genome.fa.s7823.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007823.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110160_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6287495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

This is table  5  of  33  ( 3920 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728859--728909	19	2.7	19	96	0	93	23	23	21	31	1.98
729004--729060	21	2.7	21	100	0	114	31	21	19	28	1.97
730506--730572	31	2.1	32	86	8	93	28	10	16	44	1.80
731362--731386	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
732744--732796	26	2.1	25	83	16	65	62	1	1	33	1.17
733299--733324	6	4.3	6	100	0	52	50	0	15	34	1.45
740955--740988	17	2.0	17	100	0	68	64	5	0	29	1.17
743585--743627	22	2.0	22	100	0	86	30	4	18	46	1.69
744429--744493	18	3.3	18	66	25	51	46	7	3	43	1.48
744765--744858	30	3.1	30	95	0	161	36	40	4	19	1.71
749422--749451	10	3.0	10	95	0	51	23	16	10	50	1.75
754436--754779	171	2.0	172	99	0	681	40	16	9	34	1.80
758182--758229	23	2.1	23	88	0	69	35	6	18	39	1.76
758664--758723	22	2.8	21	74	18	61	46	8	10	35	1.67
758741--758813	23	3.2	23	90	0	110	32	5	21	39	1.77
762009--762255	120	2.1	120	94	0	431	37	15	14	32	1.87
761845--762735	303	3.0	303	95	0	1599	34	16	14	34	1.89
762312--762558	120	2.1	120	95	0	440	37	16	13	32	1.88
762432--762835	181	2.2	182	91	4	663	34	17	13	34	1.89
764042--764087	18	2.6	18	85	0	56	21	32	6	39	1.79
764042--764087	12	3.8	12	85	0	56	21	32	6	39	1.79
765581--766337	200	3.8	200	92	1	1233	30	18	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766571--766617	18	2.6	18	89	3	67	55	8	2	34	1.42
768323--768388	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
768421--768486	21	3.1	21	91	0	96	18	30	9	42	1.81
770635--771103	177	2.6	180	87	3	656	26	17	13	42	1.86
773400--773433	10	3.1	11	87	12	52	76	0	2	20	0.92
774801--775113	20	15.6	20	77	8	156	39	22	17	20	1.92
774903--775116	40	5.3	40	87	0	284	37	22	18	21	1.94
778438--778685	19	13.7	19	66	21	131	43	18	21	16	1.88
778425--778532	33	3.3	33	94	2	182	44	18	23	13	1.85
778563--778590	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
778565--778681	52	2.2	53	87	1	164	47	19	19	13	1.83
778695--778720	13	2.0	13	100	0	52	7	15	30	46	1.74
780065--780271	104	2.0	103	96	2	380	26	26	20	27	1.99
782156--782218	20	3.2	20	86	8	92	47	17	22	12	1.81
782154--782280	33	3.6	33	82	7	146	47	18	22	11	1.81
782249--782294	19	2.4	19	96	0	83	50	19	15	15	1.79
782306--782403	21	4.8	20	83	6	117	12	18	19	50	1.78
782942--783054	20	5.6	20	80	8	138	20	19	26	33	1.96
782939--783077	41	3.4	39	78	9	145	22	18	25	33	1.97
782939--783077	61	2.3	60	81	6	181	22	18	25	33	1.97
783130--783197	20	3.3	20	70	13	59	16	19	27	36	1.93
784319--784345	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798708--799481	386	2.0	387	98	0	1496	47	17	14	19	1.82
799501--799562	23	2.7	23	79	0	70	51	16	19	12	1.76
800037--800078	20	2.1	20	86	8	59	57	0	7	35	1.26
801822--801991	90	1.9	88	95	2	304	44	6	11	38	1.66
808314--808384	35	2.0	34	81	10	81	47	4	0	47	1.21
813683--813729	23	2.0	23	91	8	76	29	2	0	68	1.02
813669--813733	25	2.6	26	79	18	75	27	1	0	70	0.96
816219--816253	10	3.5	10	100	0	70	51	17	0	31	1.45
820875--821253	157	2.4	156	84	4	490	27	18	7	45	1.77
825828--825905	36	2.2	36	95	2	140	32	10	14	43	1.78
833572--833644	2	36.5	2	100	0	146	49	0	0	50	1.00
833785--833930	71	2.1	66	90	6	220	44	2	6	46	1.41
833836--833905	26	2.7	27	84	10	92	44	1	5	48	1.35
