genome.fa.s7823.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007823.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110160_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6287495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1942420--1942511	43	2.1	42	84	11	114	47	0	2	50	1.13
1942443--1942511	28	2.4	27	88	9	102	47	0	1	50	1.09
1942418--1942521	28	3.8	27	79	11	79	50	0	1	48	1.12
1942755--1942799	18	2.4	19	81	3	56	13	35	4	46	1.63
1943257--1943370	6	19.2	6	71	8	81	47	41	4	7	1.50
1943257--1943413	18	9.1	18	68	14	80	46	39	3	10	1.56
1943337--1943370	17	1.9	18	94	5	61	44	41	5	8	1.60
1943646--1944022	120	3.2	119	91	0	592	20	9	19	50	1.75
1946554--1946589	10	3.6	10	88	0	54	5	25	22	47	1.73
1946525--1946589	30	2.2	30	85	0	85	4	26	23	46	1.71
1946545--1946590	20	2.3	20	88	0	74	4	23	21	50	1.67
1947142--1947191	23	2.1	24	92	3	84	48	2	0	50	1.12
1947228--1947260	13	2.4	14	90	10	59	51	0	0	48	1.00
1947464--1947516	16	3.4	16	84	2	54	47	13	24	15	1.81
1947473--1947516	16	2.8	16	86	3	63	40	13	27	18	1.88
1953829--1953858	12	2.5	12	100	0	60	50	0	33	16	1.46
1954012--1954074	14	4.5	14	74	18	51	14	26	14	44	1.83
1954043--1954095	20	2.7	20	100	0	106	15	20	18	45	1.85
1956026--1956065	19	2.1	19	90	0	62	57	7	0	35	1.27
1956454--1956496	16	2.7	15	82	10	59	60	25	0	13	1.34
1958436--1958491	21	2.7	20	84	13	69	37	14	17	30	1.90
1964289--1964328	19	2.1	19	85	0	53	55	7	2	35	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1965255--1966087	38	22.0	36	65	13	194	32	16	12	37	1.87
1965271--1966008	74	9.7	74	73	11	474	32	16	12	38	1.87
1965449--1965544	48	2.0	48	87	0	138	32	14	14	38	1.87
1965572--1965666	48	2.0	48	85	0	127	33	15	13	36	1.87
1965382--1965739	122	3.0	122	89	6	538	32	16	14	36	1.89
1965615--1966014	149	2.7	147	87	3	552	32	16	11	39	1.84
1966162--1966366	93	2.2	92	82	0	248	34	21	15	27	1.94
1969728--1970177	225	2.0	225	98	0	873	26	26	18	28	1.98
1978525--1978589	20	3.4	19	79	8	60	21	0	18	60	1.37
1979291--1979324	16	2.1	16	88	0	50	61	0	0	38	0.96
1982982--1983045	14	4.9	14	70	14	55	12	10	14	62	1.55
1982948--1983035	24	3.7	24	83	3	97	15	12	13	57	1.65
1983375--1983422	20	2.5	19	89	3	69	10	4	20	64	1.41
1983386--1983434	20	2.5	20	79	0	53	16	8	14	61	1.56
1983430--1983495	24	2.8	23	78	15	80	12	3	18	66	1.36
1988847--1988910	30	2.1	30	82	11	76	43	4	0	51	1.22
1993681--1993723	20	2.2	20	91	0	68	34	13	4	46	1.65
1995037--1995070	15	2.2	16	89	5	52	35	0	0	64	0.94
1995248--1995287	20	2.0	20	100	0	80	35	15	5	45	1.68
2005014--2005070	19	2.8	20	76	7	62	31	31	24	12	1.92
2007531--2007563	13	2.5	13	100	0	66	36	9	9	45	1.68
2022638--2022671	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2023146--2023195	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
2032883--2032916	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
2033391--2033439	23	2.1	23	85	7	64	59	12	2	26	1.44
2042532--2042571	20	2.2	20	86	13	59	32	2	10	55	1.47
2044324--2044348	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
2045548--2045631	23	3.7	23	93	3	143	20	25	26	28	1.99
2046274--2046307	16	2.1	17	88	5	52	38	0	17	44	1.49
2050712--2050776	21	3.1	21	95	0	112	29	26	26	18	1.98
2054515--2054625	55	2.0	55	89	0	168	23	17	7	52	1.69
2066573--2066941	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
2067615--2067661	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2067835--2067859	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2070159--2070483	19	18.4	19	80	16	396	47	17	20	14	1.83
2070187--2070505	109	3.0	104	92	5	532	46	16	21	14	1.83
2070187--2070505	52	6.0	52	92	4	541	46	16	21	14	1.83
2070512--2070613	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
