genome.fa.s7823.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007823.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110160_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6287495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  15  of  33  ( 3920 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2782119--2782253	64	2.1	63	95	1	243	20	26	23	29	1.99
2782934--2783015	21	3.9	21	95	0	146	30	21	26	20	1.98
2783038--2783099	21	3.0	21	95	0	106	41	22	20	14	1.89
2784182--2784530	93	3.9	93	82	10	381	38	14	8	38	1.78
2784318--2784489	81	2.1	81	89	3	258	37	13	9	39	1.78
2784423--2784481	26	2.2	26	78	3	64	40	11	10	37	1.76
2784481--2784726	137	1.8	137	87	1	370	41	15	6	36	1.71
2785137--2785202	29	2.3	30	82	17	86	31	4	28	34	1.78
2785632--2785679	20	2.5	20	93	3	80	12	41	6	39	1.68
2786502--2786586	40	2.1	40	84	4	109	44	16	10	28	1.81
2795799--2795853	22	2.5	22	87	0	74	23	16	14	45	1.84
2798945--2799040	43	2.2	43	83	7	115	27	3	25	44	1.69
2801699--2801741	18	2.4	18	80	7	52	65	6	27	0	1.18
2809593--2809646	26	2.1	26	82	0	63	24	3	31	40	1.72
2810643--2810741	43	2.3	43	80	3	101	23	4	30	42	1.72
2812284--2812327	16	2.6	17	78	3	54	25	2	4	68	1.20
2812484--2812557	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
2813740--2813779	15	2.6	16	80	4	55	32	2	2	62	1.22
2815577--2815601	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2832241--2832274	17	2.0	17	88	0	50	44	14	2	38	1.61
2835931--2835971	2	20.5	2	90	9	66	48	2	0	48	1.14
2838584--2838616	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2843320--2843674	177	2.0	179	98	1	687	28	22	17	32	1.96
2846238--2846271	13	2.8	12	86	8	50	73	0	8	17	1.08
2850401--2850445	17	2.6	17	100	0	90	35	8	0	55	1.31
2851044--2851150	12	8.9	12	84	0	106	46	19	14	19	1.83
2851044--2851144	36	2.8	36	95	0	175	48	18	12	19	1.80
2851044--2851150	24	4.5	24	89	0	142	46	19	14	19	1.83
2852183--2852253	11	5.9	12	82	12	65	30	0	1	67	0.99
2852186--2852258	3	24.0	3	82	13	87	32	0	1	65	1.01
2852186--2852258	28	2.6	29	81	12	98	32	0	1	65	1.01
2856025--2856063	15	2.7	15	88	4	53	20	15	12	51	1.76
2856054--2856092	20	2.0	20	89	0	60	12	7	12	66	1.43
2859196--2859247	25	2.0	26	92	3	88	69	11	15	3	1.32
2859234--2859264	16	1.9	16	100	0	62	83	0	16	0	0.64
2859237--2859277	21	2.0	21	95	0	73	87	0	12	0	0.53
2859232--2859266	16	2.2	16	89	0	61	85	0	14	0	0.59
2863565--2863659	48	2.0	48	82	10	115	37	13	23	25	1.91
2864214--2864931	113	6.5	113	87	6	922	38	15	18	27	1.91
2864698--2864931	112	2.1	113	89	3	357	37	14	21	26	1.92
2864483--2864907	213	2.0	215	86	3	599	38	15	19	27	1.91
2864838--2865003	73	2.3	71	86	2	224	32	18	17	31	1.94
2864912--2865279	108	3.3	111	76	17	311	38	14	19	27	1.91
2864962--2865279	120	2.8	117	82	12	367	39	14	19	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2865610--2865698	3	30.7	3	82	15	107	32	1	0	66	0.99
2865607--2865702	11	8.5	11	80	10	79	31	1	0	67	0.97
2865610--2865697	23	4.0	22	84	11	117	32	1	0	65	1.00
2869241--2869271	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
2869449--2869509	31	2.0	31	90	0	95	54	4	9	31	1.55
2870067--2870354	143	2.0	140	96	4	526	32	13	11	42	1.80
2874172--2874216	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2875010--2875117	31	3.5	31	92	2	182	19	21	22	37	1.95
2875010--2875130	61	2.0	61	88	6	183	20	20	22	36	1.95
2878313--2878357	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2879147--2879268	31	4.0	31	89	3	176	20	20	22	36	1.96
2880522--2880604	21	3.9	21	83	10	89	21	20	28	28	1.98
2887917--2887986	35	2.0	35	100	0	140	31	5	28	34	1.81
2888819--2888850	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2892952--2893283	158	2.1	159	85	4	447	30	15	12	42	1.83
