2.9	23	93	0	114	31	25	21	21	1.98
299258--299293	18	2.0	18	94	0	63	30	33	19	16	1.94
306318--306390	29	2.5	31	80	8	89	61	6	8	23	1.48
307963--307997	3	12.0	3	93	6	63	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307963--307997	17	2.0	17	94	5	61	68	0	0	31	0.90
319307--319349	17	2.5	16	82	14	50	62	0	0	37	0.95
322503--323195	105	6.6	105	94	0	1125	22	22	19	36	1.95
324118--324185	8	9.0	8	90	6	90	13	8	0	77	0.98
324105--324185	14	5.6	15	81	12	82	11	9	0	79	0.95
324105--324181	36	2.1	36	83	4	93	10	9	0	80	0.91
324105--324196	44	2.1	43	83	2	112	10	10	0	78	0.97
355074--355107	17	2.0	16	88	11	50	76	0	2	20	0.92
355762--355905	64	2.2	64	79	10	168	55	13	1	29	1.47
357333--357387	21	2.6	21	88	5	85	23	21	20	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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