833838--833893	26	2.2	26	93	0	94	42	1	7	48	1.41
833933--833975	23	2.0	21	86	9	59	44	0	4	51	1.22
835200--835231	17	1.9	17	93	6	57	25	6	6	62	1.42
835273--835313	17	2.4	18	88	8	59	19	0	2	78	0.87
835268--835314	18	2.9	16	82	14	60	21	0	2	76	0.89
835268--835313	12	4.1	11	81	13	58	19	0	2	78	0.86
839010--839055	21	2.3	20	85	10	67	43	19	17	19	1.88
839016--839055	21	1.9	21	94	0	71	42	20	17	20	1.89
838703--839167	235	2.0	227	96	3	858	38	17	15	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839906--840030	31	4.0	31	86	4	155	40	21	17	20	1.92
843642--843687	21	2.3	20	85	10	67	43	19	17	19	1.88
843648--843687	21	1.9	21	94	0	71	42	20	17	20	1.89
844543--844667	31	4.0	31	86	4	155	40	21	17	20	1.92
848283--848328	21	2.3	20	85	10	67	43	19	17	19	1.88
848289--848328	21	1.9	21	94	0	71	42	20	17	20	1.89
849183--849307	31	4.0	31	86	4	155	40	21	17	20	1.92
853980--854045	34	1.9	34	93	0	114	21	16	4	57	1.57
858944--859000	29	2.0	29	83	10	73	50	5	5	38	1.47
858962--859095	39	3.4	39	93	2	216	45	2	8	43	1.49
859002--859055	28	1.9	28	85	7	74	46	3	7	42	1.49
859041--859129	28	3.2	28	82	6	99	43	0	4	51	1.21
859147--859179	16	2.0	17	88	5	50	21	6	3	69	1.24
860382--860413	17	1.9	17	93	6	57	25	6	6	62	1.42
860448--860478	10	3.2	10	90	9	55	22	0	0	77	0.77
861595--861646	15	3.4	15	94	2	86	28	0	5	65	1.16
861595--861666	15	4.8	15	86	10	78	26	0	4	69	1.06
864133--864229	9	11.1	9	77	16	73	62	0	0	37	0.95
864140--864224	3	28.3	3	73	21	63	62	0	0	37	0.96
864156--864236	16	4.9	16	80	12	76	59	0	1	39	1.05
864135--864236	50	2.0	50	84	9	134	60	0	0	38	1.03
881916--881989	30	2.6	29	83	10	91	45	8	4	41	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881916--881993	27	2.9	27	80	14	88	48	7	3	39	1.50
888014--888052	16	2.4	16	86	0	60	30	12	7	48	1.69
888343--888386	20	2.1	21	84	12	56	56	2	0	40	1.11
889697--889799	26	3.9	26	90	2	143	14	17	30	37	1.90
894086--894128	21	2.1	21	91	4	70	16	39	25	18	1.91
897265--897304	20	2.0	20	90	4	64	37	0	7	55	1.29
897547--897586	19	2.0	20	90	4	64	17	40	25	17	1.91
899844--899899	20	2.8	20	83	0	58	33	17	19	28	1.95
901155--901218	29	2.2	29	81	8	69	54	3	0	42	1.16
901749--901785	5	7.4	5	100	0	74	43	37	18	0	1.51
901911--901942	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
902412--902446	16	2.2	16	89	0	52	48	5	2	42	1.41
911284--911324	19	2.2	20	91	8	68	46	4	14	34	1.66
911310--911356	19	2.4	20	92	3	78	51	2	19	27	1.58
916337--916366	10	3.0	10	95	0	51	33	0	0	66	0.92
918473--918523	16	3.2	16	89	10	79	21	3	0	74	0.98
918474--918526	7	6.9	8	75	16	58	22	3	0	73	0.99
918476--918526	23	2.4	21	83	9	59	23	3	0	72	1.01
920092--920130	14	2.8	14	80	0	51	28	10	5	56	1.54
920551--920719	84	2.0	85	98	1	331	29	28	14	27	1.95
923067--923131	18	3.6	18	83	4	69	76	1	20	1	0.94
923085--923125	10	4.3	10	75	12	50	80	0	19	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923066--923125	28	2.1	29	84	9	79	78	1	18	1	0.92
923059--923131	36	2.0	36	82	15	87	76	1	20	1	0.93
925392--925616	115	2.0	115	86	3	321	33	16	19	30	1.94
926698--926868	76	2.3	75	82	1	198	32	13	21	32	1.92
927754--927905	54	2.8	54	92	0	241	36	15	25	23	1.93
928230--928284	22	2.5	23	82	8	78	32	14	14	38	1.87
928691--930033	113	11.9	113	92	1	2169	36	14	20	28	1.92
930286--930364	35	2.2	38	80	13	87	40	0	1	58	1.06
930310--930368	19	3.0	20	78	9	68	50	0	0	49	1.00
935378--935531	65	2.4	65	84	2	184	31	21	18	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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