2893233--2893527	112	2.7	111	87	3	445	25	15	14	44	1.85
2893497--2893547	19	2.6	20	81	6	68	19	13	17	49	1.80
2895869--2895915	13	3.5	13	77	13	51	74	0	2	23	0.93
2895869--2895915	19	2.3	21	89	7	71	74	0	2	23	0.93
2895999--2896058	27	2.1	31	87	12	92	45	8	0	46	1.33
2896057--2896094	19	2.1	18	90	5	58	50	2	0	47	1.15
2897315--2897367	17	3.1	17	84	7	63	75	7	1	15	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2897548--2897586	20	2.0	20	89	0	60	84	0	2	12	0.72
2897554--2897629	14	5.6	14	76	7	59	76	1	2	19	0.98
2899568--2899658	32	2.9	31	71	10	85	23	17	25	34	1.96
2901020--2901376	179	2.0	181	96	3	668	30	17	20	31	1.96
2905232--2905274	2	22.5	2	90	9	72	53	0	0	46	1.00
2907904--2907961	28	2.0	29	96	3	109	48	13	13	24	1.79
2908717--2908865	52	2.9	51	81	7	158	45	21	22	10	1.81
2911617--2911677	31	2.0	31	100	0	122	32	13	14	39	1.85
2912306--2912340	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
2920577--2920636	17	3.4	17	69	24	52	20	25	6	48	1.73
2920679--2921338	113	5.8	113	92	0	1034	29	19	13	36	1.91
2922476--2922524	16	2.8	17	78	12	55	46	6	10	36	1.63
2922879--2922961	34	2.5	33	86	9	107	3	16	0	79	0.87
2930275--2930306	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
2933554--2933607	28	2.0	27	85	3	72	59	1	5	33	1.31
2934078--2934126	23	2.0	25	84	7	66	53	0	2	44	1.12
2934173--2934214	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
2935699--2935758	3	20.7	3	77	13	63	61	0	0	38	0.96
2935683--2935748	29	2.5	26	79	18	73	60	0	0	39	0.97
2938056--2938158	30	3.4	30	76	12	113	0	9	25	64	1.30
2938111--2938162	16	3.3	16	70	5	52	0	5	26	67	1.13
2940153--2940221	35	2.0	35	94	0	120	27	0	27	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2945829--2946002	89	2.0	88	95	2	312	37	11	6	44	1.66
2958547--2958581	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
2959521--2959575	27	2.0	27	100	0	110	14	5	32	47	1.67
2970599--2970650	25	2.1	25	100	0	104	44	11	15	28	1.81
2971322--2971394	24	3.0	24	88	4	67	10	15	24	49	1.76
2971332--2971387	14	4.3	14	82	17	75	8	14	25	51	1.70
2971333--2971407	24	3.1	23	90	3	96	12	12	21	54	1.69
2972131--2972189	10	5.7	10	73	15	57	10	11	20	57	1.63
2972137--2972193	16	3.7	16	88	4	82	10	10	19	59	1.59
2972255--2972287	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
2977711--2977773	20	3.2	20	80	10	69	46	1	3	49	1.27
2977740--2977795	29	1.9	29	85	0	76	46	0	3	50	1.19
2978019--2978052	14	2.4	14	95	0	59	70	0	0	29	0.87
2978028--2978060	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
2979048--2979106	10	5.5	11	69	15	52	33	0	1	64	1.04
2979044--2979106	32	1.9	33	87	3	92	33	0	1	65	1.03
2979055--2979108	22	2.5	22	81	6	65	35	0	1	62	1.06
2979075--2979133	24	2.5	22	73	13	55	37	1	0	61	1.07
2979049--2979168	51	2.3	51	77	15	136	35	0	1	62	1.11
2979078--2979127	22	2.3	21	83	10	57	38	2	0	60	1.09
2980382--2980450	19	3.6	19	73	9	52	33	4	1	60	1.25
2980380--2980753	188	2.0	187	94	5	659	27	16	7	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2995050--2995089	21	1.9	21	85	10	55	40	2	5	52	1.37
2996576--2996738	65	2.5	64	79	7	170	32	15	22	30	1.94
2996749--2996786	20	1.9	20	88	0	58	18	15	31	34	1.92
2999408--2999479	23	3.3	23	73	9	78	25	20	25	29	1.99
3005345--3005418	19	3.9	19	98	0	139	29	16	32	21	1.95
3005236--3005379	65	2.2	64	83	3	182	29	18	23	28	1.97
3005445--3005482	20	1.9	20	88	0	58	21	18	28	31	1.97
3020633--3020685	27	2.0	27	89	7	83	60	0	3	35	1.15
3021433--3021464	16	2.0	16	93	0	55	46	18	15	18	1.84
3022078--3022110	17	1.9	17	100	0	66	12	36	0	51	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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