2070720--2070756	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2070737--2070806	37	1.9	37	94	2	124	51	17	1	30	1.54
2072610--2072744	19	7.6	19	76	16	137	45	24	19	10	1.81
2072666--2072722	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
2072647--2072739	33	2.8	33	98	0	177	47	22	20	9	1.79
2072610--2072744	52	2.5	54	75	18	131	45	24	19	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2072740--2072868	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2072740--2072831	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2072912--2073290	92	4.1	93	98	1	735	46	18	12	22	1.83
2074994--2075083	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
2074986--2075100	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2074993--2075105	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2075117--2075171	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
2075114--2075192	33	2.4	33	87	4	106	10	27	22	39	1.86
2075126--2075211	19	4.7	19	70	16	56	11	26	19	41	1.86
2075291--2075361	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2075542--2075596	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2075742--2075935	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
2075742--2075935	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
2075991--2076042	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2078745--2078770	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2081098--2081130	16	2.1	16	100	0	66	24	21	36	18	1.95
2084479--2084562	33	2.5	33	83	9	98	21	0	14	64	1.29
2084488--2084566	34	2.4	33	82	2	95	21	0	16	62	1.33
2085132--2085178	20	2.3	20	96	0	85	12	29	12	44	1.80
2087727--2087765	11	3.3	11	83	16	51	53	0	0	46	1.00
2087733--2087765	13	2.6	13	85	4	50	54	0	0	45	0.99
2092584--2092644	31	2.0	31	90	0	95	36	13	16	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093041--2093079	20	2.0	20	94	0	69	20	35	5	38	1.75
2094032--2094075	23	1.9	23	90	0	70	63	0	2	34	1.07
2096026--2096066	19	2.2	19	100	0	82	34	9	12	43	1.75
2111252--2111414	81	2.0	79	80	8	177	25	19	24	31	1.98
2111458--2111567	36	3.1	36	77	5	125	43	13	20	21	1.87
2111458--2111552	34	2.7	35	81	4	102	45	14	20	20	1.85
2111706--2111748	20	2.2	19	95	4	77	41	9	20	27	1.83
2111709--2111753	20	2.2	20	92	4	72	46	11	15	26	1.79
2111743--2111950	72	2.9	72	82	9	230	40	14	16	27	1.88
2115375--2115757	190	2.0	191	95	3	693	24	24	16	34	1.95
2117040--2117107	9	7.7	9	70	6	50	70	5	5	17	1.28
2116960--2117076	29	4.1	29	69	10	80	70	3	9	16	1.26
2117234--2117323	40	2.2	41	84	11	116	64	3	1	31	1.17
2117708--2117830	66	1.9	65	96	1	228	19	13	23	43	1.87
2119823--2119881	28	2.3	26	78	16	68	45	3	8	42	1.51
2120348--2120403	28	2.0	29	85	3	78	12	14	16	57	1.66
2120606--2120647	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2123210--2123276	20	3.3	20	97	0	125	37	22	19	20	1.95
2123203--2123337	40	3.3	41	75	12	120	40	22	17	20	1.92
2123270--2123456	20	9.3	20	78	12	188	40	23	16	19	1.91
2123246--2123456	60	3.5	60	85	7	254	40	22	16	20	1.91
2123226--2123456	80	2.9	79	80	12	233	40	22	16	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123616--2123666	22	2.3	22	93	0	84	21	43	15	19	1.88
2125753--2125910	63	2.5	63	79	4	156	20	13	34	31	1.91
2125877--2125925	21	2.3	21	85	0	62	22	18	28	30	1.97
2126208--2126279	21	3.5	21	76	3	83	16	38	22	22	1.93
2126200--2126279	41	1.9	42	92	2	135	16	38	21	23	1.92
2127623--2127676	14	3.9	14	85	0	72	31	0	18	50	1.48
2127573--2127725	80	1.9	78	93	2	261	29	1	16	52	1.52
2128085--2128120	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
2130521--2130584	25	2.5	25	94	2	110	25	0	39	35	1.56
2130576--2130609	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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